m icroRNA層面上癌癥的公共機(jī)制

肖 雪1， 李 霞1,2， 張紹軍2

1.首都醫(yī)科大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院，北京 100069；

2.哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，哈爾濱 150081

microRNAs（m iRNA）是一類內(nèi)源性的非編碼小RNA。已有研究表明miRNAs的靶基因中有不少癌癥的相關(guān)基因。為了全面研究miRNA與癌癥的關(guān)系，作者將19種癌癥的相關(guān)基因集合分別富集到494個(gè)miRNAs靶基因集合上，得到各類癌癥所富集的m iRNAs。結(jié)果發(fā)現(xiàn)19種癌癥僅集中地富集在144個(gè)m iRNAs上，由此驗(yàn)證了癌癥在miRNAs上的公共機(jī)制。在此基礎(chǔ)上，作者對(duì)癌癥富集較多的8個(gè)m iRNAs做了進(jìn)一步研究，結(jié)果發(fā)現(xiàn)這8個(gè)m iRNAs均為高度保守的miRNAs，且它們的靶基因集合一致富集在基因本體論 （gene ontology，GO）的基本生物學(xué)過程上，并與轉(zhuǎn)錄因子活性以及蛋白激酶活性相關(guān)。另一方面，在基于miRNA構(gòu)建的癌癥網(wǎng)絡(luò)中，前列腺癌與乳腺癌，結(jié)腸癌與乳腺癌之間共享較多的miRNAs，表明了這些癌癥在miRNA層面上存在密切的關(guān)系。(研究論文，發(fā)表于2009,1:43-50)

基于結(jié)構(gòu)信息的蛋白質(zhì)相互作用規(guī)律的研究

蔡 祿，裴智勇，陳斯云

內(nèi)蒙古科技大學(xué)數(shù)理與生物工程學(xué)院，內(nèi)蒙古包頭 014010

摘要：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是蛋白質(zhì)發(fā)揮其功能的重要途徑之一。作者基于相互作用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫、基因本體數(shù)據(jù)庫和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫 （structural classification of proteins，SCOP），結(jié)合SW ISS-PROT等相關(guān)數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)功能注釋信息，定義描述蛋白質(zhì)相互作用傾向性的參數(shù)，對(duì)釀酒酵母定位于不同細(xì)胞器蛋白、部分膜蛋白，以及釀酒酵母、線蟲和大腸桿菌按SCOP分類的不同結(jié)構(gòu)類蛋白質(zhì)之間相互作用規(guī)律進(jìn)行研究。結(jié)果表明各種細(xì)胞器、膜和結(jié)構(gòu)類蛋白質(zhì)之間相互作用確實(shí)存在明顯的偏向性。(研究論文，發(fā)表于2009,1:65-71)

通訊作者 蔡祿，1964出生，博士，教授 /博導(dǎo)，內(nèi)蒙古科技大學(xué)數(shù)理與生物工程學(xué)院。從事生物信息學(xué)、分子生物學(xué)、微生物工程等領(lǐng)域研究，近幾年主要開展表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的理論和實(shí)驗(yàn)研究。

豐富環(huán)境對(duì)腦缺血再灌注小鼠神經(jīng)細(xì)胞凋亡和XIAP基因表達(dá)的影響

徐曉虹1,2,葉靈靜1,2,王亞民1,2,張 婧1,2,羅清清1,葉銀萍1,2

1.浙江師范大學(xué)化學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院，浙江金華 321004

2.浙江師范大學(xué)生態(tài)研究所，浙江金華 321004

摘要：該研究主要探討豐富環(huán)境干預(yù)對(duì)腦缺血再灌注小鼠神經(jīng)細(xì)胞凋亡的影響。實(shí)驗(yàn)采用健康雄性ICR小鼠，隨機(jī)分為豐富環(huán)境缺血組 （IE）、標(biāo)準(zhǔn)環(huán)境缺血組 （IS），同時(shí)分別設(shè)豐富環(huán)境假手術(shù)組 （SE）、標(biāo)準(zhǔn)環(huán)境假手術(shù)組 （SS）。通過雙側(cè)頸動(dòng)脈重復(fù)結(jié)扎建立小鼠全腦缺血再灌注模型，分別在缺血后在豐富環(huán)境和標(biāo)準(zhǔn)環(huán)境飼養(yǎng)3 d或7 d后，進(jìn)行開場行為和水迷宮空間記憶行為檢測(cè)；同時(shí)進(jìn)行神經(jīng)細(xì)胞損傷的組織學(xué)觀測(cè)，并采用瓊脂糖凝膠電泳技術(shù)分析DNA 片段化，用RT-PCR檢測(cè)X染色體連鎖的凋亡抑制蛋白 （X-linked inhibitor of apoptosis protein，XIAP）mRNA的表達(dá)。結(jié)果表明，豐富環(huán)境干預(yù)能有效改善腦缺血導(dǎo)致的自發(fā)活動(dòng)、探究行為減少和空間學(xué)習(xí)記憶能力減退，并對(duì)正常小鼠也有促進(jìn)作用。缺血再灌注4 d的海馬神經(jīng)細(xì)胞損傷較嚴(yán)重，神經(jīng)元密度顯著減少，腦組織DNA片段化明顯增強(qiáng)，豐富環(huán)境作用使神經(jīng)細(xì)胞損傷和DNA片段化程度均有所減輕。同時(shí)豐富環(huán)境作用可抑制反復(fù)腦缺血再灌注導(dǎo)致的XIAP mRNA表達(dá)下調(diào)?？梢姡S富環(huán)境干預(yù)可改善腦缺血小鼠的自發(fā)活動(dòng)、探究行為和空間學(xué)習(xí)記憶能力，該作用可能與其抑制神經(jīng)細(xì)胞XIAP基因表達(dá)下調(diào)、減弱腦缺血再灌注誘導(dǎo)的神經(jīng)細(xì)胞凋亡有關(guān)。(研究論文，發(fā)表于2009,2:84-92)

通訊作者 徐曉虹，1963年出生，博士，教授，浙江師范大學(xué)化學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院。主要從事學(xué)習(xí)記憶的神經(jīng)生物學(xué)、神經(jīng)藥理學(xué)和神經(jīng)毒理學(xué)研究。

蛋白質(zhì)復(fù)合體及蛋白質(zhì)相互作用研究新策略—化學(xué)交聯(lián)結(jié)合質(zhì)譜分析法

王曉東,李智立

中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)學(xué)院，北京 100005

摘要：近年來化學(xué)交聯(lián)法結(jié)合質(zhì)譜分析法被廣泛用于蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)及蛋白質(zhì)相互作用的研究。研究表明這兩種方法的有機(jī)結(jié)合為研究蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)及蛋白質(zhì)相互作用提供了一條新的途徑。文章對(duì)不同類型的化學(xué)交聯(lián)劑、質(zhì)譜分析中的Bottom-up與Top-down兩種研究策略，以及化學(xué)交聯(lián)法結(jié)合質(zhì)譜分析法在蛋白質(zhì)復(fù)合體結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)相互作用研究中的應(yīng)用進(jìn)行綜述。這兩種方法的不斷發(fā)展與完善，將會(huì)極大促進(jìn)生物大分子復(fù)合體結(jié)構(gòu)及蛋白質(zhì)相互作用的研究。(綜述，發(fā)表于2009,3:157-167)

通訊作者 李智立，1962年出生，博士，教授，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所。主要研究方向?yàn)椋褐卮蠹膊≡缙陬A(yù)警新技術(shù)新方法及其標(biāo)志物，研究內(nèi)容主要涉及：血清/血漿成分分析分離方法研究及其應(yīng)用；腫瘤個(gè)體化治療、診斷及預(yù)后標(biāo)志物篩選；生物大分子復(fù)合物結(jié)構(gòu)研究及其應(yīng)用；糖蛋白糖鏈結(jié)構(gòu)分析方法研究及其應(yīng)用；質(zhì)譜成像及其應(yīng)用。

第一作者 王曉東，1983年出生，博士研究生，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所。主要研究方向：生物大分子復(fù)合物結(jié)構(gòu)與疾病關(guān)系研究；血清 /血漿成分分析新技術(shù)和新方法研究。

納米技術(shù)在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究現(xiàn)狀

王英澤,黃 奔,呂 娟,梁興杰

國家納米科學(xué)中心納米材料生物醫(yī)學(xué)效應(yīng)和納米安全中科院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 100190

摘要：納米生物醫(yī)學(xué)是納米技術(shù)與現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)技術(shù)結(jié)合的產(chǎn)物，近年來這一領(lǐng)域逐漸受到科學(xué)界和企業(yè)界的重視，得到了許多振奮人心的進(jìn)展，具有廣泛的應(yīng)用前景。作者從納米生物材料、納米載體、醫(yī)學(xué)診斷和納米治療技術(shù)四個(gè)方面討論了納米技術(shù)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究現(xiàn)狀，希望為讀者展現(xiàn)這一新生領(lǐng)域的巨大潛力。(綜述，發(fā)表于2009,3:168-174)通訊作者 梁興杰，1972年出生，國家納米科學(xué)中心“百人計(jì)劃”研究員，博導(dǎo)。現(xiàn)為中國科學(xué)院納米生物效應(yīng)與安全性重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室副主任，研究方向?yàn)榧{米藥物的設(shè)計(jì)合成、結(jié)構(gòu)優(yōu)化和功能測(cè)定及其臨床應(yīng)用中的生物機(jī)制。

第一作者 王英澤，1977年出生，博士，講師，河北科技大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院。主要從事動(dòng)物生物學(xué)、生理學(xué)的教學(xué)工作。研究方向涉及利用納米技術(shù)逆轉(zhuǎn)腫瘤抗藥性的機(jī)制研究；納米顆粒抑瘤的免疫機(jī)制研究；化療藥物對(duì)機(jī)體鐵代謝的影響等方面。

破解蛋白質(zhì)翻譯機(jī)器的結(jié)構(gòu)與功能——2009年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)簡述

張 凱1,張 茨2,孫 飛1

1.中國科學(xué)院生物物理研究所

2.中國農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)院

摘要：作為將基因信息翻譯為蛋白質(zhì)的機(jī)器，核糖體對(duì)于生命活動(dòng)至關(guān)重要。2009年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)授予了在核糖體結(jié)構(gòu)功能研究中做出突出貢獻(xiàn)的三位科學(xué)家：Venkatraman Ramakrishnan（英國劍橋MRC分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室），Thomas A.Steitz（耶魯大學(xué)）和Ada E.Yonath（以色列魏茨曼科學(xué)研究所）。文章以時(shí)間為主線，對(duì)核糖體結(jié)構(gòu)以及基于結(jié)構(gòu)的功能研究的歷程、意義、歷史性突破和應(yīng)用進(jìn)行了介紹，并由此對(duì)結(jié)構(gòu)生物學(xué)的未來進(jìn)行了一些思考。(綜述，發(fā)表于2009,5:325-334)

通訊作者 孫飛，1979年出生，博士，研究員 /博導(dǎo)，中國科學(xué)院生物物理研究所。生物電子顯微鏡與結(jié)構(gòu)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室創(chuàng)新研究組長，并兼任蛋白質(zhì)科學(xué)研究平臺(tái)生物電鏡中心（現(xiàn)為生物成像技術(shù)實(shí)驗(yàn)室）首席專家。主要利用低溫電子顯微技術(shù)、三維重構(gòu)技術(shù)和X射線晶體學(xué)方法研究蛋白質(zhì)復(fù)合體和膜蛋白的三維結(jié)構(gòu)。

第一作者 張凱，1984年出生，博士研究生，中國科學(xué)院生物物理研究所。研究內(nèi)容包括：古細(xì)菌二型分子伴侶結(jié)構(gòu)和功能研究；利用電子斷層三維重構(gòu)技術(shù)獲得胞膜窖精細(xì)三維結(jié)構(gòu)；解析ACAP1的C端結(jié)構(gòu)域、數(shù)個(gè)線粒體beta氧化相關(guān)酶的晶體結(jié)構(gòu)；改進(jìn)電子斷層三維重構(gòu)的代數(shù)迭代算法并開發(fā)相應(yīng)程序。