于 璐,白 華,龐 茜,朱 巖,張 康,邢繼紅,董金皋
(1.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 河北省植物生理與分子病理學(xué)重點實驗室/真菌毒素與植物分子病理學(xué)實驗室,河北 保定 071000; 2.河北省農(nóng)藥發(fā)展與應(yīng)用協(xié)會,河北 石家莊 050031)
表觀遺傳學(xué)是近年來植物發(fā)育中的研究熱點,其中組蛋白修飾調(diào)控是表觀遺傳學(xué)研究的重要領(lǐng)域之一,主要包括磷酸化(Phosphorylation)、甲基化(Methylation)、泛素化(Ubiquitylation)和乙酰化(Acetylation)等。組蛋白乙酰化是由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶和去乙酰轉(zhuǎn)移酶共同完成的,其中組蛋白去乙?;瞧滟嚢彼釟埢囊阴;蝗ヒ阴;福℉DACs)清除,使組蛋白恢復(fù)正電荷與帶負電的DNA 緊密結(jié)合,松弛的核小體變得緊密,從而抑制了調(diào)控元件和DNA 的結(jié)合,進而抑制基因的轉(zhuǎn)錄。HDA19 是擬南芥組蛋白去乙酰化酶RPD3/HDA1 超家族中的一員。研究已明確,HDA19 參與調(diào)控植物生長發(fā)育、響應(yīng)生物和非生物脅迫反應(yīng)等過程[1]。擬南芥AtHDA19 的反義表達會增加組蛋白H4 的乙酰化水平,使轉(zhuǎn)基因植株表現(xiàn)出早期衰老、鋸齒花環(huán)、空中花環(huán)結(jié)構(gòu)、開花延期等發(fā)育變態(tài)型[2-4]。AtHDA19 可通過抑制WRKY38 和WRKY62 的活性來調(diào)控PR1 的表達,參與SA 介導(dǎo)的植物防御反應(yīng),在植物抵抗細菌病原體侵染過程中發(fā)揮重要作用[5]。
TPL/TPRs 蛋 白(TOPLESS/TOPLESS-related proteins)是植物Grocho/Tup1 輔助抑制子家族成員,與酵母中Tup1 轉(zhuǎn)錄輔抑制因子同源,在多種生物途徑中作為通用輔助抑制因子[10]。TPL/TPRs 蛋白可以穩(wěn)定的與特異性的轉(zhuǎn)錄抑制因子相互作用,抑制目標基因的表達,參與植物生理過程的調(diào)控[6]。TPL/TPRs 基因家族成員通過與乙烯反應(yīng)因子相關(guān)的反應(yīng)抑制基序(EAR 基序)相互作用,廣泛參與植物細胞周期調(diào)控、應(yīng)激反應(yīng)以及信號通路調(diào)節(jié)等生命進程[7]。擬南芥TPL/TPRs 有5 個家族成員,分別與TPL、TPR1、TPR2、TPR3 和TPR4,TPL/TPRs 家族成員之間存在一定的功能冗余和互補現(xiàn)象[8]。有研究報道,TPL/TPRs 和HDACs 一般以復(fù)合體的形式參與植物信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑,共同參與調(diào)控植物的生長發(fā)育[9-10]。研究發(fā)現(xiàn),AtHDA19 與TPL-1 相互作用,參與調(diào)控擬南芥莖端的正常生長[11]。APETALA(AP2)通過招募TPL 和AtHDA19 來調(diào)控花發(fā)育中花器官相關(guān)基因的表達,影響花形態(tài)的建成[12]。
本實驗室前期研究發(fā)現(xiàn),ZmHDA101 與AtHDA19一致性最高且保守性較好。ZmHDA101 屬于RPD3/HDA1 型的,通過組蛋白修飾的序列特異性調(diào)控參與基因轉(zhuǎn)錄和植物生長。ZmHDA101 調(diào)控了玉米籽粒大小,是在整個發(fā)芽過程中都進行表達,對維持傳遞細胞特異基因在種子發(fā)育早期表達模式等植物生理發(fā)育方面十分重要[13-14]。目前,玉米ZmHDA101 與TPL/TPRs 之間的互作關(guān)系尚未見相關(guān)報道。本研究利用酵母雙雜交(Yeast two-hybrid, Y2H)技術(shù),對ZmHDA101 與TPL/TPRs 之間的互作關(guān)系進行深入研究,為闡明ZmHDA101 在玉米生長發(fā)育和抵抗生物/非生物脅迫中的功能及其調(diào)控機制奠定基礎(chǔ)。
酵母雙雜交載體PGADT7(AD)、PGBKT7(BD),酵母轉(zhuǎn)化菌株AH109、玉米自交系B73和擬南芥野生型Col-0 等,均由河北農(nóng)業(yè)大學(xué)真菌毒素與植物分子病理學(xué)實驗室提供和保存。
利用OMEGA 植物RNA 提取試劑盒,提取玉米自交系B73 的總RNA,使用TaKaRa 反轉(zhuǎn)錄合成試劑盒,進行玉米cDNA 的合成。利用ZmHDA101基因的特異性上、下游引物(表1),以自交系B73 的cDNA 為模板,擴增ZmHDA101 基因全長。將ZmHDA101 與入門載體pBM27 連接,構(gòu)建該基因的入門載體pBM27-ZmHDA101,將測序正確的pCR8-ZmHDA101 與終載體AD、BD 進行LR 重組反應(yīng),構(gòu)建ZmHDA101 基因的酵母雙雜交載體ADZmHDA101、BD-ZmHDA101。
利用OMEGA 植物RNA 提取試劑盒,提取擬南芥野生型Col-0 的總RNA,使用TaKaRa 反轉(zhuǎn)錄合成試劑盒,進行擬南芥的cDNA 的合成。利用TPL/TPRs 的特異性上、下游引物(表1),擴增TPL/TPRs 的基因序列,并將其分別與入門載體pBM27 進行連接,轉(zhuǎn)化克隆測序后,獲得TPL/TPRs 的入門載體pBM27-TPL/TPRs;利用LR 重組試劑盒,將pBM27-TPL/TPRs 分別與AD、BD 進行重組反應(yīng),經(jīng)菌落PCR 和測序鑒定后,獲得TPL/TPRs 的酵母雙雜交載體AD-AtTPL、AD-AtTPR1、AD-AtTPR2、AD-AtTPR3、AD-AtTPR4 和BDAtTPL、BD-AtTPR1、BD-AtTPR2、BD-AtTPR3、BD-AtTPR4。
表1 試驗中所用引物Table 1 Primers used in this study
取 預(yù) 冷 的BD-ZmHDA101、BD-AtTPL、BDAtTPR1、BD-AtTPR2、BD-AtTPR3、BD-AtTPR4和空BD 載體5 μL 分別轉(zhuǎn)化酵母感受態(tài)AH109,于SD/-Trp 固體培養(yǎng)基涂布,30 ℃下培養(yǎng)96 h 后,分別挑取單克隆接種于5 mL 的-Trp 液體培養(yǎng)基, 30 ℃ 200 r/min 震蕩培養(yǎng)24 h,測OD600約等于0.7,稀釋到OD600為0.2,分別定量點于-Trp、-Trp/-His和-Trp/-His/+x-α-gal 培養(yǎng)基上,30 ℃下培養(yǎng)48 h。根據(jù)菌落生長情況,確定ZmHDA101、TPL/TPRs的自激活活性。
按 質(zhì) 粒 濃 度 比1∶1 將AD-ZmHDA101 分 別與BD-AtTPL、BD-AtTPR1、BD-AtTPR2、BDAtTPR3 和BD-AtTPR4 質(zhì) 粒 混 合, 同 時 將BDZMHDA101 分 別 與AD-AtTPL、AD-AtTPR1、AD-AtTPR2、AD-AtTPR3 和AD-AtTPR4 的 質(zhì) ?;旌?。同時設(shè)置對照組合AD-ZmHDA101+BD、AD+BD-AtTPL、AD+BD-AtTPR1、AD+BDAtTPR2、AD+BD-AtTPR3、AD+BD-AtTPR4、BD-ZmHDA101+AD、BD+AD-AtTPL、BD+ADAtTPR1、BD+AD-AtTPR2、BD+AD-AtTPR3、BD+AD-AtTPR4 和AD+BD,將各個組合的質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)化酵母感受態(tài)細胞,于-Leu/-Trp 二缺固體培養(yǎng)基上,30 ℃培養(yǎng)96 h 至長出酵母單克隆菌落,挑取單克隆置于-Leu/-Trp 二缺液體培養(yǎng)基內(nèi),30 ℃ 200 r/min 震蕩培養(yǎng)至OD600為0.2 時,然后將菌液梯度稀釋10 倍和100 倍,分別吸取5 μL 點于-Leu/-Trp二缺、-Leu/-Trp/-His 三缺和-Leu/-Trp/-His+3-AT 固體培養(yǎng)基上,30 ℃培養(yǎng)48 h,觀察酵母生長情況。
使用ZmHDA101 基因的特異性引物擴增獲得ZmHDA101(1 554 bp)的基因片段(圖1A),回收目的片段后將其與入門載體pBM27 連接,轉(zhuǎn)化大腸桿菌感受態(tài)細胞,菌落PCR 鑒定獲得與目的片段大小一致的單一條帶(圖1B),進一步測序鑒定后獲得ZmHDA101 基因的入門載體pBM27-ZmHDA101。利用LR 重組試劑盒,將pBM27-ZmHDA101 分別與目標載體PGBKT7 和PGADT7進行重組反應(yīng),菌落PCR 鑒定均獲得了目的條帶(圖1C)。經(jīng)測序鑒定后獲得目的載體ADZmHDA101、BD-ZmHDA101。
圖1 ZmHDA101 基因的酵母雙雜交載體構(gòu)建Fig.1 Yeast two-hybrid vector construction of ZmHDA101 gene
利用TPL/TPRs 的特異性上下游引物擴增獲得TPL/TPRs 的 目 的 片 段:AtTPL(1 032 bp)、AtTPR1(1 029 bp)、AtTPR2(1 005 bp)、AtTPR3(1 005 bp)和AtTPR4(1 032 bp),回收目的片段后分別進行克隆、測序,獲得TPL/TPRs 的入門載 體AtTPL-pBM27、AtTPR1-pBM27、AtTPR2-pBM27、AtTPR3-pBM27 和AtTPR4-pBM27(圖略)。將這些基因的入門載體分別與目標載體PGADT7和PGBKT7 進行LR 重組反應(yīng),菌落PCR 鑒定均獲得了目的條帶(圖2)。經(jīng)測序鑒定后獲得TPL/TPRs 的酵母雙雜交載體AD-AtTPL、BD-AtTPL、AD-AtTPR1、BD-AtTPR1、AD-AtTPR2、BDAtTPR2、AD-AtTPR3、BD-AtTPR3、AD-AtTPR4和BD-AtTPR4。
圖2 TPL/TPRs 的的酵母雙雜交載體構(gòu)建Fig.2 Yeast two-hybrid vector construction of TPL/TPRs
對ZmHDA101、TPL/TPRs 的自激活活性進行檢測,結(jié)果發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)化了BD-ZmHDA101、BDAtTPL、BD-AtTPR1、BD-AtTPR2、BD-AtTPR3、BD-AtTPR4 和空載體BD 的酵母均能夠在-Trp 培養(yǎng)基上生長良好,表明酵母轉(zhuǎn)化成功;轉(zhuǎn)化了BDAtTPR2 和BD-AtTPR4 的酵母均能夠在-Trp/-His和-Trp/-His+x-α-gal 的培養(yǎng)基上生長良好,且在-Trp/-His+x-α-gal 的培養(yǎng)基上顯藍色(見圖3),表明AtTPR2 和AtTPR4 具有自激活活性。
圖3 ZmHDA101、TPL/TPRs 的自激活活性檢測Fig.3 Self-activation activity of ZmHDA101 and TPL/TPRs
利用酵母雙雜交技術(shù),檢測ZmHDA101 與TPL/TPRs 蛋白之間的互作關(guān)系,結(jié)果發(fā)現(xiàn),共同 轉(zhuǎn) 化 了ZmHDA101 與TPL/TPRs 組 合(ADZmHDA101+BD-AtTPL、BD-ZmHDA101+ADAtTPL、AD-ZmHDA101+BD-AtTPR1、BDZmHDA101+AD-AtTPR1、AD-ZmHDA101+BDAtTPR2、BD-ZmHDA101+AD-AtTPR2、ADZmHDA101+BD-AtTPR3、BD-ZmHDA101+ADAtTPR3、AD-ZmHDA101+BD-AtTPR4、BDZmHDA101+AD-AtTPR4) 的 酵 母 均 能 在-Leu/-Trp、-Leu/-Trp/-His 和-Leu/-Trp/-His+3-AT 培 養(yǎng)基上正常生長(圖4A),而轉(zhuǎn)化了對照組合的酵母 不能在-Leu/-Trp/-His 或-Leu/-Trp/-His+3-AT 培養(yǎng)基上正常生長(圖4B)。表明ZmHDA101 與AtTPL、AtTPR1、AtTPR2、AtTPR3 和AtTPR4 在酵母細胞中均能夠直接互作。
圖4 ZmHDA101 與TPL/TPRs 的酵母雙雜交結(jié)果Fig.4 Yeast two-hybrid results of ZmHDA101 and TPL/TPRs
有研究報道,去乙酰轉(zhuǎn)移酶在抵抗生物、非生物脅迫過程中發(fā)揮重要作用[1,5]。AtHAD6 是病原體防御反應(yīng)的普遍抑制因子,在抑制和調(diào)控致病菌應(yīng)答基因的表達中起著重要的作用[20]。組蛋白去乙?;窰DA19 參與了抑制水楊酸(SA)介導(dǎo)的擬南芥防御反應(yīng),AtHDA19 活性的喪失增加了SA 積累所需的一組基因的表達,通過將染色質(zhì)修飾成抑制狀態(tài),可以確保防御基因的低基礎(chǔ)表 達[15]。過表達的AtHDA19 有效地消除了WRKY38和WRKY62 的轉(zhuǎn)錄激活活性,組蛋白脫乙酰酶催化從組蛋白尾中去除乙酰基,并通過減少轉(zhuǎn)錄因子對DNA 的訪問來抑制基因的轉(zhuǎn)錄,AtHDA19 可能通過物理作用而降低轉(zhuǎn)錄因子WRKY38 和WRKY62在植物細胞中的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)活性[16]。AtHDA19 在調(diào)控植物生長發(fā)育、對非生物脅迫的響應(yīng)、對植物病原物侵染脅迫的應(yīng)答等方面均有重要功能[17]。擬南芥AtHDA19 參與擬南芥的生長發(fā)育和抵抗生物、非生物脅迫過程[2-5]。已有研究發(fā)現(xiàn),AtHDA19 能與TPL 蛋白互作,參與調(diào)控擬南芥莖端生長和花形態(tài)的建成[11]。玉米ZmHDA101 與AtHDA19 同源,在玉米生長發(fā)育和抵抗生物、非生物脅迫中的功能及其調(diào)控機制尚未見相關(guān)報道。本研究利用酵母雙雜交技術(shù),對ZmHDA101 與TPL/TPRs 之間的互作關(guān)系進行研究,確定了ZmHDA101 與TPL/TPRs 家族成員TPL、TPR1、TPR2、TPR3 和TPR4 均能在酵母細胞中直接互作,研究結(jié)果為闡明ZmHDA101在玉米生長發(fā)育和抵抗生物/非生物脅迫中的功能及其調(diào)控機制奠定了基礎(chǔ)。
研究表明,植物轉(zhuǎn)錄輔助抑制因子TPL/TPRs蛋白在植物信號通路中發(fā)揮著中心位置作用。TPL/TPR 與生長素信號通路組分之間的相互作用,主要與含有抑制區(qū)(RD)序列的轉(zhuǎn)錄因子相互作用,是植物基因轉(zhuǎn)錄的通用抑制因子[18-19]。TPL/TPRs與HDACs 一般以復(fù)合體的形式參與到信號轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中,共同參與調(diào)控植物生長發(fā)育的[9-10]。水稻TPL/TPRs TPD 蛋白與核小體存在相互作用,TPD蛋白可以與組蛋白H3、H4 尾部多肽相互作用[4]。玉米ZmHDAC101 高度受到冷脅迫的誘導(dǎo),與H3和H4 發(fā)生局部的去乙?;F(xiàn)象[20]。本研究確定了ZmHDA101 與TPL/TPRs 之間的相互作用,推測ZmHDA101 與TPL/TPRs 形成復(fù)合體影響組蛋白H3、H4 的去乙?;?,抑制相關(guān)基因的表達,參與玉米生長發(fā)育以及響應(yīng)生物和非生物脅迫過程。研究將進一步對ZmHDA101 調(diào)控的基因及其參與調(diào)控的植物抗病信號通路進行深入研究,為闡明ZmHDA101 在玉米生長發(fā)育和抵抗生物/非生物脅迫中的功能及其調(diào)控機制奠定基礎(chǔ)。