關(guān)于崳山島的歷史，已知有近千年之久。據(jù)考證，島上早在北宋初期即有人居住，有一位名叫邱一引的人，于宋至道三年（997年）遷居崳山。據(jù)硤門瑞云《邱氏族譜》載：“五世祖一引公始居崳山，妣林氏，生子大行，仁宗朝景祐丙子科（1036年）舉人，妣謝氏，生兆文公。墓葬崳山東角上彎，坐卯向酉?！睋?jù)說邱姓先人于南宋王朝覆滅之前夕，為扶持大宋政權(quán)曾在崳山進(jìn)行過抗元斗爭，那時(shí)正值文天祥、陸秀夫、張世杰等扶帝昺轉(zhuǎn)戰(zhàn)浙閩粵沿海。邱氏后代因避沿海戰(zhàn)亂，多次遷回內(nèi)地。

只要不是戰(zhàn)爭年代，崳山自古以來就能安居樂業(yè)，就如明萬歷《福寧州志》所言：“地肥產(chǎn)繁，中有三十六澳，居民稠密。”自宋以后，直到明朝初年，崳山島就不斷地有居民遷入，來此墾土為田，繁衍生息。

打破崳山島安寧祥和狀態(tài)的是倭寇的侵?jǐn)_。

明朝初年，東南沿海屢犯倭患，朝廷不得不采取防范措施。洪武二十一年（1388年），明太祖朱元璋命信國公湯和行視閩粵，筑城增兵，置福建沿海福寧、鎮(zhèn)東、平海、永寧、鎮(zhèn)海五衛(wèi)。翌年，江夏侯周德興視察福寧衛(wèi)，因慮崳山島孤懸海中，易生弊端，乃徙其民于福寧州七、八都等內(nèi)地。但細(xì)考福瑤列島，從大崳山、小崳山、烽火島到大陸之間，形成?，庨T、出壁門、烽火門三個(gè)貫穿南北的航門水道，確為海防門戶之咽候，所以該島仍部署軍事力量，駐有兵船，歸北路福寧衛(wèi)烽火寨管轄。

嘉靖年間，倭患更加猖獗，在愛國將領(lǐng)俞大猷和戚繼光率領(lǐng)下，福建沿海軍民戮力同心地進(jìn)行反侵略斗爭，崳山海面曾捷報(bào)頻傳。如：

嘉靖三十八年（1559年）四月間，參將黎鵬舉自崳山?jīng)_倭舟為兩截，沉其一，追至三沙火焰山以火器攻擊，大破之。

嘉靖四十二年（1563年）冬，復(fù)倭舟十六艘流突臺(tái)山仍趨烽火門，署把總朱璣督千戶陳聰?shù)戎蹘熥分疗咝茄蠊ジ泊笈炓唬∨炂?，生擒二十有三，斬首一十三?jí)，沉溺五百余徒。

明統(tǒng)治者考慮福寧州沿海軍事戰(zhàn)略的重要，在福寧州部署嚴(yán)密的海上防務(wù)，于萬歷二十年（1592年）在崳山正式設(shè)游，指派參將鎮(zhèn)守崳山，作為海上重要軍事要塞，與陸上各要塞守軍相呼應(yīng)。

明人顧炎武在《天下郡國利病書》卷九十二《福建一》清楚地闡述了崳山設(shè)游的時(shí)代背景及經(jīng)過、作用：

萬歷二十四年（1596年）夷酋關(guān)白侵朝鮮，羽書雜沓，海上戒嚴(yán)。巡撫督御史金學(xué)曾分守張鼎畏，都司鄧鐘躬?dú)v汛地，規(guī)畫萬全，擬請?zhí)碓O(shè)崳山、海壇、湄州、浯銅、鐘臺(tái)、澎湖諸游于一寨之中。以一游間之砦為正兵，游為奇兵，錯(cuò)綜迭出，巡徼既周，聲勢亦猛，且砦與寨會(huì)哨……閩浙分界則烽火門為先，蓋倭舡必由此南下，扼津要，守門戶，誠防御之一大關(guān)鍵也。

崳山設(shè)游之舉，充分顯示其戰(zhàn)略地位，因此難免不為侵略者所覬覦。據(jù)民國版《霞浦縣志》記載：“萬歷二十九年五月，倭船三只突至崳山，殺死哨官王某，船進(jìn)泊于松山。”

由于海氛未靖，明代的崳山島只能作為戍卒屯兵之邊防哨所，而各地人民入遷者為數(shù)甚微。

滿族政權(quán)在取代朱明王朝的過程中，由于實(shí)行殘酷的民族壓迫，激起了全國各族人民的強(qiáng)烈反抗。福寧州縣沿海先后爆發(fā)了劉中藻、黃大焞和張煌言、張名振等的反清復(fù)明運(yùn)動(dòng)，與此同時(shí)，鄭成功的海上武裝部隊(duì)在北征南京與南下收復(fù)臺(tái)灣的戰(zhàn)斗中，均得到閩東各地人民的大力支持，引起了清朝貴族統(tǒng)治者的極大恐慌。順治十八年（1661年）清政府采納了黃梧、蘇納海等的建議，“將山東、江、浙、閩、廣濱海人民，盡遷入內(nèi)地，設(shè)界防守，片板不許下水，粒貨不許越疆……”試圖斷絕接濟(jì)鄭氏之根，并規(guī)定：濱海人民，悉遷界內(nèi)，越界者斬。于是包括崳山島在內(nèi)的沿海地區(qū)，廬舍荒蕪，魚鹽失利，百姓游離，慘不可言。直至康熙二十二年（1683年），施瑯收復(fù)臺(tái)灣，鄭克塽降清之后，方下詔開界，民歸故土。

到了康乾盛世，國家空前統(tǒng)一安定，人口戶數(shù)遞增，閩省沿海人民因生計(jì)維艱，陸續(xù)前赴崳山諸島開荒捕魚，這一自發(fā)性的墾荒運(yùn)動(dòng)引起清廷的重視，但朝廷對(duì)前朝鄭成功等人的抗清斗爭心有余悸，擔(dān)心沿海人民重新嘯聚海隅，起來反抗，故對(duì)崳山諸島的開發(fā)，一直持慎重態(tài)度，最后的決定是：照舊嚴(yán)禁。

清代中葉政治日趨黑暗，階段壓迫深重，激起了全國各族人民的強(qiáng)烈反抗。嘉慶元年（1796年），有“閩賊李發(fā)枝引艇賊深入，浙賊附之。初平陽縣海濱老龍頭橫亙于海為烽火門，其東大崳、小崳，兵守嚴(yán)密?！蔽磶?，又爆發(fā)了蔡牽為首的海上漁民起義，以崳山島為重要根據(jù)地，組織海上武裝集團(tuán)與清朝政府進(jìn)行長達(dá)十多年的對(duì)壘，予清統(tǒng)治者以沉重打擊。由于崳山列島是蔡牽的海上起義活動(dòng)重要根據(jù)地，雖然后來失敗，但清朝政府為免盜藪之區(qū)叛逆復(fù)發(fā)，故崳山島仍處于嚴(yán)禁之狀。清政府的擔(dān)心正“所謂縱橫數(shù)十里，孤懸海外，土沃山高，一經(jīng)開辟，必成盜藪，縱設(shè)重兵以防守之，而海洋遙隔，呼應(yīng)難靈”。

道光年間，中英鴉片戰(zhàn)爭前夕，福州長樂和閩南地區(qū)的人民成群結(jié)伙地登山謀墾，因崳山島長期籠罩于戰(zhàn)爭的陰影下，雖有墾荒，但畢竟遲緩。