周洋洋,劉書伯,于豐碩,劉桐羽,劉夢(mèng)彤,關(guān)淑艷,馬義勇
(1.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,吉林 長春 130118;2.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院,吉林 長春 130118)
玉米(Zea mays L.)不僅是被廣泛種植的糧食作物,也是重要的飼料作物和工業(yè)原料作物。干旱會(huì)導(dǎo)致葉片萎縮卷曲并造成細(xì)胞損傷等,進(jìn)而對(duì)產(chǎn)量造成嚴(yán)重影響,是限制我國玉米生產(chǎn)發(fā)展的主要因素[1]。轉(zhuǎn)錄因子(TF)是植物響應(yīng)脅迫的調(diào)控因子,目的基因啟動(dòng)子通過與轉(zhuǎn)錄因子相互作用對(duì)基因的表達(dá)進(jìn)行調(diào)控;轉(zhuǎn)錄因子通過調(diào)控一系列的胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程,如促進(jìn)或抑制目的基因功能,使植物對(duì)非生物脅迫產(chǎn)生響應(yīng)[2]。近幾年在作物中已鑒定出多種干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族,其中較為常見的是MYB、WRKY、bZIP、bHLH、ERF等[3],然而對(duì)于玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族的系統(tǒng)分析還未見報(bào)道。本文主要闡述玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族的種類、結(jié)構(gòu)、生物學(xué)功能及作用機(jī)制,并從轉(zhuǎn)錄因子順式作用元件、轉(zhuǎn)錄因子基因表達(dá)以及轉(zhuǎn)錄因子蛋白間的相互作用方面論述轉(zhuǎn)錄因子在干旱調(diào)控中的作用機(jī)制,以期為進(jìn)一步培育高產(chǎn)、耐旱玉米新品種提供理論基礎(chǔ)及科學(xué)啟示。
利用plantTFDB(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/)在線檢測(cè)到玉米中共有56個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族,經(jīng)過比對(duì)分析玉米的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)得到轉(zhuǎn)錄因子基因2 270個(gè)[4]。通過對(duì)轉(zhuǎn)錄因子基因進(jìn)行篩選、qRT-PCR檢測(cè)并結(jié)合SNP及農(nóng)藝性狀鑒定,最終發(fā)現(xiàn)與氣孔關(guān)閉、根系發(fā)育及活性氧清除等干旱響應(yīng)過程有關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子基因主要分布在15個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族[5-7]。通過生物信息學(xué)分析并對(duì)玉米轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選統(tǒng)計(jì),進(jìn)一步明確了這15個(gè)玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族分別為AP2、C2H2、MYB、NAC、WRKY、ERF、GRAS、HSF、ARF、HD-ZIP、NF-YB、bZIP、GATA、NF-YA和bHLH[8]。
在干旱脅迫下,轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)域?qū)ζ鋱?zhí)行特定功能起著決定性的作用,并且不同的結(jié)構(gòu)域具有不同的結(jié)合方式。例如,Basic-leucine zipper(bZIP)是一類植物中廣泛存在的轉(zhuǎn)錄因子,其N末端通常與DNA結(jié)合,C末端通常與富含亮氨酸的基序結(jié)合形成二聚體;bZIP家族通過與啟動(dòng)子區(qū)域的ABRE(ABA響應(yīng)元件)結(jié)合,通過ABA途徑發(fā)揮作用[9,10]。WRKY家族有一個(gè)保守的WRKY結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域與W-box(60個(gè)氨基酸的保守片段)結(jié)合以調(diào)控基因的表達(dá)[11]。表1為玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族的種類及其結(jié)構(gòu)。
表1 玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子種類與結(jié)構(gòu)
Shikha等[22]研究發(fā)現(xiàn)玉米15個(gè)干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族中63.30%的基因與生物學(xué)功能(BP)相關(guān),40.53%的基因與細(xì)胞定位(CC)相關(guān),88.51%的基因與分子功能(MF)相關(guān);值得注意的是,其中33%的基因與干旱響應(yīng)過程密切相關(guān),這些基因參與了ABA 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、活性氧(ROS)清除、光合作用、氣孔發(fā)育以及蔗糖代謝過程。轉(zhuǎn)ZmbZIP72基因玉米植株在干旱脅迫下該基因表達(dá)呈上調(diào)趨勢(shì),使得植株中ABA含量有所增加,進(jìn)而提高植株抗氧化能力、水分利用效率,增強(qiáng)植株對(duì)干旱脅迫的耐受性[23]。玉米植株中ZmNF-YA13基因通過與ZmSOD基因相互作用,進(jìn)一步激活了氧自由基代謝過程,使植株的抗旱性有所提高[12]。干旱脅迫下玉米組織中AhNAC2基因和AhNAC3基因均上調(diào)表達(dá),但是兩者表達(dá)方式存在一定差異[24]。干旱脅迫下bHLH轉(zhuǎn)錄因子家族參與調(diào)節(jié)氣孔發(fā)育過程及組織分化過程,OsbHLH148基因參與茉莉酸信號(hào)途徑,進(jìn)而提高了植株的抗旱能力[13]。干旱脅迫下PmNAC基因?qū)χ仓甑纳L發(fā)育進(jìn)行適應(yīng)性調(diào)節(jié)[25];WRKY轉(zhuǎn)錄因子能夠促進(jìn)種子萌發(fā)和生長素的合成,在植物對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)過程中發(fā)揮著關(guān)鍵的主導(dǎo)作用[26]。同一轉(zhuǎn)錄因子基因因調(diào)節(jié)機(jī)制不同而具有不同功能,如參與調(diào)節(jié)植物發(fā)育過程、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程等[14]。表2為近幾年玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族的生物學(xué)功能研究情況。
表2 玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族生物學(xué)功能
轉(zhuǎn)錄因子通過與位于啟動(dòng)子區(qū)的順式作用元件(CREs)結(jié)合,調(diào)控基因的表達(dá)。Mishra等[31]利用PlantPAN(http://plantpan.itps.ncku.edu.tw/)數(shù)據(jù)庫,對(duì)玉米干旱響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子、順式作用元件以及上游啟動(dòng)子進(jìn)行篩選,共鑒定出42種CREs,其中28種是所有轉(zhuǎn)錄因子共有,這些CREs通過調(diào)控特定的起始時(shí)間及表達(dá)程度發(fā)揮作用,進(jìn)而調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄。與干旱響應(yīng)有關(guān)的CREs,如DRE1、DRE/CRT和DRECRTCOREAT等,通過與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合來提高植物對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)能力[32]。因此了解玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子與不同順式作用元件間的作用機(jī)制(圖1),對(duì)研究玉米抗旱調(diào)節(jié)機(jī)制具有重要意義。
玉米通過轉(zhuǎn)錄因子與順式元件如DREB、ABRE/ABF、MYB、WRKY/ERF、DRE/CRT、ABRE等的結(jié)合,可進(jìn)一步調(diào)控玉米的抗旱機(jī)制[33]。例如轉(zhuǎn)錄因子NF-YA通過調(diào)控有絲分裂相關(guān)基因,參與不同的抗旱調(diào)節(jié)過程,如氣孔大小調(diào)節(jié)過程、活性氧(ROS)消除過程[34,35];通過與ARF作用,對(duì)植物的發(fā)育過程進(jìn)行調(diào)節(jié)并抑制側(cè)枝生長[27];NAC轉(zhuǎn)錄因子通過與干旱應(yīng)答順式作用元件MBS結(jié)合對(duì)植物細(xì)胞滲透壓進(jìn)行調(diào)節(jié)[36];NF-YB轉(zhuǎn)錄因子與CBF順式元件結(jié)合,可有效提高光合速率[28]。ABA非依賴途徑或ABA依賴途徑中存在的轉(zhuǎn)錄因子與順式元件相互作用,可以對(duì)轉(zhuǎn)錄過程進(jìn)行調(diào)節(jié),從而激活干旱脅迫響應(yīng)基因,使氣孔關(guān)閉,進(jìn)而阻止蒸騰作用導(dǎo)致的過度失水[37]。玉米HD-ZIP轉(zhuǎn)錄因子在干旱脅迫下通過與順式作用元件GARE作用應(yīng)對(duì)干旱脅迫[38]。干旱脅迫下植物中的NAC轉(zhuǎn)錄因子與順式作用元件CBF結(jié)合,對(duì)根系生長進(jìn)行調(diào)節(jié)以提高植物水分的利用率[39]。綜上,通過了解玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子與順式作用元件間的作用機(jī)制,可為高效、精準(zhǔn)培育耐旱玉米新品種提供理論依據(jù)。
圖1 轉(zhuǎn)錄因子與順式作用元件的作用機(jī)制
Akhtar等[40]證實(shí)了干旱脅迫下植物轉(zhuǎn)錄因子基因的作用,如過量表達(dá)DREB1/CBF提高了玉米、花生和小麥的耐旱性。轉(zhuǎn)錄因子基因的表達(dá)具有組織特異性,大多數(shù)干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子基因在根部表達(dá),分泌植物激素并激活A(yù)BA途徑,從而使根部產(chǎn)生ABA,然后通過一系列信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程將信號(hào)從根部傳遞到地上部分[41]。當(dāng)玉米植株處于干旱條件下,位于根部的轉(zhuǎn)錄因子使目的基因表達(dá)呈上調(diào)趨勢(shì)[42],通過調(diào)節(jié)MYB、bZIP、WRKY和NAC相關(guān)基因的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程,并發(fā)生一系列的級(jí)聯(lián)反應(yīng),誘導(dǎo)植物產(chǎn)生一系列調(diào)節(jié)干旱脅迫的生理活動(dòng),如氣孔關(guān)閉、根部伸長等,以提高其抵御干旱脅迫的能力[43]。Xing等[15]的研究表明,干旱脅迫下,玉米中的ARF轉(zhuǎn)錄因子基因家族在根部的表達(dá)差異最為顯著,其次是葉、芽、穗,在纓中的表達(dá)差異最小。干旱脅迫下,玉米HD-Zip轉(zhuǎn)錄因子基因ATHB7的下調(diào)過程受ABA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程影響[16];SNAC1基因?qū)ο掠位騉sPP18的調(diào)節(jié)基于ABA依賴途徑完成[17];AtMYB60和AtMYB96基因通過ABA依賴途徑進(jìn)行氣孔的調(diào)節(jié)過程[18]。干旱脅迫下,玉米植株通過調(diào)節(jié)WRKY 46轉(zhuǎn)錄因子編碼基因的表達(dá),促進(jìn)ABA合成及側(cè)根生長,進(jìn)而提高植株耐旱性[44]。
在基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄調(diào)控的過程中,轉(zhuǎn)錄因子蛋白間的互作起著重要作用,這是因?yàn)榛虮磉_(dá)模式的多樣性大多來源于不同轉(zhuǎn)錄因子蛋白間的相互作用[19]。因此為達(dá)到了解轉(zhuǎn)錄因子具體作用機(jī)制和調(diào)控途徑的目的,首先需要了解干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子蛋白間的相互作用,從而進(jìn)行更深層次的研究。ABA非依賴途徑和ABA依賴途徑間蛋白的互作,可以參與植物在干旱脅迫下的反應(yīng),如調(diào)控氣孔關(guān)閉、防止植物因蒸騰過度而引發(fā)的失水過多等[45]。干旱脅迫下,玉米中的ARF5蛋白和ARF9蛋白通過葉片氣孔調(diào)節(jié)作用提高了植株的抗旱能力[29];水稻中的SNAC1蛋白和DST蛋白通過參與氣孔調(diào)節(jié)過程提高了植株抗旱能力[46]。ATAF1通過與NCED3基因的啟動(dòng)子區(qū)進(jìn)行結(jié)合,使得NCED3基因直接控制ABA途徑的激素水平,表明了ATAF1轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)節(jié)ABA依賴途徑中的作用[47]。干旱脅迫下,一些NAC類轉(zhuǎn)錄因子蛋白通過相互作用調(diào)控根系的伸長,進(jìn)而提高植物對(duì)水分的利用率[48]?;钚匝酰≧OS)的轉(zhuǎn)化過程對(duì)玉米抵御干旱脅迫有著重要意義,為了使活性氧的生成與轉(zhuǎn)化維持動(dòng)態(tài)平衡,需要通過抗氧化劑(如抗壞血酸、谷胱甘肽)、活性氧清除酶(如抗壞血酸過氧化物酶、谷胱甘肽過氧化物酶等)進(jìn)行調(diào)節(jié)[49]。當(dāng)玉米植株受到干旱脅迫時(shí),組織中與NAC、MYB和b-ZIP等轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的蛋白在活性氧(ROS)的轉(zhuǎn)化過程中發(fā)揮著重要作用;C2H2在滲透保護(hù)劑的合成過程以及活性氧(ROS)轉(zhuǎn)化過程中起著重要作用;WRKY轉(zhuǎn)錄因子蛋白參與了活性氧(ROS)的轉(zhuǎn)化與清除過程[20,21,50]。在分子水平上,反應(yīng)機(jī)制的復(fù)雜性取決于AREB蛋白與DREB蛋白間的相互作用[51]。在玉米中,ZmWRKY17蛋白與其他蛋白相互作用,對(duì)氣孔進(jìn)行調(diào)節(jié),進(jìn)而提高植株的抗旱能力[52]。據(jù)報(bào)道,玉米中的NF-YB轉(zhuǎn)錄因子和NF-YC轉(zhuǎn)錄因子會(huì)形成二聚體結(jié)構(gòu),然后與核內(nèi)的NF-YA轉(zhuǎn)錄因子作用,從而對(duì)根系的發(fā)育過程進(jìn)行調(diào)控[30]。
轉(zhuǎn)錄因子在植物對(duì)干旱脅迫的響應(yīng)過程中起著重要作用。本文對(duì)玉米干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族的種類、結(jié)構(gòu)、生物學(xué)功能及作用機(jī)制進(jìn)行了重點(diǎn)闡述,可為篩選干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子及其候選基因提供理論基礎(chǔ),并進(jìn)一步明確干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族在玉米育種過程中的應(yīng)用前景。Foolad等[53]通過對(duì)轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行篩選,發(fā)現(xiàn)MYB和bZIP類轉(zhuǎn)錄因子家族在植物干旱響應(yīng)過程中發(fā)揮的作用較為顯著,并且目前已應(yīng)用于作物分子育種。植物的抗旱調(diào)節(jié)過程由許多基因控制,因此通過轉(zhuǎn)移一個(gè)主基因只能實(shí)現(xiàn)較低水平的表型變異,伴隨著分子育種技術(shù)的不斷發(fā)展,干旱響應(yīng)的數(shù)量性狀育種策略已從少數(shù)基因分析(通過標(biāo)記選擇)轉(zhuǎn)向全基因組分析(通過基因組選擇),進(jìn)而獲得更為準(zhǔn)確的表型變異數(shù)據(jù)。植物轉(zhuǎn)錄因子家族數(shù)量較為龐大、結(jié)構(gòu)較為復(fù)雜,且隨著研究的深入其數(shù)目也在增多,對(duì)于新轉(zhuǎn)錄因子的研究仍需要進(jìn)行更深層次的挖掘。而隨著分子生物學(xué)技術(shù)水平的不斷提升,通過先進(jìn)的技術(shù)手段對(duì)干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行更深入的分析研究,不僅有利于高效準(zhǔn)確地提高玉米的品質(zhì)與產(chǎn)量,而且可為玉米種質(zhì)資源創(chuàng)新提供良好的理論依據(jù)。