已發(fā)現(xiàn)的限制酶種類眾多,Smith Ho和Nathans D于1973年提出了一個(gè)命名系統(tǒng),已被學(xué)術(shù)界接受,其他名原則是根據(jù)分離出這種酶的細(xì)菌的分類學(xué)上的屬名,種名和菌株名來(lái)命名。限制性內(nèi)切酶的命名分別為宿主屬名第一個(gè)字母、種名頭兩個(gè)字母、菌株號(hào)、最后是菌株中分離出酶的序列號(hào)。前3個(gè)字母應(yīng)該斜體,首字母大寫,序列號(hào)為羅馬數(shù)字。
舉例說(shuō)明:Alu I的得名為從中分離出的細(xì)菌屬名和種名為Arthrobacter luteus,分離得到的第一種酶。從細(xì)菌Bacillus amyloliquefuciens H菌株分離出來(lái)的第一種酶命名為BamHⅠ,從Haemophilus influenzae Rd菌株中分離出來(lái)的第三種酶的命名為HindⅢ。再如EcoRⅠ,其中E是屬名Escherichia的第一個(gè)字母,co是種名coli的頭2個(gè)字母,R為菌株號(hào),序列號(hào)為Ⅰ型。