在前一集的故事中，美國特工杰森·伯恩因為執(zhí)行“絆腳石計劃”而失憶，后來他找回部分記憶，同時打敗了想要滅口自己的中央情報局高官，并與女友瑪莉躲到了一個小島上，過著平靜的生活。

其實，伯恩只是回想起了自己在執(zhí)行“絆腳石計劃”中的事情，對于更早的過去，他還是沒有徹底回想起來，只保留著斷斷續(xù)續(xù)的記憶。自己以前究竟曾經(jīng)做過什么？他到底是誰？杰森-伯恩這個名字真的屬于自己嗎？這些問題一直困擾著他。

一天，伯恩和瑪莉平靜的生活被打破了。一個陌生人突然出現(xiàn)，對他們展開了追殺?，斃蛟谔优苓^程中不幸中彈身亡，滿懷悲憤的伯恩決定將事情查個水落石出。

伯恩首先來到了歐洲，卻在入境時被海關(guān)扣留。美國政府駐當?shù)毓賳T找伯恩談話，期間接聽了一個電話。伯恩發(fā)現(xiàn)該官員接聽電話時，面部表情發(fā)生了微妙變化，于是決定先下手為強，三拳兩腳將其打昏在地。

伯恩復制了這名官員的手機電話卡，并在離開后對這部手機進行了竊聽。他發(fā)現(xiàn)，原來是美國中情局高層帕米拉與這名官員通話，她要求將伯恩扣留并押送到德國，并稱伯恩曾在幾天前暗殺了兩名特工，是個極其危險的人物。帕米拉是誰？為什么要對付自己？一頭霧水的伯恩決定到德國見一見帕米拉，弄清事情的真相。

事實上，帕米拉一直都在尋找伯恩，她的兩個手下被人暗殺，指紋顯示，殺手是幾年前“絆腳石計劃”的執(zhí)行者伯恩?！敖O腳石計劃”是一項高度機密的計劃，當年參與這一計劃的成員除了伯恩已全部喪生。在那個計劃中，曾有約兩千萬美元的款項不翼而飛，伯恩是重要嫌疑人。這幾年中情局一直在尋找伯恩的下落，如今他終于在德國出現(xiàn)，卻顯示殺死了兩名特工。帕米拉想查明真相，而且不想讓自己的手下白白喪命，她要抓住伯恩為死去的特工報仇。于是，帕米拉和同是中情局高層的沃恩帶著一干人等來到德國，準備和伯恩死磕到底。他們還找到曾經(jīng)為駐外特工提供后勤保障的妮基，因為她曾經(jīng)和伯恩接觸過，對調(diào)查案情會有幫助。

伯恩撥通了帕米拉的電話，他要求先與妮基面談，了解情況。從妮基口中，伯恩得知了帕米拉一行來德國的目的，伯恩明白這是有人在陷害自己。當他離開時，發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)成為全歐洲通緝的罪犯，還有不少警察在追捕自己。他畢竟曾經(jīng)是中情局的特工，那些警察根本抓不住他，他很輕松地甩掉了追捕的警察。

伯恩憑著僅存的記憶，來到了一家酒店的房間。看著房間內(nèi)的陳設(shè)，他想起自己曾經(jīng)在這里執(zhí)行過任務(wù)，殺死過一名外國政客和他的妻子，并偽造了現(xiàn)場。就這樣，伯恩又恢復了一點記憶。

伯恩剛進入那家酒店，警察就追蹤而至了。他甩脫警察后，憑借恢復的一點記憶，偷偷潛入自己老上司沃德的房間，恰好聽到他與外國石油大亨尤里的通話。這時伯恩終于明白，是沃德在陷害自己。

原來，當年沃德利用“絆腳石計劃”，與尤里一起盜走兩千萬美元資金，之后設(shè)計將參與該計劃的成員一一殺害，只有伯恩僥幸逃脫，卻失了憶。這幾年來，尤里利用那筆巨款成為了知名企業(yè)家，沃德也獲益匪淺。沃德還有一年就要退休了，但為了保證自己的安全，他們一直在尋找伯恩的下落。當打聽到伯恩和瑪莉的下落后，尤里派殺手企圖斬草除根，沃德則制造了幾年前伯恩重現(xiàn)并殺死兩名特工的假象。

伯恩將尤里與沃德的對話進行了錄音，之后他如神兵天降，突然在沃德面前現(xiàn)身。沃德知道自己的行為已經(jīng)敗露，無路可逃，干脆飲彈身亡。

伯恩將錄音機留給了帕米拉。帕米拉通過錄音，終于得知了真相，她將尤里繩之于法。

影片的最后，伯恩給帕米拉打了個電話，帕米拉告訴伯恩，他的真名叫做大衛(wèi)-韋伯，出生于1971年4月15日，家鄉(xiāng)在美國的密蘇里州。帕米拉想和伯恩見面，但伯恩拒絕了，開始了自己新的潛伏生活。

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前面介紹的是于2004年上映的動作冒險電影《諜影重重2》的劇情，這是電影《諜影重重》的續(xù)集。在本集中，特工杰森伯恩逐漸了解到自己的身世和中央情報局的一項陰謀計劃。關(guān)于這項陰謀計劃和伯恩身世的更多秘密，將在后續(xù)的電影中逐步揭開。