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      基于適配體識別-雜交鏈?zhǔn)椒磻?yīng)可視化檢測金黃色葡萄球菌

      2022-02-22 11:35:38盧春霞王昌烜黃巧陳霞李紅敏付家莉張?jiān)萍t王雙慧
      食品與發(fā)酵工業(yè) 2022年2期
      關(guān)鍵詞:葡菌發(fā)夾吸光

      盧春霞,王昌烜,黃巧,陳霞,李紅敏,付家莉,張?jiān)萍t,王雙慧

      1(長江師范學(xué)院 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)與生物工程學(xué)院,重慶,408100)2(蘇州賽飛福德檢測科技有限公司,江蘇 蘇州,215100)3(新疆農(nóng)墾科學(xué)院,分析測試中心,新疆 石河子,832000)

      金黃色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)簡稱金葡菌,屬革蘭氏陽性菌,廣泛分布于自然界,是一種常見的食源性致病菌,常污染肉類、蛋類和乳類等食品,部分菌株產(chǎn)生的金黃色葡萄球菌腸毒素(staphylococcal enterotoxins,SEs)是引起食物中毒的主要致病因子[1],對公共健康和食品安全帶來巨大威脅。有統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)表明,2015年中國大陸由金葡菌引起的食源性疾病占12.6%,僅次于溶血性弧菌和沙門氏菌,是造成食源性疾病的第三大致病菌[2]。鑒于金葡菌的危害,我國食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)[3]規(guī)定金葡菌的可接受水平和最高安全限量值分別為100、1 000 CFU/g(mL)。因此,如何快速靈敏地檢出金葡菌是預(yù)防食源性疾病的關(guān)鍵技術(shù)和先決條件。

      目前,傳統(tǒng)的金葡菌的檢測方法主要包括微生物培養(yǎng)法[3]、分子生物學(xué)檢測方法[4]和免疫分析技術(shù)[5]。微生物培養(yǎng)法是金標(biāo)方法,但該法操作步驟復(fù)雜,耗時(shí)較長(3~5 d),無法滿足現(xiàn)場快速檢測及批量樣品初篩的需要。分子生物學(xué)檢測技術(shù)靈敏度較高,但該法需要精密儀器和專業(yè)的技術(shù)人員?;诳贵w技術(shù)的免疫學(xué)檢測方法具有簡便、快速等特點(diǎn),是目前金葡菌常用的快速檢測技術(shù),市售商品以ELISA試劑盒和試紙條為主,但該類方法需要免疫動物,抗體制備成本較高。

      近些年,核酸適配體(aptamer)以制備簡單、生產(chǎn)成本低、應(yīng)用范圍廣、易于修飾和標(biāo)記等優(yōu)點(diǎn),作為一種新型識別分子廣泛應(yīng)用于食品安全[6]、環(huán)境分析[7]和臨床診斷[8]等領(lǐng)域。在金葡菌檢測方面,目前已篩選出多條識別金葡菌的核酸適配體[9-10]。隨后人們利用這些適配體,結(jié)合納米材料及化學(xué)發(fā)光等技術(shù),建立了包括比色傳感[11]、熒光傳感[12]、拉曼生物傳感[13]、電化學(xué)傳感[14]等各種生物傳感檢測技術(shù)。本團(tuán)隊(duì)在基于適配體的食源性致病菌檢測領(lǐng)域也做了較多研究[15-16]。

      在眾多快速檢測方法中,可視化檢測方法具有簡單、便攜、檢測結(jié)果直觀等優(yōu)點(diǎn)而顯示出獨(dú)特的優(yōu)勢。但食品樣品通常成分復(fù)雜、干擾大,基質(zhì)效應(yīng)可能影響檢測靈敏度。為實(shí)現(xiàn)對靶標(biāo)的高靈敏檢測,可借助一些信號放大技術(shù)以提高檢測靈敏度。其中,雜交鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(hybridization chain reaction,HCR)作為一種生物放大技術(shù)近年來引起了人們的廣泛關(guān)注。HCR是一種自組裝信號放大的技術(shù),在常溫下即可進(jìn)行,不需要酶參與,同時(shí),HCR對外部條件要求簡單,不需要專業(yè)儀器,且輸出信號多樣化。因此,HCR作為一種簡單、有效的新型信號放大策略在分析檢測領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用[17]。但目前尚未見到基于適配體和HCR信號放大的金葡菌檢測研究報(bào)道。

      因此,本研究基于金葡菌現(xiàn)有檢測技術(shù)的不足,以其適配體為識別分子,建立了一種簡便靈敏的檢測新方法。通過生物素-親和素作用,將生物素-適配體1固定在酶標(biāo)板表面,依次加入靶標(biāo)和檢測探針(含有引發(fā)鏈和適配體2),在酶標(biāo)板表面形成適配體1/靶標(biāo)/檢測探針夾心復(fù)合物。然后加入生物素-發(fā)夾DNA,約定俗成引發(fā)HCR反應(yīng),使帶有生物素的發(fā)夾DNA在酶標(biāo)板表面“生長”形成dsDNA長鏈。然后將鏈霉親和素-辣根過氧化物酶(streptavidin-horseradish peroxidase,SA-HRP)標(biāo)記在dsDNA每個節(jié)點(diǎn)上,通過HRP催化3,3′,5,5′-四甲基聯(lián)苯胺(tetramethylbenzidine,TMB)顯色實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)的定性及定量檢測。本方法結(jié)合了HCR和酶催化顯色雙重信號放大策略,更大限度地提高了檢測靈敏度,為食品中金葡菌快速檢測提供新的技術(shù)支撐。

      1 材料與方法

      1.1 實(shí)驗(yàn)材料

      金黃色葡萄球菌(S.aureus)ATCC6538、金黃色葡萄球菌ATCC29213、大腸埃希氏菌(Escherichiacoli)O157:H7 ATCC25922、單核細(xì)胞增生李斯特菌(Listeriamonocytogenes)ATCC19155、鼠傷寒沙門氏菌(Salmonellatyphimurium)ATCC14028、阪崎腸桿菌(Bntorobatersakazakii)ATCC29544等菌株由新疆農(nóng)墾科學(xué)院分析測試中心提供。

      牛血清白蛋白 (bovine serum albumin, BSA)、吐溫-20(Tween-20)、SA-HRP、三(羥甲基)氨基甲烷(Tris)、TMB顯色試劑盒,生物工程(上海)股份有限公司;NaCl、KCl、Na2HPO4、KH2PO4、CaCl2、MgCl2·6H2O(分析純),國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司;鏈霉親和素包被的酶標(biāo)板,蘇州海貍生物醫(yī)學(xué)工程有限公司;禽肉、乳制品,本地超市。

      本研究中所用的核酸適配體、檢測探針及發(fā)夾DNA由生物工程(上海)股份有限公司合成并純化,其堿基序列詳見表1。

      表1 適配體及發(fā)夾DNA序列Table 1 Sequences of the aptamer and hairpin DNA

      1.2 儀器與設(shè)備

      Thermo ScientificTMVarioskan Flash全波長掃描式多功能讀數(shù)儀,美國賽默飛公司;5MX 96孔板混勻儀,美國賽洛捷克公司;424R臺式冷凍離心機(jī),德國艾本德公司;BSD-100培養(yǎng)箱,上海博迅醫(yī)療生物儀器股份有限公司;UV-280紫外可見分光光度計(jì),尤尼柯(上海)儀器有限公司;Milli-Q Reference超純水系統(tǒng),美國密理博公司。

      1.3 實(shí)驗(yàn)方法

      1.3.1 菌懸液的制備

      將各種食源性致病菌分別接種到LB液體培養(yǎng)基中,37 ℃振蕩培養(yǎng)過夜,使其菌懸液的光密度值達(dá)到1.0(OD600nm=0.1,菌落數(shù)約1.0×109CFU/mL),用生理鹽水將其10倍系列稀釋,然后通過平板計(jì)數(shù)法定量計(jì)算菌落數(shù)。菌懸液于4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

      1.3.2 基于適配體-HCR檢測金葡菌方法的建立

      SA-酶標(biāo)板使用之前用PBST(10 mmol/L PBS,0.05% Tween-20)洗滌。加入100 μL 生物素化適配體1(60 nmol/L),溫育30 min,PBST洗滌。每孔加入200 μL的10 g/L BSA封閉液,室溫封閉4 h,PBST洗滌。加入100 μL待測樣品或一定濃度的金葡菌溶液,室溫孵育30 min,PBST洗滌。加入100 μL檢測探針(80 nmol/L),室溫孵育30 min,PBST洗滌。bio-H1和bio-H2使用前95 ℃加熱5 min,室溫冷卻,各取50 μL至反應(yīng)孔中,室溫雜交反應(yīng)60 min,PBST洗滌。然后加入100 μL SA-HRP溶液(體積比1∶40 000),室溫反應(yīng)10 min,PBST洗滌后加入100 μL TMB顯色液,避光顯色5~7 min。加入100 μL 終止液終止反應(yīng),通過顏色變化定性檢測金葡菌,并在450 nm處測其吸光度。每個實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。實(shí)驗(yàn)反應(yīng)體系為適配體篩選緩沖液(20 mmol/L Tris、100 mmol/L NaCl、5 mmol/L KCl、1 mmol/L CaCl2、1 mmol/L MgCl2·6H2O,pH 7.4)[9]。

      1.3.3 檢測性能評價(jià)

      1.3.3.1 線性范圍、檢測限

      在優(yōu)化條對下,用篩選緩沖溶液分別將金葡菌稀釋成系列梯度濃度的工作液,采用建立的方法對其進(jìn)行測定,以不同金葡菌濃度的對數(shù)值為橫坐標(biāo),以各濃度對應(yīng)的OD450nm值為縱坐標(biāo),繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,對其進(jìn)行進(jìn)行線性擬合,求得線性方程和相關(guān)系數(shù)。每個實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。

      1.3.3.2 特異性分析

      采用建立的方法分別檢測相同濃度(1×104CFU/mL)的金葡菌、大腸桿菌、鼠傷寒沙門氏菌、單增李斯特菌、阪崎桿菌,同時(shí)設(shè)置空白對照,以分析方法的特異性。

      1.3.3.3 方法的應(yīng)用

      采用對空白樣品加標(biāo)實(shí)驗(yàn)考察本方法的準(zhǔn)確性。參照GB 4789.10—2016對樣品進(jìn)行前處理[18],稱取25 g樣品置于盛有225 mL生理鹽水的無菌均質(zhì)杯內(nèi),用拍擊式均質(zhì)器拍打1~2 min,用篩選緩沖液稀釋成1∶10的樣品勻液。取100 μL樣品勻液,分別加入不同濃度的金葡菌,按照上述建立的檢測方法進(jìn)行檢測,計(jì)算樣品中金葡菌的含量、加標(biāo)回收率,相對標(biāo)準(zhǔn)偏差(relative standard deviation, RSD)。同時(shí)采用國標(biāo)法[18]進(jìn)行檢測,將檢測結(jié)果對比分析,評價(jià)方法準(zhǔn)確性。

      1.4 數(shù)據(jù)處理

      實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)用平均值±標(biāo)準(zhǔn)偏差方式表示,采用單因素方差分析(One-Way ANOVA)方法分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),顯著性水準(zhǔn)為P=0.05[19],使用Origin 8.5 軟件制圖。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 檢測條件優(yōu)化

      2.1.1 適配體1及檢測探針濃度

      生物素化適配體1的包被濃度及檢測探針濃度對檢測靈敏度有較大影響。本實(shí)驗(yàn)使用過量的發(fā)夾DNA(100 nmol/L)和SA-HRP(稀釋體積比1∶20 000),適配體與靶標(biāo)反應(yīng)時(shí)間40 min,HCR雜交時(shí)間2 h,金葡菌檢測濃度為104CFU /mL,考察了不同適配體1包被濃度(10~200 nmol/L)和檢測探針濃度(10~320 nmol/L)對檢測靈敏度的影響。實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖1所示,隨著適配體1及檢測探針濃度的增加,吸光值逐漸增加,意味著結(jié)合金葡菌的數(shù)量也逐漸增加,當(dāng)兩者濃度分別超過60、80 nmol/L后,吸光值變化趨于平緩(P>0.05)。因此,后續(xù)實(shí)驗(yàn)適配體1包被濃度和檢測探針濃度分別選擇60、80 nmol/L。

      a-適配體;b-檢測探針圖1 適配體1和檢測探針濃度對檢測性能的影響Fig.1 Effect of concentration of aptamers 1 and detection probe on the detection performance注:不同字母表示差異顯著(P<0.05)(下同)

      2.1.2 封閉條件

      在酶聯(lián)適配體分析中,封閉酶標(biāo)板上多余結(jié)合位點(diǎn),降低SA-HRP非特異性吸附較為關(guān)鍵[20]。本實(shí)驗(yàn)固定在適配體1包被濃度60 nmol/L,采用BSA封閉后直接加入SA-HRP(體積比1∶20 000),觀察BSA封閉濃度和封閉時(shí)間對SA-HRP非特異性吸附的影響。結(jié)果顯示(圖2),當(dāng)BSA封閉質(zhì)量濃度<5 g/L,吸光值較高,封閉不完全;隨著BSA濃度的進(jìn)一步增加,吸光值逐漸下降,說明SA-HRP非特異性吸附逐漸降低,當(dāng)BSA質(zhì)量濃度>10 g/L后,吸光值變化不顯著(P>0.05)。另外,非特異性吸附隨著封閉時(shí)間的延長而降低,當(dāng)10 g/L BSA封閉時(shí)間超過4 h后,吸光值無明顯變化(P>0.05)。綜上分析,選擇10 g/L BSA封閉4 h。

      圖2 不同封閉條件對SA-HRP非特異性吸附的影響Fig.2 The influence of different blocking conditions on non-specific adsorption of SA-HRP注:小寫字母表示同一時(shí)間下不同BSA濃度組間顯著性分析,大寫字母表示同一BSA濃度下不同封閉時(shí)間組間顯著性分析

      2.1.3 適配體與靶標(biāo)結(jié)合時(shí)間

      為保證靶標(biāo)與適配體充分結(jié)合,本實(shí)驗(yàn)固定以上優(yōu)化條件,考察了適配體1及檢測探針與靶標(biāo)的結(jié)合時(shí)間對檢測性能的影響。結(jié)果如圖3所示,吸光值隨著結(jié)合時(shí)間的增加而增大,當(dāng)結(jié)合時(shí)間超過30 min后,反應(yīng)基本達(dá)到飽和狀態(tài),吸光值無明顯變化(P>0.05)。因此,后續(xù)實(shí)驗(yàn)選擇結(jié)合時(shí)間為30 min。

      2.1.4 發(fā)夾DNA(H1、H2)濃度及雜交時(shí)間

      在HCR反應(yīng)中,H1與H2通過互補(bǔ)錯位雜交而參與反應(yīng),因此一般兩者反應(yīng)濃度比為1∶1。不同發(fā)夾DNA濃度對檢測性能的影響如圖4所示,吸光值隨著發(fā)夾DNA濃度增加而增大。當(dāng)H1和H2濃度均達(dá)到80 nmol/L后,吸光值變化不顯著(P>0.05),可能是H1和H2濃度太大產(chǎn)生了空間位阻,導(dǎo)致雜交鏈的形成受到了影響。

      a-適配體1;b-檢測探針圖3 適配體與靶標(biāo)結(jié)合時(shí)間對檢測性能的影響Fig.3 The effect of incubation time between S.aureus aptameron the detection performance

      固定以上實(shí)驗(yàn)條件,研究H1和H2雜交時(shí)間對檢測性能的影響。結(jié)果如圖4所示,隨著雜交時(shí)間的延長,吸光值逐漸增加,當(dāng)時(shí)間達(dá)到60 min后,吸光值沒有顯著變化(P>0.05),說明雜交反應(yīng)60 min左右基本達(dá)到飽和狀態(tài)。因此,H1和H2最佳反應(yīng)濃度均為80 nmol/L,雜交時(shí)間選擇60 min。

      a-H1和H2濃度;b-HCR雜交時(shí)間圖4 發(fā)夾探針(H1和H2)濃度及雜交時(shí)間對檢測性能的影響Fig.4 Effect of concentration and hybridization time of hairpin probe (HP1, HP2)on detection performance

      2.1.5 SA-HRP濃度

      SA-HRP是顯色反應(yīng)的關(guān)鍵因素,SA-HRP 濃度過高易引起非特異性吸附,濃度過低則顯色反應(yīng)不充分。本研究固定以上實(shí)驗(yàn)條件,考察SA-HPR不同稀釋體積比(1∶10 000~1∶100 000)對檢測性能的影響。結(jié)果如圖5所示,SA-HRP稀釋比例在1∶10 000~1∶40 000時(shí),吸光值變化不顯著(P>0.05),隨著稀釋比例進(jìn)一步增大,與實(shí)驗(yàn)組1∶10 000和1∶20 000相比,吸光值顯著降低(P<0.05)。故選擇SA-HRP稀釋比例為1∶40 000。

      2.2 檢測性能評價(jià)

      圖5 SA-HRP濃度對檢測性能的影響Fig.5 The effect of SA-HRP concentration on the detection performance

      2.2.1 檢測限、線性范圍的確定

      在優(yōu)化條件下測定不同濃度的金葡菌(0、5、10、100、500、1 000、10 000、100 000 CFU/mL)。標(biāo)準(zhǔn)曲線如圖6所示,反應(yīng)溶液吸光值隨著金葡菌濃度的增加而增大,吸光值強(qiáng)度在101~105CFU/mL呈良好線性關(guān)系,線性方程為y=0.140+0.497x,相關(guān)系數(shù)(R)為0.992。同時(shí)溶液顏色的變化與吸光值呈正相關(guān),當(dāng)金葡菌濃度為10 CFU/mL時(shí),溶液顯色較明顯,故本方法可視化檢測限為10 CFU/mL。結(jié)果表明本方法具有高的靈敏度,完全可滿足食品中金葡菌限量值的檢測要求。

      圖6 金葡菌濃度與吸光值(450 nm)的線性關(guān)系Fig.6 The plots of the absorbance versus at 450 nm versus S.aureus concentration

      2.2.2 特異性分析

      采用本方法檢測同等濃度的金葡菌、大腸桿菌、鼠傷寒沙門氏菌、單增李斯特菌等致病菌,同時(shí)設(shè)置空白對照,以評估本方法的特異性。結(jié)果如圖7所示,其余幾種致病菌引起的吸光值與空白對照組相近,說明適配體與其余致病菌無交叉反應(yīng),本方法具有高的特異性。

      圖7 特異性分析Fig.7 Specificity analysis

      2.2.3 方法的應(yīng)用

      通過加標(biāo)回收實(shí)驗(yàn)將本方法應(yīng)用于實(shí)際樣品檢測,檢測結(jié)果與國標(biāo)法[18]對比驗(yàn)證。結(jié)果如表2所示,兩種方法的檢測結(jié)果沒有明顯差異(P>0.05),本方法加標(biāo)回收率為91.8%~98.2%,相對標(biāo)準(zhǔn)偏差<6%,表明檢測結(jié)果準(zhǔn)確可靠實(shí)。

      表2 加標(biāo)回收率(n=3)Table 2 Recovery rates of S.aureus in spiked foods

      2.2.4 方法的比較

      與基于適配體的其他快速檢測方法相比(表3),本方法具有高靈敏度、高準(zhǔn)確性、操作簡單、檢測結(jié)果直觀等優(yōu)點(diǎn)。與電化學(xué)、拉曼生物傳感及壓電傳感檢測方法相比,本方法不需修飾電極,不需特殊專業(yè)設(shè)備。與基于納米材料的比色法和熒光法比較,不需制備納米材料和對適配體進(jìn)行功能化修飾。與抗原-抗體識別原理的免疫分析技術(shù)相比,本方法具有識別分子易獲得、成本低廉等優(yōu)點(diǎn),可極大降低檢測成本。

      表3 金黃色葡萄球菌檢測方法比較Table 3 Comparison of analytical performance of the proposed methods for the detection of S.aureus

      3 結(jié)論

      本研究以金黃色葡萄球菌適配體為識別分子,結(jié)合HCR信號放大策略,建立了一種高靈敏、高通量的金黃色葡萄球菌快速檢測新方法。在優(yōu)化條件下,金黃色葡萄球菌的檢測線性范圍為101~105CFU/mL,可視化檢測限為10 CFU/mL,在雞肉和牛乳中加標(biāo)回收率達(dá)到91.8%~98.2%,檢測結(jié)果與國標(biāo)方法無顯著差異。本方法前處理簡單,樣品不需要增菌,檢測靈敏度高,成本較低,更有利于現(xiàn)場檢測,對于其他食源性致病及目標(biāo)物的檢測具有一定的借鑒和參考價(jià)值。

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