田云芳,袁秀云,蔣素華,馬 杰,蘇金樂,崔 波
(1 鄭州師范學院 a 生命科學學院,b 生物研究所,河南 鄭州 450000;2 河南農(nóng)業(yè)大學 林學院,河南 鄭州 450000)
蕙蘭CfMADS1基因的克隆及其時空表達特性
田云芳1a,2,袁秀云1b,蔣素華1b,馬 杰1b,蘇金樂2,崔 波1b
(1 鄭州師范學院 a 生命科學學院,b 生物研究所,河南 鄭州 450000;2 河南農(nóng)業(yè)大學 林學院,河南 鄭州 450000)
【目的】 對蕙蘭CfMADS1基因cDNA全長進行克隆和時空表達特性研究,為研究成花相關(guān)基因的功能提供參考。【方法】 以蕙蘭萼片cDNA為模板,利用反轉(zhuǎn)錄RT-PCR和RACE的方法,克隆獲得CfMADS1全長cDNA序列,并對其進行生物信息學分析。以蕙蘭各時期的器官組織為材料,利用熒光定量PCR進行該基因的時空表達分析。【結(jié)果】 成功克隆了CfMADS1基因(GenBank登錄號為KC148540),其cDNA序列全長1 061 bp,開放閱讀框長744 bp,編碼247個氨基酸,分子式為 C1 244H2 040N370O377S9。其編碼的氨基酸序列與AP1/FUL亞家族中金釵石斛MADS1具有較高的同源性 (85.43%),與AP1/FUL轉(zhuǎn)錄因子亞家族中的蛋白聚為一類。該基因編碼蛋白沒有明顯的信號肽和跨膜域,極可能位于細胞核內(nèi),具有MADS保守域(1-61aa)和相對保守的K區(qū)(87-178aa),而且在C末端具有AP1/FUL特征基序(LPPWML),二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋所占比例較高 (55.63%),三級結(jié)構(gòu)與月季、水稻和水仙MADS1蛋白結(jié)構(gòu)非常相似。該基因在盛花期葉中表達最強烈,花蕾期葉、葶、蕾及營養(yǎng)期葉、盛花期葶中表達較為強烈,子房和營養(yǎng)期根中表達較弱,其余器官組織中表達痕量?!窘Y(jié)論】 從蕙蘭萼片中克隆得到了CfMADS1 cDNA全長序列,CfMADS1與蕙蘭的成花誘導、花發(fā)育以及果實形成有關(guān)。
蕙蘭;AP1/FUL-like基因;時空表達
ABCDE花發(fā)育模型中大部分基因都屬于MADS-box 基因,MADS-box 基因是很大的一個轉(zhuǎn)錄因子家族,在真核生物的發(fā)育過程中有著重要的作用。MADS-box轉(zhuǎn)錄因子中都含有一個大約由60個氨基酸組成的高度保守的結(jié)構(gòu)域(被稱作MADS-box 結(jié)構(gòu)域)及I區(qū)(不太保守)和大約70個氨基酸殘基K區(qū)(相對保守),C末端最不保守[1]。擬南芥中AP1(APETALA1)和FUL(FRUITFULL) 基因是植物特有的MADS-box基因,屬于植物花發(fā)育基因中的A類基因。AP1和FUL序列具有很高的相似性,屬于AP1/FUL基因亞家族。擬南芥中AP1和FUL基因在決定花分生組織方面功能冗余,但AP1基因在決定花萼花瓣形成方面及FUL基因決定果實形成方面功能相互獨立。AP1基因作為A類基因決定花萼花瓣形成的功能被認為是十字花科植物所特有的[2]。
AP1/FUL亞家族基因發(fā)生多次基因復(fù)制事件后,基因功能開始分化。如蘋果中AP1-like基因MdMADS5僅在花萼中特異表達,主要參與萼片的形成[3];罌粟和花菱草的FUL-like基因在側(cè)芽分生組織生長、花分生組織決定、花萼形成和果實發(fā)育中都扮演著不同的角色,罌粟FUL-like基因還有調(diào)控開花時間和決定花瓣形成的功能[2]。
研究表明,MADS-box基因不僅參與花器官的形成,還與根的發(fā)育[4]、花的起始、花分生組織的決定[5]、胚的形成[6]及種子和果實的發(fā)育[7-8]有關(guān),甚至某個基因在不同的發(fā)育階段有著不同的功能[9]。Yu等[10]從石斛蘭(Dendrobiumgrex)成花轉(zhuǎn)變時期的莖尖分生組織中克隆了3個MADS-box基因DOMADS1(屬于AGL2亞家族)、DOMADS2(屬于SQUA亞家族)和DOMADS3(屬于AGL2亞家族),其中DOMADS1在花序分生組織和花原基中轉(zhuǎn)錄表達,之后定位于所有的花器官中;DOMADS2在整個成花轉(zhuǎn)變過程中表達,后來在蕊柱中表達;DOMADS3在成花轉(zhuǎn)變早期及后期花葶中表達。
蕙蘭(Cymbidiumfaberi),花姿秀麗,香味濃郁,具有很高的觀賞價值。蕙蘭花發(fā)育是由多個調(diào)控途徑的基因相互協(xié)調(diào)而控制的,其調(diào)控過程極為復(fù)雜,因此對蕙蘭成花相關(guān)基因進行較為全面的深入研究有重要意義。本研究采用RT-PCR和RACE方法,克隆得到蕙蘭花發(fā)育相關(guān)基因CfMADS1的cDNA全長序列,對其進行了相關(guān)的生物信息學分析,并通過熒光定量PCR研究了蕙蘭CfMADS1開花相關(guān)基因的時空表達特性,以期為研究蕙蘭成花相關(guān)機制提供參考。
1.1 材 料
以蕙蘭(Cymbidiumfaberi)營養(yǎng)期、花蕾期、盛花期的根、葉、葶、花蕾、花萼、花瓣、唇瓣、蕊柱和子房為材料,樣品在液氮中速凍后,置-80 ℃冰箱貯存?zhèn)溆谩?/p>
1.2 主要試劑與儀器
試劑:Trizol購于Invitrogen公司,RNA反轉(zhuǎn)錄試劑盒(TaKaRa Prime ScriptTMRT-PCR Kit)、DNA去除反轉(zhuǎn)錄試劑盒、SYBRⅡ熒光定量PCR試劑盒、克隆載體 pMD19-T vector、DNA Marker DL2000、大腸桿菌DH5α感受態(tài)細胞均購于TaKaRa生物公司,IPTG、X-gal購于上海生工公司,DNA凝膠回收試劑盒購于天根生物技術(shù)公司,其他試劑均為國產(chǎn)分析純。
儀器:紫外分析儀(北京六一)、高速冷凍離心機(Eppendorf)、梯度PCR儀(Biometra)、凝膠成像系統(tǒng)(Uvitec)、電熱恒溫鼓風干燥箱(上海一恒)、制冰機(上海田楓)、微量紫外分光光度計(美國,Quawell Q5000)和熒光定量PCR儀(Eppendorf)。
1.3 RNA提取及反轉(zhuǎn)錄
在Trizol方法基礎(chǔ)上提取RNA,并加以改進:樣品的起始量與提取緩沖液的比例在1∶10(質(zhì)量體積比)左右;體積分數(shù)75%乙醇沖洗2次;-20 ℃異丙醇沉淀RNA 5~10 min、10 000 r/min離心10 min,分別提取蕙蘭各器官組織總RNA后,用DEPC水稀釋,用核酸蛋白分析儀測定其OD260、OD280值,測定RNA濃度和純度,并用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整性。
用M-MLV反轉(zhuǎn)錄酶(TaKaRa公司)和DNA去除反轉(zhuǎn)錄試劑盒,合成cDNA第一鏈。反應(yīng)產(chǎn)物于-20 ℃保存。
1.4 蕙蘭CfMADS1全長cDNA的克隆
根據(jù)高度保守的區(qū)段,利用Primer premier5.0生物軟件設(shè)計簡并引物(表1)AP1 引物對,以蕙蘭萼片RNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA第一鏈為模板進行PCR擴增。PCR反應(yīng)體系20 μL:ddH2O 11.7 μL,10×PCR Buffer 2 μL,25 mmol/L MgCl21.5 μL,2.5 mmol/L dNTP 1.6 μL,模板cDNA 1 μL,10 μmol/L上下游特異引物各1 μL,0.5 UTaq酶 0.2 μL。擴增程序為:94 ℃預(yù)變性5 min,然后以94 ℃ 40 s,56 ℃ 40 s,72 ℃ 40 s進行35個循環(huán),于72 ℃延伸10 min。擴增產(chǎn)物進行1%瓊脂糖凝膠電泳檢測。然后進行EB染色20 min,紫外光下將目的條帶迅速切下,進行凝膠回收(按照DNA凝膠回收試劑盒說明進行),最終得到回收產(chǎn)物30 μL,取3 μL檢測濃度。取回收產(chǎn)物4 μL克隆到載體pMD19-T上,構(gòu)建重組質(zhì)粒(按說明書進行操作)。將重組質(zhì)粒進行熱擊(42 ℃)轉(zhuǎn)化感受態(tài)細胞大腸桿菌DH5α,涂布于含有Amp、IPTG和X-gal的固體LB培養(yǎng)基上,37 ℃培養(yǎng)箱中倒置暗培養(yǎng)14 h左右,進行重組子篩選后送英駿公司測序。根據(jù)已確定的核苷酸序列保守區(qū)段,設(shè)計合成上下游巢式引物各2個,并與 5′RACE(Clontech)、3′RACE(TaKaRa)試劑盒中的引物相結(jié)合,克隆該已知序列的5′和3′端(5′RACE和3′RACE具體步驟按照說明書進行)。PCR產(chǎn)物回收后經(jīng)pMD19-T載體克隆、英駿公司測序,使用DNAMAN軟件與已知序列拼接,獲得該基因的cDNA全長序列。
1.5 蕙蘭CfMADS1基因的生物信息學分析
利用DNAMAN軟件進行核苷酸序列的拼接,分析氨基酸序列同源性,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹;利用NCBI尋找開放閱讀框,進行BLAST比對,登錄至GenBank;利用Primer premier5.0軟件進行氨基酸的推斷;利用ProtParam進行相對分子量和等電點預(yù)測;利用SignalP進行信號肽預(yù)測;利用TMHMM進行跨膜域預(yù)測;利用PSORT進行亞細胞定位;利用ExPASy進行蛋白質(zhì)的疏水性分析;利用Scanprosite進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能域分析;利用SOPMA、COILS和predictprotein預(yù)測編碼蛋白的二級結(jié)構(gòu);用SWISS-MODEL進行三維結(jié)構(gòu)建模。
1.6 蕙蘭CfMADS1基因的時空表達特性分析
根據(jù)熒光定量引物設(shè)計原則,在所克隆的基因序列基礎(chǔ)上設(shè)計引物,引物序列見表1。
以蕙蘭反轉(zhuǎn)錄一鏈cDNA為模板,利用SYBRⅡ熒光定量PCR試劑盒進行RT-PCR,將所得到的條帶進行大小比對,回收、純化、連接,送英駿公司測序。
以UBQ3和ACT作為內(nèi)參基因,進行各目的基因的表達水平檢測。每個器官組織對應(yīng)的樣品設(shè)3個重復(fù)。利用2-ΔΔCt法計算目的基因的相對表達水平。
2.1 蕙蘭RNA的提取
將所提取的蕙蘭各個器官組織樣品RNA進行凝膠電泳發(fā)現(xiàn),28S、18S、5S條帶均出現(xiàn),且28S比18S略亮,18S比5S亮,推斷所提取的RNA質(zhì)量較高,比較完整,沒有其他雜質(zhì),且沒有降解。
2.2 蕙蘭CfMADS1基因的克隆
以蕙蘭萼片RNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板,以特異引物AP1 Forward和Reverse為引物,進行中間片段的PCR擴增,經(jīng)凝膠回收、連接、轉(zhuǎn)化、提取質(zhì)粒、測序,得到1條基因片段,其核苷酸序列大小為376 bp(圖1a)。
將所得到的目的基因片段經(jīng)BLAST同源性比對顯示,該片段的核苷酸序列與石斛蘭(AF198175、EF535598、AY927236、DQ462469)、蝴蝶蘭(JQ065097、DQ104327)AP1/FUL亞家族基因核苷酸序列的同源性均在85%以上,表明已克隆出蕙蘭AP1/FUL亞家族基因的部分cDNA序列。
根據(jù)該基因的保守區(qū)片段序列,設(shè)計特異引物AP14ro-315和AP14ri-127及AP14fo-141和AP14fi-291,結(jié)合試劑盒中的內(nèi)外引物進行5′與3′端的巢式PCR擴增,結(jié)果表明,5′與3′端分別長265(圖1b)和633 bp(圖1c),且均與原始序列有部分重疊。進行序列拼接后,得到該基因的cDNA全長。
2.3 蕙蘭CfMADS1基因的序列分析
CfMADS1 cDNA全長1 061 bp,包含1個起始密碼子ATG和1個終止密碼子TAA,開放閱讀框(ORF)長744 bp,編碼 247個氨基酸,有1個poly(A)結(jié)構(gòu)尾巴,3′UTR為200 bp,5′UTR為117 bp(圖2)。
2.4 蕙蘭CfMADS1蛋白的同源性及系統(tǒng)進化分析
對蕙蘭CfMADS1編碼的氨基酸殘基序列進行BLAST比對發(fā)現(xiàn),其與其他植物的AP1/FUL亞家族同源類似物有較高的同源性。用DNAMAN進行多重序列比對表明,M區(qū)同源性最高,K區(qū)較高,I區(qū)不高,C末端變化較大,且該氨基酸序列具有單子葉植物中AP1同源類似物的LPPWML保守基序。蕙蘭與其他植物如金釵石斛MADS1(ABQ08573)、朵麗蝶蘭MADS1(AFD36437)、蝴蝶蘭AP1(AAZ76263)、華山姜APETALA1(ABS83558)、油棕MADS(AAQ03221)、紫六出花APETALA1(BAL70391)的氨基酸序列均有較高的同源性,其中蕙蘭與金釵石斛MADS1的同源性最高,達到85.43%(圖3)。
在多重比對的基礎(chǔ)上,構(gòu)建CfMADS1與其他植物AP1/FUL亞家族氨基酸序列系統(tǒng)進化樹,結(jié)果(圖4)表明,朵麗蝶蘭MADS1和蝴蝶蘭AP1聚為一束,金釵石斛MADS1和球花石斛FUL1聚為一束,然后再和石斛蘭DOMADS2聚為一束,呈現(xiàn)出一定的的種屬特性, CfMADS1屬于AP1/FUL亞家族,CfMADS1的進化樹分析結(jié)果基本符合植物分類學的APG分類系統(tǒng)。
2.5 蕙蘭CfMADS1蛋白的生物信息學分析
利用ProtParam預(yù)測CfMADS1蛋白的分子式為 C1 244H2 040N370O377S9,分子質(zhì)量為28.50 ku,理論等電點為9.63,帶正電殘基(Arg+Lys)32個(占總氨基酸的17.0%),負電殘基(Asp+Glu)30個(占總氨基酸的12.1%)。肽段中有5個半胱氨酸殘基,含量較高的依次是亮氨酸(13.4%)、谷氨酸(10.1%)、絲氨酸(10.1%)和賴氨酸(10.1%),亮氨酸、谷氨酸和絲氨酸的含量與蕙蘭CfAP11中的相應(yīng)氨基酸殘基含量(分別為13.2%,9.4%,9.4%)[11]接近。N端為1個蛋氨酸殘基。推算其半衰期為30 h,不穩(wěn)定系數(shù)為55.80,脂溶指數(shù)為83.00,總平均親水指數(shù)為-0.791,理化參數(shù)與CfAP11[11]接近。
信號肽分析表明,CfMADS1沒有明顯的信號肽,不是分泌性蛋白;利用TMHMM跨膜域分析表明,該蛋白沒有明顯的跨膜域; PSORT預(yù)測結(jié)果表明,CfMADS1極可能位于細胞核內(nèi)(可能性為76.0%)。CfMADS1疏水性最大值為2.089,位于第45個氨基酸殘基;最小值為-2.589,位于第141個氨基酸殘基,總體來看大部分區(qū)域為親水區(qū),由此推斷,CfMADS1可能是不穩(wěn)定的親水性蛋白。
SOPMA預(yù)測表明,CfMADS1蛋白由55.63%的α螺旋、10.53%的延伸鏈、32.79%的無規(guī)則卷曲和4.05%的β轉(zhuǎn)角構(gòu)成,α螺旋和無規(guī)則卷曲所占比例較高。
在Scanprosite數(shù)據(jù)庫中進行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析預(yù)測,結(jié)果顯示,CfMADS1含有高度保守的MADS結(jié)構(gòu)域(1-61aa)和中度保守的K區(qū)(88-178aa)。通過SWISS-MODEL在線同源建模進行三級結(jié)構(gòu)預(yù)測,發(fā)現(xiàn)CfMADS1模型與月季(FJ970028.1)、水稻(AF058698.1)和水仙(JN704304.1)的結(jié)構(gòu)相似度很高。
2.6 蕙蘭CfMADS1基因的時空表達特性
本研究以UBQ3、ACT同時為內(nèi)參基因,利用2-ΔΔCt法對目的基因CfMADS1的相對表達水平進行分析,結(jié)果見圖5。圖5表明,CfMADS1基因在盛花期葉中表達最強烈,花蕾期葉、葶、蕾和營養(yǎng)期葉及盛花期葶中表達較為強烈,子房和營養(yǎng)期根中表達較弱,其余器官組織中表達痕量。
對于根來說,營養(yǎng)期根中表達量高于花蕾期。對于葉來說,從營養(yǎng)期到花蕾期再到盛花期,表達量依次升高。對于花葶來說,花蕾期和盛花期表達量都較高。對于花器官來說,該基因表達微弱。在營養(yǎng)期葉、根和花蕾期葉器官中均有表達,表明該基因與花的誘導和花的起始有關(guān);在花蕾期葶、花蕾中都有較高水平的表達,說明其可能與花器官的發(fā)育和花器官的形成有關(guān),也可能是花蕾中該基因的部分mRNA通過花葶運輸而進行表達;在盛花期葉中高度表達,葶中表達水平也較高,說明盛花期該基因與前兩個時期相比得到了較高水平的表達;盛花期子房中也有一定水平的表達,說明該基因以某種機制參與蕙蘭果實的形成,這與CfAP11與蕙蘭果實形成關(guān)系密切的結(jié)果[11]是一致的。
許多研究表明,AP1-like基因主要參與調(diào)控花序分生組織向花分生組織的轉(zhuǎn)變,控制花萼花瓣形成。AP1/FUL-like基因的表達與果實的形成密切相關(guān)[12]。本研究發(fā)現(xiàn),蕙蘭的AP1-like基因CfMADS1在營養(yǎng)期和花蕾期葉中均有表達,說明具有促進成花轉(zhuǎn)變、提前開花的作用;在花蕾期花葶和花蕾中表達水平較高,說明該基因可能與花器官的發(fā)育和形成有關(guān),且可能通過花葶運輸?shù)交ɡ僦胁糠直磉_;在盛花期葉和花葶中表達水平較高,子房中也有一定水平的表達,說明該基因可能以某種機制參與果實的發(fā)育和形成,且通過葉和花葶向子房中積累,以逐漸形成蕙蘭的果實,這與AP1/FUL亞家族基因參與果實的形成密切相關(guān)。該結(jié)果與蘋果MdMADS12在花蕾、未開花時葉、花期葉及營養(yǎng)枝中的表達特性[13]較為相似;而與文心蘭OMADS10僅在營養(yǎng)期葉、唇瓣和心皮中表達的結(jié)果[14]不一致。
CfMADS1與CfAP11表達特性相似的是,在營養(yǎng)期和花蕾期葉中表達水平均較高,在盛花期的花葶和子房中的表達水平也較高,而在花器官的花萼、花瓣、唇瓣及蕊柱中表達較弱[11]。CfAP11與CfMADS1具有相似的表達特性,可能是二者在蕙蘭植株內(nèi)功能冗余的原因。
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Cloning and spatiotemporal expression ofCfMADS1 gene in orchid (Cymbidiumfaberi)
TIAN Yun-fang1a,2,YUAN Xiu-yun1b,JIANG Su-hua1b,MA Jie1b,SU Jin-le2,CUI Bo1b
(1 aCollegeofLifeScience,bInstituteofBiotechnology,ZhengzhouNormalUniversity,Zhengzhou,Henan450000,China2CollegeofForestry,HenanAgriculturalUniversity,Zhengzhou,Henan450000,China)
【Objective】 This study cloned a full-lengthAPETALA1/FRUITFULL-like (AP1/FUL-like) MADS box cDNA fromCymbidiumfaberiand analyzed its spatiotemporal expression to provide a reference for studying function of flower related genes.【Method】CfMADS1 gene was isolated from sepals ofC.faberiby RT-PCR and RACE.Then spatiotemporal expression was detected by real time PCR.【Result】CfMADS1 gene was cloned (GenBank number:KC148540).The full length of cDNA sequence is 1 061 bp,with open reading frame of 744 bp,encoding 247 amino acids.The molecular formula is C1 244H2 040N370O377S9.The deduced amino acid sequence ofCfMADS1 shared 85.43% homology with a member of theAP1/FUL-like group of MADS box genes (DendrobiumnobileMADS1).CfMADS1 belonged to theAP1/FULtranscription factor subfamily.The deduced protein has no obvious signal peptide and transmembrane domain,and probably located in the nucleus.It had a MADS domain (1-61aa),a relatively conservative K region(87-178aa)and a C terminal conserved motif LPPWML.The secondary structure of CfMADS1 mainly consisted of alpha helices (55.63%),and the three-dimensional structure of the protein was similar to that of homologues inRozahybrida,OryzasativaandNarcissustazetta.Real-time quantitative PCR (qRT-PCR) results revealed low levels of its mRNA in ovaries and roots during vegetative period,and in other tissues.Highest levels ofCfMADS1 expression were observed in leaves at full-blossom stage followed by pedicels at reproductive period,leaves at vegetative period,and leaves,pedicels,and buds at bud stage.【Conclusion】 A full-lengthAP1/FUL-like MADS box cDNA was cloned fromC.faberisepals andCfMADS1 involved in floral induction,floral development and fruit formation.
Cymbidiumfaberi;AP1/FUL-like gene;spatiotemporal expression
2014-01-06
河南省科技攻關(guān)項目(092102110128);河南省教育廳科學技術(shù)研究重點項目(14A22005)
田云芳(1978-),女,河南滎陽人,講師,博士,主要從事園林植物資源與利用研究。E-mail:tianyunfang2011@163.com
時間:2015-06-10 08:40
10.13207/j.cnki.jnwafu.2015.07.012
Q786
A
1671-9387(2015)07-0143-07
網(wǎng)絡(luò)出版地址:http://www.cnki.net/kcms/detail/61.1390.S.20150610.0840.012.html