宋亞楠,安茜,岳敏,趙熙寧,劉寶玲,薛金愛,李潤(rùn)植
(山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 分子農(nóng)業(yè)與生物能源研究所,山西 太谷 030801)
ω-6脂肪酸去飽和酶(FAD2)是一種普遍定位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的膜結(jié)合型酶蛋白[1],能夠催化油酸(18∶1Δ8)在第12個(gè)C原子位置脫氫形成雙鍵進(jìn)而生成亞油酸(18∶2Δ9, 12)。該酶控制著植物細(xì)胞內(nèi)油酸、亞油酸及其它多不飽和脂肪酸的積累量。亞油酸(18∶2Δ9, 12)是人體必需的脂肪酸,能降低血液中膽固醇的含量,但其具有2個(gè)雙鍵,很容易氧化,使植物油產(chǎn)生酸敗,進(jìn)而影響人體健康。相反,單不飽和油酸(18∶1Δ9)氧化穩(wěn)定性比亞油酸高10倍[2],同樣能顯著降低血液中的膽固醇含量。因此,培育對(duì)人體有益的富含油酸的植物油越來越受到人們的關(guān)注。現(xiàn)已在棉花[1,3]、玉米[4]、紫蘇[5]、油棕[6]、花生[7]和大豆[8,9]等多種植物中成功克隆并驗(yàn)證了FAD2基因的功能。通過反義RNA技術(shù)抑制大豆FAD2基因的表達(dá),能顯著提高油酸的合成,培育獲得種子富含油酸的大豆種質(zhì)[10]。同樣,通過RNA i技術(shù)抑制棉花FAD2基因的表達(dá),可使棉籽油酸的含量提升到77%,而亞油酸含量由60%降為4%[11]。研究表明,在高等植物細(xì)胞中,遺傳修飾其內(nèi)源FAD2基因表達(dá)水平可有效調(diào)控細(xì)胞中油酸及亞油酸的比例。
Chi等[12]已經(jīng)從低等植物萊茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)中成功克隆并鑒定了CrFAD2基因。Lu等[13]也已經(jīng)從小球藻(Chlorella vulgaris)中克隆了CvFAD2基因,通過酵母異源表達(dá)檢測(cè)到通常不存在于野生型酵母細(xì)胞的油酸(18∶2)的合成,驗(yàn)證了CvFAD2基因的功能。杜氏鹽藻(Dunaliella salina)是一種無細(xì)胞壁的單細(xì)胞真核綠藻,藻細(xì)胞中油脂含量可高達(dá)到36%~42%[14],其脂肪酸組成包括飽和脂肪酸,以及油酸、亞油酸和亞麻酸等不飽和脂肪酸[15],是食用和工業(yè)用(生物柴油及油脂化工品)油脂的珍貴資源。特別是鹽藻能在高鹽的水體中生長(zhǎng),可低成本規(guī)模化養(yǎng)殖、且不易發(fā)生有害生物污染。養(yǎng)殖鹽藻日漸成為商業(yè)化生產(chǎn)高值油脂和鹽堿水體資源化利用的一條綠色可持續(xù)的路徑。然而,有關(guān)鹽藻油脂合成代謝及其調(diào)控分子機(jī)制還不清楚。
為此,本文選取參與控制單不飽和脂肪酸與多不飽和脂肪酸合成比例的FAD2(fatty acid desaturase 2)酶基因?yàn)榘袠?biāo),以運(yùn)城鹽湖分離的富油鹽藻株系(YC-011)為試材,利用高保真PCR技術(shù)克隆鹽藻DsFAD2基因,并應(yīng)用生物信息學(xué)方法詳盡分析DsFAD2編碼蛋白的理化性質(zhì)、跨膜區(qū)域、3D高級(jí)結(jié)構(gòu)及氨基酸保守基序和系統(tǒng)進(jìn)化等特征,進(jìn)一步應(yīng)用qRT-PCR分析DsFAD2在缺N脅迫下的表達(dá)模式,解析其生物學(xué)功能。
本實(shí)驗(yàn)室從運(yùn)城鹽湖分離純化獲得一株富油杜氏鹽藻株系(YC-011),培養(yǎng)并保存于山西農(nóng)業(yè)大學(xué)能源微藻種質(zhì)庫。使用DM培養(yǎng)基,在25 ℃,2 000 lx,12 h/12 h光照培養(yǎng)條件下培養(yǎng)杜氏鹽藻YC-011。
將杜氏鹽藻(YC-011)在DM培養(yǎng)基正常培養(yǎng)8 d后,通過8 000 r·min-1離心3 min收集藻細(xì)胞,并重新懸浮在不含N源的DM培養(yǎng)基中,缺N培養(yǎng)8 d。為了研究杜氏鹽藻DsFAD2在缺N脅迫下的轉(zhuǎn)錄水平,分別取在缺N培養(yǎng)基中培養(yǎng)1,2,4,8 d的藻細(xì)胞樣品提取總RNA。未缺N處理的藻細(xì)胞樣品在正常條件下培養(yǎng)1,2,4,8 d作為對(duì)照。
分別取不同處理下的鹽藻培養(yǎng)物,離心收集藻細(xì)胞。使用EASYspin植物RNA快速提取試劑盒提取藻細(xì)胞總RNA,用5X All-In-One RT Master Mix (with AccuRT Genomic DNA Removal Kit)反轉(zhuǎn)錄獲得cDNA。
依據(jù)已有鹽藻FAD2基因序列(Dusal.0482s00008.1)設(shè)計(jì)PCR引物:FAD2-F:AAAATGGGAGCAGGTGGACA;FAD2-R:ACAGAGGAGCATGACAACGA。以YC-011株系藻細(xì)胞的總RNA為模板,用高保真PCR擴(kuò)增DsFAD2編碼序列,測(cè)序獲得DsFAD2的cDNA序列,并推測(cè)其編碼蛋白序列。
從NCBI上獲得內(nèi)參基因GAPDH(EU447774.1),用Primer 3 Input(http://primer3.ut. ee/)在線網(wǎng)站設(shè)計(jì)Real-time PCR的引物:DsFAD2-F:5’-GTACTGGTTTTGGCAGGGTG-3’,DsFAD2-R:5’-CCACAGTGTCATTCAGCCAC-3’;GAPDH-F:5’-ACATGGTCAAGGTTG TTGCC-3’,GAPDH-R:5’-CAGGTGGTGATGGAAGAGGT-3’。使用EASY spin植物RNA快速提取試劑盒提取總RNA,通過5X All-In-One RT MasterMix (with AccuRT Genomic DNA Removal Kit)獲得cDNA。qRT-PCR 使用EvaGreen 2X qPCR Master Mix,用CFX96 Real-time PCR Detection System進(jìn)行real-time PCR反應(yīng),每個(gè)樣品重復(fù)3次。PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?5 ℃ 10 min,95 ℃ 15 s,55 ℃ 30 s,40個(gè)循環(huán)。以內(nèi)參基因GAPDH為對(duì)照,通過Excel和SPASS處理相對(duì)表達(dá)量并繪制柱狀圖。
利用ExPasy提供的ProtParam在線工具(http://web.expasy.org/protparam/)分析杜氏鹽藻DsFAD2蛋白的氨基酸組成、理論等電點(diǎn)和疏水指數(shù)等理化性質(zhì)。利用CBS Prediction Servers在線網(wǎng)站(http://www.cbs.dtu.dk/services/)的NetPhos工具分析該蛋白磷酸化位點(diǎn);利用TMHMM Server工具來預(yù)測(cè)該蛋白的跨膜區(qū)域(http://www.cbs.dtu.dk/services/ TMHMM/)。利用HNN secondary structure prediction在線工具預(yù)測(cè)杜氏鹽藻DsFAD2蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_hnn. html);利用同源建模法,采用Intensive模式,使用Phyre2(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/ phyre2/html/page.cgi?id=index)預(yù)測(cè)上述蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)。利用IBIVU Server(http://www.ibi. vu.nl/programs/pralinewww/)對(duì)杜氏鹽藻DsFAD2蛋白和其它5種不同物種的FAD2蛋白進(jìn)行氨基酸序列比對(duì)。使用MEGA7.0軟件對(duì)杜氏鹽藻DsFAD2蛋白和另外19種不同物種的FAD2蛋白進(jìn)行ClustalW的多序列比對(duì),采用鄰接法(Neighbor-Joining)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,自舉檢驗(yàn)值設(shè)為1 000個(gè)循環(huán)。
依據(jù)已知鹽藻FAD2序列設(shè)計(jì)引物,用YC-011總RNA制備的cDNA為模板,應(yīng)用高保真PCR克隆獲得YC-011鹽藻株系DsFAD2基因的編碼序列,測(cè)序結(jié)果證明,克隆到DsFAD2基因的完整ORF(1 143 bp),推測(cè)的蛋白序列與參考序列完全一致(380aa)(圖3)。
2.2.1 杜氏鹽藻DsFAD2蛋白的理化性質(zhì)和磷酸化位點(diǎn)分析
本文以擬南芥AtFAD2為對(duì)照,對(duì)杜氏鹽藻DsFAD2酶蛋白理化性質(zhì)分析(表1)表明,DsFAD2的相對(duì)分子量為43.43 kDa,其中氨基酸含量最高的是Ala(10.3%)、次之為Val(8.9%),含量較低的是Met(2.1%)和Cys(1.3%)。理論等電點(diǎn)為7.78,小于AtFAD2的pI值。DsFAD2不穩(wěn)定系數(shù)為42.17,高于AtFAD2(37.93)。DsFAD2蛋白平均親水性指數(shù)為-0.082,說明其親水性差,屬于疏水性蛋白。磷酸化預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn):DsFAD2絲氨酸激酶(Ser)的磷酸化位點(diǎn)最多,為15個(gè),在N端分布比較緊密。絡(luò)氨酸激酶(Tyr)的磷酸化位點(diǎn)為4個(gè),磷酸化最高得分小于其他兩種激酶(Ser和Thr)。16位的絲氨酸預(yù)測(cè)分值最高,為0.998,在此處磷酸化可能性最大。另外,絡(luò)氨酸激酶(Tyr)的磷酸化位點(diǎn)遠(yuǎn)少于AtFAD2(12個(gè)),且磷酸化最高得分也較小,預(yù)測(cè)在絡(luò)氨酸處磷酸化的能力較低。DsFAD2的總磷酸化位點(diǎn)數(shù)(27個(gè))明顯少于AtFAD2(40個(gè))??赡茉谠孱愔写呋退嶙?yōu)閬営退岬倪^程僅需較少的磷酸化就可以完成。
2.2.2 杜氏鹽藻DsFAD2跨膜結(jié)構(gòu)
跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)DsFAD2酶蛋白在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上由內(nèi)到外有5個(gè)跨膜螺旋區(qū),其對(duì)應(yīng)的跨膜位置為 i52-72o82-104i116-138o177-199i231-253o(如圖1:“o”代表膜外,“i”代表膜內(nèi))。與AtFAD2的跨膜區(qū)(o54-76i83-105o115-137i174-196o223-245i252-274o,6個(gè))相比,跨膜區(qū)數(shù)少一個(gè)。DsFAD2酶蛋白N端位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜內(nèi)側(cè),C端處于細(xì)胞質(zhì)中,而AtFAD2酶蛋白N端、C端均暴露于細(xì)胞質(zhì)中。DsFAD2前5個(gè)跨膜區(qū)位置與AtFAD2非常相近。預(yù)測(cè)其在藻類中發(fā)生催化作用的路徑相似,但是跨膜方向相反,緊連第5個(gè)跨膜區(qū)的一段序列嵌入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜中,可能與形成底物結(jié)合位點(diǎn)不同有關(guān)。
表1 DsFAD2和AtFAD2的理化性質(zhì)和磷酸化位點(diǎn)分析
Table1 Analysis on physical chemical properties and phosphorylation sites of DsFAD2 and AtFAD2
蛋白名稱Proteinname鹽藻FAD2DsFAD2擬南芥FAD2AtFAD2蛋白長(zhǎng)度/aa380383相對(duì)分子量/kD43.4344.05理論等電點(diǎn)/pI7.788.39不穩(wěn)定系數(shù)42.1737.93脂肪系數(shù)85.4783.52總平均親水性指數(shù)-0.082-0.094Ser磷酸化位點(diǎn)數(shù)1518Thr磷酸化位點(diǎn)數(shù)810Tyr磷酸化位點(diǎn)數(shù)412磷酸化位點(diǎn)總數(shù)2740
對(duì)DsFAD2蛋白進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果(圖2)表明,該蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)中主要為α螺旋和無規(guī)則卷曲,比例分別為46.84%和42.89%。β片層所占比例最少,為10.26%。與AtFAD2的結(jié)構(gòu)(α螺旋:43.60%,無規(guī)則卷曲:46.48%)相比,各成分所占比例相差不大。α螺旋所在位置(51~72,81~105, 182~199,226~244,255~273)與上述跨膜區(qū)預(yù)測(cè)結(jié)果基本一致。用同源建模的方法預(yù)測(cè)杜氏鹽藻DsFAD2酶蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)顯示,DsFAD2預(yù)測(cè)的氨基酸范圍為71%(估測(cè)率大于90%),與AtFAD2結(jié)構(gòu)相似。
圖1 DsFAD2和AtFAD2的蛋白跨膜螺旋區(qū)預(yù)測(cè)Fig.1 Prediction of protein transmembrane helix region of DsFAD2 and AtFAD2
圖2 DsFAD2和AtFAD2的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Fig.2 The third structure Prediction of DsFAD2 and AtFAD2
氨基酸序列比對(duì)結(jié)果表明,杜氏鹽藻DsFAD2酶蛋白也具有其他物種FAD2酶蛋白所具有的3個(gè)保守的組氨酸富集區(qū),分別為HisboxⅠ:WVIAHECGH,HisboxⅡ:SHRRHH和HisboxⅢ:DTHVAHHLFS(圖3),分別位于93~111、142~147和315~321位氨基酸,能形成與鐵離子結(jié)合的酶活性催化中心,且在279(Ser)位和315(Thr)位處有2個(gè)磷酸化位點(diǎn),可能調(diào)控該蛋白的催化活性。另外,杜氏鹽藻DsFAD2沒有檢測(cè)到KKXX-like motif內(nèi)質(zhì)網(wǎng)滯留信號(hào),但是在序列C端發(fā)現(xiàn)一段富含芳香族氨基酸的保守序列“VYWY”(378~381位氨基酸)。已有研究指出,C端富含芳香族氨基酸保守序列能將FAD2酶蛋白滯留在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中[16]。因此,DsFAD2的C端保守序列“VYWY”具有類似內(nèi)質(zhì)網(wǎng)滯留信號(hào)的作用。綜合分析說明DsFAD2酶蛋白為膜結(jié)合蛋白,定位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上。
圖3 各物種FAD2蛋白的氨基酸序列比對(duì)Fig.3 The aligment of FAD2 proteins of different species
利用MEGA 7.0軟件對(duì)YC-011杜氏鹽藻株系DsFAD2蛋白和已報(bào)道的17個(gè)物種的FAD2蛋白構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖4)。結(jié)果表明,進(jìn)化樹中所采用的18個(gè)物種的FAD2蛋白可分為陸生植物和藻類兩大支。杜氏鹽藻與亞麻薺等陸生植物的FAD2蛋白親緣關(guān)系比較遠(yuǎn),與萊茵衣藻和團(tuán)藻的親緣關(guān)系較近。
圖4 各物種FAD2蛋白的系統(tǒng)發(fā)育分析Fig.4 Phylogenetic analysis of FAD2 proteins of different species 注:各物種FAD2蛋白的序列登錄號(hào):擬南芥AtFAD2(NP_187819.1),萊茵衣藻CrFAD2(XP_001691669.1),團(tuán)藻VcFAD2(XP_002955859.1),亞麻薺CsaFAD2(ADU18247.1),大豆GmFAD2(BAD89862.1),小球藻CvFAD2(ACF98528.1),芍藥PlFAD2(AKE44629.1),亞麻L(zhǎng)uFAD2(ACF49507.1),克萊門柚CcFAD2(XP_006445919),橙子CsiFAD2(XP_006492662),甜瓜CmFAD2(XP_008443062.1),芝麻SiFAD2(AAF80560),葡萄VvFAD2(XP_002285640),陸地棉GhFAD2(AAL37484.1),甘藍(lán)型芥菜BniFAD2(ADJ58018.1),缺刻葉球藻LiFAD2(AEU04701.1),甘藍(lán)型油菜BnaFAD2(ACP39505.1)Note:Accession number of various FAD2 protein sequences:Arabidopsis thaliana AtFAD2(NP_187819.1),Chlamydomonas reinhardtii CrFAD2(XP_001691669.1),Volvox carteri f. Nagariensis VcFAD2(XP_002955859.1),Camelina sativa CsaFAD2(ADU18247.1),Glycine max GmFAD2(BAD89862.1),Chlorella vulgaris CvFAD2(ACF98528.1),Paeonia lactiflora PlFAD2(AKE44629.1),Linum usitatissimum LuFAD2(ACF49507.1),Citrus clementina CcFAD2(XP_006445919),Citrus sinensis CsiFAD2(XP_006492662),Cucumis melo CmFAD2(XP_008443062.1),Sesamum indicum SiFAD2(AAF80560),Vitis vinifera VvFAD2(XP_002285640),Gossypium hirsutum GhFAD2(AAL37484.1),Brassica nigra BniFAD2(ADJ58018.1),Lobosphaera incisa LiFAD2(AEU04701.1),Brassica napus BnaFAD2(ACP39505.1)
以正常培養(yǎng)的杜氏鹽藻(YC-011)樣品作為對(duì)照,通過qRT-PCR分析DsFAD2的mRNA相對(duì)表達(dá)豐度(圖5)。結(jié)果表明,在正常和缺N培養(yǎng)條件下,隨著培養(yǎng)時(shí)間延長(zhǎng),DsFAD2的表達(dá)量均有明顯變化。在正常培養(yǎng)條件下第2天時(shí),DsFAD2表達(dá)量上升,在第4天時(shí)開始下降,到第8天時(shí)其表達(dá)量為第1天時(shí)的67%。在缺N培養(yǎng)條件下,第1天時(shí)與對(duì)照相比,DsFAD2表達(dá)減低16%,從第2天開始,DsFAD2表達(dá)逐漸增高,到第8天時(shí)其表達(dá)量為第1天時(shí)的2.2倍,是對(duì)照的2.8倍。由此可知,缺N脅迫顯著誘導(dǎo)DsFAD2基因的上調(diào)表達(dá)。
ω-6脂肪酸去飽和酶2(FAD2)催化油酸形成亞油酸,是多不飽和脂肪酸合成的限速酶和決定細(xì)胞脂肪酸組成的一個(gè)關(guān)鍵因素。因此,通過調(diào)控FAD2基因的表達(dá)來調(diào)控細(xì)胞中飽和脂肪酸和不飽和脂肪酸的比例,能改善油脂品質(zhì),滿足人類對(duì)油脂的各種需求。鑒定杜氏鹽藻DsFAD2基因和表達(dá)模式,對(duì)探究鹽藻油脂合成積累及其調(diào)控的分子機(jī)制具有重要意義,也能為后續(xù)進(jìn)行敲除或RNAi干擾該基因表達(dá),以期改變其脂肪酸組成,進(jìn)而獲得高油酸杜氏鹽藻新種質(zhì)提供科學(xué)依據(jù)。
本文以本實(shí)驗(yàn)室分離獲得富油杜氏鹽藻YC-011株系為試材,克隆到DsFAD2完整的ORF序列。生物信息學(xué)分析表明,杜氏鹽藻DsFAD2為膜結(jié)合蛋白,其二級(jí)結(jié)構(gòu)主要由α螺旋和無規(guī)則卷曲構(gòu)成,這與跨膜區(qū)預(yù)測(cè)結(jié)果基本一致,也體現(xiàn)在三級(jí)結(jié)構(gòu)中。FAD2酶蛋白不同位置的跨膜螺旋區(qū)是實(shí)現(xiàn)催化作用的結(jié)構(gòu)保障[17],DsFAD2酶蛋白的后四個(gè)跨膜螺旋區(qū)位于脂肪酸去飽和酶結(jié)構(gòu)域所在位置,為形成特定的底物結(jié)合位點(diǎn)提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。不同物種FAD2酶蛋白跨膜區(qū)數(shù)目的不同對(duì)酶活性的影響還未有相關(guān)研究報(bào)道,可能由遺傳背景決定。DsFAD2酶蛋白和其他物種FAD2一樣都含有3個(gè)組氨酸富集區(qū),能夠形成DsFAD2酶蛋白活性中心,以及相應(yīng)鐵離子的結(jié)合位點(diǎn)。另外,杜氏鹽藻DsFAD2有一段富含芳香族氨基酸的保守序列“VYWY”,將該蛋白定位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜上,從而推測(cè)有利于催化作用的高效進(jìn)行。
qRT-PCR分析表明,DsFAD2的表達(dá)量在缺N脅迫下顯著上調(diào)表達(dá),預(yù)示著DsFAD2參與藻細(xì)胞N脅迫響應(yīng)。前期研究發(fā)現(xiàn),缺N脅迫培養(yǎng)明顯促進(jìn)藻細(xì)胞油脂積累,在脅迫8 d時(shí),藻細(xì)胞油脂含量為對(duì)未脅迫對(duì)照的2倍多,且亞油酸(C18∶2)含量上升為對(duì)照的3倍多,而飽和脂肪酸即棕櫚酸(C16∶0)和油酸(C18∶0)含量下降。顯然,DsFAD2的上升表達(dá)導(dǎo)致藻細(xì)胞脂肪酸不飽和度提高,增加了細(xì)胞生物膜的流動(dòng)性,從而增強(qiáng)藻細(xì)胞的抗逆性。目前,對(duì)杜氏鹽藻DsFAD2的研究尚淺,未來需深入解析鹽藻響應(yīng)N脅迫的信號(hào)分子以及激活DsFAD2表達(dá)的分子網(wǎng)絡(luò)。
本研究成功克隆杜氏鹽藻(YC-011)DsFAD2基因,生物信息學(xué)分析表明:DsFAD2蛋白定位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中,有5個(gè)跨膜區(qū)、3個(gè)組氨酸保守區(qū)和芳香族氨基酸序列,與萊茵衣藻、團(tuán)藻親緣關(guān)系最近。另外,DsFAD2參與杜氏鹽藻N脅迫響應(yīng),促進(jìn)油脂的合成和積累。本研究不僅為進(jìn)一步解析N脅迫條件下藻細(xì)胞油脂富集及響應(yīng)分子機(jī)制提供了科學(xué)參考,還為改良YC-011鹽藻油脂品質(zhì)、培育有不同用途的富油YC-011株系,以及建立高效規(guī)?;囵B(yǎng)杜氏鹽藻技術(shù)體系,生產(chǎn)優(yōu)質(zhì)高值油脂提供了科學(xué)依據(jù)。
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