一是完善了流域管理體制和協(xié)調(diào)機制。明確了太湖流域?qū)嵭辛饔蚬芾砼c行政區(qū)域管理相結(jié)合的管理體制，國家建立健全太湖流域管理協(xié)調(diào)機制。規(guī)定了國務(wù)院水行政、環(huán)境保護等部門、太湖流域管理機構(gòu)和縣級以上地方人民政府有關(guān)部門的管理職責(zé)。

二是建立了飲用水安全保障制度。強化了地方人民政府的飲用水水源保護責(zé)任，要求合理確定水源地，劃定保護區(qū)，建立日常巡查和監(jiān)督制度。完善了供水安全應(yīng)急保障制度，要求建設(shè)應(yīng)急備用水源和跨行政區(qū)域聯(lián)合供水項目，編制供水安全應(yīng)急預(yù)案。規(guī)范了供水安全事故應(yīng)對工作，要求對供水水質(zhì)組織實時監(jiān)測和預(yù)警，依法啟動應(yīng)急預(yù)案，優(yōu)先保障居民生活飲用水。

三是規(guī)范了流域水資源配置和保護。明確了水資源配置與調(diào)度的原則和權(quán)限；實行重點河湖取水總量控制制度，對取水總量已經(jīng)達到或者超過取水總量控制指標(biāo)的，不得批準(zhǔn)建設(shè)項目新增取水。落實了水功能區(qū)保護措施，加強水功能區(qū)監(jiān)測和治理，在太湖流域從事開發(fā)利用活動要符合水功能區(qū)保護的要求。健全了節(jié)水、清淤疏浚、地下水保護制度，禁止擅自開采承壓地下水。

四是強化了水污染防治措施。

五是加強了防汛抗旱和水域岸線保護。完善了防汛抗旱調(diào)度的職責(zé)和權(quán)限。明確了興建建設(shè)項目應(yīng)當(dāng)符合流域綜合規(guī)劃和岸線利用管理規(guī)劃，不得縮小水域面積，不得降低行洪和調(diào)蓄能力，不得擅自改變水域、灘地使用性質(zhì)；臨時占用水域、灘地的，要及時恢復(fù)原狀。規(guī)范了圩區(qū)建設(shè)和治理，嚴(yán)格控制聯(lián)圩并圩。禁止在太湖岸線內(nèi)圈圩或者圍湖造地。

六是完善了保障機制和監(jiān)督措施。強化了地方人民政府在調(diào)整經(jīng)濟結(jié)構(gòu)、優(yōu)化產(chǎn)業(yè)布局等方面的責(zé)任。對太湖流域水資源保護和水污染防治實行地方人民政府目標(biāo)責(zé)任制與考核評價制度。明確了對減少排污的企業(yè)和農(nóng)民實施扶持。要求建立太湖流域監(jiān)測體系和信息共享機制。規(guī)定了暫停辦理可能產(chǎn)生污染的建設(shè)項目有關(guān)審批手續(xù)的措施。

此外，對各類違法行為規(guī)定了嚴(yán)格的法律責(zé)任。