摘?要:在生物實驗中,質粒DNA常常作為基因載體運載工具使用,應用非常廣泛,質粒DNA的提取通常在實驗室內進行,保證其提取的效率和質量對生物實驗研究具有重要意義,基于此本文對質粒DNA的提出方法進行了探討。
關鍵詞:質粒DNA;提取方法;研究
質粒是染色體外能夠進行自主復制的遺傳單位,當前通常用其來特指細菌、真菌、酵母菌和放線菌等生物中染色體以外的DNA分子。在基因工程領域,質粒常常被當做基因的載體使用。在分子生物學中,質粒DNA被當做基因運載工具具有非常廣泛的應用。在質粒DNA的應用過程中,其純度對于酶切、PCR擴增等實驗結果有著比較大的影響,因此需要保證質粒DNA提取的純度和效率。
在細菌中提取質粒DNA通常按照以下步驟進行:第一步,培養(yǎng)細菌,使質粒擴增;第一步,進行細菌的收集和裂解;第三步,質粒DNA的分離和純化。在質粒DNA的提取過程中,其提取效果和其大小呈現出正比例關系,越小越容易進行提取,這主要是由于,如果質粒DNA比較大的話,其特性機會和染色體DNA比較接近,這樣想要將二者分離開來難度就會變大。在進行質粒DNA的分離時,適宜的條件是非常重要的,主要包括pH值、SDS濃度、時間和溶菌溫度等,在適宜的條件下質粒DNA和染色體DNA才能夠更好的分離開來。細菌濃度對于質粒DNA的提取也是非常重要的,如果細菌的濃度比較高,那么在溶菌時,溶菌液很難和細菌液充分混合,導致溶菌不徹底的問題,這樣會造成質粒的回收率比較低;而如果細菌溶度比較低,溶菌液和菌液均分混合,會造成溶液中含有較多的蛋白質、染色體以及菌體碎片,在這樣的情況下,沉淀時質?;睾线@些物質共沉,進而導致質粒的回收率也會比較低。在生物學的相關研究之中,細菌質粒DNA的提取是比較常規(guī)的技術和操作,主要的方法有堿裂解法、煮沸法以及SDS裂解法等,下面對這些方法的最新研究進行介紹。
1 堿裂解法
堿裂解法是當前應用比較廣泛的質粒DNA提取方法,這種方法的優(yōu)點在于提取的質粒DNA純度高,操作便捷,缺點是需要較長的提純時間。研究人員在縮短這一方法的提純時間方面做了大量的研究,但是沒有得到理想的效果,當前這一方法提取DNA的時間都在1.5h以上。堿裂解法提取質粒DNA的基本原理:首選,在菌液中加入溶液Ⅰ,使細菌細胞懸浮,同時其中的EDTA會和Ca2+以及Mg2+螯合,起到抑制DNase活性的作用;然后,加入溶液Ⅱ,將細胞裂解,在這個過程中蛋白質和少量質粒將會變質;再次,加入溶液Ⅲ,使多數蛋白質以及染色體DNA被沉淀,并使得質粒DNA復性。其中,該方法中起到裂解細菌作用的主要是溶液Ⅱ中的NaOH,正因如此該方法被稱為堿裂解法,如果將其換為SDS,也能夠提取出少量的質粒DNA,這是由于SDS也是堿性的,可以一定程度上破壞細菌的細胞膜。在這一方法中需要注意,NaOH溶液要現用現配,這個主要是由于其能夠和空氣中的CO2反應,從而使溶液的堿性降低,這樣會影響提純的效率,另外在加入溶液Ⅱ之后,操作時間不能夠過長,這是因為染色體DNA在堿性條件下片段會慢慢斷裂。另外需要注意的是,在操作過程中,混勻是一定要輕柔,從而在保證細菌沉淀可以充分的擴散在試劑中的前提下,避免已變性質粒DNA和染色體基因組DNA被機械剪切。此外,在溶液Ⅲ加入之后,其中的SDS會和蛋白質結合,會產生大量的沉淀,SDS還會和醋酸鉀結合,生成PDS,這一物質的溶解度遠低于SDS,從而可以將大部分蛋白質和染色體DNA共沉淀。
2 煮沸法
煮沸法的優(yōu)點在于,能夠在高菌體濃度的條件下進行質粒DNA的提取,應用這種方法可以是菌體裂解液濃度達到OD600等于100,能夠達到堿裂解法的2.5倍。在進行質粒的提取時,提高提取效率十分重要,因此需要更提高處理樣品的能力。在提取時,同一時間內,最好處理盡可能多的菌體,而菌體濃度比較高的情況下,可能會導致裂解不充分的問題,并增加后續(xù)操作的難度,影響到質粒DNA的提取效率和質量。通過煮沸法則可以有效的解決這一問題,這是特點也是煮沸法的主要優(yōu)勢所在。在傳統(tǒng)的煮沸法中,裂解通常在100℃的熱水浴中進行,如果溫度過高的話,不僅難以控制好溫度,同時會浪費比較多的能源。研究人員對煮沸法進行了優(yōu)化,在連續(xù)熱裂解方法中,增加了37℃溫浴這一步驟,在熱裂解之前先37℃溫浴20min,在這樣的條件下,裂解緩沖液中的溶菌酶以及Triton-X100可以充分的和菌體進行通,在這樣的條件下,可以降低熱裂解的溫度,只需要70℃就可以滿足要求,溫度更加容易控制,而且能夠節(jié)約能源。
3 SDS裂解法
SDS裂解法中,需要應用到3種裂解溶液,每種溶液的作用各不相同。其中,溶液Ⅰ的作用是對反應的pH值進行控制,通過控制pH值來使細胞壁溶解,從而增加細胞比重,從而使細胞懸浮起來;溶液Ⅱ的主要作用是使長鏈基因組DNA變性,并使其和蛋白質、細胞碎片等相互纏繞,最終形成大型的復合物,SDS會將這一復合物包覆起來,在這一過程中部分超螺旋的閉環(huán)環(huán)狀質粒DNA也會出現可逆變性;在加入溶液Ⅲ之后,該溶液能夠使整個系統(tǒng)恢復中性條件,從而使出現可逆變性的質粒DNA復性,同時接入溶液Ⅲ后,SDS還會和其中的醋酸鉀出現反應,生成溶解度較低的PDS,從而使SDS包覆的大型復合物沉淀,離心之后就可以分離出質粒DNA。
4 結論
堿裂解法、煮沸法和SDS裂解法是比較常規(guī)的質粒DNA提取方法,其中,堿裂解法的特點是操作簡便,提出的質粒DNA純度較高,具有較高的提取效率,因此應用的比較廣泛,應用此方法提取出的質粒DNA被廣泛應用轉化細菌、酶切分析以及DNA重組實驗中;煮沸法則由于過程比較劇烈,容易導致質粒DNA結構的破壞,其優(yōu)點是可以處理高濃度的菌液;SDS裂解法具有良好的提出純度。
參考文獻:
[1]劉輝.細菌質粒DNA基因的研究進展[J].北京醫(yī)學,2007,29(2):101-103.
[2]李衛(wèi)玲,易初麗.質粒DNA純化及內毒素去除策略研究進展[J].江漢大學學報(自然科學版),2018,46(1):62-66.
[3]李恒.大腸桿菌質粒DNA提取方法的研究[J].資源節(jié)約與環(huán)保,2018,199(6):86.
作者簡介:王佩菡(1997-),女,回族,山東濟寧人,本科三年級,研究方向:健康科學。