楊永軍 張賀翠 楊 昆 薛麗琰 常登龍 朱利泉
(西南大學(xué)農(nóng)學(xué)與生物科技學(xué)院植物生理生化實(shí)驗(yàn)室,重慶 400716)
植物的自交不親和性(self-incompatibility,SI)是其為了避免自花受精而進(jìn)化出的重要遺傳機(jī)制。甘藍(lán)(Brassica oleraceaL.)SI的分子過程是由存在于花粉中的S-位點(diǎn)富含半胱氨酸蛋白(S-locus cystein-rich protein,SCR),亦稱為S位點(diǎn)蛋白11(S-locus protein11,SP11)識別結(jié)合柱頭上的S受體激酶基因(Sreceptor kinase gene,SRK)啟動(dòng),將原本結(jié)合于SRK上的負(fù)調(diào)控因子類硫氧還蛋白(thioredoxin-like protein,THL)釋放出來,然后通過目前尚未完全知曉的分子過程實(shí)現(xiàn)自交不親和性。SRK由S結(jié)構(gòu)域(S域)、跨膜結(jié)構(gòu)域以及激酶結(jié)構(gòu)域3個(gè)結(jié)構(gòu)域組成(Stein et al.,1991),SRK的胞外區(qū)域與SCR相識別,且基因序列與SLG具有較高的同源性(Takayama et al.,2001);其本身又具有較高的多態(tài)性,與S位點(diǎn)緊密連鎖,呈單倍型一致性。根據(jù)S-位點(diǎn)上SLG基因的結(jié)構(gòu),蕓薹屬自交不親和復(fù)等位基因可分為兩大類:class-Ⅰ自交不親和復(fù)等位基因,SLG沒有內(nèi)含子;class-Ⅱ型S等位基因,SLG基因的3′末端附近有1個(gè)內(nèi)含子(Hatakeyama et al.,1998a;Kusaba & Nishio,1999)。Ⅰ型和Ⅱ型的S基因的分化較早,差異較大(Kusaba et al.,1997),Ⅱ型不同物種的SLG基因之間同源性在86%以上,而Ⅰ型和Ⅱ型SLG基因之間同源性僅60%~70%。Nishio等(1996)根據(jù)這兩類SLG基因序列特點(diǎn)設(shè)計(jì)特異引物,通過PCR擴(kuò)增就能將這兩類SLG基因區(qū)分開來。Stein等(1991)發(fā)現(xiàn),在同一單倍型中S結(jié)構(gòu)域中的SRK與SLG表現(xiàn)出極高的相似性,擁有很相似的單倍型和相似的S位點(diǎn)特異性,在序列上SLG可能與其他相似的SRK單倍型聯(lián)系更加緊密。然而甘藍(lán)S-2和S-6的單倍型數(shù)據(jù)顯示,Ⅱ型與Ⅰ型序列差別很大(Kusaba et al.,1997)。研究還發(fā)現(xiàn)許多甘藍(lán)類作物S等位基因兼有class-Ⅰ和class-Ⅱ型(Chen & Nasrallah,1990;Tantikanjana et al.,1993),在Ⅰ型和Ⅱ型兼有的植物中,所有Ⅱ型S復(fù)等位基因都屬于花粉隱性表現(xiàn)型,包括B. rapa中的S-29、S-40、S-44和S-60單元型(Hatakeyama et al.,1998b;Takasaki et al.,2000)和B. oleracea中的S-2、S-5和S-15單元型(Chen & Nasrallah,1990;Scutt & Croy,1992;Cabrillaca et al.,1999),而大多數(shù) class-Ⅰ型S復(fù)等位基因?qū)儆诨ǚ埏@性表現(xiàn)型(Nasrallah et al.,1991);研究發(fā)現(xiàn)Ⅰ型的SCR基因?yàn)轱@性基因,Ⅱ型的SCR基因?yàn)殡[性基因,在轉(zhuǎn)錄過程中Ⅱ型的SCR基因的轉(zhuǎn)錄受到了抑制,因此植物表現(xiàn)顯隱性的關(guān)系決定于S位點(diǎn)基因的轉(zhuǎn)錄情況(Shiba et al.,2002)。Ⅰ型和Ⅱ型S等位基因存在較高的保守區(qū),同時(shí)也存在著較大的差異(Kusaba et al.,1997),這些差異涉及從授粉到受精過程中發(fā)生的花粉配體和雌蕊受體之間的相互作用以及相互作用的強(qiáng)弱關(guān)系(Kachroo et al.,2002;Ivanov et al.,2010)。S位點(diǎn)的基因結(jié)構(gòu)不同而使Ⅰ型和Ⅱ型產(chǎn)生差異的分子機(jī)制尚不清楚,甘藍(lán)兩種類型的SRK與其下游的識別因子(SCR和THL1)之間的相互作用是否有區(qū)別,以及它們之間相互作用的強(qiáng)度又有什么關(guān)系還未見報(bào)道。因此建立一個(gè)適用于 class-Ⅱ型配體和受體之間,以及與其下游的THL1/THL2之間的蛋白質(zhì)相互作用平臺,進(jìn)行蛋白質(zhì)間相互作用機(jī)理的研究,對控制整個(gè)自交不親和信號傳導(dǎo)途徑,以及確定class-Ⅰ和class-Ⅱ型自交不親和程度具有重要意義。本試驗(yàn)擬構(gòu)建class-Ⅱ型SCR2、eSRK2酵母雙雜交表達(dá)載體和class-Ⅰ型SRKJ激酶域,THL1酵母雙雜交表達(dá)載體,通過其毒性和自激活檢測來確定自交不親和性表型所依賴的3個(gè)起始信號傳導(dǎo)元件之間識別程度的差異,進(jìn)而通過激活酵母雙雜交的報(bào)告基因所表達(dá)的多少來確定其相互作用程度。并通過生物信息學(xué)分析確定其Ⅰ型和Ⅱ型歸屬,以期能確定class-Ⅱ型內(nèi)部的eSRK-SCR的互作及其與class-Ⅰ型之間THL、SCR與SRK存在的相互作用及其作用程度,為深入研究甘藍(lán)自交不親和性信號傳導(dǎo)分子過程提供參考。
試驗(yàn)于2011年7月~2012年1月在西南大學(xué)農(nóng)學(xué)與生物科技學(xué)院植物生理生化實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行。甘藍(lán) B3、E1、D3是西南大學(xué)蔬菜學(xué)實(shí)驗(yàn)室選育的材料。大腸桿菌(Escherichia coli)DH5α菌株為本實(shí)驗(yàn)室保存。EcoRⅠ、SmaⅠ和BamHⅠ限制性內(nèi)切酶,T4DNA連接酶購自 TaKaRa公司。RNA提取試劑盒、反轉(zhuǎn)錄試劑盒、TaqDNA聚合酶、DNA膠回收試劑盒及質(zhì)粒提取試劑盒購自TransGen公司。酵母雙雜交系統(tǒng)(Matchmaker? Gold Yeast Two-Hybrid System)、x-α-gal、Aureobasidin A(以下簡稱AbA)及酵母培養(yǎng)基購自Clontech公司。DMSO購自Sigma公司。
根據(jù)SCR2、eSRK2和THL1基因的結(jié)構(gòu)特點(diǎn),分別構(gòu)建SCR2、eSRK2、THL1基因序列片段。依據(jù)GenBank中編號為AB067447的SP11-2序列和編碼為AJ306585的SRK序列分析和酶切圖譜,結(jié)合載體pGBKT7和pGADT7的多克隆位點(diǎn),利用primer premier 6.0設(shè)計(jì)相應(yīng)的RT-PCR引物。SCR2擴(kuò)增的是第2個(gè)外顯子。eSRK2正向引物從成熟肽第1個(gè)氨基酸開始,并去掉信號肽;反向引物是依據(jù)eSRK-3、eSRK-7、eSRK-15、eSRK-28、eSRK-6、eSRK-36、eSRK-18、eSRK-12、eSRK-60、eSRK-2設(shè)計(jì)的特異引物(表1)。另外,參照劉東等(2003)擴(kuò)增的引物和條件,擴(kuò)增THL1編碼序列。SRK6(SRKJ)激酶域、eSRK28分別來自張賀翠等(2011)、楊紅等(2011)。
以反轉(zhuǎn)錄的花藥cDNA為模板擴(kuò)增SCR2、eSRK2和THL1片段,eSRK2片段反應(yīng)參數(shù)為94 ℃2 min;94 ℃ 2 min,55 ℃ 2 min,72 ℃ 45 s,30 個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min,25 ℃ 1 min 終止。以反轉(zhuǎn)錄的柱頭cDNA為模板擴(kuò)增eSRK2片段,反應(yīng)參數(shù)為94 ℃ 2 min;94 ℃ 2 min,59 ℃ 60 s,30 個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min,25 ℃ 1 min 終止。THL1片段的反應(yīng)參數(shù)為 94 ℃ 2 min;94 ℃ 2 min,52 ℃ 2 min,72 ℃ 45 s,30個(gè)循環(huán);72 ℃ 10 min,25 ℃ 1 min終止。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測后,以DNA膠回收試劑盒純化回收。
表1 擴(kuò)增SRK的S結(jié)構(gòu)域和SCR的引物
用EcoRⅠ和SmaⅠ對擴(kuò)增產(chǎn)物SCR2、THL1和酵母表達(dá)質(zhì)粒pGBKT7進(jìn)行雙酶切;用EcoRⅠ和BamHⅠ對eSRK2、SRKJ和酵母表達(dá)質(zhì)粒pGADT7進(jìn)行雙酶切;SCR2、THL1片段與pGBKT7連接,轉(zhuǎn)化E. coliDH5α感受態(tài)細(xì)胞,涂于LB平板上(含Kan+抗性);eSRK2、SRKJ片段與pGADT7連接,轉(zhuǎn)化E. coliDH5α感受態(tài)細(xì)胞,涂于LB平板上(含Amp+抗性)。37 ℃培養(yǎng)過夜,篩選陽性重組子,并進(jìn)行菌液PCR和酶切鑒定,將含有插入目的片段的陽性克隆送北京華大基因研究中心測序。序列正確的重組質(zhì)粒分別命名為pGBKT7-SCR2、pGBKT7-THL1、pGADT7-eSRK2和 pGADT7-SRKJ。
根據(jù)酵母雙雜交系統(tǒng)使用說明書(Matchmaker? Gold Yeast Two-Hybrid System User Manual),采用LiAc法制備感受態(tài)酵母菌Y2HGold和Y187。用PEG/LiAc法將pGBKT7空載和重組誘餌載體pGBKT7-SCR2、pGBKT7-THL1同時(shí)轉(zhuǎn)化 Y2HGold酵母感受態(tài)細(xì)胞,30 ℃培養(yǎng) 3~5 d,觀察其在SD/-Trp篩選平板上的生長情況。采用同樣的方法將pGADT7空載和重組AD質(zhì)粒pGADT7-eSRK2、pGADT7-SRKJ轉(zhuǎn)化Y187感受態(tài)細(xì)胞,觀察其在SD/-Leu平板上的生長情況。
用PEG/LiAc法將pGBKT7-SCR2轉(zhuǎn)化Y2HGold酵母感受態(tài)細(xì)胞,分別涂布于SD/-Trp、SD/-Trp/xα-gal、SD/-Trp/x-α-gal/AbA平板上;將 pGADT7-eSRK2轉(zhuǎn)化 Y187感受態(tài)細(xì)胞,分別涂布于SD/-Leu、SD/-Leu/x-α-gal平板上,30 ℃倒置培養(yǎng) 3~5 d,觀察 pGBKT7-SCR2、pGBKT7-THL1在選擇平板上的生長情況。以 pGBKT7-Lam×pGADT7-T為陰性對照,以 pGBKT7-p53×pGADT7-T為陽性對照。
分別挑取SD/-Trp、SD/-Leu平板上的菌落,將含有SCR2和eSRK2片段的pGBKT7-SCR2×pGADT7-eSRK2轉(zhuǎn)化菌落組合,同時(shí)接種于500 μL的2×YPDA液體培養(yǎng)基中,30 ℃振蕩培養(yǎng)18~20 h,在顯微鏡下檢測 Y2HGold與 Y187交配形成二倍體接合型的情況。以 pGBKT7-Lam×pGADT7-T為陰性對照,以 pGBKT7-p53×pGADT7-T為陽性對照。然后將融合菌液涂布到SD/-Trp-Leu(DDO)、SD/-Trp-Leu/x-α-gal/AbA(DDO/x/A)平板上,30 ℃培養(yǎng)3~5 d。最后將DDO/x/A平板上的藍(lán)色克隆劃線至SD/-His-Trp-Leu(TDO)、SD/-His-Trp-Leu/x-α-gal/AbA(TDO/x/A)和 SD/-Trp-Leu-Ade(TDO)、SD/-Trp-Leu-ura/x-α-gal/AbA(TDO/x/A)和SD/-Trp-Leu-Ade-His/x-α-gal/AbA(QDO/x/A)平板,觀察其生長情況。
采用同樣的方法檢測 eSRK2×THL1、eSRK28×SCR2、SRKJ×THL1、eSRK28×SCR28在 DDO、DDO/x/A平板上的生長情況;然后將DDO/x/A平板上的藍(lán)色克隆劃線至TDO、TDO/x/A或TDO、TDO/x/A和QDO/x/A平板,觀察其生長情況。
擴(kuò)增的eSRK2位于第1個(gè)外顯子的74~1321 bp之間,編碼了416個(gè)氨基酸。應(yīng)用Vector NTI Advance分析Ⅰ型和Ⅱ型的SRK氨基酸序列(圖1),發(fā)現(xiàn)其序列相似性在48.6%~84.2%之間,class-Ⅱ型的 eSRK之間的蛋白序列相似性要高于 class-Ⅰ型。class-Ⅱ型中的S-2、S-5和S-15之間的序列相似性達(dá)到93.0%~97.3%;class-Ⅰ型的單倍型S-1、S-7、S-8、S-14、S-11、S-24和S-29之間蛋白質(zhì)序列比classⅡ型的序列相似性低。由此推斷,蛋白序列的不同是造成自交不親和性的主要原因之一。比對結(jié)果還發(fā)現(xiàn),Ⅰ型和Ⅱ型的氨基酸序列在219~330 bp的氨基酸區(qū)間和446~460 bp的氨基酸區(qū)間呈現(xiàn)較大的差異,class-Ⅰ型的氨基酸存在部分缺失。
圖1 甘藍(lán)class-Ⅰ型和class-Ⅱ型eSRK氨基酸序列比對分析結(jié)果
本試驗(yàn)擴(kuò)增的是SCR2的第2個(gè)外顯子,共編碼65個(gè)氨基酸。應(yīng)用Vector NTI Advance分析SCR氨基酸序列(圖 2)。class-Ⅰ型中不同單倍型 SCR氨基酸的相似度為 20%~76%;class-Ⅱ型中不同單倍型SCR蛋白質(zhì)序列兩兩之間的相似度達(dá)到63%~94%。class-Ⅰ型SCR的4個(gè)半胱氨酸殘基高度保守,另外4個(gè)半胱氨酸殘基所處的位置略有差異;而class-Ⅱ型SCR的8個(gè)半胱氨酸殘基高度保守。Ⅰ型的SCR、eSRK和Ⅱ型的SCR、eSRK在蛋白質(zhì)序列上存在差異,進(jìn)而導(dǎo)致了自交不親和蛋白結(jié)構(gòu)和功能的差異,表現(xiàn)為不同的自交不親和強(qiáng)度。
eSRK2、SCR2及THL1的 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物分別約為 1200 bp(圖 3)、200 bp(圖 4)和 400 bp(圖5)。經(jīng)純化和測序后得出,eSRK2、SCR2和THL1的序列長度分別為195、1248、430 bp,與電泳結(jié)果一致。序列分析發(fā)現(xiàn),SCR2與SCR(GB|AB067447|)的序列完全一致;eSRK2與eSRK2D(GB|AJ306585|)的序列完全一致;THL1與劉東等(2003)的序列完全一致。
圖2 甘藍(lán)class-I型和class-Ⅱ型SCR氨基酸序列比對分析結(jié)果
圖3 eSRK2基因PCR擴(kuò)增結(jié)果
提取篩選的陽性克隆質(zhì)粒DNA并進(jìn)行雙酶切鑒定,電泳檢測得到與eSRK2、SCR2、SRKJ、THL1大小一致的片段(圖 6),表明載體構(gòu)建成功。DNA測序結(jié)果分析表明,pGBKT7-eSRK2載體中包含的eSRK2片段序列、插入位點(diǎn)和讀框正確,且插入的eSRK2片段序列與目的序列完全一致。pGBKT7-SCR2載體中包含的SCR2片段序列、插入位點(diǎn)和讀碼框正確,且插入的SCR2片段序列與SCR2(SP11-2)序列完全一致。pGADT7-SRKJ和pGBKT7-THL1載體中包含的SRKJ和THL1片段序列、插入位點(diǎn)和讀碼框正確,且插入的SRKJ和THL1片段序列與SRKJ和THL1序列完全一致。
圖4 SCR2基因PCR擴(kuò)增結(jié)果
圖5 THL2基因PCR擴(kuò)增結(jié)果M,Trans2K PlusⅡDNA marker;1,THL1。
圖6 pGBKT7-eSRK2的EcoRⅠ和SmaⅠ雙酶切,pGBKT7-SCR2、pGADT7-SRKJ和pGBKT7-THL1的EcoRⅠ和BamHⅠ雙酶切圖譜
將 pGBKT7-SCR2質(zhì)粒、pGBKT7-THL1質(zhì)粒、空載對照pGBKT7質(zhì)粒用LiAc法轉(zhuǎn)化酵母雙雜交報(bào)告菌株Y2HGold中,而后接種于SD/-Trp、SD/-Trp/x-a-gal、SD/-Trp/x-α-gal/AbA平板培養(yǎng)基上,30 ℃培養(yǎng)3 d。pGBKT7-SCR2質(zhì)粒在SD/-Trp(未附圖)和SD/-Trp/x-a-gal(圖7-c-2)平板上產(chǎn)生白色菌落;pGBKT7-THL1質(zhì)粒在SD/-Trp(未附圖)和SD/-Trp/x-a-gal(圖7-d-2)平板上出現(xiàn)了生長狀態(tài)良好、菌斑與空載pGBKT7(圖7-c-1)大小相近、菌斑密度均無明顯差異的白色克隆,證明轉(zhuǎn)入的表達(dá)蛋白對酵母無毒害作用。經(jīng)酵母菌落 PCR鑒定,證明誘餌載體pGBKT7-SCR2、pGBKT7-THL1已經(jīng)成功轉(zhuǎn)化到酵母中。pGBKT7-SCR2和 pGBKT7-THL1在 SD/-Trp/x-α-gal/AbA平板上沒有菌落生長(未附圖)。陽性對照 pGBKT7-p53×pGADT7-T有明顯的藍(lán)色克隆子出現(xiàn),而陰性對照pGBKT7-Lam×pGADT7-T無克隆子出現(xiàn)(圖7-b)。表明含有pGBKT7-SCR2和pGBKT7-THL1質(zhì)粒的酵母細(xì)胞沒有激活報(bào)告基因AUR1-C和MEL1,沒有發(fā)生自身的轉(zhuǎn)錄激活作用。
圖7 重組質(zhì)粒pGBKT7-SCR2自激活作用和毒性檢測及誘餌質(zhì)粒pGADT7-eSRK2的毒性檢測結(jié)果
將pGADT7空載、pGADT7-SRKJ和pGADT7-eSRK2轉(zhuǎn)化Y187,觀察到它們都能在SD/-Leu平板上良好的生長。pGADT7-SRKJ(圖7-d-1)和pGADT7-eSRK2(圖7-a-2)在SD/-Leu平板上生長狀態(tài)良好。而且其對照 pGADT7(圖 7-a-1)斑點(diǎn)大小及生長時(shí)間與 pGADT7-eSRK2和pGADT7-SRKJ一致,說明表達(dá)蛋白對酵母菌無毒害作用。經(jīng)酵母菌落 PCR鑒定,證明誘餌載體pGADT7-eSRK2和pGADT7-SRKJ已經(jīng)成功轉(zhuǎn)化到酵母中。
將 3 個(gè)組合 Y187〔pGADT7-SRKJ〕×Y2HGold〔pGBKT7-THL1〕、Y2HGold〔pGBKT7- SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK2〕、Y2HGold〔pGBKT7-SCR28〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕和 Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕都轉(zhuǎn)到DDO平板上,均能出現(xiàn)生長狀態(tài)良好的菌斑,表明雙雜交重組表達(dá)質(zhì)粒成功轉(zhuǎn)入二倍體接合型酵母菌中。同時(shí)用 3個(gè)組合中片段相應(yīng)的引物組合對 DDO平板上的菌落進(jìn)行酵母菌液 PCR檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn)同一單菌落有明顯的SCR2和eSRK2、SRKJ和THL1目的片段;Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕未檢測出目的片段,進(jìn)一步驗(yàn)證了重組質(zhì)粒 pGBKT7-SCR2×pGADT7-eSRK2、pGADT7-SRKJ×pGBKT7-THL1成功轉(zhuǎn)入二倍體接合型酵母菌中。組合 Y187〔pGADT7-SRKJ〕×Y2HGold〔pGBKT7-THL1〕和Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK2〕都能在DDO/x/A平板上長出明顯的藍(lán)色菌落(表2),表明這2個(gè)組合激活了報(bào)告基因AUR1-C和MEL1;Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕在DDO/x/A平板上未長出藍(lán)色菌落,初步判斷沒有相互作用。為更進(jìn)一步檢測相互作用的可能性,排除假陽性和假陰性的出現(xiàn),將 DDO/x/A平板上的藍(lán)色克隆劃線至TDO/x/A和QDO/x/A平板上,4 d后發(fā)現(xiàn)涂有Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK2〕的TDO/x/A在平板上呈藍(lán)色,而QDO/x/A平板上酵母菌株沒有生長的跡象,表明報(bào)告基因HIS3也能被激活,而報(bào)告基因ADE未激活(圖8)。Y187〔pGADT7-SRKJ〕×Y2HGold〔pGBKT7-THL1〕和 Y2HGold〔pGBKT7-SCR28〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕在 TDO/x/A和 QDO/x/A平板上都呈藍(lán)色,表明報(bào)告基因HIS3和ADE被激活。Y2HGold〔pGBKT7-SCR2〕×Y187〔pGADT7-eSRK28〕的融合株在三缺平板和四缺平板上都沒有生長,證明了不同單倍型之間沒有相互作用。
表2 酵母中SCR2與eSRK2、eSRK28與SCR2、SRKJ與THL1相互作用的檢測結(jié)果
續(xù) 表
與楊紅等(2011)對于class-Ⅰ型的研究結(jié)果進(jìn)行對比分析(表 3),更加系統(tǒng)的說明了自交不親和Ⅰ型和Ⅱ型不同的相互作用關(guān)系,即酵母中報(bào)告基因表達(dá)的數(shù)目和類型的差異反映了class-Ⅱ內(nèi)部的SCR-SRK和class-Ⅰ型的SCR-SRK的互作強(qiáng)度,Ⅰ型高于Ⅱ型;THL與SRK之間存在較高的互作強(qiáng)度。
圖8 酵母融合株在QDO/x/A和TDO/x/A平板上相互作用檢測結(jié)果
表3 酵母雙雜交中class-Ⅰ型和class-Ⅱ型不同的相互作用關(guān)系
酵母的基因組中有一種特殊的上游激活序列(upstream activating sequence,UAS),在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因AUR1-C、HIS3、ADE2、lacZ和MEL1表達(dá),它與激活蛋白結(jié)合大大增加了下游基因的轉(zhuǎn)錄速度。GAL4為酵母UAS的結(jié)合蛋白,它的正常結(jié)合可以激活UAS下游基因的轉(zhuǎn)錄。GAL4有兩個(gè)結(jié)構(gòu)域,即N端的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(DNA binding domain,BD)和C端的轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(transcriptional activating domain,AD)。GAL4蛋白的兩個(gè)結(jié)合域分開時(shí)不能激活UAS下游基因的轉(zhuǎn)錄,只有將這兩部分通過適當(dāng)?shù)耐緩竭B在一起后才能恢復(fù)激活轉(zhuǎn)錄的活性。如果BD連上1個(gè)誘餌蛋白(bait),AD上接1個(gè)獵物蛋白(prey),當(dāng)誘餌蛋白和獵物蛋白發(fā)生互作,則BD和AD因距離靠近或結(jié)合在一起形成的完整的GAL4蛋白,激活下游報(bào)道基因的表達(dá)。在酵母菌 Y2HGold中受 3個(gè)不同的啟動(dòng)子作用,通過不同的操縱基因調(diào)節(jié) 4個(gè)完整的報(bào)告基因AUR1-C、HIS3、ADE2和MEL1,酵母菌Y187中有2個(gè)報(bào)告基因MEL1和lacZ;誘餌蛋白和獵物蛋白的互作強(qiáng)度與整個(gè)基因之間的相互作用強(qiáng)度存在必然的聯(lián)系。根據(jù)酵母雙雜交系統(tǒng)可以提出假設(shè):由于誘餌蛋白和獵物蛋白的相互作用強(qiáng)度差異,使下游啟動(dòng)子對報(bào)告基因啟動(dòng)的數(shù)目不同,再由酵母雙雜交試驗(yàn)得出結(jié)果,從而探討class-Ⅰ型和class-Ⅱ型以及與THL1自交不親和程度關(guān)系。結(jié)果顯示,class-Ⅱ型中能夠激活的報(bào)告基因要比 class-Ⅰ型要少,證明了 3個(gè)啟動(dòng)子存在不同的啟動(dòng)強(qiáng)度,激活不同數(shù)目的報(bào)告基因。
甘藍(lán)中存在自交不親和機(jī)制,根據(jù)S位點(diǎn)的基因結(jié)構(gòu)不同可以將其分為兩類,class-Ⅰ型和class-Ⅱ型,然而它們產(chǎn)生差異的分子機(jī)制尚不清楚。有研究表明,SCR與 SRK胞外結(jié)構(gòu)域之間的親和力很高(Shimosato et al.,2007),SLG僅通過與SRK胞外S結(jié)構(gòu)域聚集而起輔助受體的作用(Cui et al.,2000;Takasaki et al.,2000;Silva et al.,2001)來進(jìn)一步提高這種親和力,因此SRK與SCR之間的識別速度和結(jié)合強(qiáng)度與自交不親和性的強(qiáng)弱類型直接成正相關(guān),當(dāng)SRK與SCR之間識別快而強(qiáng)時(shí),表現(xiàn)為Ⅰ類自交不親和性的諸多亞類型;當(dāng)SRK與SCR之間識別慢而弱時(shí),表現(xiàn)為Ⅱ類自交不親和性的諸多亞類型。Bower等(1996)利用酵母雙雜交技術(shù)從甘藍(lán)柱頭cDNA文庫篩選出SRK下游因子類硫氧還蛋白1/2(THL1/THL2)。Ivanov等(2010)研究證明了SRK是自交不親和信號傳導(dǎo)的核心因子,負(fù)責(zé)將細(xì)胞外信號傳遞到細(xì)胞內(nèi)。Kachroo等(2002)和Ivanov等(2010)提出自交不親和的信號通路是:在甘藍(lán)開花時(shí)期THL1/THL2與SRK激酶結(jié)構(gòu)域相結(jié)合,從而抑制其激酶活性,當(dāng)花粉落到柱頭上后,相同單倍型SCR與SRK胞外結(jié)構(gòu)域結(jié)合,致使 SRK構(gòu)象變化,使其釋放原本結(jié)合在激酶結(jié)構(gòu)域的THL1/THL2,激活SRK激酶域活性,進(jìn)而在細(xì)胞內(nèi)引發(fā)次級級聯(lián)反應(yīng),繼續(xù)傳遞來自細(xì)胞外的信號,并最終導(dǎo)致自交不親和反應(yīng)的發(fā)生。這樣自交不親和反應(yīng)中的SCR、THL與SRK之間就存在一個(gè)交替互作的關(guān)系,也為本試驗(yàn)利用酵母雙雜交技術(shù)探討兩類SRK之間的SCR-SRK-THL的交替相互作用的關(guān)系奠定了基礎(chǔ)。
S單倍型之間的S基因的高度多態(tài)性是蕓薹屬自交不親和性以多種類型存在的分子原因(Castric & Vekemans,2007;Edh et al.,2008)。Edh等(2009)將 class-Ⅱ型的S單倍型與class-Ⅰ型的S單倍型的SP11、SLG和SRK的核苷酸序列進(jìn)行比較分析,發(fā)現(xiàn)class-Ⅱ型的序列更加保守;對class-Ⅱ型的S-60單倍型的研究發(fā)現(xiàn),class-Ⅱ型的S-60單倍型與class-Ⅰ型截然不同,而且在S-60中SCR、SRK和SLG的位置與class-Ⅰ型的S-910完全不相同。經(jīng)氨基酸序列比較分析,發(fā)現(xiàn) class-Ⅱ型的氨基酸多樣化程度明顯要比 class-Ⅰ型小得多。class-Ⅰ型和class-Ⅱ型的SCR、SLG和SRK序列上的差異導(dǎo)致了class-Ⅰ型和class-Ⅱ型的不同,這些不同有助于有效地抑制兩者和不同的S單倍型之間的重組。Kristina等(2009)分析S結(jié)構(gòu)域的進(jìn)化起源時(shí),根據(jù)甘藍(lán)的優(yōu)勢地位,利用系統(tǒng)進(jìn)化樹分析SRK激酶結(jié)構(gòu)域得到一個(gè)緊密的關(guān)系,并將其分成了class-Ⅰa型、class-Ⅰb型和class-Ⅱ型,這個(gè)結(jié)論重新定義了class-Ⅰ型和class-Ⅱ型的關(guān)系。在關(guān)于class-Ⅰ型的研究中class-Ⅰb型的單體型占有的主導(dǎo)優(yōu)勢要低一些,它處在class-Ⅰa單體型和class-Ⅱ單體型之間。經(jīng)過不斷的試驗(yàn)和總結(jié),Billiard等(2007)定義了一個(gè)優(yōu)勢等級,提出這樣一個(gè)理論模型:認(rèn)為在柱頭共顯性和在花粉中的優(yōu)勢序位是class-Ⅰa>class-Ⅰb>class-Ⅱ。自交不親和越強(qiáng)就意味著它能夠更有力的阻止自身的花粉與柱頭受精、預(yù)防近親繁殖和促進(jìn)遠(yuǎn)系雜交,保持遺傳多樣性,筆者利用酵母雙雜交試驗(yàn)證明了兩類相互作用的程度不同,驗(yàn)證了上面提出的理論優(yōu)勢序位,證實(shí)了相互作用的程度class-Ⅰ型>class-Ⅱ型。
SRK作為柱頭S基因,與SCR識別的胞外S結(jié)構(gòu)域編碼區(qū)變異性較大(Takayama et al.,2001),兩者之間的這種較大的變異性,在進(jìn)化上賦予了S單倍型的多態(tài)性;而負(fù)責(zé)同下游功能蛋白作用的C-端激酶結(jié)構(gòu)域的編碼區(qū)變異性卻較小,說明在進(jìn)化上賦予了其下游功能蛋白所決定的是一個(gè)目前尚未完全知曉的共同信號傳導(dǎo)過程(Samuel et al.,2008)。張賀翠等(2011)擴(kuò)增了不同亞種的ARC1基因,利用酵母雙雜交證明都能與SRK激酶域發(fā)生互作,也證明了SRK的C-端激酶結(jié)構(gòu)域是一個(gè)高度保守的區(qū)域。本試驗(yàn)中利用酵母雙雜交技術(shù)證明了組合SRKJ與THL1在四缺平板(QDO/x/A)上能夠生長,存在相互作用,并激活了全部的 4個(gè)報(bào)告基因,由于C-端激酶結(jié)構(gòu)域的編碼區(qū)變異性較小甚至不存在什么變化,所以SRK2激酶域也能夠和THL1相互作用,激活了全部的4個(gè)報(bào)告基因。另外,Luo等(2011)以甘藍(lán)材料D3、B3、E1、A1、H1、230、240、243、N1、G1的柱頭和花粉cDNA為模板,擴(kuò)增了甘藍(lán)的SRK胞外域序列(eSRK3),利用酵母雙雜交技術(shù)證明了D3材料中的eSRK與SCR蛋白之間以及E1材料中的eSRK與SCR蛋白之間能夠相互結(jié)合,但E1材料中的eSRK與D3材料中的SCR蛋白之間以及D3材料中的eSRK與E1材料中的SCR蛋白之間不相互結(jié)合,為深入研究eSRK-SCR作用位點(diǎn)建立了一個(gè)技術(shù)平臺,也證明了class-Ⅰ型S-3中的SRK和SCR存在相互作用。楊紅等(2011)和本試驗(yàn)利用酵母雙雜交技術(shù)證明了S-28中的SCR與eSRK存在相互作用,且其相互作用區(qū)域位于SCR28(GenBank AB190356)的 1876~2052 bp、eSRK28(GenBank AB190356)的 418~1276 bp 區(qū)域。同時(shí),也指出了SRK跨膜域的存在與否對SCR與SRK相互作用沒有影響;SCR-SRK復(fù)合體的S單倍型特異性導(dǎo)致了SI反應(yīng)的特異性。這充分說明利用酵母雙雜交技術(shù)可以證明class-Ⅰ型自交不親和復(fù)等位基因的SCR和eSRK存在相互作用,而class-Ⅱ型S等位基因是否也存在同樣的相互作用,以及class-Ⅰ型和class-Ⅱ型的相互作用程度關(guān)系,卻并不了解。
本試驗(yàn)選擇了一個(gè)新的思路,將SCR-SRK-THL之間存在的相互作用做了一個(gè)縱向的研究,以試驗(yàn)中出現(xiàn)的激活不同報(bào)告基因的個(gè)數(shù)來提出假設(shè),以試驗(yàn)結(jié)果推斷 class-Ⅰ型和 class-Ⅱ型的相互作用程度關(guān)系,利用酵母雙雜交技術(shù)初步確定 PGBKT7-SCR2×pGADT7-eSRK2之間存在相互作用,說明class-Ⅱ型自交不親和復(fù)等位基因激活了編碼AUR1-C、MEL1和HIS3報(bào)告基因,卻未激活編碼ADE2報(bào)告基因。由于激酶域的高度相似性,認(rèn)為class-Ⅱ型SRK2激酶域與THL1之間的相互作用也可以激活 4個(gè)報(bào)告基因。對照 pGBKT7-SCR2×pGADT7-eSRK28的融合株在TDO/x/A平板上不能生長,說明不同單倍型中的SCR與eSRK并不存在相互作用。再結(jié)合楊紅等(2011)對于class-I型的相互作用的研究結(jié)果,以class-Ⅰ型和class-Ⅱ型的相互作用激活3個(gè)起始信號傳導(dǎo)元件,而它們之間的識別程度差異表現(xiàn)為不同數(shù)量、種類的報(bào)告基因,使其在不同的氨基酸缺陷平板上生長,分析 class-Ⅰ型和 class-Ⅱ型與 THL1的相互作用關(guān)系。結(jié)果表明Ⅰ型的SCR-eSRK激活了4個(gè)報(bào)告基因;Ⅱ型的SCR-eSRK由于啟動(dòng)子的啟動(dòng)強(qiáng)度較Ⅰ型弱,激活了3個(gè)報(bào)告基因;由于S位點(diǎn)激酶域的高度保守性,兩類SRK(激酶域)的變異性較小,所以SRK(激酶域)-THL1都能激活4個(gè)報(bào)告基因,利用酵母雙雜交試驗(yàn)檢測了甘藍(lán)SCR、THL和SRK之間交替相互作用的關(guān)系。這一結(jié)果也證明了酵母雙雜交系統(tǒng)對于class-Ⅱ型自交不親和復(fù)等位基因的相互作用檢測同樣適用,這樣也從一個(gè)側(cè)面進(jìn)一步完善了酵母雙雜交系統(tǒng)。
class-Ⅰ型的SCR-eSRK和SRK激酶域與THL1之間的相互作用激活了4個(gè)報(bào)告基因,即編碼AUR1-C、MEL1、ADE2、HIS3的基因,class-Ⅱ型的SCR-eSRK之間的相互作用由于誘餌載體與獵物載體蛋白的結(jié)合能力不同,使得激活3個(gè)啟動(dòng)子的能力不同,激活了3個(gè)報(bào)告基因,即編碼AUR1-C、MEL1、HIS3的基因,ADE2的基因未激活。class-Ⅱ型 SRK2激酶域與 THL1之間的相互作用也可以激活4個(gè)報(bào)告基因。class-Ⅰ型之間和class-Ⅱ型之間不存在相互作用。初步認(rèn)為,class-Ⅰ型的自交不親和性強(qiáng)于class-Ⅱ型;利用酵母雙雜交技術(shù)同樣可以鑒定class-Ⅱ型之間存在的相互作用,Ⅰ型強(qiáng)于Ⅱ型,甘藍(lán) SCR-SRK-THL存在一個(gè) SCR-SRK、SRK-THL交替相互作用的關(guān)系。
劉東,朱利泉,王小佳.2003.甘藍(lán)自交不親和信號傳導(dǎo)中SRK結(jié)合蛋白基因THL1的克隆與序列分析.園藝學(xué)報(bào),30(1):56-58.
張賀翠,楊昆,朱利泉,楊永軍,薛麗琰,楊紅,常登龍,高啟國,任雪松,李成瓊,王小佳.2011.利用酵母雙雜交系統(tǒng)鑒定羽衣甘藍(lán)臂重復(fù)蛋白(ARC1)與結(jié)球甘藍(lán)S位點(diǎn)受體激酶(SRK)激酶結(jié)構(gòu)域的相互作用.農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào),19(6):988-995.
楊紅,朱利泉,張賀翠,楊永軍,薛麗琰,楊昆,余浩,彭一波,羅兵,吳志剛,黃丹,高啟國,王小佳.2011.利用酵母雙雜交系統(tǒng)鑒定甘藍(lán)SCR和SRK胞外域片段間的相互作用.中國農(nóng)業(yè)科學(xué),44(9):1953-1962.
Billiard S,Castric V,Vekemans X.2007.A general model to explore complex dominance patterns in plant sporophytic self-incompatibility systems.Genetics,175:1351-1369.
Bower M S,Matias D D,F(xiàn)ernandes-Carvalho E,Mazzurco M,Gu T,Rothstein S J,Goring D R.1996.Two members of the thioredoxin-h family interact with the kinase domain of a BrassicaSlocus receptor kinase.Plant Cell,8:1641-1650.
Cabrillaca D,Delormea V,Garinb J,Ruffio-Chablec V,Girantona J L,Dumasa C,Gaudea T,Cock J M.1999.The S15self-incompatibility haplotype inBrassica oleraceaincludes threeSgene family members expressed in stigmas.American Society of Plant Physiologists,11:971-986.
Castric V,Vekemans X.2007.Evolution under strong balancing selection:how many codons determine specificity at the female self-incompatibility geneSRKin Brassicaceae.BMC Evolutionary Biology,7:132-136.
Chen C H,Nasrallah J B.1990.A new class of S sequences defined by a pollen recessive self-incompatibility allele ofBrassica oleracea.Molecular and General Genetics MGG,11(2):241-248.
Cui Y H,Bi Y M,Brugiere N,Arnoldo M,Rothstein S J.2000.TheSlocus glycoprotein and theSreceptor kinase are sufficient for self-pollen rejection inBrassica.Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA,97:3713-3717.
Edh K,Widén B,Ceplitis A.2008.Unequal segregation ofSRKalleles at theSlocus inBrassica cretica.Genetics Research,90(3):223-228.
Edh K,Widén B,Ceplitis A.2009.The evolution and diversification ofS-locus haplotypes in the Brassicaceae family.Genetics,181:977-984.
Hatakeyama K,Watanabe M,Takasaki T,Ojima K,Hinata K.1998a.Dominance relationships betweenS-alleles in self-incompatibleBrassica campestrisL.Heredity,80:241-247.
Hatakeyama K,Takasaki T,Watanabe M,Hinata K.1998b.Molecular characterization ofSlocus genes,SLGandSRK,in a pollen recessive self-incompatibility haplotype ofBrassica rapaL.Genetics,149:1587-1597.
Kachroo A,Nasrallah M E,Nasrallah J B.2002.Self-incompatibility in the Brassicaceae:receptor-ligand signaling and cell-to-cell communication.Plant Cell,14:227-238.
Kristina E,Bjorn W,Alf C.2009.Molecular population genetics of theSRKandSCRself-Incompatibility genes in the wild plant speciesBrassica cretica.Genetics,181(3):985-995.
Kusaba M,Nishio T,Satta Y,Hinata K,Ockendon D.1997.Striking sequence similarity in interation and intra-specific comparisons of classⅠSLGalleles fromBrassica oleraceaandBrassica campestris:implications for the evolution and recognition mechanism.Plant Biology,94:7673-7678.
Kusaba M,Nishio T.1999.Comparative analysis of S-haplotypes with very similarSLGalleles inBrassica RapaandBrassica oleracea.The Plant Journal,17:83-91.
Ivanov R,F(xiàn)obis L,Gaude T.2010.When no means no:guide to Brassicaceae self-incompatibility.Trends in Plant Science,15:387-394.
Luo Bing,Xue Li-Yan,Zhu Li-Quan,Zhang He-Cui,Peng Yi-Bo,Chen Song,Yang Hong,Yang Kun,Li Cheng-Qiong,Wang Xiao-Jia.2011.Detection of Interactions between SCR and SRK inBrassica oleraceaL.by Yeast Two-Hybrid System.Acta Agronomica Sinica,37(4):579-586.
Nasrallah J B,Nishio T,Nasrallah M E.1991.The self-incompatibility genes of Brassica:expression and use in genetic ablation of floralt Tissues.Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol,42:393-422.
Nishio T,Kusaba M,Watanabe M,Hinata K.1996.Registration ofSalleles inBrassica campestrisL.by the restriction fragment size ofSLGs.Theoretical and Applied Genetics,92:388-394.
Samuel M A,Mudgil Y W,Salt J N,Delmas F,Ramachandran S,Chilelli A,Goring D R.2008.Interactions between theS-domain receptor kinases and AtPUB-ARM E3 ubiquitin ligases suggest a conserved signaling pathway in Arabidopsis.Plant Physiology,147:2084-2095.Scutt C P,Croy R R D.1992.An S5 self-incompatibility allele-specific cDNA sequence fromBrassica oleraceashows high homology to the SLR2 gene.Molecular Genetics and Genomics,232:240-246.
Shiba H,Iwano M,Entani T,Ishimoto K,Shimamoto H,Che F-S,Satta Y,Ito A,Takada Y,Watanabe M,Isogai A,Takayama S.2002.The dominance of alleles controlling self-incompatibility inBrassicapollen is regulated at the RNA level.Plant Cell,14:491-504.
Shimosato H,Yokota N,Shiba H,Iwano M,Entani T,Che F S,Watanabe M,Isogai A,Takayama S.2007.Characterization of the SP11/SCR high-affinity binding site involved in self/nonself recognition inBrassicaself-incompatibility.Plant Cell,19(1):107-117.
Silva N F,Stone S L,Christie L N,Sulaman W,Nazarian K A,Burnett L A,Arnoldo M A,Rothstein S J,Goring D R.2001.Expression of theSreceptor kinase in self-compatibleBrassica napuscv.Westar leads to the allele-specific rejection of self-incompatibleBrassica napuspollen.Molecular Genetics and Genomics,265:552-559.
Stein J C,Howlett B,Boyes D C,Nasrallah M E,Nasrallah J B.1991.Molecular cloning of a putative receptor protein kinase gene encoded at the self-incompatibility locus ofBrassica oleracea.Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA,88:8816-8820.
Takayama S,Himosato H,Shiba H,F(xiàn)unato M,Che F,Watanabe M,Iwano M,Isogai A,2001.Direct ligand-receptor complex interactions controlBrassicaself-incompatibility.Nature.413:534-538.
Tantikanjana T,Nasrallah M E,Stein J C,Chen C H,Nasrallah J B.1993.An alternative transcript of theSlocus glycoprotein gene in a classⅡ pollen-recessive self-incompatibility haplotype ofBrassica oleraceaencodes a membrane-anchored protein.Plant Cell,5:657-666.Takasaki T,Hatakeyama K,Suzuki G,Watanabe M,Isogai A,Hinata K.2000.TheSreceptor kinase determines self-incompatibility in Brassica stigma.Nature,403:913-918.