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      同一GAP產(chǎn)地魚腥草株間基因多態(tài)性研究

      2011-06-20 10:50:54劉文龍張喜利賀福元王海琴江星明石繼連楊巖濤包小燕陳作紅
      湖南中醫(yī)藥大學學報 2011年11期
      關(guān)鍵詞:魚腥草條帶多態(tài)性

      劉文龍 ,張喜利 ,賀福元 ,王海琴 ,江星明 ,石繼連 ,楊巖濤 ,包小燕 ,陳作紅 *

      (1.湖南師范大學生科院,湖南 長沙 410081;2.湖南中醫(yī)藥大學藥學院,湖南 長沙 410208)

      中藥植物體為了維持有機體正常生存條件和抵御外界不利環(huán)境因素而進行著一系列的代謝活動,其代謝活動分為初生代謝和次生代謝。初生代謝生成了葉綠素、糖類、蛋白質(zhì)等維持其生存所必需的初生代謝產(chǎn)物;次生代謝是為了應(yīng)激某種反應(yīng)或者適應(yīng)生存環(huán)境的某種變化而代謝生成了許多中間體或最終產(chǎn)物,即中藥(有效)成分。自然界的生物都是在“遺傳”的基礎(chǔ)上不斷的“變異”以適應(yīng)周圍生存環(huán)境。中藥的種植生長過程亦是一個遺傳變異過程,遺傳使得中藥的品種不變,變異使得中藥成分變化,這是一個自然規(guī)律,是任何改變外部因素所不能改變或者是控制的。因此,在傳統(tǒng)的質(zhì)控模式的基礎(chǔ)上,應(yīng)進一步揭示并利用此規(guī)律來控制中藥材的質(zhì)量。

      魚腥草為三白草科植物蕺菜Houttuyniae cordata Thunb.的新鮮全草或干燥地上部分。其性辛、微寒,具有清熱解毒、消腫排膿、利尿通淋等功能。主要應(yīng)用于肺癰吐膿、痰熱喘咳、熱痢、熱淋、癰瘡腫毒等癥[1]。目前,市場上已有以魚腥草為原料的諸多現(xiàn)代制劑廣泛應(yīng)用于臨床,然而因原料的質(zhì)量差異導致成藥質(zhì)量不穩(wěn)定,其中魚腥草注射液因出現(xiàn)免疫毒性而停止生產(chǎn)使用。

      近年來,有關(guān)利用RAPD或ISSR標記對不同產(chǎn)地魚腥草種質(zhì)資源遺傳多樣性方面的研究已見報道[2-5],闡明了不同產(chǎn)地魚腥草存在明顯的基因多態(tài)性現(xiàn)象,合理解釋了道地藥材與GAP質(zhì)控的科學性。而本文以單株魚腥草為模型中藥,聯(lián)合應(yīng)用ISSR和RAPD標記對同一GAP產(chǎn)地魚腥草株間基因多態(tài)性展開研究,旨在進一步揭示在完全相同的外部因素(環(huán)境因素)下遺傳基因多態(tài)性規(guī)律,為中藥的質(zhì)量穩(wěn)定性控制提供一種新的思路與方法。

      1 實驗材料

      1.1 材料

      魚腥草采自湖南懷化同一GAP產(chǎn)地,經(jīng)湖南中醫(yī)藥大學鑒定教研室老師鑒定,采取新鮮完整植株,于-70℃冰箱保存。

      1.2 試劑

      ISSR引物和RAPD引物由北京擎科新業(yè)生物科技有限公司合成,植物DNA快速提取試劑盒和PCR擴增所需試劑均購自北京康為世紀生物科技有限公司。

      1.3 儀器

      DK-8D電熱恒溫水浴鍋(上海精宏實驗設(shè)備有限公司);TGL-16G型低溫高速離心機(上海安亭科學儀器制造);LDZX-30KBS立式壓力蒸氣滅菌器(上海申安醫(yī)療器械廠);CM-230超純水系統(tǒng)(北京帕思特科技有限公司);Biophotometer核酸蛋白分析儀 (德國 Eppendorf公司);5332型 Eppendorf PCR儀 (香港艾本德中國有限公司);DYY-8C型電泳儀(北京市六一儀器廠);GZS-1000B型凝膠圖像處理系統(tǒng)(上海天能科技有限公司)。

      2 實驗方法

      2.1 DNA提取及檢測

      采用康為世紀生物科技有限公司的植物DNA快速提取試劑盒提取基因組DNA,并稍加改進。用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測其降解情況,并用Biophotometer核酸蛋白分析儀測定DNA的濃度和純度。

      2.2 引物篩選

      選取魚腥草DNA模板量多、電泳結(jié)果清晰的5個模板用于引物篩選,分別為 y6、y17、y26、y39、y43,采用不同產(chǎn)地魚腥草研究中具有多態(tài)性的RAPD[2]和ISSR引物[5]各23條來進行篩選,從中選取擴增穩(wěn)定、條帶清晰的引物作為正式擴增。

      2.3 ISSR-PCR分析

      ISSR反應(yīng)體系:總體積25 μL,其中Taq Master Mix (2× )12.5 μL,Rnase-Free water 9.5 μL,DNA 模板(70 ng/μL)1.0 μL,引物 2.0 μL(10 μM)所有操作均在冰上進行。擴增程序如下:94℃預變性5 min,94℃變性 30 s,52℃退火1 min (不同引物退火溫度不同),72℃延伸90 s共35個循環(huán),然后72℃延伸10 min,4℃保存。PCR擴增產(chǎn)物在110 V電壓下,1.2%瓊脂糖凝膠電泳1 h,電泳結(jié)束后在凝膠成像系統(tǒng)中照相并保存。

      2.4RAPD-PCR分析

      RAPD反應(yīng)體系:總體積 25 μL,其中 Taq Master Mix(2×)12.5 μL,Rnase-Free water 9.5 μL,DNA 模板(90 ng/μL)1.0 μL,引物 2.0 μL(10 μM)所有操作均在冰上進行。擴增程序如下:94℃預變性 5 min,94 ℃變性 30 s,37 ℃退火 1 min,72 ℃延伸90 s共40個循環(huán),然后72℃延伸10 min,4℃保存。電泳及檢測條件同ISSR。

      2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析

      所得到的ISSR和RAPD擴增產(chǎn)物的多態(tài)性,根據(jù)各分子標記的電泳遷移率及其有無統(tǒng)計所有的二元數(shù)據(jù),按DNA記條帶的“有”或“無”進行統(tǒng)計,有帶(擴增陽性)為“1”,無帶(擴增陰性)記為“0”,強帶和弱帶的賦值均為1,形成0/1矩陣圖輸入計算機。用NTSYS2pc軟件進行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換,得到NTS數(shù)據(jù)表,用similarity項下的qualitative data按SM進行數(shù)據(jù)計算,所得數(shù)據(jù)表再在clustering項下按非加權(quán)配對算術(shù)平均法(UPGMA)進行SAHN聚類分析。

      3 結(jié)果與分析

      3.1 引物篩選結(jié)果

      通過引物篩選,得出了符合要求的ISSR引物9條,RAPD引物8條作為正式擴增,引物名稱、序列和多態(tài)位點百分比率見表1。從中可以發(fā)現(xiàn)ISSR引物擴增的多態(tài)性百分比率普遍高于RAPD引物。

      表1 正式擴增的引物名稱、序列和多態(tài)性比率

      3.2 ISSR和RAPD擴增結(jié)果

      兩種分子標記擴增結(jié)果見表2,本實驗從23條ISSR引物中篩選出的9條引物對供試的46份魚腥草進行ISSR-PCR擴增。引物 U811的擴增效果見圖1,擴增片段大部分集中在300~3 000 bp,共擴增出134條帶,其中有115條帶呈多態(tài)性,多態(tài)性條帶比率為85.8%,擴增的條帶數(shù)在12~16之間,平均每條引物擴增出14.9條帶。8條RAPD引物對上述同一組供試品擴增后,引物S11的擴增效果見圖2,擴增片段大部分集中在500~3 500 bp,共擴增出101條帶,其中有72條帶呈多態(tài)性,多態(tài)性條帶比率為71.3%,擴增的條帶數(shù)在5~15之間,平均每條引物擴增出12.6條帶。由以上分析可知,兩種標記均能有效的揭示出同一GAP產(chǎn)地魚腥草株間存在較豐富的遺傳多樣性,但ISSR標記的多態(tài)性~條帶比率稍高于RAPD標記。

      表2 ISSR和RAPD擴增結(jié)果

      3.3 ISSR和RAPD標記的遺傳相似系數(shù)分析

      采用Nei’遺傳相似性系數(shù)的計算方法,得到兩種標記擴增結(jié)果的相似性系數(shù)矩陣。按UPGMA方法進行聚類分析,得ISSR和RAPD樹狀聚類圖,從圖中可以看出相同生態(tài)環(huán)境下不同株的46份魚腥草樣品遺傳多樣性存在較顯著差異。

      ISSR標記檢測同一GAP產(chǎn)地魚腥草株間的遺傳相似性系數(shù)范圍為 0.543 8~0.903 5,平均為0.678 6,其中2號和3號樣品,6號和10號樣品的遺傳相似系數(shù)最高,表明二者親緣關(guān)系最近;43號和44號樣品的遺傳相似系數(shù)最低,表明二者親緣關(guān)系最遠。RAPD擴增結(jié)果的遺傳相似性系數(shù)范圍在0.567 5~0.891 8,平均為 0.694 7,其中 44號樣品的遺傳相似系數(shù)最低,8號和9號樣品的遺傳相似系數(shù)最高,表明二者親緣關(guān)系最近。

      ISSR標記比RAPD標記揭示的遺傳相似性系數(shù)范圍廣,而平均遺傳相似系數(shù)小于RAPD。因此,ISSR標記比RAPD標記更能檢測到相同生態(tài)環(huán)境下不同株魚腥草間有較顯著的遺傳差異。

      3.4 ISSR和RAPD標記的相關(guān)性分析

      為了檢測同組樣品內(nèi)ISSR和RAPD標記的相關(guān)程度,利用Mantel檢驗對這兩種標記的樣品遺傳相似性系數(shù)矩陣進行了相關(guān)性分析。檢驗結(jié)果表明,兩種標記檢測的遺傳相似性在供試的46株魚腥草樣品中呈顯著的相關(guān)(r=0.798 2)。

      4 討論

      4.1 同一GAP產(chǎn)地魚腥草不同株間的基因多樣性

      ISSR和RAPD標記顯示出的聚類結(jié)果表明:同一GAP產(chǎn)地的不同株魚腥草在個體水平上都普遍存在著不同程度的遺傳分化,其遺傳相似系數(shù)均在0.57~0.90之間,說明外界環(huán)境只是影響植物基因多態(tài)性的其中一個因素,遺傳因素才是導致植物個體之間差異的根本原因。

      4.2 ISSR和RAPD標記在揭示基因多樣性上的比較

      兩種標記方法在多態(tài)性水平及檢測水平上有差異。從擴增條帶數(shù)、多態(tài)性條帶數(shù)、多態(tài)性條帶比率上看,ISSR標記均稍高于RAPD標記;從遺傳相似系數(shù)上分析,ISSR標記比RAPD標記的遺傳相似性系數(shù)范圍廣,而其平均遺傳相似系數(shù)小于RAPD。因此,ISSR標記比RAPD標記能反映相對較多的遺傳信息,能檢測到相同生態(tài)環(huán)境下不同株魚腥草間有較高的遺傳差異。但同時也看到兩種標記的反映的遺傳信息是不盡相同的,因此,結(jié)合兩種方法使用更加全面和客觀。

      4.3 中藥基因多樣性與其質(zhì)量控制

      中藥材為多成分復雜體系,并具有多效性和整體平衡調(diào)節(jié)性。中藥材質(zhì)量不穩(wěn)定是困擾中醫(yī)藥行業(yè)進一步發(fā)展壯大的瓶頸,是中醫(yī)藥專家學者必須面對并且亟待解決的問題。目前雖然采用指紋圖譜[6,7]、生物效應(yīng)[8]的方法進行質(zhì)量控制,在一定程度上對中藥質(zhì)量控制有所幫助,但這均不能從本質(zhì)上解決中藥質(zhì)量的不穩(wěn)定性。只有充分認識中藥的遺傳多態(tài)性規(guī)律,并且運用這一規(guī)律,結(jié)合以前專家學者的質(zhì)量控制方法,才能從根本上解決中藥質(zhì)量不穩(wěn)定現(xiàn)象。

      迄今,許多學者已經(jīng)對此作了一些探討,如蘇文華[9]等通過實驗證明,生長在同一生態(tài)環(huán)境下的短葶飛蓬不同個體之間總黃酮含量最高者高出最低者58.40%。張浩[10]等推測同一環(huán)境不同多舌飛蓬之間燈盞乙素含量差異說明其具有遺傳背景。本文以同一GAP產(chǎn)地的魚腥草為模型中藥,在之前的研究基礎(chǔ)上[11,12],從更深層次(分子水平)揭示生物基因多態(tài)性,進一步揭示中藥遺傳多態(tài)性是造成中藥化學成分不穩(wěn)定的根本原因,從而引起為單株中藥質(zhì)量必定存在一定差異,只有從整體觀念出發(fā)才能控制中藥質(zhì)量穩(wěn)定性,因此本課題組將從Hardy-Weinberg平衡群體角度出發(fā),建立相關(guān)數(shù)學模型,最終獲取中藥穩(wěn)態(tài)提取工藝中最小投料量,實現(xiàn)中藥穩(wěn)態(tài)提取工藝參數(shù)化,為保證中藥(材)質(zhì)量穩(wěn)定性奠定基礎(chǔ)。

      [1]國家藥典委員會.中華人民共和國藥典2010年版一部[S].北京:中國醫(yī)藥科技出版社,2010:208-209.

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