生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域預(yù)印本的現(xiàn)狀與發(fā)展

秦文珍+肖瓊

作者簡(jiǎn)介：秦文珍（１９７６－），女，館員，學(xué)士，研究方向：圖書期刊情報(bào)與信息管理。·業(yè)務(wù)研究·

〔摘要〕作為目前學(xué)術(shù)研究最活躍的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，其預(yù)印本在最近才有所突破性發(fā)展。按照創(chuàng)辦時(shí)間順序，詳細(xì)介紹了國(guó)際上三大生物醫(yī)學(xué)預(yù)印本系統(tǒng)：arXiv數(shù)量生物學(xué)預(yù)印本、PeerJ預(yù)印本和bioRxiv預(yù)印本。在對(duì)它們進(jìn)行系統(tǒng)比較分析的基礎(chǔ)上，對(duì)生物醫(yī)學(xué)預(yù)印本的未來(lái)發(fā)展進(jìn)行了展望。

〔關(guān)鍵詞〕預(yù)印本；生物醫(yī)學(xué)；數(shù)量生物學(xué)；PeerJ預(yù)印本；bioRxiv預(yù)印本

ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００８－０８２１．２０１４．０４．０３２

〔中圖分類號(hào)〕Ｇ２５５２〔文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼〕Ｂ〔文章編號(hào)〕１００８－０８２１（２０１４）０４－０１４２－０４

The Current Situation and Development of Preprints in

Biology and Medicine Science FieldQin WenzhenXiao Qiong

（Library，Chongqing University of Posts and Telecommucations，Chongqing 400065，China）

〔Ａｂｓｔｒａｃｔ〕Biology and medicine science are the most active academic research filed;however,the dramatic development of its preprints was achieved in recent years.Three international preprint systems,such as arXiv quantative biology,PeerJ and bioRxiv preprints,in biology and medicine science field were introduced in detail according to their founding time.On the basis of the comparative analysis of the current three preprint systems,the development of the biomedicine preprints in the future was forecasted.

〔Ｋｅｙｗｏｒｄｓ〕preprint;biomedicine;quantative biology;PeerJ preprint;bioRxiv preprint

預(yù)印本由英文preprint（前綴pre-和print組合形成）翻譯而來(lái)。預(yù)印本指“科研工作者的研究成果還未在正式出版物上發(fā)表，而出于與同行進(jìn)行交流的目的，自愿先在學(xué)術(shù)會(huì)議或者通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)發(fā)布的科研論文、科技報(bào)告等文章”［１］。簡(jiǎn)單的說(shuō)，預(yù)印本就是指論文完成之后，還沒有經(jīng)過(guò)同行評(píng)審時(shí)的那個(gè)版本。與預(yù)印本相反，經(jīng)過(guò)同行評(píng)審，多次校對(duì)并已經(jīng)正式發(fā)表的論文則稱為后印本后印本（postprint）。預(yù)印本系統(tǒng)則是專門收集預(yù)印本的一種網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)，科研人員自愿向其提交自己沒有經(jīng)過(guò)同行評(píng)議的科研論文，同行可以對(duì)系統(tǒng)中的預(yù)印本內(nèi)容進(jìn)行評(píng)價(jià)［２］。

上世紀(jì)90年代，計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的發(fā)展為預(yù)印本的出現(xiàn)和成長(zhǎng)提供了外部條件。同時(shí)由于傳統(tǒng)形式的科學(xué)出版物評(píng)審和出版周期相對(duì)較長(zhǎng)，這種滯后的出版體制促成了預(yù)印本作為交流系統(tǒng)時(shí)效性一種平衡機(jī)制的發(fā)展，從而很快成為一種重要信息源匯入網(wǎng)絡(luò)學(xué)術(shù)信息流中。今天信息時(shí)代的預(yù)印本改變了傳統(tǒng)學(xué)術(shù)交流的理念與模式，引起了人們的高度關(guān)注。目前，預(yù)印本現(xiàn)在已經(jīng)延伸到各個(gè)學(xué)科，繼天文學(xué)、物理學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)、化學(xué)之后，人文科學(xué)和社會(huì)科學(xué)也出現(xiàn)了預(yù)印本庫(kù)。生物醫(yī)學(xué)作為目前學(xué)術(shù)研究最活躍的領(lǐng)域，每年發(fā)表的論文數(shù)量占所有論文中的比例最高。物理學(xué)、數(shù)學(xué)和社會(huì)學(xué)有自己的預(yù)印文本發(fā)表網(wǎng)站，然而生物醫(yī)學(xué)一直沒有這樣的形式。作為自然科學(xué)重要組成的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的預(yù)印本狀況直至今年才所有改觀，但必將很快得到飛速發(fā)展。

１arXiv數(shù)量生物學(xué)預(yù)印本

1991年8月美國(guó)國(guó)家科學(xué)基金會(huì)和能源部資助洛斯阿拉莫斯國(guó)家實(shí)驗(yàn)室（Los Alamos National Laboratory）建立了arXiv預(yù)印本系統(tǒng)。目前它已經(jīng)成為世界上建立最早、規(guī)模最大、建設(shè)最成功的預(yù)印本系統(tǒng)，是其它學(xué)科型預(yù)印本系統(tǒng)的典范［２］。arXiv系統(tǒng)收集包括物理、數(shù)學(xué)、計(jì)算科學(xué)、定量財(cái)務(wù)、數(shù)量生物學(xué)以及統(tǒng)計(jì)學(xué)等六大類學(xué)科領(lǐng)域預(yù)印本，其中物理學(xué)學(xué)科所收集的論文最多［３］。

2003年9月arXiv系統(tǒng)開始設(shè)立數(shù)量生物學(xué)子系統(tǒng)，是有關(guān)生物科學(xué)最早的預(yù)印本系統(tǒng)。arXiv系統(tǒng)開始設(shè)立數(shù)量生物學(xué)子系統(tǒng)，主要是當(dāng)時(shí)越來(lái)越多來(lái)自物理學(xué)、數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的研究者從事生物進(jìn)化的研究，這些研究使得生物科學(xué)研究定量化，因此在以物理學(xué)為主的arXiv系統(tǒng)中設(shè)立了數(shù)量生物學(xué)子系統(tǒng)。arXiv數(shù)量生物學(xué)預(yù)印本系統(tǒng)收集包括生物分子、基因組學(xué)、分子網(wǎng)絡(luò)、亞細(xì)胞加工過(guò)程、細(xì)胞行為、神經(jīng)元和認(rèn)知、組織和器官、群體和進(jìn)化、數(shù)量生物學(xué)方法等領(lǐng)域的論文［４］。arXiv系統(tǒng)數(shù)量生物學(xué)學(xué)科的論文在最近2年有了飛速發(fā)展，如2011年收集的論文為767篇，2012增加到1 058篇，2013年僅前11月就增加到1 423篇，年遞增幅度超過(guò)30%（圖１）［５］。2013年預(yù)計(jì)收集的論文超過(guò)1 500篇，并且在收集的論文中，有的已在生物學(xué)國(guó)際頂尖期刊，如自然通訊（Nature Communications）、科學(xué)公共圖書館生物學(xué)（PLoS Biology）發(fā)表［６］。雖然相對(duì)于arXiv系統(tǒng)中的天體物理學(xué)和高能物理學(xué)的論文數(shù)，數(shù)量生物學(xué)的論文雖然僅占一小部分，但其年增加率在近年超過(guò)了天體物理學(xué)和高能物理學(xué)領(lǐng)域，讓遺傳學(xué)家看到了arXiv發(fā)展的巨大潛力［７］。盡管如此，arXiv系統(tǒng)數(shù)量生物學(xué)發(fā)布的預(yù)印本主要來(lái)自基于基因組數(shù)據(jù)開展研究的生物學(xué)家的研究論文，arXiv并沒有打算擴(kuò)展到更多的生物學(xué)領(lǐng)域。

圖１arXiv系統(tǒng)數(shù)量生物學(xué)論文統(tǒng)計(jì)（2003年的論文為9～12月收集的論文，2013年的論文僅為1～11月收集的論文）

２PeerJ預(yù)印本

2012年6月，為了降低開放存取期刊的發(fā)表費(fèi)用，被譽(yù)為開放存取期刊航母的PLoS ONE的原出版人Peter Binfield和Mendeley研發(fā)部前首席科學(xué)家Jason Hoyt創(chuàng)辦了主要領(lǐng)域?yàn)樯飳W(xué)和醫(yī)學(xué)的開放獲取期刊PeerJ。PeerJ采用“一次付費(fèi)，終生出版”的模式，即用戶僅需一次支付會(huì)員費(fèi)用，便可以享受終生免費(fèi)出版的權(quán)利［８］。PeerJ有PeerJ正式期刊（以下簡(jiǎn)稱PeerJ期刊）和PeerJ預(yù)印本（PeerJ PrePrints）兩種出版物。PeerJ期刊是一種開放獲取、同行評(píng)議的學(xué)術(shù)期刊，采用會(huì)員付費(fèi)模式，并于2012年12月正式出版了第一期。2013年4月PeerJ預(yù)印本建立，它是一種類似于arXivorg的預(yù)印本服務(wù)，包括“公共預(yù)印本”（“public pre-print”）和“私人預(yù)印本”（“private pre-prints”）兩種類型。盡管PeerJ預(yù)印本有2種類型，但一般都被默認(rèn)為對(duì)所有讀者開放的“公共預(yù)印本”［８］。作者可以對(duì)PeerJ“公共預(yù)印本”論文內(nèi)容的開放程度和開放對(duì)象進(jìn)行隱私設(shè)置，如開放內(nèi)容可以是論文的標(biāo)題、標(biāo)題與摘要或者全部草稿；開放對(duì)象可以是選定的同事、PeerJ任何成員或者所有讀者［９］。

endprint

PeerJ預(yù)印本不同于arXiv系統(tǒng)，前者收集生物科學(xué)、醫(yī)學(xué)和健康科學(xué)的論文，而不涉及物理、數(shù)學(xué)等其他自然學(xué)科［１０］。arXiv系統(tǒng)涉及的生物學(xué)科主要是數(shù)量生物學(xué)，而PeerJ預(yù)印本包括生物學(xué)科、醫(yī)學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域，范圍非常廣泛而具體，例如生物科學(xué)羅列了40個(gè)學(xué)科，醫(yī)學(xué)科學(xué)更是列舉了48個(gè)學(xué)科［１１］。從今年4月到11月，PeerJ預(yù)印本已經(jīng)收集了129篇論文［１２］。起初，PeerJ采取一次支付會(huì)員費(fèi)用，便可以享受終生免費(fèi)出版的權(quán)利。對(duì)于PeerJ預(yù)印本，各類型的PeerJ會(huì)員可以提交沒有數(shù)量限制的公共預(yù)印本，但對(duì)于“基本計(jì)劃”的PeerJ會(huì)員每年只能在PeerJ期刊上免費(fèi)發(fā)表1篇文章［８］。為了避免會(huì)員顧慮在PeerJ期刊上免費(fèi)發(fā)表論文數(shù)量限制而影響其提交PeerJ預(yù)印本以及在更好促進(jìn)學(xué)術(shù)交流，從2013年11月11日起，任何作者都可以無(wú)限量免費(fèi)在其預(yù)印本網(wǎng)站發(fā)表預(yù)印本［１３］。

３bioRxiv預(yù)印本

作為一個(gè)收集物理學(xué)、數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與數(shù)量生物學(xué)等學(xué)科論文預(yù)印本的arXiv已經(jīng)存在了20多年，是科學(xué)家分享論文草稿的主要平臺(tái)。然而作為目前學(xué)術(shù)研究最活躍的生物科學(xué)領(lǐng)域一直沒有這樣的預(yù)印本文獻(xiàn)庫(kù)模式，arXiv也并沒有拓展到其他生物學(xué)如分子和細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域的計(jì)劃，因此arXiv對(duì)大多數(shù)生物學(xué)研究者并沒有影響。不僅是生物科學(xué)研究者，而且生物期刊出版者也希望生物科學(xué)有自己的預(yù)印本［１４］。2003年11月11日，世界知名的非營(yíng)利機(jī)構(gòu)美國(guó)冷泉港實(shí)驗(yàn)室（Cold Spring Harbor Laboratory，CSHL）效仿arXiv啟動(dòng)了BioRxiv，旨在將BioRxiv打造為生物學(xué)家專有的預(yù)印本文獻(xiàn)庫(kù)［６］。BioRxiv的目標(biāo)是，加速研究傳播，并在科學(xué)家的論文正式開始同行評(píng)議前，使其獲得論文反饋的機(jī)會(huì)。BioRxiv并不是與arXiv競(jìng)爭(zhēng)，而是對(duì)arXiv的有效補(bǔ)充［６］。

BioRxiv并不是一個(gè)新概念。14年前，當(dāng)時(shí)的美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院主管Harold Varmus提出，應(yīng)該為生物學(xué)論文建立一個(gè)預(yù)印本服務(wù)器［１４］。BioRxiv咨詢委員會(huì)由15名成員組成，包括arXiv創(chuàng)建者Paul Ginsparg和Anurag Acharya、谷歌學(xué)術(shù)搜索的共同創(chuàng)立者等。在BioRxiv上，提交文章和閱讀文章都是免費(fèi)的。盡管任何人都能在BioRxiv上提交論文，但不是任何文章都能發(fā)表。超過(guò)40名相關(guān)科學(xué)家家已經(jīng)同意對(duì)文章進(jìn)行篩選，以確保BioRxiv的專業(yè)性和科學(xué)性。

BioRxiv只針對(duì)生命科學(xué)領(lǐng)域，而不涉及醫(yī)藥學(xué)。因此，臨床試驗(yàn)和其他與醫(yī)藥學(xué)相關(guān)的研究將無(wú)法發(fā)表。不過(guò)，人類基因數(shù)據(jù)是一個(gè)例外。如果物理學(xué)、數(shù)學(xué)和社會(huì)科學(xué)與生命科學(xué)有直接關(guān)聯(lián)的論文也可以向BioRxiv提交。BioRxiv覆蓋生物科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域，包括23個(gè)具體研究領(lǐng)域，向其提交論文必需歸屬到具體研究領(lǐng)域［１５］。BioRxiv的論文按照結(jié)果分為新結(jié)果（New Results）、證實(shí)結(jié)果（Confirmatory Results）和相反結(jié)果（Contradictory Results）等3類，作者提交論文時(shí)必需指明其中的一種類型［１６］。截止到11月底僅20天的時(shí)間，BioRxiv接受的論文就達(dá)59篇，涵蓋其指定的23個(gè)生命科學(xué)領(lǐng)域中的16個(gè)［１７］。

４生物醫(yī)學(xué)預(yù)印本系統(tǒng)的比較分析

與開放獲取發(fā)表論文不同，預(yù)印本論文仍可以在其他雜志上發(fā)表。惟一重要的是可以作為提前進(jìn)行有效學(xué)術(shù)交流的一種途徑，可以讓作者提前接受讀者的評(píng)論，能有效提高論文質(zhì)量和交流效果，極大地提高學(xué)術(shù)交流的時(shí)效性，顯然也能成為發(fā)表優(yōu)先權(quán)的一個(gè)重要證據(jù)。盡管10年前世界上目前最大的arXiv預(yù)印本開始發(fā)表數(shù)量生物學(xué)的論文，但由于其沒有拓展到其他更加廣泛的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，并沒有引起更多生物醫(yī)學(xué)研究者的關(guān)注。今年P(guān)eerJ和bioRxiv預(yù)印本系統(tǒng)先后創(chuàng)建，這對(duì)生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的學(xué)者來(lái)說(shuō)無(wú)疑是一個(gè)非常重要的好消息。究其原因在于：（1）與arXiv相比，PeerJ和bioRxiv涉及的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域更多的學(xué)科，更加專業(yè)具體；（2）與arXiv相比，PeerJ和bioRxiv的咨詢委員會(huì)成員和合作單位、編輯來(lái)自更加知名、廣泛的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，為其發(fā)展提供更加科學(xué)的指導(dǎo)，為其論文質(zhì)量控制把關(guān)。如PeerJ已經(jīng)有800多位世界級(jí)學(xué)術(shù)編輯，bioRxiv的15位咨詢委員會(huì)成員絕大多數(shù)來(lái)自世界頂級(jí)大學(xué)和研究機(jī)構(gòu)［１５］。

與arXiv一樣，PeerJ和bioRxiv都是采取免費(fèi)發(fā)表的方式，但它們?cè)谠陂_放程度上是有所不同的：arXiv和PeerJ采用CC-BY完全共享協(xié)議，是完全開放獲取的；而bioRxiv為作者提供了不同的開放協(xié)議，包括一些很受限制的協(xié)議，如CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等（表１）。此外，在運(yùn)行模式上，PeerJ和bioRxiv采取集中模式，而arXiv采取集中和鏡像并存模式，目前arXiv設(shè)有9個(gè)鏡像站點(diǎn)［１８］。PeerJ與bioRxiv相比較，至少有3方面有所不同：（1）內(nèi)容的開放程度：PeerJ預(yù)印本采用完全開放獲取的CC-BY共享協(xié)議；而bioRxiv為作者提供了一些受限的不同的開放協(xié)議，包括CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等。（2）學(xué)科覆蓋的范圍：bioRxiv涵蓋生物科學(xué)的分支領(lǐng)域；而PeerJ PrePrints涵蓋了生物科學(xué)、醫(yī)學(xué)和健康科學(xué)的領(lǐng)域。（3）PeerJ PrePrints另一個(gè)特色是它跟母刊PeerJ期刊有機(jī)的結(jié)合，作者可以很方便的將發(fā)布的預(yù)印本投稿到PeerJ期刊，有助于論文的整個(gè)出版流程。

表１國(guó)際生物醫(yī)學(xué)預(yù)印本系統(tǒng)比較表

預(yù)印本創(chuàng)建時(shí)間學(xué)科領(lǐng)域提交途徑質(zhì)量控制運(yùn)行模式知識(shí)共享協(xié)議arXiv2003年9月數(shù)量生物學(xué)www界面相對(duì)嚴(yán)格集中和鏡像模式CC-BYPeerJ2013年4月生物學(xué)科、醫(yī)學(xué)

和健康科學(xué)www界面相對(duì)更專業(yè)集中模式CC-BYbioRxiv2013年11月生物科學(xué)www界面相對(duì)更專業(yè)集中模式CC-BY、CC-BY-NC、

CC-BY-ND、CC-BY-ND注：BY（署名）、BY-NC（署名-非商業(yè)性）、BY-ND（署名-禁止演繹）、BY-NC-ND（署名-非商業(yè)性-禁止演繹）５展望

生物科學(xué)領(lǐng)域每年發(fā)表的論文數(shù)量在所有論文中的比例最高，是目前學(xué)術(shù)研究最活躍的科學(xué)領(lǐng)域，然而直到今年才出現(xiàn)PeerJ和bioRxiv 2大國(guó)際預(yù)印本系統(tǒng)，并沒有像物理學(xué)、數(shù)學(xué)等其他學(xué)科有影響力非常強(qiáng)大的預(yù)印本系統(tǒng)，諸如arXiv預(yù)印本系統(tǒng)。究其原因是多方面的：（1）生物醫(yī)學(xué)研究結(jié)果的商業(yè)應(yīng)用潛力使得研究者不愿意以預(yù)印本形式提前發(fā)表；（2）讀者對(duì)研究結(jié)果的不熟知可能會(huì)影響公共健康實(shí)踐，因此研究者不會(huì)輕易將研究結(jié)果公布在沒有非常嚴(yán)格審查的預(yù)印本系統(tǒng)中；（3）最重要的原因也許在目前生物醫(yī)學(xué)期刊的影響力過(guò)于強(qiáng)大，期刊名成為論文質(zhì)量的代言人。例如生物醫(yī)學(xué)研究者在國(guó)際自然科學(xué)3大頂尖期刊Nature（自然）、Science（科學(xué)）和Cell（細(xì)胞）上發(fā)表論文，將會(huì)改變他們?cè)谏镝t(yī)學(xué)領(lǐng)域中的職業(yè)生涯，而物理研究者卻是并不能如此。雖然Nature在其作者指南說(shuō)，作者發(fā)布預(yù)印本不影響在Nature系列期刊投稿，但是Science很多時(shí)候并不鼓勵(lì)作者提前發(fā)布預(yù)印本，認(rèn)為會(huì)影響文章（正式發(fā)表前）的原創(chuàng)性，更為嚴(yán)重的是Cell及其子刊不支持預(yù)印本發(fā)布。因此，生物醫(yī)學(xué)研究中的重要?jiǎng)?chuàng)新研究結(jié)果一般不會(huì)以預(yù)印本形式提前公布。

endprint

現(xiàn)在PeerJ和bioRxiv 2大國(guó)際預(yù)印本系統(tǒng)先后創(chuàng)建，并將對(duì)目前生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)交流模式產(chǎn)生重要影響，尤其是bioRxiv系統(tǒng)是美國(guó)知名的非營(yíng)利生物醫(yī)學(xué)機(jī)構(gòu)——美國(guó)冷泉港實(shí)驗(yàn)室由創(chuàng)辦，憑借其影響力必將產(chǎn)生更大的作用。然而這種影響顯然需要一個(gè)過(guò)程，因?yàn)槟壳暗纳镝t(yī)學(xué)期刊，尤其是近年的開放存取期刊的影響確實(shí)太大。例如開放存取期刊“航母”PLoS ONE 2013年發(fā)表的論文將超過(guò)3萬(wàn)篇，約是國(guó)際科學(xué)引文索引（SCI）數(shù)據(jù)庫(kù)年度發(fā)文數(shù)量的3%，而且其論文發(fā)表費(fèi)下調(diào)至1 350美元，并且現(xiàn)在PLOS正在探索新的出版模式，試圖完全采用先發(fā)表后同行評(píng)價(jià)模式［１９］。這種模式和預(yù)印本模式已經(jīng)非常接近，不同的是預(yù)印本模式是在正式發(fā)表前進(jìn)行交流，而這種新的模式是先發(fā)表后評(píng)價(jià)，共同的特征是將發(fā)表和評(píng)價(jià)脫鉤，這確實(shí)是對(duì)當(dāng)前學(xué)術(shù)出版的重要改革。

雖然PeerJ預(yù)印本比bioRxiv早半年創(chuàng)辦，由于其歸屬于營(yíng)利性質(zhì)的開放獲取期刊PeerJ，因此截至目前其收集的預(yù)印本數(shù)量也并沒有明顯比bioRxiv多，可以預(yù)見將來(lái)會(huì)更多的預(yù)印本出現(xiàn)在bioRxiv系統(tǒng)中，bioRxiv必將成為生物醫(yī)學(xué)預(yù)印本的領(lǐng)頭羊。

參考文獻(xiàn)

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（本文責(zé)任編輯：馬卓）

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