淡水中心在洄游型刀鱭遺傳資源解析方面取得新進(jìn)展

近日,由中國水產(chǎn)科學(xué)研究院淡水漁業(yè)研究中心徐跑研究員領(lǐng)銜的“長江重要種質(zhì)資源評估與保護(hù)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)”,聯(lián)合深圳華大基因簡建波研究員團(tuán)隊(duì)在洄游型刀鱭遺傳資源解析方面取得新進(jìn)展。相關(guān)成果論文發(fā)表在期刊ScientificData上。團(tuán)隊(duì)結(jié)合牛津納米孔技術(shù)(ONT)超長和PacBio HiFi(高保真度)數(shù)據(jù),借助高通量染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)(Hi-C),獲得了高連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性的刀鱭無間隙基因組。無間隙全基因組組裝的結(jié)果能夠解析刀鱭的全面遺傳信息,為刀鱭的進(jìn)一步分子研究提供遺傳學(xué)基礎(chǔ)。團(tuán)隊(duì)對來自江蘇泰州段的洄游型刀鱭Coilianasus進(jìn)行了無間隙基因組組裝,利用PacBio HiFi(～43×)、ONT ultra-long(～100×)及Hi-C(～100×)技術(shù)組裝得到首個0 gap的刀鱭完整基因組。該基因組大小為851.67 Mb,contig N50達(dá)到35.42 Mb,BUSCO為92.5%。注釋共獲得21 971個基因,重復(fù)序列占比為45.17%。

(來源:淡水漁業(yè)研究中心)