魏 群,呂 丹,陳海凌
(1 福建省計量科學研究院,福建 福州 350003)
(2 人民解放軍91370部隊,福建 福州 350015)
聚合酶鏈式反應分析儀(Polymerase Chain Reaction Analyzer,簡稱“PCR儀”)可提供制定的溫度場,在該環(huán)境下DNA聚合酶發(fā)生復制進行擴增[1]。PCR技術具有極高的檢測靈敏度和特異性,可廣泛用于臨床醫(yī)學等的診斷和療效觀察,在器官移植的基因配型上作用是難以替代的。目前市場上的PCR儀有梯度PCR儀、實時熒光定量PCR儀、原位PCR儀和定性PCR儀等。常規(guī)的多通道溫度檢測方法,比如帶熱電偶或帶熱電阻傳感器的溫度巡檢儀,在(0~100)℃測溫范圍內的最大示值誤差能達到±0.3℃。但此類測溫儀器由于傳感器的結構與擴增儀孔板不能完全緊密接觸,導致測溫結果的準確度不能滿足校準要求[2]。
目前,國內對聚合酶鏈式反應分析儀的溫度計量還處于起步階段,國內市場上的專業(yè)聚合酶鏈式反應分析儀溫度校準裝置還是空白,各計量檢測單位多采用溫度巡檢儀或國外的檢測系統(tǒng),如荷蘭Driftcon公司的無線PCR儀溫度校驗系統(tǒng)和美國OPULUS公司的溫度巡回檢測裝置等。這些檢測裝置也存在一些問題。
(1)現(xiàn)有裝置所配置的傳感器只可適用于固定形狀的PCR儀,或通道數固定,無法滿足各類PCR儀的多樣校準需求。
(2)某些裝置是采用傳統(tǒng)的溫度巡回檢測方法來實現(xiàn)溫度測量,多通道測量時每通道的數據采樣時間長,無法反應PCR儀的實時溫度,也就無法實現(xiàn)溫度超調和升降溫速率的功能。
(3)價格昂貴,國外設備多在(30-40)萬/套。
2015年,原國家質檢總局正式發(fā)布了JJF 1527-2015《聚合酶鏈反應分析儀校準規(guī)范》[3],該規(guī)范推薦了使用的測溫點布置方式(15點校準與位置分布,如圖1所示)、校準設備和標準物質、軟件溫控程序數據讀取的基本順序、誤差計算與校準結果表達方式等。
圖1 15點校準位置布點
因此,根據JJF 1527-2015《聚合酶鏈反應分析儀校準規(guī)范》和PCR儀校準裝置的存在問題,文中認為可以從以下三方面進行方案改進。
(1)設計一套專用自動化裝置,配置觸摸屏,支持至少15通道的高精度溫度傳感器的實時顯示和記錄、分析、處理;
(2)信號高速傳輸,每路數據采樣頻率大于2次/秒;
(3)設計一套自動校準軟件系統(tǒng),包括數據采集、數據處理和數據報表等功能,數據采集將終端數據采集至上位機,數據處理包括溫度示值誤差、溫度均勻性、升降溫速率等,數據報表包括聚合酶鏈反應分析儀校準原始記錄的所有內容。
PCR儀自動校準裝置需采集多路溫度傳感器信號,顯示并處理相關數據,總體框架如圖2所示。多路溫度傳感器采用熱敏電阻,采集PCR儀不同位置反應孔的溫度信號,由片通電路實現(xiàn)各傳感器的選通,每個傳感器采樣速率不小于2次/秒;溫度信號經過信號轉換模塊由電阻信號轉換為電壓信號,并經過A/D轉換進入MCU處理;MCU在觸摸屏顯示實時數據以及處理結果等,并可通過外擴輸出數據;由按鍵控制裝置的開啟與關閉;由電源模塊為傳感器、MCU、觸摸屏、外擴等供電,其未在圖中畫出;測試完成后,可由外擴設備將數據發(fā)至上位機軟件進行數據處理等。
圖2 硬件框架圖
微處理器采用意法STM32F4系列,具有如下優(yōu)點:集成ARM Cortex-M4內核,主頻180MHz,高達2MB的片上雙庫Flash存儲器,具有突出的高性能、高速數據傳輸能力和豐富的外部器件擴展和通信總線,以及杰出的能耗效率,適用于電池供電情況。
溫度傳感器采用熱敏電阻,具有體積小、靈敏度高、反應速度快、分辨率高等優(yōu)點,其缺點在于非線性,而文中采用的核心控制芯片提供大容量的數據存儲空間,可完整記錄該溫度-阻值對應表,因此選擇熱敏電阻作為測溫元件。
利用移位寄存器74HC595級聯(lián)電路來實現(xiàn)傳感器選通設計,如圖3所示。74HC595是一個8位串行輸入、可串行或并行輸出的移位寄存器存儲寄存器和三態(tài)輸出。該設備具有串行輸入(DS)和串行輸出(Q7)來級聯(lián)和異步復位輸入的功能。在移位寄存器時鐘(SHCP)上升沿時,DS上的數據會被移入移位寄存器,在存儲寄存器時鐘(STCP)上升沿時,移位寄存器里的數據傳輸到存儲寄存器,當輸出使能OE為低時,存儲寄存器里的數據就會并行輸出。
圖3 片選電路
文中數據外擴采用WiFi和USB兩種模式。
WiFi利用ESP-12F WiFi模塊實現(xiàn),該模塊支持標準的IEEE802.11 b/g/n協(xié)議,完整的 TCP/IP協(xié)議棧。用戶可以使用該模塊為現(xiàn)有的設備添加聯(lián)網功能,也可以構建獨立的網絡控制器。內置Tensilica L106超低功耗32位微型MCU,主頻支持80MHz和160MHz,支持RTOS。深度睡眠保持電流為10uA,關斷電流小于5uA,2ms之內喚醒、連接并傳遞數據包。待機狀態(tài)消耗功率小于1.0mW。電路連接圖如圖4所示。
圖4 WiFi電路連接圖
另設USB輸出,電路如圖5所示。
圖5 15 USB輸出電路
校準數據可通過外擴設備發(fā)至上位機軟件進行數據處理等,軟件界面如圖6所示,用彩色線條描繪多通道溫度實時數據,直觀反映被校PCR儀的實時波動情況。
圖6 軟件界面
文中采用PCR儀自動檢定裝置校準某品牌PCR儀,根據JJF 1527-2015《聚合酶鏈反應分析儀校準規(guī)范》設置采樣點和升降溫程序等,測量結果如表1所示,測試結果符合預期。
表1 測試結果
目前PCR儀檢定過程中存在一些問題:數據采樣時間長,傳感器無法準確反應PCR儀實際工作情況;價格昂貴且模式固定,無論從價格還是實用性兩方面都不適用于國內現(xiàn)有的PCR儀校準。因此,文中針對這些存在的問題提出PCR儀校準裝置的設計方案,并介紹了硬件實施方案,通過試驗驗證可以發(fā)現(xiàn)該裝置的設計符合預期。