1913年9月，工商部設(shè)地質(zhì)研究所。10月1日，地質(zhì)研究所在北京馬神廟北京大學(xué)內(nèi)開(kāi)學(xué)，這是一個(gè)培養(yǎng)地質(zhì)調(diào)查人才的教育機(jī)構(gòu)，錄取學(xué)生30人。地質(zhì)調(diào)查所所長(zhǎng)丁文江兼任地質(zhì)研究所所長(zhǎng)。1914年1月，由章鴻釗接任所長(zhǎng)。翁文灝回國(guó)后，任地質(zhì)研究所講師?！耙灾袊?guó)之人，入中國(guó)之校，從中國(guó)之師范，以研究中國(guó)之地質(zhì)者，實(shí)自茲始?！痹谌甑膶W(xué)習(xí)中，所長(zhǎng)章鴻釗主講礦物學(xué)和地史學(xué)，丁文江講授古生物學(xué)和地文學(xué)，翁文灝承擔(dān)的課程最多，有普通地質(zhì)學(xué)、礦物巖石學(xué)、礦床學(xué)等等。同時(shí)開(kāi)設(shè)多門專業(yè)基礎(chǔ)課，由北京大學(xué)教師和礦政司的官員任教。

1914年，工商部地質(zhì)研究所改稱農(nóng)商部地質(zhì)研究所。1915年夏至1916年，農(nóng)商部地質(zhì)研究所和地質(zhì)調(diào)查所陸續(xù)遷入豐盛胡同3號(hào)師范學(xué)校舊址和兵馬司胡同9號(hào)。豐盛胡同3號(hào)假山疊峙，花木扶疏。在這里，章鴻釗、翁文灝和丁文江對(duì)地質(zhì)研究所的課程作了重大調(diào)整，增加采礦、冶金等實(shí)用性課程，增加校外學(xué)習(xí)，更加注重學(xué)生的野外實(shí)地工作能力。1916年7月，地質(zhì)研究所的21名學(xué)生在這里完成學(xué)業(yè)，18人取得畢業(yè)證書，其中有葉良輔、謝家榮、王竹泉、李捷、李學(xué)清、劉季辰、周贊衡、譚錫疇、朱庭祜等。他們中有15人進(jìn)入地質(zhì)調(diào)查所工作，使地質(zhì)調(diào)查所得以正式開(kāi)展工作。這批學(xué)生的大部分成為中國(guó)地質(zhì)科學(xué)的棟梁。地質(zhì)研究所引進(jìn)和傳播西方近代地質(zhì)學(xué)，自己培養(yǎng)出中國(guó)第一批地質(zhì)人才，為中國(guó)地質(zhì)科學(xué)的發(fā)展奠定了第一塊基石。

在這批學(xué)生完成學(xué)業(yè)之后，地質(zhì)研究所隨即停辦。