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      基于SSR遺傳標(biāo)記的玉米骨干親本黃早四傳遞到衍生系的重要基因組區(qū)段分析

      2017-11-22 21:33:33許洛王紹新馮健英史峰張娟于廣軍
      江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年19期
      關(guān)鍵詞:玉米

      許洛+王紹新+馮健英+史峰+張娟+于廣軍

      摘要:研究玉米骨干親本黃早四傳遞到衍生系中的重要基因組區(qū)段及其分布,對系統(tǒng)了解黃早四成為中國玉米育種骨干親本的遺傳機制有重要意義,并且能為進一步發(fā)掘黃早四及其衍生系中控制重要性狀的基因提供理論依據(jù)和參考。以我國玉米骨干親本黃早四及其主要衍生系共計35份自交系為試驗材料,利用覆蓋玉米全基因組的255個SSR標(biāo)記進行遺傳分析,結(jié)果表明:黃早四衍生系中存在著豐富的遺傳變異,即使是不同來源的同一名稱材料也存在一定遺傳差異。在黃早四的遺傳改良過程中,選擇發(fā)揮了重要作用。在DNA水平上,檢測到黃早四傳遞到衍生系中頻率較高的48個基因組區(qū)段及一些優(yōu)勢等位變異,其中部分區(qū)段與前人研究報道的控制黃早四抗病性、產(chǎn)量和株高等性狀的基因或QTL相一致。所檢測到的在黃早四及其衍生系中傳遞頻率較高的區(qū)段可能是決定骨干親本黃早四優(yōu)良特性的重要基因組區(qū)段,可作為今后進一步深入研究的重要候選區(qū)段。

      關(guān)鍵詞:玉米;骨干親本;黃早四;衍生系;傳遞片段

      中圖分類號: S513.032 文獻標(biāo)志碼: A 文章編號:1002-1302(2017)19-0132-06

      收稿日期:2017-02-20

      基金項目:河北省科技支撐計劃(編號:16226323D)。

      作者簡介:許 洛(1968—),女,河北饒陽人,碩士,副研究員,主要從事玉米遺傳育種及栽培研究。E-mail:sjzxuluo@163.com。

      通信作者:于廣軍,副研究員,主要從事玉米育種及技術(shù)推廣研究。E-mail:zxnks@126.com。 骨干親本是育種工作中應(yīng)用最廣泛且用于選育重要育種材料的基礎(chǔ)種質(zhì)。近幾十年來,我國玉米育種界公認(rèn)的玉米骨干親本有5個,即黃早四、丹340、掖478、自330和Mo17[1],其中由北京市農(nóng)林科學(xué)院與中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所于20世紀(jì)70年代共同選育的優(yōu)良玉米自交系黃早四是我國玉米育種工作中應(yīng)用最廣泛的骨干親本。在我國玉米骨干親本中,黃早四衍生系的數(shù)量最多(近百個),且含有該血緣的雜交種在生產(chǎn)中的推廣應(yīng)用面積也最大。目前,黃早四及其衍生系,以及由其組配的雜交種仍在我國玉米育種和生產(chǎn)中發(fā)揮著舉足輕重的作用。研究骨干親本黃早四基因組區(qū)段在其衍生系中的傳遞,發(fā)掘黃早四基因中發(fā)揮重要作用的關(guān)鍵基因組區(qū)段,對系統(tǒng)了解黃早四能夠成為我國玉米育種骨干親本的重要原因,以及創(chuàng)制未來骨干親本具有重要意義。骨干親本的概念已在世界范圍內(nèi)被廣泛認(rèn)可和接受,并且已成為作物育種理論研究的重要課題之一。近年來,國內(nèi)外正致力于玉米[2]、小麥[3-6]、大麥[7]、大豆[8]等作物骨干親本的深入研究,并已有部分骨干親本遺傳傳遞規(guī)律的相關(guān)報道。我國玉米骨干親本黃早四配合力高,株型緊湊,高抗玉米大小斑病和矮花葉病,綜合穗部性狀優(yōu)良[9-10],但卻存在自身產(chǎn)量低、抗倒性差、黃斑病嚴(yán)重、早衰、籽粒白頂?shù)炔涣夹誀頪11]。自20世紀(jì)80年代起,國內(nèi)多家玉米育種單位開始致力于黃早四的改良研究,并成功選育出了一批綜合性狀優(yōu)良的黃早四衍生系[12-14]。研究表明,黃早四衍生系在自身產(chǎn)量和抗性等方面均較黃早四有了大幅提高[15-17]。在抗病性方面,黃早四及其衍生系對玉米矮花葉病B株系具有良好的抗性[18-19]。在目前已定位的7個玉米矮花葉病抗病基因/QTL即Scm2、Rscmv2、Scm3、Mdm1、Scm1、Rscmv1和mdm1(t)中,僅mdm1(t)來自黃早四[20-22],且黃早四及其衍生系和雜交種中均存在矮花葉病抗性基因mdml(t)和玉米莖腐病抗性基因Rfg1,但不存在莖腐病抗性基因Rpi1[2]。目前,已有大量對黃早四及其衍生系進行農(nóng)藝性狀、配合力和抗病性鑒定的研究報道,并有黃早四抗病基因在衍生系及雜交種中遺傳傳遞規(guī)律的初步研究,但在全基因組水平上關(guān)于黃早四重要基因組區(qū)段在其衍生系中傳遞的研究還沒有報道。本研究以我國玉米骨干親本黃早四及其主要衍生系共計35份自交系為試驗材料,利用覆蓋玉米全基因組的255個SSR標(biāo)記對其進行DNA水平上的分析,以發(fā)掘黃早四傳遞到衍生系中決定其優(yōu)良特性的重要基因組區(qū)段,初步了解黃早四成為骨干親本的遺傳機制。

      1 材料與方法

      1.1 試驗材料

      本研究共搜集到我國玉米育種和生產(chǎn)中應(yīng)用廣泛的玉米骨干親本黃早四及其衍生系共計35份供試材料。其中,黃早四、昌7-2和京7分別有不同來源的2份種質(zhì)[分別以(1)、(2)標(biāo)示];吉853、吉853改、吉854和吉856為骨干親本黃早四與自330的F2群體選系,同時含有黃早四和自330的血緣,而其余自交系均為黃早四的衍生系。供試材料的種子大部分由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院國家作物種質(zhì)庫提供,部分由石家莊市農(nóng)林科學(xué)研究院提供。35份自交系的名稱及系譜/來源見表1。

      表1 35份自交系的名稱及系譜/來源

      編號材料名稱系譜/來源1黃早四(1)塘四平頭2雙105不詳 3雙741矮金525×維爾44/黃早四×三團 4⑦-61金525×5344/三團×黃早四 5H21黃早四×H84 61331不詳 7文黃31413黃早四×文青1331 8齊310黃早四×金02 9齊401黃早四×衡白502 10原輻黃黃早四輻 11白野四黃早四×海東013/黃早四 12黃野四3黃早四×野雞紅 13D黃212黃早四改良系 14冀35冀多142×黃早四/黃早四 15京7(1)黃早四×羅系3 16京7黃京7×黃早四 17昌7-2(1)黃早四×濰95 18黃早四-15黃早四分離系 19K12黃早四×維春 20天涯4武109 ×黃早四 21黃428黃早四×E28 22吉444A619 ×黃早四 23吉853黃早四×自330 24吉854黃早四×自330 25吉856黃早四×自330 26吉853改黃早四×自330 27京404黃早四×墨群體/黃早四 28魯9801西502×H21 29抗黃四黃早四改良系 30石3526冀3505×H21 31京7(2)黃早四×羅系3 32黃早四(2)塘四平頭 33昌7-2(2)黃早四×濰95 34魯原133原齊721×黃早四(輻) 35多黃27黃早四改良系endprint

      1.2 SSR基因型鑒定

      基因組DNA的提取采用CTAB法[23]。選取255對覆蓋玉米全基因組的SSR引物對35份自交系進行基因型鑒定。其中,34個SSR為基因內(nèi)SSR,其余均為基因組SSR。大部分SSR引物的重復(fù)單元和引物序列來自MaizeGDB(http://www.maizegdb.org),部分由北京市農(nóng)林科學(xué)院玉米研究中心提供。SSR位點的圖譜位置(coordinate)基于IBM2 2008 Neighbors Frame獲取,從該圖譜查不到位點的圖譜位置則根據(jù)其臨近位點并結(jié)合IBM2 2008 Neighbors的圖譜信息獲得。

      本研究采用TP-M13熒光標(biāo)定方法對供試材料進行SSR基因型鑒定[24]。所有SSR位點反向引物的5′ 端均加上了一段M13序列(5′-CACGACGTTGTAAAACGAC-3′),正向引物為該SSR位點的正常引物序列。所有SSR引物由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。另外,再合成一條5′ 端帶有熒光標(biāo)記的M13引物序列。本研究所用熒光標(biāo)記共有FAM、VIC、PET、NED 4種。熒光引物由美國ABI公司合成。PCR產(chǎn)物在ABI 3700 DNA測序儀上進行自動熒光檢測,檢測結(jié)果用GeneTyper 2.1軟件進行數(shù)據(jù)分析和提取。

      1.3 遺傳多樣性分析

      運用PowerMarker V3.25軟件[25]進行等位變異數(shù)目、等位變異頻率、多態(tài)性信息含量(PIC)的統(tǒng)計分析。多樣性衡量參數(shù)多態(tài)性信息含量(PIC)值的計算公式為[26]:

      PICl=1-∑p~lu2-∑k-1u=1 ∑kv=u+12p~lu2p~lv2。

      式中:plu是uth等位變異的頻率,plv則是vth等位變異的頻率。

      1.4 遺傳相似系數(shù)及聚類分析

      將骨干親本黃早四及其衍生系的SSR基因型鑒定數(shù)據(jù)按照有帶賦值“1”,無帶賦值“0”,缺失則賦值“9”進行轉(zhuǎn)換,整理為0、1數(shù)據(jù)格式。利用NTSYSpc V2.10t軟件計算不同材料間的遺傳相似性系數(shù),并利用UPGMA(unweighted pair group method with arithmetic mean)法進行聚類分析。遺傳相似系數(shù)的計算方法為:GSDice=2a/(2a+b+c)。其中,a為任意2份材料的共有條帶數(shù)目,b、c則為2份材料間的差異條帶數(shù)目。而對于黃早四及其衍生系間的遺傳相似性,即可作為黃早四對其衍生系的遺傳貢獻率。

      1.5 黃早四重要基因組區(qū)段分析

      將與骨干親本黃早四SSR標(biāo)記遺傳變異一致的衍生系記為“1”,不一致的記為“0”,缺失數(shù)據(jù)記為“9”。利用GGT軟件分析不同染色體上黃早四及其衍生系不同SSR位點的遺傳變異是否相同,統(tǒng)計與黃早四SSR位點等位變異相同的衍生系數(shù)目及其占衍生系總數(shù)的比例,并將其作為黃早四SSR位點等位變異在衍生系中的傳遞頻率。本研究將黃早四在其衍生系中傳遞頻率為60%以上的區(qū)域作為黃早四的重要基因組區(qū)段。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 黃早四及其衍生系的遺傳多樣性分析

      利用覆蓋玉米全基因組、擴增帶型清晰穩(wěn)定的255個SSR標(biāo)記對玉米骨干親本黃早四及其衍生系進行遺傳多樣性分析。結(jié)果表明,黃早四與其衍生系間存在豐富的遺傳變異。255個SSR標(biāo)記在35份供試材料中共檢測到1 831個等位變異,平均每個位點7.18個,變幅為1~24。其中,umc1284和umc1408在所有材料中均未檢測到遺傳變異,而bnlg169的遺傳變異最為豐富,共檢測到24個等位變異。所有標(biāo)記平均PIC為0.60,變幅為0~0.93。34個基因內(nèi)SSR位點所揭示的遺傳變異略低于基因組SSR位點。

      基于SSR基因型鑒定結(jié)果對黃早四及其衍生系進行聚類分析,結(jié)果表明35份材料可被劃分為兩大類群(圖1)。從圖1可以看出,遺傳相似性較高的材料聚為一類,尤其是2份不同來源的黃早四、京7和昌7-2更是緊密聚在一起,而來自黃早四和自330 F2群體選系的吉853、吉853改、吉854和吉856間存在較大差異。其中,吉854和吉856與黃早四血緣的遺傳差異較大,二者與D黃212單獨聚成一個類群。相比之下,吉853與吉853改的遺傳成分更多地偏向于黃早四血緣。而在另一大類群中,K12和1331與黃早四及其他衍生系的遺傳差異相對較大。35份材料的聚類結(jié)果與其系譜來源基本一致。

      2.2 黃早四及其衍生系的遺傳相似性分析

      利用255個SSR位點對不同來源同一種質(zhì)的相似性,以及黃早四及其衍生系的遺傳相似性即遺傳貢獻率進行分析,

      結(jié)果表明,2份不同來源的同一材料以及黃早四與其衍生系間均存在較大的遺傳差異。在全基因組水平上,2份不同來源的黃早四、京7和昌7-2的遺傳相似性分別為57.0%、535%和52.5%。黃早四與其衍生系的遺傳相似性即對其衍生系的遺傳貢獻率平均為41.1%,變幅為23.6%~56.6%(表2)。衍生系中,與黃早四遺傳組成相差最小且相似性達50%以上的僅有黃早四-15、冀35、原輻黃共3份材料,遺傳相似性分別為56.6%、52.7%和50.7%。而與黃早四遺傳差異最大的為吉856和吉854,遺傳相似性分別為25.5%和236%。其余衍生系與黃早四的遺傳相似性介于30%~40%之間。

      染色體水平上,黃早四對其衍生系的遺傳貢獻率在不同染色體間也存在一定差異。其中,第10染色體上黃早四對其衍生系的平均遺傳貢獻率最高,為53.2%;而在第9染色體的平均遺傳貢獻率最低,僅為32.0%。2份不同來源的黃早四不同染色體間第4染色體的遺傳相似性最高,為67.8%;而第8染色體的遺傳相似性最低,僅為45.5%。

      2.3 黃早四傳遞到衍生系中的重要遺傳區(qū)段分析endprint

      雖然從不同供試材料間,尤其是黃早四對其衍生系的遺傳貢獻率分析表明骨干親本與其衍生系間存在較大遺傳差異,但在黃早四的遺傳改良過程中,決定其優(yōu)良性狀的重要基因組區(qū)段卻傳遞到衍生系中。為明確黃早四傳遞到其衍生系中的重要基因組區(qū)段,本研究利用GGT軟件對黃早四及其衍生系在全基因組不同SSR標(biāo)記間的等位變異進行了分析。本研究設(shè)定當(dāng)黃早四中某位點的等位變異在衍生系中的傳遞頻率≥60%時,即認(rèn)為該位點為黃早四的重要遺傳傳遞區(qū)段。結(jié)果表明,黃早四衍生系在不同染色體上均存在黃早四的重要基因組區(qū)段。

      在黃早四傳遞到衍生系的基因組區(qū)段中,傳遞頻率達60%以上的區(qū)域共計48個。其中,部分區(qū)域位于或臨近已經(jīng)定位的與黃早四抗性、株型、ASI和產(chǎn)量等性狀相關(guān)的基因或QTL區(qū)域(表3、表4)。在黃早四中也存在一些在衍生系中傳遞頻率較高,但目前并未檢測出與黃早四重要農(nóng)藝性狀相關(guān)聯(lián)的基因組區(qū)域。如第4染色體上的umc1284和第7染色體上的umc1408位點在黃早四及其所有衍生系中均未檢測到等位變異,雖然衍生系中第7染色體上phi116位點存在其他等位變異,但黃早四中176 bp的等位變異均傳遞至其衍生系中。這些高頻率傳遞位點的作用還有待進一步明確。

      3 討論

      近幾十年來,黃早四及其衍生系在我國玉米育種和生產(chǎn)中均發(fā)揮了極其重要的作用。為彌補骨干親本黃早四的部分缺陷,育種工作者通過各種手段選育出了一系列綜合性狀優(yōu)良的黃早四衍生系。這些衍生系不僅保留了黃早四綜合性狀好、配合力高、適應(yīng)性廣等優(yōu)異特點,而且還分別對黃早四的個別不利性狀進行了有針對性的改良,為選育綜合性狀優(yōu)良的品種奠定了良好的遺傳基礎(chǔ)。對育種工作者而言,了解骨干親本及其衍生系的遺傳組成將不僅有助于弄清為什么黃早四成為了我國玉米育種的骨干親本,而且還有助于創(chuàng)制未來新的骨干親本。

      本研究結(jié)果表明,在分子水平上黃早四衍生系的遺傳組成與黃早四相比均發(fā)生了不同程度的改變。在全基因組水平上,黃早四與其衍生系的遺傳相似性介于23.6%~56.6%之間。在育種材料的遺傳改良過程中,選擇發(fā)揮了重要作用。如吉853、吉853改、吉854和吉856均為黃早四和自330的F2群體選系,但吉856和吉854卻與黃早四遺傳差異較大,二者與黃早四的遺傳相似性僅為25.5%和23.6%;而吉853和吉853改的遺傳成分則更多地偏向于黃早四血緣,與黃早四的遺傳相似性分別為35.7%和44.9%。筆者曾對我國五大玉米骨干親本及其主要衍生系進行了群體結(jié)構(gòu)分析,結(jié)果同樣表明吉854和吉856與自330的遺傳相似性較高,而吉853和吉853改則與黃早四的遺傳相似性較高(未發(fā)表)。這充分表明了在黃早四衍生系的遺傳改良過程中,黃早四因經(jīng)歷了與其他育種材料的反復(fù)雜交及多向選育,從而造成了人工選擇及遺傳漂變對其種質(zhì)基礎(chǔ)的改變, 進而形成了兼具黃早四優(yōu)良特性的優(yōu)異新種質(zhì)。此外,從本研究結(jié)果還可看出,即使是2份不同來源的同一種質(zhì),其遺傳相似性也存在一定程度的差異,并且不同染色體間的遺傳相似性也存在較大差異。

      本研究通過利用SSR標(biāo)記對黃早四及其衍生系進行遺傳分析,共找到48個從黃早四傳遞到其衍生系中的重要基因組區(qū)域,這些高頻率區(qū)域分布于黃早四每條染色體的不同區(qū)段。其中,部分位于或臨近目前已定位的決定黃早四優(yōu)良性狀的基因或QTL區(qū)段內(nèi),并且部分優(yōu)勢等位變異被傳遞到衍生系中。

      吳建宇等利用黃早四(抗)× Mo17(感)的F2分離群體將黃早四的矮花葉病抗性基因mdm1(t)定位在phi077-bnlg391區(qū)段[21-22]。此外,在黃早四不同研究群體中也在該區(qū)段定位了大量矮花葉病的抗性QTL。如王鳳格等利用黃早四(抗)× 掖107(感)的F2分離群體在第6染色體上檢測到了與phi077連鎖的提高對矮花葉病抗性的主效QTL[31];Liu等利用黃早四(抗)× Mo17(感)的F9 RIL群體在第6染色體的bnlg1600-phi077區(qū)段檢測到1個可解釋表型變異高達50%的抗矮花葉病的主效QTL即Qscmv6[32]。本研究結(jié)果表明,黃早四第6染色體的phi077-umc1186-umc1517-umc1656-umc1818區(qū)段在衍生系中有較高的遺傳頻率。該區(qū)段的phi077位點在35份黃早四及其衍生系中具有豐富的遺傳變異(共10個等位變異),其中在多數(shù)衍生系(21份)中均檢測到了來自黃早四的167 bp特異帶。這說明在黃早四的遺傳改良過程中該優(yōu)勢等位變異被保留了下來,其傳遞頻率為61.76%,黃早四抗矮花葉病基因傳遞到了大部分衍生系中。位于第6染色體與玉米抗莖腐病基因Rfg1連鎖的SSR標(biāo)記mmc0241在35份供試材料中共檢測到5個等位變異,其中255 bp的黃早四特異帶在25份衍生系中檢測到,說明該衍生系中均具有Rfg1基因,均抗禾谷鐮刀菌引起的莖腐病,其傳遞頻率為73.53%。此外,也有研究表明該位點與穗位高QTL連鎖[27]。

      李立家等利用RFLP標(biāo)記umc22和umc122在黃早四中將玉米大斑病抗性基因Ht1定位到第2染色體上[29]。本研究中位于該區(qū)域且傳遞頻率較高的是遺傳變異非常豐富的phi127位點。該位點在35份材料中共檢測到7個等位變異,其中130 bp的等位變異為黃早四的特異帶,且在25份衍生系中均檢測到該變異,傳遞頻率為73.53%。此外,李立家等研究表明第8染色體的RFLP標(biāo)記umc84(439.1)或umc30(425.2)所在區(qū)段應(yīng)為另一個玉米大斑病顯性抗病單基因Htn1的所在位置[33]。本研究發(fā)現(xiàn)黃早四在衍生系中遺傳頻率較高的umc121-umc2212區(qū)段即位于該區(qū)域,臨近位點umc2212(422.7)的傳遞頻率達73.53%,傳遞的是116 bp的優(yōu)異等位變異,這說明黃早四中的玉米大斑病抗性基因被選擇并傳遞到大多數(shù)衍生系中。玉米中的一個廣譜抗病基因rip被定位在第8染色體的295.30位置[34],本研究中的phi115位點(269.2)與其臨近,衍生系中有24份材料均檢測到該位點在黃早四中的320 bp特異帶,傳遞頻率為70.59%。另一個廣譜抗病基因pal1之前被定位在5.05位置,本研究中雖然大部分黃早四衍生系中位于5.03-5.04的phi109188、phi331888和umc1171-umc1966區(qū)域與黃早四遺傳組成相同,但因5.05區(qū)段沒有標(biāo)記數(shù)據(jù),因此還有待增加標(biāo)記密度進行深入研究。endprint

      本研究還檢測到一些在黃早四及其衍生系中遺傳一致性較高且與之前定位的株高、穗位高、穗位葉面積、產(chǎn)量、ASI等性狀QTL位于同一區(qū)段的區(qū)域,這說明決定上述性狀的遺傳區(qū)域在黃早四遺傳改良過程中也得以選擇。當(dāng)然,對于這些區(qū)段所攜帶的基因及其功能還需進一步深入研究。需要說明的是,一些位點如umc2212、phi115等在骨干親本黃早四中均檢測到2個等位變異,這說明黃早四基因組中的個別位點還存在部分剩余變異,但在對黃早四進行遺傳改良的過程中,僅是其中的1個優(yōu)勢等位變異被選擇并在衍生系中保留了下來。此外,本研究還檢測到了在黃早四及其衍生系中高度一致的遺傳位點,這些區(qū)段可能決定了黃早四及其衍生系的某些共有性狀。關(guān)于這些區(qū)段是否包含有決定重要性狀的優(yōu)異基因,今后還需要開展進一步深入研究。

      4 結(jié)論

      盡管黃早四及其衍生系具有豐富的遺傳多樣性,但在黃早四的遺傳改良過程中決定黃早四重要性狀的基因組區(qū)段卻被保留了下來,并以較高的頻率傳遞到衍生系中。本研究利用SSR標(biāo)記對黃早四及其衍生系進行了遺傳分析,在一定程度上對黃早四成為骨干親本的遺傳機制有所了解,并且所發(fā)掘的高頻率傳遞區(qū)段可作為今后骨干親本黃早四研究中的重要候選區(qū)段。

      參考文獻:

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