首個(gè)園藝類作物全基因變異數(shù)據(jù)庫發(fā)布
2020-05-13 14:33:40
發(fā)明與創(chuàng)新·大科技 2020年3期
近日，《園藝研究》在線發(fā)表了中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院柑橘研究所構(gòu)建完成的柑橘全基因組變異數(shù)據(jù)庫CitGVD，這是第一個(gè)園藝類作物全基因變異數(shù)據(jù)庫。
該數(shù)據(jù)庫中，變異數(shù)據(jù)包括單核苷酸多態(tài)性和插入缺失。CitGVD V1.0包含了來自內(nèi)部測序項(xiàng)目和公共資源的346個(gè)種質(zhì)的1 493 258 964個(gè)高質(zhì)量基因組變異位點(diǎn)和84個(gè)表型數(shù)據(jù)。
CitGVD集成了基因組變異位點(diǎn)注釋、相關(guān)基因注釋以及有關(guān)種質(zhì)的詳細(xì)信息，并集成了多種內(nèi)置工具來進(jìn)行數(shù)據(jù)訪問和深入分析。這些功能使CitGVD成為柑橘相關(guān)研究的綜合Web門戶和生物信息學(xué)平臺(tái)，也為構(gòu)建其他農(nóng)作物的全基因組變異數(shù)據(jù)平臺(tái)提供了范例。
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