據(jù)中國知網(wǎng)中國科學文獻計量評價研究中心2017年9月發(fā)布的《中國學術期刊影響因子年報(自然科學與工程技術?2017版)》，《生態(tài)環(huán)境學報》2016年的影響因子為2.391，他引影響因子2.194；5年影響因子2.956，他引5年影響因子2.817。影響因子在72種中國環(huán)境科學技術類期刊中排第4位。該年總被引頻次為14222。影響力指數(shù)（CI）之學科排序為4/72（即在72種環(huán)境類期刊中排第4位）?；鹫撐谋葹?.99（即99%）。2016年在中國知網(wǎng)的Web全篇下載量為30.15×104次。

另據(jù)中國科學技術信息研究所2017年10月發(fā)布的《2016版中國期刊引證報告（核心版）》，《生態(tài)環(huán)境學報》2016年的核心影響因子為1.343（即在2008種中國科技核心期刊中統(tǒng)計的數(shù)據(jù)）、核心總被引頻次為5246次，核心他引率0.94。影響因子、被引頻次在生態(tài)學類（2013年新分出的一類）7種核心期刊中分別排第3和第4位，在2008種中國科技核心期刊中分別排第133位和第57位。核心綜合評價總分在生態(tài)學類中排第3位。