近日,中國科研團隊發(fā)布了首個榕屬植物對葉榕端粒到端粒完整基因組,修正了原有基因組中存在的大量間隙和組裝錯誤,大幅提升了對葉榕基因組的連續(xù)性、完整性和準確性。相關研究成果發(fā)表在《園藝研究》(Horticulture Research)上。
榕樹是??崎艑?00多種植物的統(tǒng)稱,廣泛分布于熱帶和亞熱帶地區(qū)。榕屬植物包含6個亞屬,其中有2個雌雄同株亞屬和4個功能雌雄異株為主的亞屬。對葉榕屬于聚果榕亞屬,是一種非常典型的功能雌雄異株植物。研究對葉榕可以更好地了解榕樹的性別演化機制。
由于這種榕樹的葉片通常呈對生排列,即兩片葉子對稱地生長在枝條的相對位置上,所以取名為對葉榕。解析對葉榕基因組對生物學性狀解析和基因功能的研究至關重要,然而,原有基因組中存在大量的信息缺失和組裝錯誤,阻礙了進一步的研究。
科研團隊綜合利用多種測序技術,在原有基因組的基礎上重新組裝、完善,發(fā)布了首個榕屬植物對葉榕端粒到端粒完整基因組。這個基因組大小371.8兆,所有序列均掛載到14條染色體上,成功注釋了26642個編碼蛋白基因。
經評估,基因組完整度達98.7%,并且基因組的連續(xù)性和準確性均得到了大幅提升。在此基礎上,研究進一步構建了雄性和雌性花不同發(fā)育時期的基因調控網絡,并鑒定得到了雄花發(fā)育的關鍵基因,為研究榕屬植物的重要特征和性別決定提供了重要資源。