宮世玲,王 嘉,毛婭卿,吳 濤,王 哲,蔣桃珍
(中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所,北京100081)
傳染性法氏囊?。↖nfectious bursal disease,IBD)是由雞傳染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)引起的一種的急性、高度接觸性傳染病,主要危害3~6周齡雛雞。IBDV基因組由 A(3.2 kb)、B(2.8 kb)兩個雙鏈 RNA 節(jié)段構(gòu)成,A片段包含兩個部分重疊的開放閱讀框(ORF),大ORF編碼多聚蛋白 VP2-VP4-VP3,小 ORF編碼VP5蛋白,是一種非結(jié)構(gòu)蛋白;B片段編碼VP1蛋白,是一種具有RNA聚合酶活性的多功能蛋白。其中VP2被證明與毒力密切相關(guān)[1],但也有研究表明VP2蛋白并非毒力決定的唯一因素,其他蛋白對病毒毒力和致病性也有影響[2-3]。盡管國內(nèi)外學(xué)者對IBDV的毒力基因進行了廣泛的研究,但其毒力因子至今仍未被確定。
對于IBDV來說,其毒力的判定標(biāo)準(zhǔn)主要有三個:死亡率、法氏囊的病理損傷值及囊體比的下降。其中死亡率主要是針對超強毒株,非超強毒株通常不引起雞的死亡,故法氏囊的病理損傷值及囊體比的下降被廣泛用于IBDV毒力的判定。而囊體比的下降較為簡單直觀,已被大多數(shù)研究所采用。將IBDV弱毒株在SPF雞體內(nèi)連續(xù)傳代,發(fā)現(xiàn)弱毒株在雞體內(nèi)傳代后囊體比大幅度下降,表明IBDV弱毒株在SPF雞體內(nèi)連續(xù)傳代后毒力返強。為進一步研究弱毒株及其雞體傳代毒毒力變化與基因的關(guān)系,本試驗測定了基礎(chǔ)弱毒株及其雞體傳代毒的基因組編碼區(qū)序列,并對其進行比較分析,以期從分子水平上為該病毒毒力相關(guān)位點的研究提供依據(jù)。
1.1 毒株、菌株和載體 IBDV弱毒株A、弱毒株B由本實驗室保存;大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞、pGEM-T載體均購于promega公司。21日齡SPF雞購于北京梅里亞動保公司。
1.2 主要試劑 TRIzol、Reverse Transcription System為invitrogen公司產(chǎn)品;pfu高保真聚合酶為promega公司產(chǎn)品;DNA Marker、瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒為天根生化科技有限公司產(chǎn)品。
1.3 病毒在雞體內(nèi)傳代 將IBDV弱毒株A和B分別在雞體內(nèi)連續(xù)傳代,其中弱毒株B在雞體內(nèi)傳代兩次,每次傳代后,觀察法氏囊病變,計算囊體比(Bursa/Body Weight Ratio)和 B ∶B 指數(shù)(BBIX)。每代的法氏囊經(jīng)研磨處理后繼續(xù)傳代,一部分法氏囊樣品放在-80℃,用于病毒RNA的提取。
1.4 病毒基因組RNA的提取 采用TRIzol法提取基礎(chǔ)弱毒株及雞體內(nèi)傳代的各個代次囊毒的基因組RNA。
1.5 引物的設(shè)計與合成 參考GenBank中已發(fā)表的IBDV弱毒株序列,用Primer 5.0軟件設(shè)計合成了4對引物(表1),用于基礎(chǔ)弱毒株及其雞體傳代毒的基因組編碼區(qū)序列的擴增。其中A片段分2部分進行擴增,分別為75~1687 bp,1506~3232 bp;基因組B片段分2部分進行擴增,分別為17~1521 bp,1365~2799 bp。
表1 引物序列及其位置
1.6 反轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)用六聚體隨機引物作為反轉(zhuǎn)錄引物,按反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書對提取的RNA進行反轉(zhuǎn)錄,并以反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為模板,分別以 A1/A2、A3/A4、B1/B2、B3/B4 為引物進行PCR擴增。采用50 μL反應(yīng)體系:10×Buffer 5 μL,dNTP 4 μL,上下游引物(10 μmol)各 2 μL,模板 5 μL,pfu 0.5 μL,ddH2O 31.5 μL;反應(yīng)條件:95 ℃ 2 min;95 ℃ 40 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 3 min,35個循環(huán);72 ℃10 min。 取 5 μL PCR 產(chǎn)物,用 1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢查PCR擴增結(jié)果。
1.7 PCR產(chǎn)物的克隆和鑒定 PCR產(chǎn)物經(jīng)純化后,連接pGEM-T載體,轉(zhuǎn)化大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞,涂布含Amp、IPTG和X-Gal的LB平板,挑取白色菌落進行質(zhì)粒提取,并進行PCR鑒定。
1.8 序列測定及比較分析 選取3~5個PCR陽性克隆,送立菲生物技術(shù)有限公司進行序列測定。所測定的基礎(chǔ)弱毒株及在雞體內(nèi)傳代后的各個代次囊毒的序列及其推導(dǎo)的氨基酸序列用DNASTAR 5.0軟件中的Megalign進行比對分析。
2.1 病毒在雞體內(nèi)傳代后的致病性變化 將基礎(chǔ)IBDV弱毒株A和B在雞體內(nèi)連續(xù)傳代至第5、第6代時,囊體比大幅度下降(圖1-圖3),B∶B指數(shù)下降(圖4-圖6),說明法氏囊萎縮嚴(yán)重,表明IBDV弱毒株在雞體內(nèi)傳代后毒力返強。
圖1 14、21 d時弱毒株A及其雞體傳代毒P6的囊體比
圖2 14、21 d時弱毒株B及其第一次雞體傳代毒P5的囊體比
圖3 14、21 d時弱毒株B及其第二次雞體傳代毒P6的囊體比
圖4 14、21 d時弱毒株A及其雞體傳代毒P6的B∶B指數(shù)
圖5 14、21 d時弱毒株B及其第一次雞體傳代毒P5的B∶B指數(shù)
圖6 14、21 d時弱毒株B及其第二次雞體傳代毒P6的B∶B指數(shù)
2.2 IBDV基因的擴增及克隆鑒定 以提取的基礎(chǔ)種毒及其在雞體內(nèi)傳代后各個代次囊毒的RNA為模板,反轉(zhuǎn)錄后分別以引物 A1/A2、A3/A4、B1/B2、B3/B4 進行 PCR 擴增,得到了 1613、1726、1505和1435 bp的基因片段(圖7),與預(yù)期片段大小相符。經(jīng)PCR鑒定,得到了基因組各片段的陽性克隆(圖8)。
圖7 IBDV RT-PCR擴增結(jié)果
圖8 重組質(zhì)粒pGEM-TA的PCR鑒定結(jié)果
2.3 序列的測定及比較分析 測序結(jié)果表明,成功地測出了基礎(chǔ)種毒及在雞體內(nèi)傳代后的各個代次囊毒的基因組編碼區(qū)序列,各基因的閱讀框完整,沒有發(fā)生堿基的插入和缺失。通過對基礎(chǔ)弱毒株及其雞體傳代毒的基因序列的比較分析,發(fā)現(xiàn)2株弱毒株在雞體內(nèi)連續(xù)傳代過程中,一些氨基酸位點發(fā)生了規(guī)律性變異(表2)。
表2 弱毒株在雞體內(nèi)連續(xù)傳代(P1-P5/P6)期間氨基酸的變異情況
IBDV弱毒株A在雞體的傳代過程中,基因組A片段VP5基因發(fā)生了一個堿基的突變:373(C→T),導(dǎo)致 VP5蛋白125位氨基酸 P→S的變異;VP2-VP4-VP3多聚蛋白基因發(fā)生了3個堿基的突變:339(C→T)、759(C→A)和 1899(C→T),但只有759位核苷酸的突變導(dǎo)致VP2蛋白253位氨基酸H→Q的變異,其他兩個核苷酸的突變并未引起氨基酸的變異;B片段編碼的VP1基因在雞體的傳代過程中,比較保守,并未發(fā)生任何核苷酸的突變。
IBDV弱毒株B第一次在雞體的傳代過程中,基因組A片段VP5基因發(fā)生了2個堿基的突變:238(A→G)和388(T→C),導(dǎo)致 VP5蛋白 80位氨基酸A→G和130位氨基酸C→R的變異;VP2-VP4-VP3多聚蛋白基因發(fā)生了4個堿基的突變:204(A→G)、354(T→C)、759(C→A)和 2332(G→A),其中759位核苷酸的突變導(dǎo)致VP2蛋白253位氨基酸H→Q的變異,2332位核苷酸的突變導(dǎo)致VP3蛋白778位氨基酸V→M的變異,其他兩個核苷酸的突變并未引起氨基酸的變異;B片段編碼的VP1基因在雞體的傳代過程中,比較保守,并未發(fā)生任何核苷酸的突變。
IBDV弱毒株B第二次在雞體的傳代過程中,基因組A片段VP5基因發(fā)生了2個堿基的突變:238(A→G)和 388(T→C),導(dǎo)致 VP5蛋白 80位氨基酸A→G和130位氨基酸C→R的變異;VP2-VP4-VP3多聚蛋白基因發(fā)生了5個堿基的突變:204(A→G)、354(T→C)、757(C→A)、1899(C→T)和2332(G→A),其中757位核苷酸的突變導(dǎo)致VP2蛋白253位氨基酸H→N的變異,2332位核苷酸的突變導(dǎo)致VP3蛋白778位氨基酸V→M的變異,其他三個核苷酸的突變并未引起氨基酸的變異;B片段編碼的VP1基因在雞體的傳代過程中,比較保守,并未發(fā)生任何核苷酸的突變。
病毒在易感動物體內(nèi)傳代后,會出現(xiàn)毒力返強現(xiàn)象。本實驗將2株IBDV弱毒株在SPF雞體內(nèi)連續(xù)傳代至第5、6代時,出現(xiàn)明顯的法氏囊萎縮、B∶B指數(shù)下降,表明IBDV弱毒株在雞體內(nèi)連續(xù)傳代后毒力返強。為進一步闡釋哪些基因位點導(dǎo)致了上述毒力的變化,本實驗測定了基礎(chǔ)弱毒株及其在雞體內(nèi)傳代后各個代次囊毒的基因組序列,通過比較分析基礎(chǔ)弱毒株及其雞體傳代毒的各基因及推導(dǎo)的氨基酸序列,發(fā)現(xiàn)三次雞體傳代實驗的結(jié)果都出現(xiàn)VP2蛋白253位氨基酸的替換;IBDV弱毒株B在雞體內(nèi)的兩次傳代實驗出現(xiàn)了VP5蛋白80、130位氨基酸變異,VP3蛋白778位氨基酸變異,而弱毒株A在雞體的傳代過程中并未發(fā)生上述位點的變異。結(jié)果表明VP2蛋白253位氨基酸由H→Q或者H→N的變異能增強傳染性法氏囊病病毒在雞體內(nèi)的致病性。
IBDV主要侵害雞的中樞免疫器官—法氏囊,其中B淋巴細(xì)胞是主要的靶細(xì)胞。經(jīng)典強毒株或者超強毒株不易在細(xì)胞上繁殖,但在細(xì)胞上連續(xù)傳代后能適應(yīng)細(xì)胞生長,并且對雞的致病性降低[4]。序列分析[5]和后來的反向遺傳學(xué)研究[6]表明 VP2高變區(qū)的幾個特定的氨基酸(253、279、284、330)與IBDV的組織適應(yīng)性及毒力相關(guān)。重組嵌合病毒的體內(nèi)外致病性實驗研究表明253Q、279D、284A參與了IBDV的毒力、細(xì)胞嗜性及致病性表型[7]。也有研究表明VP2蛋白不是IBDV超強毒株的唯一決定因子[8]。最近更多的研究表明基因組B片段編碼的VP1蛋白(依賴于RNA的RNA聚合酶)對于IBDV在雞體內(nèi)的復(fù)制效率及毒力至關(guān)重要[9]。自然重配IBDV毒株的出現(xiàn)也表明基因組B片段對于超強IBDV毒株的致病性意義重大[10]??傊絹碓蕉嗟难芯勘砻鱅BDV的毒力是多基因共同作用的結(jié)果。
然而 Yamaguchi和 Jackwood的研究發(fā)現(xiàn)將IBDV疫苗株在雞體內(nèi)連續(xù)傳代后,VP2蛋白253位氨基酸由H突變?yōu)镚或者Q、N,并伴隨著毒力的增強;再將這些雞體傳代毒在細(xì)胞上培養(yǎng),VP2蛋白253位氨基酸又回復(fù)突變?yōu)镠,并伴隨著毒力的喪失;然而VP2蛋白的279、284和330位氨基酸并沒發(fā)生變異,表明僅VP2蛋白253位氨基酸的替換可能會增強傳染性法氏囊病病毒在雞體內(nèi)的致病性[11-12]。 本實驗從整個基因組水平上分析,發(fā)現(xiàn)弱毒株在雞體內(nèi)傳代后,基因組B片段并未發(fā)生任何變異,VP2蛋白的279、284和330位氨基酸也沒發(fā)生變異,僅VP2蛋白253位氨基酸發(fā)生了H→Q或者H→N的替換,更有效地證明了VP2蛋白253位氨基酸對于IBDV毒力的重要性。這些實驗結(jié)果也都反映出疫苗株在田間應(yīng)用中可能存在毒力返強的危險。
晶體學(xué)研究表明每一個VP2蛋白亞單位分為base、shell和 projection 三個結(jié)構(gòu)域[13],253 位氨基酸位于projection中的兩個親水區(qū)之間,暴露在VP2蛋白表面。盡管VP2蛋白253位氨基酸殘基的作用機制尚未明確,本文推測在該位點由組氨酸(H)變?yōu)楣劝滨0罚℅)或者天冬酰胺(N),使該區(qū)域親水性增強,可能更有利于IBDV在雞體內(nèi)與受體細(xì)胞相互作用,從而增強IBDV在雞體內(nèi)的致病性。本研究的結(jié)果表明VP2蛋白253位一個氨基酸的替換即可改變IBDV的毒力,該結(jié)果提示一個氨基酸變化就可能使弱毒株毒力返強,這對目前市場上IBDV疫苗株的安全性提出了質(zhì)疑,提示進一步加強疫苗準(zhǔn)入后的安全性評價及監(jiān)管的重要性。
[1]Cui Xian-lan,Hadya S, Nagesha,et al.Identification of crucial residues of conformational epitopes on VP2 protein of infectious bursal disease virus by phage display[J].Virol Meth,2003,109(1):75-83.
[2]Miiller H.Replication of infectious bursal disease virus in lymphoid cells[J].Arch Virol,1986,87:191-203.
[3]MeihongLiua, Vikram N,Vakharia.VP1 protein of infectious bursal disease virus modulates thevirulence in vivo[J].Virology,2004, 330: 62-73.
[4]Yamaguchi T, Kondo T, Inoshima Y, et al.In vitro attenuation of highly virulent infectious bursal disease virus: some characteris?tics of attenuated strains[J].Avian Dis,1996, 40: 501-509.
[5]Yamaguchi T, Ogawa M, Inoshima Y, et al.Identification of sequence changes responsible for the attenuation of highly virulent infectious bursaldisease virus [J].Virology, 1996, 223:219-223.
[6]Lim B L, Cao Y, Yu T, Mo C W.Adaptation of very virulent infectious bursal disease virus to chicken embryonic fibroblasts by site-directed mutagenesis of residues 279 and 284 of viral coat protein VP2[J].Virol,1999,73: 2854-2862.
[7]Brandt M, Yao K, Liu M, et al.Molecular determinants of virulence,cell trophism,and pathogenic phenotype of infectious bursal disease virus[J].Virol, 2001,75, 11974-11982.
[8]Boot H J, terHuurne A H, Hoekman A A, et al.Rescue of very virulent and mosaic infectious bursal disease virus from cloned cDNA:VP2 is not the sole determinant of the very virulent type[J].Virol,2000,74 (15): 6701-6711.
[9]Liu M, Vakharia V N.VP1 protein of infectious bursal disease virus modulates the virulence in vivo[J].Virol,2004,330:62-73.
[10]Le Nouen C,Rivallan G,Toquin D,et al.Very virulent infectious bursal disease virus:reduced pathogenicity in a rare natural segment- B - reassorted solate[J].Gen Virol, 2006, 87:209-216.
[11]Yamaguchi T, Setiyono A, Kobayashi M, et al.Infectious bursal disease live vaccines:changes in the virus population during serial passage in chickens and chicken embryo fibroblast cells[J].Avian Dis,2000,44: 284-290.
[12]Jackwood D J, Sreedevi B, LeFever L J, et al.Studies on naturally occurring infectious bursal disease viruses suggest that a single amino acid substitution at position 253 in VP2 increases pathogenicity[J].Virology,2008,377: 110-116.
[13]Lee C C, Ko T P, Chou M, et al.Crystal structure of infectious bursal disease virus VP2 subviral particle at 2.6 A°resolution:implication in virion assembly and immunogenicity[J].Struct Biol, 2006, 155:74-86.