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      影像組學和基因組學在急性胰腺炎中的應用進展

      2023-01-03 22:08:57張馨予劉威杜娟娟張小明
      國際醫(yī)學放射學雜志 2022年5期
      關(guān)鍵詞:基因組學組學胰腺炎

      張馨予 劉威 杜娟娟 張小明

      急性胰腺炎(acute pancreatitis,AP)是一種常見且可能致命的胃腸道疾病,其發(fā)病率呈逐年上升趨勢[1]。雖然大多數(shù)AP病人病情輕微,但有20%~30%的病人會發(fā)展為病情復雜的重癥AP。伴有器官衰竭的重癥AP病人死亡率可高達30%[1]。但由于淀粉酶、脂肪酶水平的高低與AP的嚴重程度不成正比且胰腺形態(tài)學變化滯后于病程變化,導致AP發(fā)病早期(<72 h)的腹部增強CT或MRI等傳統(tǒng)影像學檢查可能會低估病情的嚴重程度[2],難以及時準確地判斷AP的嚴重程度。因此,目前亟需一種能有效診斷AP和預測其嚴重程度的方法。影像組學能夠通過影像特征的量化將傳統(tǒng)醫(yī)學影像轉(zhuǎn)換成有意義的、可挖掘的數(shù)據(jù),特別適用于提取那些即使是專業(yè)人員,其肉眼也無法識別的信息[3]。因此,影像組學可成為一種能夠及時準確診斷AP及嚴重程度的有效工具。而AP的發(fā)生發(fā)展受環(huán)境、基因和代謝等多種因素共同影響,基因突變被認為是與其他病因相互作用的共同影響因子,可能在胰腺炎的發(fā)病機制中起著重要作用[4]?;驕y序和分析技術(shù)的快速發(fā)展為研究疾病的基因背景提供了便利,基因組學應用于AP的研究結(jié)果也表明,影像組學和基因組學存在內(nèi)在聯(lián)系[5]。因此,本文就影像組學和基因組學在AP中的應用研究進展及兩種研究方法的優(yōu)勢和不足進行綜述。

      1 影像組學在AP中的應用

      圖像后處理和分析技術(shù)的進步為提高疾病檢測和分類提供了機會。影像組學利用了醫(yī)學影像中存在的沒能被人們充分利用的高維可挖掘數(shù)據(jù),將圖像數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為特征,通過分析這些特征來反映潛在的病理生理學[6]。影像組學特征可分為一階、二階、高階和形狀特征[6]。一階特征是基于直方圖的方法,能提供集中趨勢(即平均值、中位數(shù))和分布趨勢(如偏度和峰度)的度量;二階特征代表相鄰像素衰減的空間關(guān)系(如灰度長游程矩陣、灰度共生矩陣)的“紋理特征”;高階特征則是通過在特征提取之前增加一個濾波步驟獲得,如小波濾波或高斯濾波;形狀特征是對興趣區(qū)幾何特征的定量描述[6-7]。越來越多的研究[8-10]表明,影像組學可能為胰腺腫瘤檢測、分類分級和預測病人預后提供有用的影像生物標志物。

      1.1 預測AP的嚴重程度Lin等[11]對259例AP病人進行回顧性研究,從MRI門靜脈期的整個胰腺區(qū)域提取了353個影像組學特征,結(jié)果顯示訓練組的影像組學模型對于區(qū)分輕度和中重度AP病人的診斷準確度達到85.6%,其受試者操作特征曲線下面積(AUC)為0.917,高于其他臨床模型(AUC為0.744~0.750);驗證組的影像組學模型的準確度為81.0%,AUC為0.848,明顯高于一些臨床模型(AUC為0.708~0.725)。該研究表明,基于增強MRI的影像組學特征可以預測AP的嚴重程度,且比現(xiàn)有的一些臨床模型更適用于AP早期階段的準確預測。

      1.2 預測AP的相關(guān)并發(fā)癥Iranmahboob等[12]對41例AP病人的表觀擴散系數(shù)(ADC)圖進行直方圖分析發(fā)現(xiàn)一些一階特征與新的并發(fā)癥發(fā)生有關(guān),包括新發(fā)的局部液體積聚、胰腺壞死、靜脈血栓形成或動脈假性動脈瘤。峰度是對分布在尾部的極值(即離群值)的度量,采用峰度閾值>2.4預測新發(fā)并發(fā)癥的敏感度為75.0%,特異度為91.9%,AUC為0.784。峰度增加的病人隨后出現(xiàn)并發(fā)癥的確切病理機制尚不清楚。有研究者[12]推測,峰度的增加是由于信號強度異質(zhì)性的增加,這反映了潛在的炎癥和蜂窩織炎的變化;而這些潛在的炎癥和蜂窩織炎可能使病人容易發(fā)生并發(fā)癥。

      1.3 預測AP的復發(fā)Chen等[13]從389例首次發(fā)生AP病人的動脈期和靜脈期CT影像中提取了412個影像組學特征,并經(jīng)過平均(62.8±6.7)個月的臨床隨訪確定是否存在復發(fā)性AP。影像組學模型在訓練組預測復發(fā)性AP的準確度為87.1%,在驗證組的準確度為89.0%。影像組學模型在訓練組的AUC(0.941和0.712)和驗證組的AUC(0.929和0.671)均優(yōu)于臨床模型。研究表明,影像組學特征可能對疾病的嚴重程度進行分層,并比臨床模型能更好地識別有急性并發(fā)癥或復發(fā)風險的病人。

      1.4 預測胰周壞死Zhou等[14]從135例AP病人(其中67例病人發(fā)生胰周壞死)的胰周液體積聚的T2WI和胰腺實質(zhì)的MR動脈晚期影像中提取影像組學特征。采用支持向量機算法將選取的胰周液體積聚的12個最佳影像特征和胰腺實質(zhì)的10個最佳影像特征用于影像組學建模,并與臨床模型、MR嚴重程度指數(shù)評分、胰周炎癥MR評分比較,結(jié)果顯示,這兩個影像組學模型在訓練組中預測早期胰周壞死的準確度分別為91.5%和87.2%,AUC分別為0.969和0.931;在驗證組中的準確度分別為92.7%和82.9%,AUC分別為0.976和0.921,均優(yōu)于臨床模型(訓練組和驗證組AUC分別為0.856、0.771,準確度分別為76.6%和68.3%)和常規(guī)影像學評分(胰腺外炎癥MR評分在訓練組的AUC為0.856,準確度為79.8%,驗證組的AUC為0.767,準確度為68.3%;MR嚴重程度指數(shù)評分在訓練組的AUC為0.772,準確度為72.3%,驗證組的AUC為0.793,準確度為78.0%)。據(jù)此研究結(jié)果可推測基于MRI的胰周液體積聚和胰腺實質(zhì)的影像組學模型對早期胰周壞死具有優(yōu)異的預測性能。

      2 基因組學在AP中的應用

      AP最常見的病因包括膽石癥和飲酒,然而一些研究[15-16]指出了基因突變和多態(tài)性的重要性。自從首次在遺傳性胰腺炎家系中發(fā)現(xiàn)胰蛋白酶原突變以來,胰腺炎遺傳學取得了迅速進展[17]?;蚪M學是生物學的一個分支,它利用生物信息學和計算工具來探索基因組的特征,主要研究生物體整個基因組的結(jié)構(gòu)、功能、定位和編輯,現(xiàn)已成為研究AP基因背景的重要工具之一。

      2.1 基因與AP發(fā)病的相關(guān)性Chang等[18]對126例高脂血癥病人(46例伴有高脂血癥性胰腺炎,80例無高脂血癥性胰腺炎)進行了基因分析,研究發(fā)現(xiàn)攜帶囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)因子基因突變的高脂血癥病人更容易發(fā)生高脂血癥性胰腺炎。另有研究[15]采集了221例AP病人(實驗組)和345名健康居民(對照組)的全血標本,并從血液標本中提取DNA進行基因組學分析,通過對2組受試者的基因型和基因測序數(shù)據(jù)對比分析,發(fā)現(xiàn)絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal1型基因的N34S突變可能易誘發(fā)AP,特別是在酗酒的病人中,并可能導致更嚴重的病程。Sciskalska等[19]通過研究吸煙和谷氨酰基轉(zhuǎn)移酶1基因多態(tài)性對AP的影響,發(fā)現(xiàn)攜帶谷氨?;D(zhuǎn)移酶1基因單核苷酸多態(tài)性位點rs5751901的TC基因型個體暴露于吸煙有害物時,發(fā)生AP的風險增加了3倍。該團隊還采用類似的基因研究方法發(fā)現(xiàn),金屬硫蛋白1基因和金屬硫蛋白2基因的基因多態(tài)性在吸煙個體發(fā)生AP中起著重要作用,其中在金屬硫蛋白1A基因單核苷酸多態(tài)性位點rs116408151的CC基因型受試者中,暴露于煙草有害物質(zhì)的個體發(fā)生AP的風險增加了4倍以上[20]。2.2基因多態(tài)性在胰腺炎病程發(fā)展中的作用Abu-El-Haija等[21]采用TruSeq富集和Illumina測序技術(shù)對54例AP病人、31例急性復發(fā)性胰腺炎病人和26例慢性胰腺炎病人進行基因測序分析,研究表明絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal1型基因突變可使AP進展為復發(fā)性胰腺炎的過程加快;囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)因子基因、絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal1型基因或陽離子胰蛋白酶原基因的變異與促進AP發(fā)展為慢性胰腺炎有關(guān)。另有研究[22]對1例胰腺炎病人進行了連續(xù)14年的隨訪和全基因測序,也驗證了AP進展為慢性胰腺炎與囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)因子基因和絲氨酸蛋白酶抑制劑Kazal1型基因突變有關(guān)。

      2.3 基因突變與AP的嚴重程度的相關(guān)性Radosavljevic等[23]將基因分析應用于AP嚴重程度相關(guān)因素的研究。AP的嚴重程度是根據(jù)亞特蘭大分類確定的。該研究使用聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態(tài)性法對60例男性AP病人(輕度AP 36例、重癥AP 24例)和38例女性AP病人(輕度AP 17例、重癥AP 21例)進行囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)因子基因的IVS8-poly T、R117H和M470V變異進行分型,并分析比較不同基因型在不同性別和嚴重程度的病人中的分布和發(fā)生頻率,表明囊性纖維化跨膜傳導調(diào)節(jié)因子基因的IVS8 poly-T變異會影響女性AP病人病情的嚴重程度。

      3 不足與展望

      影像組學通過挖掘醫(yī)學影像中潛在的信息,能夠有效避免影像表現(xiàn)滯后于病程發(fā)展的缺點,能較好地預測AP的發(fā)展趨勢,為臨床醫(yī)生提前給予AP病人恰當?shù)母深A提供依據(jù)。因此,影像組學在AP的研究中具有廣闊的前景,是改善AP的診斷、治療和預后的有效工具。但影像組學應用于AP臨床實踐仍存在一些不足。首先,胰腺ROI的勾畫還未實現(xiàn)全自動分割,采用人工勾畫ROI的過程復雜而冗長,且勾畫者的主觀性很大程度決定了結(jié)果的準確性。再者,影像組學模型在AP研究中的可重復性及魯棒性受醫(yī)學影像的掃描設備及其參數(shù)的影響而存在差異,并且多數(shù)研究還處在單中心、小樣本的階段,這使得影像組學廣泛應用于臨床仍具有一定距離。因此,數(shù)據(jù)共享結(jié)合標準化的圖像采集和重建方案,達到整個過程的全自動化水平(特別是分割步驟)可能是解決上述問題的方案。

      基因組學的出現(xiàn)對AP的研究具有重要意義。了解AP的基因背景有利于其分子機制的研究。但基因組學在醫(yī)學領(lǐng)域中的應用仍然受以下幾個問題的限制:①盡管隨著測序技術(shù)的發(fā)展,基因組學的費用已逐漸降低,但其檢測和服務成本仍然相對較高;②基因組學測序的數(shù)據(jù)規(guī)模巨大,數(shù)據(jù)的極端異質(zhì)性和不同層次的復雜交互給算法和軟件開發(fā)帶來了巨大的挑戰(zhàn);③解釋基因測序發(fā)現(xiàn)的變異基因的功能是基因組學研究的一個重要組成部分,對于揭示變異對性狀的影響至關(guān)重要。然而,由于基因組功能非常復雜,對其理解還不完全,關(guān)于變異基因的分子效應及其對更高水平的生物表型的潛在影響,還有許多不能解釋的地方;④目前基因組學分析模式非常依賴于參考基因組。雖然GRCh38參考基因組在多方面質(zhì)量非常高,但它在重復和結(jié)構(gòu)多樣化的區(qū)域仍然存在缺失和錯誤。因此,改進實驗方法、算法和軟件開發(fā)以及創(chuàng)建大型和全面的數(shù)據(jù)集是完善基因組學不足的關(guān)鍵。

      影像基因組學是近些年新興的一門跨領(lǐng)域?qū)W科,它將影像特征與基因組學信息進行整合,用影像的方式反映分子水平的變異信息,突破了傳統(tǒng)的基于組織樣本的基因檢測,因此目前在腫瘤性疾病中應用較廣泛。有文獻[24]報道,目前影像基因組學已初步運用于胰腺導管腺癌的研究,影像組學特征可以預測胰腺導管腺癌的驅(qū)動基因。Permuth等[25]采用38例手術(shù)切除、病理證實的胰腺導管內(nèi)乳頭狀黏液性腫瘤(20例良性,18例惡性)分別建立了傳統(tǒng)影像學模型、臨床模型、影像組學模型、基因組學模型及影像基因組學模型等多個模型,評估各個模型對胰腺導管內(nèi)乳頭狀黏液性腫瘤術(shù)前良惡性的預測效能,結(jié)果顯示基于術(shù)前CT影像和血漿miRNA基因組分類器數(shù)據(jù)的影像基因組學模型預測胰腺導管內(nèi)乳頭狀黏液性腫瘤病理良惡性的AUC為0.92,優(yōu)于影像組學模型(AUC,0.77)和基因組學模型(AUC,0.83)。另一項研究[26]也證明了胰腺內(nèi)分泌腫瘤的一些術(shù)前CT特征與端粒選擇性延長表型相關(guān),從而可以預測胰腺內(nèi)分泌腫瘤的預后。因此,影像基因組學在胰腺疾病的診斷和預測方面具有很大的潛能。盡管目前還沒有影像基因組學應用于胰腺炎性疾病的報道,但基于影像基因組學的原理使其同樣適用于AP的相關(guān)研究,可能比現(xiàn)有的單獨將影像組學或基因組學應用于AP具有更大的優(yōu)勢。

      4 小結(jié)

      AP是多基因與環(huán)境共同作用的結(jié)果,其發(fā)生發(fā)展的基因背景及分子機制有待闡明。結(jié)合影像組學和基因組學的影像基因組學有望無創(chuàng)動態(tài)地觀察AP的生理病理變化,重建其基因特征,闡釋其發(fā)作機制。影像基因組學將AP的影像組學特征同基因特征聯(lián)系起來,通過AP的基因背景解釋其影像學表現(xiàn),也可以通過影像組學得到的影像特征預測可能的基因背景和發(fā)病機制,有利于更加準確、有效地干預和治療AP??梢姡跋窕蚪M學可能是人類研究和診療AP的一種新工具。

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