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      基于閾值分割的松材線蟲病樹計數(shù)與定位

      2021-12-30 11:33:26余博文
      武漢工程大學(xué)學(xué)報 2021年6期
      關(guān)鍵詞:病樹松材線蟲病

      余博文,黃 巍

      武漢工程大學(xué)計算機科學(xué)與工程學(xué)院,湖北 武漢430205

      松材線蟲是我國危害較大的外來入侵物種之一,松材線蟲?。╬ine wilt disease,PWD)是該物種造成的一種毀滅性森林蟲害,通過松墨天牛(monochamusalternatus)等媒介昆蟲傳播于松樹體內(nèi),進而引發(fā)松林病害。最新公告[1]顯示目前松材線蟲病已在我國18個省份(666個區(qū)、縣、市)發(fā)現(xiàn),導(dǎo)致大量松樹枯黃死亡,造成嚴重經(jīng)濟和生態(tài)損失。不同密度的松材線蟲病樹處理方式并不相同,對于10%以上病樹率的區(qū)域,需要組織專業(yè)隊伍全面砍伐,對于病樹密度不大、只是零星分散著病樹的區(qū)域,可以只處理病樹[2]。因此對區(qū)域病樹的計數(shù)和定位是松材線蟲病樹檢測與防治的關(guān)鍵。

      隨著無人機技術(shù)和計算機視覺技術(shù)的發(fā)展,利用無人機航拍圖像和計算機視覺技術(shù)處理松材線蟲病樹計數(shù)與定位取得了較大的進步[3]。松材線蟲入侵松樹后,外部具有顯著癥狀:先是針葉失水,褪綠,繼而變褐,而后整株枯死,針葉全呈紅黃色[4]。利用該特征對病樹進行計數(shù)與定位,有助于病樹的處理,防止疫情擴散。

      傳統(tǒng)計數(shù)方法大致分為無監(jiān)督學(xué)習(xí)和有監(jiān)督學(xué)習(xí)兩大類。無監(jiān)督學(xué)習(xí)算法主要利用外觀相似性[5]和運動相似性[6]解決計數(shù)問題,但前者無法處理遮擋密度較高的計數(shù)問題,后者無法處理靜止圖像的計數(shù)問題。有監(jiān)督學(xué)習(xí)分為基于檢測的計數(shù)方法(counting by detection)和基于回歸的計數(shù)方法(counting by regression)。基于檢測的方法[7]一般通過檢測圖像中每個獨立的目標來進行計數(shù),這類方法首先生成候選框(bounding boxes),然后通過非極大值抑制(non-maximun suppression,NMS)篩選候選框[8]得到病樹的區(qū)域,雖然有較好的效果,但篩選過程需要大量的計算。也有研究提出通過局部關(guān)系推測目標數(shù)量的方法[9-11],雖然省略了傳統(tǒng)基于檢測的方法中非極大值抑制篩選候選框的計算量,但算法時間復(fù)雜度仍然較高。假設(shè)背景單一、目標均勻分布的前提下,蒙特卡洛方法[12]和形態(tài)學(xué)分析[13]可以達到較好的檢測效果,但假設(shè)不成立的情況下,這些方法計數(shù)效果都不理想?;谏疃葘W(xué)習(xí)的檢測方法,包括兩階段(two-stage)的fast-RCNN[14]和一階段(one-stage)的YOLO[15]檢測方法,有較高的檢測精度,但計算量大且需要大量數(shù)據(jù)支持[16]?;跈z測的計數(shù)方法簡單易行,但對于高密度、高遮擋的復(fù)雜環(huán)境不太適用[17]。基于回歸的計數(shù)方法無需找到目標的具體位置,主要是尋找圖像特征與目標數(shù)量的映射關(guān)系。對低密度計數(shù)圖像,可以使用背景消除[18]分割出前景像素,然后使用最小二乘法[19]或神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[20]獲得參數(shù)模型;對高密度計數(shù)圖像,可以使用灰度共生矩陣[21]、切比雪夫矩 等[22]描 述紋理特征,再使 用 神 經(jīng) 網(wǎng) 絡(luò)[21]或SVM[23]學(xué)習(xí)紋理特征與目標數(shù)量的映射關(guān)系。結(jié)合前景像素和紋理特征的回歸計數(shù)方法[24-26]雖然避免了目標檢測的困難,但同時也丟失了目標空間信息。密度函數(shù)[27]概念的提出彌補了基于回歸的計數(shù)方法的不足,這種方法是通過圖像特征與圖像計數(shù)目標密度圖的映射關(guān)系來對目標計數(shù),有效保留了計數(shù)目標的空間信息,進一步優(yōu)化了計數(shù)精確度[28]。

      松材線蟲病區(qū)區(qū)域較大,建筑、巖石、土壤等干擾因素較多,這要求計數(shù)定位算法克服復(fù)雜場景下的干擾,以提高病木的計數(shù)定位精度。本文對密度函數(shù)計數(shù)方法進行改進,利用色調(diào)(hue)、飽和度(saturation)、明度(value)(簡稱HSV)顏色空間的閾值分割、形態(tài)學(xué)處理、超像素對背景消除以突出前景像素目標,減少計數(shù)定位的干擾因素,從而提高松材線蟲病樹的計數(shù)與定位精度。

      1 基于閾值分割的計數(shù)方法

      1.1 密度計數(shù)

      傳統(tǒng)密度計數(shù)方法在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中取得了顯著的效果[27],這些方法一般利用歸一化高斯核函數(shù)(normalized Gaussian kernel,NGK)構(gòu)建真實密度函數(shù):

      式中假設(shè)I1,I2,…,IN是N幅訓(xùn)練圖像表示均值點在P處,協(xié)方差矩陣為σ2E的歸一化高斯核函數(shù),一般σ值取計數(shù)目標半徑。

      使用線性函數(shù)將每個像素點的特征向量映射到密度函數(shù)值,即帶參數(shù)的密度函數(shù)為:

      每幅圖像Ii的每個像素點p都可以用一個K維向量表示∈R K,ω∈R K是密度函數(shù)模型線性變換的參數(shù)向量就是指定參數(shù)ω時密度函數(shù)的估計。

      根據(jù)經(jīng)驗風(fēng)險最小化原理(empirical risk minimization,ERM)求參數(shù)ω,同時加入正則化項,以防止過擬合:

      式中D是距離函數(shù),它是訓(xùn)練密度函數(shù)與真實密度函數(shù)差異的一種度量,ωΤω是復(fù)雜度懲罰項,避免求得ω值過大,正數(shù)λ為正則化參數(shù),控制正則化強度。

      這種密度函數(shù)模型適用于背景像素均勻且單一的醫(yī)學(xué)細胞圖像,但在松材線蟲病樹區(qū)域這種復(fù)雜環(huán)境的圖像中無法達到理想的計數(shù)精度。這是因為松材線蟲病樹區(qū)域存在梯田、土壤、建筑等大量干擾因素,如圖1箭頭所指區(qū)域,這些干擾會對密度計數(shù)結(jié)果產(chǎn)生負面的影響。

      圖1 密度計數(shù)干擾因素示意圖Fig.1 Schematic diagram of interference factors in density counting

      如圖2所示,為了減弱干擾因素的影響,提高目標計數(shù)的準確度,可以首先使用HSV顏色空間閾值分割方法預(yù)處理原始采集的圖像,HSV顏色空間的閾值分割又分為形態(tài)學(xué)處理分割和超像素顏色均值分割。HSV顏色空間的閾值分割能夠降低復(fù)雜圖像中的干擾因素的影響,提高松材線蟲病樹的計數(shù)與定位精度。完整算法的結(jié)構(gòu)如圖2所示,輸入圖像首先經(jīng)過HSV顏色空間的閾值分割處理,得到過濾圖像,再使用密度計數(shù)對過濾圖像進行處理,輸出計數(shù)結(jié)果和對應(yīng)的密度圖像。

      圖2 基于閾值分割的計數(shù)方法流程圖Fig.2 Flow chart of counting method based on threshold segmentation

      1.2 HV通道過濾

      本文使用HSV顏色空間的閾值分割直接去除背景像素,分割完成后,像素坐標點(x,y)處的像素值為:

      式中f(x,y)表示H通道或V通道的值,Y表示閾值。當存在2個以上灰度閾值時,式(4)變?yōu)椋?/p>

      由于圖像中除前景像素中需要計數(shù)的目標病樹外,背景像素中還存在大量健康樹木、土壤、梯田、建筑等干擾因素,這些干擾因素和目標病樹的中心點的H和V通道值的散點圖如圖3所示。

      圖3中紅、綠、黃、藍、紫點分別代表病樹、健康樹、土壤、梯田、建筑。其中健康樹木由于色調(diào)與目標病樹明顯不同,可以利用HSV顏色空間的H通道設(shè)定閾值去除,在數(shù)據(jù)集中隨機選取50個病樹中心提取分析H通道數(shù)值,繪制成直方圖,如圖4(a)所示。

      圖3 HV通道散點圖Fig.3 Scatter plot for H-channel and V-channel

      圖4 病樹中心像素的通道直方圖:(a)H通道,(b)V通道Fig.4 Histogram of central pixel of infected trees:(a)H-channel,(b)V-channel

      從圖3中還發(fā)現(xiàn)土壤、梯田、建筑這些干擾因素雖然H通道值近似于目標病樹的H通道值,但V通道數(shù)值大多數(shù)高于目標病樹,可以利用HSV顏色空間的V通道設(shè)定閾值去除這些干擾因素,隨機選取50個病樹中心提取分析V通道數(shù)值,繪制成直方圖,如圖4(b)所示。

      從圖4中可以看出,病樹H通道數(shù)值基本上都分布在9到35之間,V通道數(shù)值基本上都分布在29到46之間,可以設(shè)定9到35為H通道閾值,設(shè)定29到46為V通道閾值,對圖1進行H通道過濾操作和V通道過濾操作,結(jié)果如圖5所示。

      圖5 過濾通道:(a)過濾H通道,(b)過濾HV通道Fig.5 Filtered channel:(a)filtered H-channel,(b)filtered HV-channel

      對比圖5(a)和圖1,可以發(fā)現(xiàn)健康樹已被過濾,但還剩下大量土壤、梯田、建筑等干擾因素。經(jīng)過HV通道過濾后,如圖5(b)所示,土壤、梯田、建筑等干擾因素已被過濾,剩下的就是松材線蟲病樹初步估計區(qū)域。

      1.3 形態(tài)學(xué)處理

      原始采集得到的圖像經(jīng)過H和V通道過濾后可以再進行形態(tài)學(xué)處理以進一步提升密度估計的圖像質(zhì)量。由圖5(b)發(fā)現(xiàn)經(jīng)過H和V通道過濾的圖像已經(jīng)過濾了大部分土壤、梯田等干擾元素,但仍然存在許多接近點像素的細小干擾像素,且目標區(qū)域也有部分像素被錯誤過濾而形成“孔洞”。由于過濾圖像是一幅二值化圖像,因此利用形態(tài)學(xué)圖像處理可以改善過濾圖像的質(zhì)量。

      使用半徑為2個像素的圓形結(jié)構(gòu)元素C對H和V過濾圖像B進行開操作,達到消除細小干擾像素的目的,執(zhí)行開操作后的圖像L由式(6)得到:

      式(6)中:Θ表示腐蝕操作,⊕表示膨脹操作。使用C對L進行閉操作,達到修復(fù)目標區(qū)域內(nèi)“孔洞”的目的,執(zhí)行閉操作后的圖像N由式(7)得到:

      圖5(b)所示H和V通道過濾圖像經(jīng)過形態(tài)學(xué)操作后的結(jié)果如圖6所示。

      從圖6可以發(fā)現(xiàn),大部分細小干擾像素已被過濾,目標區(qū)域部分過濾掉的像素造成的“孔洞”減少,圖像更加圓滑,目標病樹區(qū)域更加清晰。

      圖6 使用形態(tài)學(xué)處理的過濾HV通道Fig.6 Filtered HV-channel with morphological processing

      1.4 超像素顏色均值圖生成

      超像素顏色均值分割即對原圖像進行超像素處理再進行H和V通道過濾。分析圖5(a)中H和V通道過濾圖可以發(fā)現(xiàn),這些多余的細小干擾像素的主要來源是由于梯田、土壤、建筑等干擾區(qū)域與病樹的H通道和V通道數(shù)值接近,缺失的目標區(qū)域部分“孔洞”的來源主要由于某些病樹像素的H通道或V通道數(shù)值與病樹相差較大而被過濾。針對這些原因,可以對原圖像做超像素處理,再執(zhí)行分割過濾操作。

      為了有效地利用相鄰像素的紋理、顏色、亮度等特征將像素分組,本文使用簡單線性迭代聚類算法(simple linear iterative clustering,SLIC)[29]對原始圖像進行超像素分割。然后對每一個超像素進行均值化處理,得到超像素顏色均值圖。圖1的局部圖像的超像素均值圖如圖7所示。

      圖7 超像素顏色均值Fig.7 Average color of superpixels

      從圖7可以發(fā)現(xiàn)利用超像素方法實現(xiàn)的像素值修正效果較好,將像素成功劃分為具有相似值的病樹、健康樹、土壤等區(qū)域。對超像素顏色均值圖進行HSV顏色空間的H和V通道過濾,結(jié)果與直接進行H和V通道過濾對比如圖8所示。

      從圖8(b)可以發(fā)現(xiàn),由于H通道和V通道數(shù)值接近病樹而被保留下來的多余的干擾像素已被去除,由于H通道或V通道數(shù)值與病樹相差較大而被過濾的缺失的目標區(qū)域部分已被補齊,圖像更加圓滑,目標病樹區(qū)域更加清晰。

      圖8 過濾HV通道對比:(a)不使用超像素處理的過濾HV通道,(b)使用超像素處理的過濾HV通道Fig.8 Comparison of filtered HV-channel:(a)filtered HV-channel without superpixelsprocessing,(b)filtered HV-channel with superpixelsprocessing

      2 實驗部分

      2.1 數(shù)據(jù)集獲取

      實驗數(shù)據(jù)為使用大疆無人機采集的湖北省某縣松材線蟲疫區(qū)圖像,照相機型號為FC6310,其參數(shù)信息如表1所示。

      表1 大疆無人機FC6310航拍相機及相片參數(shù)表Τab.1 Parameters of FC6310 aerial camera and photo of DJIUAV

      數(shù)據(jù)集包括92張圖像,無人機的飛行高度為350 m。為優(yōu)化計算速度,對數(shù)據(jù)集圖片作了重采樣,得到的圖片分辨率統(tǒng)一為972×728。按照7∶3的比例將數(shù)據(jù)集分為65張訓(xùn)練圖像和27張測試圖像,每張圖像都有對應(yīng)的ground-truth人工標注文件。

      2.2 評價指標

      為了對比經(jīng)典的密度計數(shù)算法與本文算法性能差異,采用平均絕對誤差(mean absolute error,MAE)、均 方 根 誤 差(root mean squared error,RMSE)和絕對誤差的方差(variance of absolute error,VAE)作為評價指標,平均絕對誤差M、均方根誤差R和絕對誤差的方差V的定義如下:

      式中N是測試圖像數(shù)量,zi是第i張圖像中實際病木數(shù)量,ei是第i張圖像中算法估計的病木數(shù)量。通常M值和R值越小說明模型預(yù)測準確度越高,V值越小說明模型魯棒性越高。

      為使評價指標更加直觀,使用計數(shù)準確率作為第4個評價指標,其計算公式如下:

      2.3 對比實驗

      為驗證本文算法的有效性,選擇了Lempitsky的密度計數(shù)算法(density learning,DL)[27]、使用形態(tài)學(xué)處理分割的密度計數(shù)法(density learning with morphological processing,DLMP)、使用超像素顏色均值分割的密度計數(shù)法(density learning with super pixel,DLSP)進行對比實驗。其中DLMP和DLSP均屬于使用HSV顏色空間的閾值分割的密度計數(shù)法。

      不同算法的評價指標如表2所示。

      表2 不同算法計數(shù)誤差對比Τab.2 Comparison of counting errors of different algorithms

      從表2中可以看出,DLMP和DLSP算法的M、R和V3個評估參數(shù)都優(yōu)于Lempitsky的DL密度計數(shù)算法[27],相對于DL算法,DLMP和DLSP算法的MAE分別下降了10.9和12.5,DLMP和DLSP算法的RMSE分別下降了8.4和10.5,DLMP和DLSP算法的VAE分別下降了56.0和77.6,DLMP和DLSP算法的計數(shù)準確率分別提高了23.2%和26.6%。由此可見,使用HSV顏色空間的閾值分割可以有效提升密度函數(shù)模型的計數(shù)精度。

      圖9展示了不同算法在多建筑、多土壤、密林區(qū)域計數(shù)效果的密度圖。為了便于比較分析,圖9截取了完整圖像的局部細節(jié),圖9中紅色箭頭表示目標病樹漏檢或誤檢。

      從圖9中可以發(fā)現(xiàn),Lempitsky的傳統(tǒng)密度計數(shù)算法DL對于松材線蟲病區(qū)的病樹存在大量誤檢和漏檢,本文DLMP和DLSP算法相較于DL算法,對于多建筑、土壤、巖石等干擾項的計數(shù)區(qū)域計數(shù)效果良好,且密度圖中標注的病樹位置準確,只存在少量病樹的誤檢和漏檢,這證明了DLMP和DLSP有能力處理復(fù)雜背景下的計數(shù)問題。

      圖9 密度圖對比:(a)航拍圖像,(b)病樹真實位置,(c)DL算法密度圖,(d)DLMP算法密度圖,(e)DLSP算法密度圖Fig.9 Comparison of density maps:(a)aerial imagery,(b)ground truth,(c)density map generated by DL,(d)density map generated by DLMP,(e)density map generated by DLSP

      3 結(jié) 論

      利用形態(tài)學(xué)處理和超像素均值分割技術(shù),通過HSV顏色空間的閾值分割對數(shù)據(jù)集進行優(yōu)化處理,以此消除復(fù)雜環(huán)境下建筑、巖石、土壤等干擾因素對密度計數(shù)與定位結(jié)果的影響,最終得到高質(zhì)量的計數(shù)結(jié)果和密度圖。實驗結(jié)果表明,這種方法可以有效的解決松材線蟲病樹計數(shù)與定位問題。

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