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      牦牛CST3 基因的克隆、表達(dá)及生物信息學(xué)分析

      2022-10-12 13:18:00李春海陳曉英王紅梅楊劉玥玲趙旺生
      中國(guó)畜牧雜志 2022年10期
      關(guān)鍵詞:附睪牦牛精子

      李春海,陳曉英,王紅梅,楊劉玥玲,趙旺生*

      (1.西南科技大學(xué)生命科學(xué)與工程學(xué)院,四川綿陽(yáng) 621010;2.西藏自治區(qū)農(nóng)牧科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所,西藏拉薩 850009)

      從1961 年Clausen 等在腦脊液中發(fā)現(xiàn)胱蛋白開(kāi)始,人們就對(duì)(Cystatin)基因家族開(kāi)始了深入研究。CST3 是一種相對(duì)低分子質(zhì)量的非糖基化堿性蛋白質(zhì),是廣泛存在于動(dòng)植物中的半胱氨酸蛋白酶抑制劑,在有核細(xì)胞中均有所表達(dá),其參與細(xì)胞內(nèi)外蛋白水解的調(diào)控,保護(hù)細(xì)胞免受不適當(dāng)?shù)膬?nèi)源性或外源性蛋白酶水解。Frygelius 等發(fā)現(xiàn)編碼一種半胱氨酸蛋白酶抑制劑,基因的整體結(jié)構(gòu)與人類(lèi)和其他II 型的編碼基因非常相似,有2 個(gè)內(nèi)含子位于與人類(lèi)相同的位置,在啟動(dòng)子區(qū)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)六核苷酸TGTTCT,它是雄激素應(yīng)答元件(ARE)的核心序列,該區(qū)域還包含一個(gè)21 核苷酸序列。CST3 蛋白在功能上與免疫應(yīng)答和精子成熟有關(guān)。在免疫方面,CST3 蛋白的缺少可以導(dǎo)致乳膠脂多糖誘導(dǎo)的膿毒癥和NLRP3 炎性小體的激活。在精子發(fā)生和成熟方面,基因主要從精原干細(xì)胞向早期精母細(xì)胞表達(dá),并通過(guò)調(diào)節(jié)自噬在小鼠精原干細(xì)胞體外維持和移植后減數(shù)分裂進(jìn)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。精原干細(xì)胞中的抑制會(huì)損害精子細(xì)胞或精子的產(chǎn)生,CST3 也是晚期生殖細(xì)胞發(fā)育的重要調(diào)節(jié)因子?;蜃饔脵C(jī)理是通過(guò)修飾精子表面蛋白和周?chē)后w中的可溶性蛋白來(lái)促進(jìn)精子成熟。研究表明,顯著表達(dá)于男性生殖道,精漿中CST3 蛋白水平較高,約為血清的37 倍。本研究通過(guò)對(duì)基因的克隆和對(duì)其序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析,并利用qPCR 技術(shù)對(duì)基因在牦牛附睪各區(qū)段的表達(dá)情況進(jìn)行研究,以期為牦牛提高繁殖力提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

      1 材料與方法

      1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物 取3 頭24 月齡、體格相似、身體健康的公牦牛睪丸組織,牦牛來(lái)自于四川省阿壩州紅原縣屠宰場(chǎng)。使用Hanks 溶液將睪丸組織清洗3 次,并將附睪從睪丸中分離出來(lái),去除結(jié)締和脂肪組織,將附睪分為附睪頭、附睪體和附睪尾3 個(gè)部分。

      1.2 主要試劑 Hanks 溶液,購(gòu)自福州飛凈生物科技有限公司;Trizol 試劑,購(gòu)自廣州濟(jì)恒醫(yī)藥科技有限公司;Taq DNA 聚合酶,購(gòu)自大連寶生物工程有限公司;2X SG Fast qPCR Master Mix 試劑,購(gòu)自生工生物工程(上海)股份有限公司;PCR-grade water 試劑,購(gòu)自上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司;雙蒸水、0.8%的瓊脂糖凝膠,購(gòu)自香港Gene Company Ltd。

      1.3 主要儀器 電泳儀,購(gòu)自南京普陽(yáng)科學(xué)儀器研究所;SpectraMax Quick Drop 超微量分光光度計(jì),購(gòu)自濟(jì)南來(lái)寶醫(yī)療器械有限公司;高速離心機(jī),購(gòu)自阿法拉伐(上海)技術(shù)有限公司;生化培養(yǎng)箱,購(gòu)自寧波江南儀器廠;超凈工作臺(tái),購(gòu)自濟(jì)南童鑫生物科技有限公司;微量移液器,購(gòu)自濟(jì)南歐萊博生物科技有限公司。

      1.4 牦牛附睪組織總RNA 的提取 根據(jù)Trizol 試劑說(shuō)明書(shū),提取牦牛附睪頭、體、尾部的總RNA,利用0.8% 的瓊脂糖凝膠電泳儀檢測(cè)RNA 的完整性,利用SpectraMax Quick Drop 超微量分光光度計(jì)檢測(cè)RNA 的質(zhì)量,并保存在超低溫冰箱(-80℃)里。

      1.5 克隆及設(shè)計(jì)引物 利用引物設(shè)計(jì)軟件Primer 5.0 設(shè)計(jì)牦?;虻腜CR 克隆引物,引物序列(5'→3')為:CF1:GACCATGGTGGGCTCCCC;CR1:TGGC CTGCCTGTTAATCC。以牦牛附睪組織逆轉(zhuǎn)錄所得的cDNA 為模板進(jìn)行PCR 擴(kuò)增,采用20.0 μL 擴(kuò)增體系:DNA 聚合酶10.0 μL,雙蒸水7.0 μL,混勻的上下游特異性引物2.0 μL(10 μmol/L),附睪組織的cDNA 加1.0 μL(10 μmol/L)。反應(yīng)條件:預(yù)變性94℃4 min;94 ℃30 s;60 ℃30 s,72 ℃2 min,循 環(huán)32 次,72 ℃延伸2 min。將產(chǎn)物電泳檢測(cè)后進(jìn)行DNA 的純化并在超凈工作臺(tái)上與目的片段和載體連接、轉(zhuǎn)化及鑒定后,送成都擎科梓熙生物公司進(jìn)行測(cè)序。

      1.6 CST3 蛋白質(zhì)生物信息學(xué)分析 利用在線軟件EXPASY(https://web.expasy.org/protparam/)分析CST3蛋白質(zhì)理化性質(zhì);利用線上軟件SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.1/)對(duì)CST3 蛋白的信號(hào)肽進(jìn)行預(yù)測(cè);利用線上軟件SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html#opennewwindow)對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析;利用TMHMM(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)在線軟件分析、檢測(cè)CST3 蛋白的跨膜區(qū)數(shù)量;利用Softberry(http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=protcompan&group=programs&subgroup=proloc)在線軟件分析CST3 蛋白的亞細(xì)胞定位。

      1.7 熒光定量PCR 利用Primer Premier 5.0 軟件對(duì)已克隆得到的基因序列及內(nèi)參基因UXT(NM_174 029.1)序列進(jìn)行特異性引物設(shè)計(jì),引物序列(5'→3')分別為:基因 CF2:CGCAAGCAGGTCGTGTCA;CR2:GGCTGGTTATGGAAGGGA;UXT 基 因UF:TGTGGCCCTTGGATATGGTT;UR:GGTTGTCGCTG AGCTCTGTG。熒光定量操作方法按照2X SG Fast qPCR Master Mix 試劑盒說(shuō)明操作。反應(yīng)體系共10.0 μL:2X SG Fast qPCR Master Mix 5.0 μL,上下游引物各0.4 μL(10 μmol/L),PCR-grade water 3.2 μL,模板DNA為1 μL(10 μmol/L),以每個(gè)樣品3 個(gè)重復(fù)作為對(duì)照。反應(yīng)條件:預(yù)變性95℃3 min;95℃2 s;60℃25 s;40 個(gè)循環(huán)。利用qPCR 技術(shù),以內(nèi)參基因作為對(duì)照基因,以附睪頭作為對(duì)照組(CY1、CY2、CY3),附睪體(CY4、CY5、CY6)和附睪尾部(CY7、CY8、CY9)作為處理組,運(yùn)用2方法可計(jì)算出基因在附睪組織頭、體、尾的相對(duì)表達(dá)量。

      2 結(jié)果

      2.1 牦?;虻臏y(cè)序及分析 通過(guò)EXPASY 的分析能夠得出,牦?;虻拈_(kāi)放讀碼框長(zhǎng)度為447 bp,含起始密碼子ATG 和終止密碼子TAA(圖1)。NCBI 網(wǎng)站BLAST 同源性比對(duì)發(fā)現(xiàn),牦牛核苷酸序列與印度水牛(登錄號(hào):KU936088.1)、山羊(登錄號(hào):XP_013824066.2)和駱駝(登錄號(hào)XP_032317598.1)、犀 牛(XP_017703337.1)相 應(yīng)序列的同源性分別為97.97%、87.16%、68.03%、67.20%。

      圖1 牦牛CST3 基因的堿基和氨基酸序列

      2.2 牦牛CST3 翻譯蛋白的理化分析 通過(guò)EXPASY在線分析CST3 蛋白的氨基酸理化性質(zhì),其中含量最高的為異亮氨酸Leu(12.2%),其次為纈氨酸Val(11.5%)、丙氨酸Ala(10.1%),含量最少的為色氨酸Trp(0.7%)。CST3 蛋白的分子量為16.26 ku,其等電點(diǎn)為9.23,為弱堿性蛋白。采用線上軟件對(duì)CST3 蛋白的信號(hào)肽作預(yù)測(cè),結(jié)果顯示牦牛CST3 蛋白存在信號(hào)肽序列,信號(hào)肽剪切位點(diǎn)位于第19 號(hào)和第20 號(hào)氨基酸之間。利用protscale 對(duì)CST3 蛋白質(zhì)進(jìn)行親疏水性分析,結(jié)果顯示最大值3.256,在第19 個(gè)位點(diǎn)上;最小值-2.644,在第120 個(gè)位點(diǎn)上,整體為親水性蛋白(圖2)。

      圖2 牦牛CST3 基因翻譯蛋白親疏水性預(yù)測(cè)

      2.3 牦牛CST3 蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)分析與測(cè)定 對(duì)CST3蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)CST3 蛋白的長(zhǎng)度為148 個(gè)氨基酸,CST3 蛋白在螺旋區(qū)有57 個(gè)氨基酸,占比為38.51%;在延伸鏈結(jié)構(gòu)處有21 個(gè)氨基酸,占比為14.19%;在轉(zhuǎn)角區(qū)有2 個(gè)氨基酸,占比為1.35%;在不規(guī)則卷曲狀態(tài)下有68 個(gè)氨基酸,占比為45.95%。

      2.4 牦牛基因的跨膜結(jié)構(gòu)分析和預(yù)測(cè) 對(duì)基因的跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)(圖3)分析,結(jié)果顯示CST3 蛋白在7~29 位氨基酸處存在跨膜結(jié)構(gòu)。牦牛CST3 蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)顯示CST3 蛋白亞細(xì)胞定位于細(xì)胞外(圖4)。

      圖3 牦牛CST3 蛋白的跨膜分析

      圖4 牦牛CST3 蛋白的亞細(xì)胞定位

      2.5 牦?;蛟诟讲G不同區(qū)域的表達(dá) 通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)技術(shù)檢測(cè)基因在牦牛附睪不同區(qū)段的表達(dá)情況,發(fā)現(xiàn)基因在附睪組織的頭部、體部、尾部3 個(gè)區(qū)段中均有表達(dá),存在顯著差異,其中在附睪頭部表達(dá)量最高,附睪體部和尾部表達(dá)量相對(duì)較低(圖5)。

      圖5 牦牛CST3 基因在附睪不同區(qū)域的表達(dá)

      3 討 論

      基因是編碼胱抑制素相關(guān)的附睪生精蛋白基因,它的缺乏會(huì)導(dǎo)致雄性小鼠在體外顯示出生育缺陷。本研究分析結(jié)果顯示,CST3 蛋白序列長(zhǎng)度為148,CST3 蛋白在螺旋區(qū)有57 個(gè)氨基酸,占比為38.51%;在延伸鏈結(jié)構(gòu)處也有21 個(gè)氨基酸,占比為14.19%;在轉(zhuǎn)角區(qū)有2 個(gè)氨基酸,占比為1.35%。CST3 蛋白的氨基末端是對(duì)含半胱氨酸的蛋白質(zhì)起抑制作用的位點(diǎn)之一,CST3 蛋白氨基末端通過(guò)結(jié)合-淀粉樣前體蛋白,競(jìng)爭(zhēng)性抑制-淀粉樣蛋白的產(chǎn)生。此外,CST3 的氨基端殘基以及Q88 和C97 可以通過(guò)與硫酸乙酰肝素結(jié)合來(lái)抑制木瓜蛋白酶的活性,在酸性pH條件硫酸乙酰肝素能夠降低CST3 蛋白的抑制能力。基因在附睪中主要控制功能性淀粉樣結(jié)構(gòu)的形成,且在附睪頭部中的表達(dá)量高于附睪尾部,這與本研究結(jié)果相一致。在人和小鼠上的研究表明,CST3 蛋白68 號(hào)氨基酸突變,會(huì)產(chǎn)生L68Q 突變體,使得CST3 蛋白在睪丸中異常積累,對(duì)生育產(chǎn)生不良影響,含有L68Q 型雜合體的小鼠不育。通過(guò)對(duì)L68Q 雜合體小鼠的研究發(fā)現(xiàn),L68Q 雜合體小鼠的精子沒(méi)有明顯的結(jié)構(gòu)缺陷,但這種小鼠的精子周?chē)讲G腔液中的成分可能會(huì)與精子表面結(jié)合,導(dǎo)致精子凝集和細(xì)胞膜破壞,最終影響精子的活力和生育能力。在人體中L68Q 胱抑制素C 淀粉樣蛋白的存在會(huì)改變附睪腔內(nèi)環(huán)境,從而導(dǎo)致精子不能具有受精功能。

      在小鼠上的研究發(fā)現(xiàn),在小鼠精原干細(xì)胞中CST3 蛋白的抑制會(huì)損害精子細(xì)胞或精子的物質(zhì)產(chǎn)生,基因在精原干細(xì)胞到早期精母細(xì)胞的分化整個(gè)時(shí)期均有表達(dá),并通過(guò)調(diào)節(jié)自噬在小鼠精原干細(xì)胞體外維持和小鼠精原干細(xì)胞移植后減數(shù)分裂過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。核心多能性因子(Oct4、Id1)和關(guān)鍵RNA 結(jié)合蛋白(Nanos3)可以傳遞來(lái)自CST3 蛋白介導(dǎo)的自噬的信號(hào)。在基因表達(dá)敲低的小鼠精原干細(xì)胞中觀察到細(xì)胞增殖抑制和G1 期細(xì)胞周期停滯現(xiàn)象,因此,CST3蛋白也是晚期生殖細(xì)胞發(fā)育的重要調(diào)節(jié)因子。在正常男性體內(nèi),CST3 蛋白在睪丸、附睪、輸精管、精囊和前列腺等組織中廣泛分布,基因在精囊和前列腺中高度表達(dá),說(shuō)明男性生殖器官和精漿中CST3 蛋白的主要含量是由這2 種組織的細(xì)胞產(chǎn)生的,CST3 蛋白也是男性生殖系統(tǒng)正常和病理性蛋白水解的重要調(diào)節(jié)因子。在糖尿病患者精液中,CST3 蛋白的豐富度降低,導(dǎo)致精子的活力降低。CST3 蛋白作為一種孕酮依賴蛋白可以與精子結(jié)合,增強(qiáng)精子活性,但也抑制膽固醇的流出和精子酪氨酸磷酸化,降低精子獲能。在人上的研究發(fā)現(xiàn),男性生殖器官和精漿中存在的CST3 蛋白主要是由精囊和前列腺小體細(xì)胞產(chǎn)生的。

      基因除了在精子的發(fā)生和成熟過(guò)程中起重要作用外,還與一些癌癥發(fā)生、血管和腦部疾病有重要關(guān)系。在癌癥中的研究發(fā)現(xiàn),CST3 蛋白作為組織蛋白酶B 的抑制劑,被證明是一種促進(jìn)凋亡和生長(zhǎng)抑制因子,并已應(yīng)用于某些癌癥的診斷和預(yù)后。此外,CST3 蛋白可以拮抗多種參與促進(jìn)細(xì)胞侵襲/遷移的關(guān)鍵因素,如轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-(TGF-)和基質(zhì)金屬蛋白酶(MMPs)。因此,CST3 蛋白在一些癌癥侵襲和遷移中起負(fù)面作用。研究發(fā)現(xiàn),CST3 蛋白促進(jìn)食管癌細(xì)胞的生長(zhǎng)并抑制了細(xì)胞凋亡。在腦動(dòng)脈和外周動(dòng)脈中,CST3 蛋白缺乏可誘發(fā)動(dòng)脈瘤變化。這種變化主要是由于蛋白酶(如組織蛋白酶)的活性不受控制。因此,可以看到結(jié)締組織和血管細(xì)胞的廣泛變化。此外,CST3 蛋白和組織蛋白酶B 的平衡對(duì)于血管重塑至關(guān)重要,并且發(fā)現(xiàn)改變CST3 水平的基因多態(tài)性與腦小血管病等病理學(xué)相關(guān)。在動(dòng)脈粥樣硬化中,巨噬細(xì)胞中CST3 蛋白的缺失會(huì)導(dǎo)致巨噬細(xì)胞出現(xiàn)自噬功能障礙,并隨后導(dǎo)致它們的凋亡,CST3 蛋白在抗原呈遞細(xì)胞的功能上具有性別依賴性,這種性別依賴性調(diào)節(jié)在CD11b+細(xì)胞中比在CD11c+細(xì)胞中更為突出。CST3蛋白在C57BL/6J 小鼠的實(shí)驗(yàn)性自身免疫性腦脊髓炎發(fā)育中也具有性別依賴性作用。相關(guān)研究表明,在女性中,CST3 驅(qū)動(dòng)抗原呈遞細(xì)胞的激活和抗原呈遞能力,從而促進(jìn)CD4+IFN-的產(chǎn)生和中樞神經(jīng)系統(tǒng)自身免疫。

      綜上所述,基因的表達(dá)情況與精子的獲能和成熟有關(guān),附睪頭部主要通過(guò)分泌各種物質(zhì)對(duì)精子成熟起重要作用,而基因在附睪頭部的高表達(dá)證實(shí)了本研究結(jié)果,但其對(duì)精子成熟和獲能的作用機(jī)制還需要繼續(xù)深入研究。

      4 結(jié) 論

      本研究成功克隆得到了牦牛基因的CDS 區(qū)序列,并對(duì)基因序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。通過(guò)對(duì)CST3 蛋白理化性質(zhì)分析發(fā)現(xiàn)CST3 蛋白為親水性蛋白,存在跨膜結(jié)構(gòu)域和信號(hào)肽。經(jīng)過(guò)qPCR 檢測(cè)發(fā)現(xiàn)基因在牦牛附睪組織不同區(qū)段中分布不均,在附睪頭部的表達(dá)量最高。本研究通過(guò)對(duì)基因在牦牛附睪組織不同區(qū)域的表達(dá)情況進(jìn)行分析,為牦牛附睪精子成熟的機(jī)制提供基礎(chǔ)材料,同時(shí)為牦牛的育種和繁殖提供研究方向。

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