三疣梭子蟹腸道菌群結(jié)構(gòu)及代謝表型分析

曾廷蘭+葉央芳+母昌考+王凱+李榮華+王春琳

摘 要 建立16S rRNA基因的高通量測(cè)序和基于核磁共振（NMR）的代謝組學(xué)技術(shù)分析三疣梭子蟹腸道菌群結(jié)構(gòu)及代謝物組成的方法。經(jīng)對(duì)梭子蟹腸道樣品提取基因組DNA和16 S rRNA基因的V3V4可變區(qū)片段的擴(kuò)增，產(chǎn)物用于MiSeq測(cè)序。經(jīng)對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行聚類和注釋分析，發(fā)現(xiàn)梭子蟹腸道的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)以變形桿菌門、擬桿菌門、梭桿菌門、軟壁菌門和酸桿菌門為主，其中以發(fā)光桿菌屬、Paludibacter和產(chǎn)丙酸菌屬的細(xì)菌豐度最高。梭子蟹腸道樣品經(jīng)組織破碎、甲醇水（2∶1， V/V）提取、高速離心和冷凍干燥后，重懸在鈉鉀磷酸鹽緩沖液中，用于NMR分析。采用標(biāo)準(zhǔn)的Noesypr1D脈沖序列采集1H NMR譜，設(shè)置90°脈沖寬度約為10 μs，等待時(shí)間為2 s，混合時(shí)間為100 ms，譜寬為20 ppm， 采樣點(diǎn)數(shù)為32 K，自由感應(yīng)衰減累加次數(shù)為64。再利用2D NMR譜對(duì)腸道代謝物進(jìn)行歸屬，共獲得包括氨基酸、有機(jī)羧酸和有機(jī)胺類等30種代謝產(chǎn)物。本方法可用于系統(tǒng)分析梭子蟹腸道菌群及其代謝物組成。endprint