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      一類細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的結(jié)構(gòu)特征研究

      2015-03-20 08:01:22張靜曉付新梅潘艷秋
      關(guān)鍵詞:號(hào)位誘導(dǎo)劑等值線圖

      張靜曉,李 燕,付新梅,潘艷秋*,楊 凌

      (1.大連理工大學(xué) 化工學(xué)院,遼寧 大連 116024;2.大連理工大學(xué) 精細(xì)化工國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,遼寧 大連 116024;3.中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所 藥物資源開發(fā)研究組,遼寧 大連 116023)

      0 引 言

      細(xì)胞凋亡(apoptosis)是程序性細(xì)胞死亡的一種形式,通過清除多余的衰老細(xì)胞維持體內(nèi)細(xì)胞在數(shù)量、形態(tài)和功能上的平衡.細(xì)胞凋亡調(diào)控異常會(huì)導(dǎo)致個(gè)體不能正常發(fā)育、嚴(yán)重畸形或者不能存活,與許多疾病的發(fā)生密切相關(guān).如在癌癥的研究過程中,人們發(fā)現(xiàn)癌癥的發(fā)生不僅與癌細(xì)胞的生長速度有關(guān),而且與癌細(xì)胞的死亡速率密切相關(guān),因此,細(xì)胞凋亡的異常調(diào)控被認(rèn)為是癌癥發(fā)生和發(fā)展的重要影響因素之一.在癌癥治療中,用細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑加快癌細(xì)胞的凋亡速度,特異性地殺死癌細(xì)胞,將會(huì)達(dá)到治療癌癥的目的.

      細(xì)胞凋亡可由兩條途徑介導(dǎo):一條是死亡受體介導(dǎo)的信號(hào)激活細(xì)胞內(nèi)的caspases(半胱氨酸天冬氨酸特異性蛋白酶),另一條是通過線粒體釋放的凋亡酶激活因子激活caspases.這些活化的caspases可降解細(xì)胞內(nèi)重要的蛋白,從而引起細(xì)胞死亡,因此,caspase在介導(dǎo)細(xì)胞凋亡的過程中起著非常重要的作用.Caspase-3是caspase家庭中最關(guān)鍵的凋亡執(zhí)行分子之一,它可以剪切許多關(guān)鍵的凋亡靶蛋白酶,使細(xì)胞不可逆地走向死亡,研究具有caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑是癌癥研究的熱點(diǎn).

      近二十多年中,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多類具有藥理學(xué)作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑,如黃酮類及其衍生物(如漢黃芩素[1]、紫杉醇[2]等)、蒽醌衍生物(如EMO、PHY[3]等)、多環(huán)類化合物(如N-苯基煙酰胺類[4]、藤黃酸[5]、JET-522[6]等)、烴類(如二烯丙基二硫[7]、姜酮酚[8]等)、多肽類(如RGD 多肽類[9]、polyoxypeptins A 和B[10])等,其中,N-苯基煙酰胺類、漢黃芩素、JET-522、EMO 和藤黃酸等誘導(dǎo)劑都被證明是通過激活caspase-3來達(dá)到誘導(dǎo)癌細(xì)胞凋亡的目的的.Cai的研究小組通過高通量篩選實(shí)驗(yàn)篩選出一類具有caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑,包括N-苯基煙酰胺類[4]、4-苯胺基-2-(2-吡啶基)嘧啶類[11-12]、4-芳氨 基 喹唑啉 類[13-14]、N-苯基-1H-吡唑并[3,4-b]喹啉-4-胺類[15]等.這幾類誘導(dǎo)劑通過作用在caspase-3活化上游某個(gè)靶點(diǎn),誘導(dǎo)T47D 乳腺癌細(xì)胞的凋亡.

      傳統(tǒng)的藥物研究方法研發(fā)周期長,非常消耗人力、物力和財(cái)力,計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)通過定量地分析小分子結(jié)構(gòu)和其物理化學(xué)特征與生物活性之間的關(guān)系,歸納出分子結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和生物活性之間的規(guī)律,從而能更好地指導(dǎo)開發(fā)具有高藥理作用的化合物,大大縮短了研發(fā)周期,降低了人力和財(cái)力的消耗.本文以153個(gè)來自Cai的研究小組的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑為研究對(duì)象進(jìn)行藥物設(shè)計(jì).由于這類誘導(dǎo)劑分子的具體作用靶點(diǎn)尚不清楚,采用間接藥物設(shè)計(jì)方法,包括比較分子力場(chǎng)法(CoMFA)和比較分子相似性指數(shù)法(CoMSIA),建立誘導(dǎo)劑的分子結(jié)構(gòu)特征與其生物活性之間的三維定量構(gòu)效關(guān)系(3D-QSAR)模型,為設(shè)計(jì)和開發(fā)高活性的新型細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑提供理論指導(dǎo).

      1 材料與方法

      1.1 數(shù)據(jù)集

      數(shù)據(jù)集由9類具有caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑組成,如圖1所示,包括N-苯基煙酰 胺[4](M001)、4-苯胺基-2-(2-吡 啶基)嘧啶類[11-12](M010)、4-芳氨基喹唑啉類[13-14](M034)、N-苯基-1H-吡唑并 [3,4-b]喹啉-4-胺類(M041)[15]、(4-萘基)苯基甲酮類(M054)[16]、N-甲基-N-苯基-1-萘胺類(M060)[16]、4-苯胺基-N-甲基噻吩并[3,2-d]嘧啶類(M097)[17]、4-苯胺基-N-甲基噻吩并[2,3-d]嘧啶類(M105)[17]、N-芳基-9-氧-9H-芴基-1-甲酰胺類(M115)[18-19],共153個(gè)化合物小分子.化合物的結(jié)構(gòu)和其對(duì)應(yīng)的活性數(shù)據(jù)(EC50)均來自Cai的研究小組.建模過程中,EC50值被轉(zhuǎn)化為pEC50(-logEC50),作為定量構(gòu)效關(guān)系研究的因變量.遵循訓(xùn)練集和驗(yàn)證集的分子比例為4∶1的原則,隨機(jī)選擇119個(gè)化合物作為訓(xùn)練集,其余34個(gè)化合物作為驗(yàn)證集來驗(yàn)證所建模型的可靠性.圖2為20個(gè)代表性化合物的分子結(jié)構(gòu)及其活性數(shù)據(jù).

      1.2 構(gòu)象優(yōu)化和分子疊合

      3D-QSAR模型的建立和分析在SYBYL 6.9軟件包(Tripos公司)中進(jìn)行.利用該軟件中的Sketch molecule模塊構(gòu)建小分子化合物初始的三維結(jié)構(gòu).小分子能量優(yōu)化的參數(shù)設(shè)置為Tripos力場(chǎng)、Gasteiger-Huckel電荷、Powell共軛能量梯度法,能量收斂限定為2 090J/(mol·nm)[20].為了構(gòu)建具有較好預(yù)測(cè)能力的QSAR 模型,基于配體分子的公共骨架對(duì)所有的化合物進(jìn)行了疊合,在疊合過程中,以擁有最高pEC50值的M071 號(hào)分子(pEC50=8.70)作為模板分子.如圖3(a)所示,藍(lán)色加粗部分是分子疊合過程所選的公共子架,所有分子疊合的效果如圖3(b)所示.由圖可見,數(shù)據(jù)集中的所有分子疊合良好,為構(gòu)建QSAR模型奠定了基礎(chǔ).

      圖1 9類細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的代表性分子結(jié)構(gòu)Fig.1 Representative molecular structures of nine series of apoptosis inducers

      圖2 代表性細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的分子結(jié)構(gòu)及其活性信息Fig.2 Molecular structures and activities of representative apoptosis inducers

      圖3 數(shù)據(jù)集中所有分子的疊合圖Fig.3 Molecular alignment of all molecules in the dataset

      1.3 CoMFA和CoMSIA分析

      骨采用CoMFA 和CoMSIA 兩種分析模型研究小分子誘導(dǎo)劑與其活性之間的定量構(gòu)效關(guān)系.在CoMFA 分析中,疊合后所有的小分子被放入一個(gè)步長為0.2nm 的三維網(wǎng)格中,以一個(gè)帶正電荷的sp3碳原子為探針,分別對(duì)每個(gè)網(wǎng)格點(diǎn)上 位 阻 場(chǎng)(steric field)和 靜 電 場(chǎng)(electrostatic field)的大小及分布進(jìn)行了探測(cè),計(jì)算過程中的能量閾值設(shè)定為144kJ/mol,其他參數(shù)采用系統(tǒng)默認(rèn)值.CoMSIA 分析是CoMFA 分析的一種延伸,除了具有CoMFA 分析中的位阻場(chǎng)和靜電場(chǎng)外,還引入了疏水場(chǎng)(hydrophobic field)、氫鍵供體場(chǎng)(hydrogen-bond donor field) 和 受 體 場(chǎng)(hydrogen-bond acceptor field).在CoMSIA 分析中,網(wǎng)格步長設(shè)置為0.5nm,其他參數(shù)的設(shè)置和CoMFA 分析中一致.分子j上的原子i在網(wǎng)格點(diǎn)q上CoMSIA相似性指數(shù)(AF)可由下面公式[21]計(jì)算得到:

      式中:k為位阻場(chǎng)、靜電場(chǎng)、疏水場(chǎng)、氫鍵供體場(chǎng)和受體場(chǎng)的描述符,ωprobe,k為探針離子的分子場(chǎng)特征(原子半徑為0.1nm、電荷為+1、疏水性為+1、氫鍵受體和供體的強(qiáng)度都為+1),ωi,k為原子i的分子場(chǎng)特征k的實(shí)際數(shù)值,ri,q為探針離子在網(wǎng)格點(diǎn)q上與原子i之間的距離.

      1.4 PLS分析

      為了構(gòu)建具有統(tǒng)計(jì)顯著性的3D-QSAR 模型,以CoMFA 和CoMSIA 中的各個(gè)分子力場(chǎng)為自變量,以pEC50為因變量進(jìn)行了PLS 分析.在PLS分析中,先用交叉驗(yàn)證抽一法(leave-oneout)計(jì)算驗(yàn)證系數(shù)Q2,得到最佳主成分?jǐn)?shù)Nc,然后采用非交叉驗(yàn)證法計(jì)算獲得QSAR 模型,并得到非交叉驗(yàn)證相關(guān)系數(shù)R2ncv.相關(guān)系數(shù)R2pred由下式計(jì)算得到:

      式中:Yactual為驗(yàn)證集中化合物的實(shí)驗(yàn)活性,Ymean為訓(xùn)練集中化合物的平均活性,Ypred為驗(yàn)證集中化合物的預(yù)測(cè)活性.

      2 結(jié)果與討論

      2.1 CoMFA和CoMSIA模型

      在QSAR 建模過程中,從153個(gè)誘導(dǎo)劑中隨機(jī)選取119個(gè)化合物作為模型的訓(xùn)練集,其余34個(gè)化合物作為驗(yàn)證集.通過PLS分析,最終得到了較優(yōu)的CoMFA 和CoMSIA 模型(如表1所示),最優(yōu)的CoMFA 模型僅由位阻場(chǎng)描述符組成.最終7個(gè)成分的交叉驗(yàn)證系數(shù)Q2=0.32,非交叉驗(yàn)證系數(shù)R2ncv=0.88,標(biāo)準(zhǔn)差ese為0.31.使用驗(yàn)證集來檢驗(yàn)該模型時(shí),驗(yàn)證集預(yù)測(cè)值相關(guān)系數(shù)R2pred為0.75,驗(yàn)證集的最小預(yù)測(cè)偏差ep為0.74.在統(tǒng)計(jì)分析中,如果模型的Q2<0.4,表明此模型的預(yù)測(cè)能力小于均值預(yù)測(cè)能力.故最優(yōu)CoMFA 模型的預(yù)測(cè)能力并不理想.

      最優(yōu)的CoMSIA 模型由位阻場(chǎng)、靜電場(chǎng)、疏水場(chǎng)、氫鍵供體場(chǎng)和受體場(chǎng)5種力場(chǎng)的描述符構(gòu)建而成.模型的統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示,交叉驗(yàn)證系數(shù)Q2為0.51(Q2>0.4),最佳組分?jǐn)?shù)Nc為7,標(biāo)準(zhǔn)差為0.29,表明此模型具有良好的內(nèi)部預(yù)測(cè)能力.較高的非交叉驗(yàn)證系數(shù)(R2ncv=0.89)表明該模型中的預(yù)測(cè)值和實(shí)驗(yàn)值自洽性良好.用驗(yàn)證集來檢驗(yàn)該模型,結(jié)果為R2pred=0.82,ep=0.63,表明此模型良好的外部預(yù)測(cè)能力.在構(gòu)建CoMSIA 模型的5個(gè)力場(chǎng)中,靜電場(chǎng)和氫鍵受體場(chǎng)的貢獻(xiàn)率分別為25%和29%,明顯高于其他3個(gè)力場(chǎng)的貢獻(xiàn)率,表明氫鍵受體場(chǎng)和靜電場(chǎng)對(duì)細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的生物活性影響比較大.

      圖4是最優(yōu)CoMSIA 模型中所有小分子誘導(dǎo)劑實(shí)驗(yàn)和預(yù)測(cè)活性值之間線性擬合圖.由圖可見,數(shù)據(jù)集中所有分子均勻地分布在趨勢(shì)線的兩側(cè),分子的預(yù)測(cè)值和實(shí)驗(yàn)值非常接近,表明CoMSIA模型良好的預(yù)測(cè)能力.

      表1 CoMFA 和CoMSIA 模型的統(tǒng)計(jì)結(jié)果Tab.1 Statistical results of the CoMFA and CoMSIA models

      圖4 最優(yōu)CoMSIA 模型中小分子誘導(dǎo)劑的實(shí)驗(yàn)和預(yù)測(cè)活性值之間的線性擬合Fig.4 The predicted versus actual pEC50values of the training and test sets based on the optimal CoMSIA model

      2.2 三維等值線圖

      為了進(jìn)一步地分析各個(gè)力場(chǎng)對(duì)誘導(dǎo)劑分子活性的影響,以M071 號(hào)分子為模板分析最優(yōu)CoMSIA 模型的StDev*Coeff三維等值線圖,結(jié)果如圖5所示.由圖可見,這些等值線圖能非常直觀地反映誘導(dǎo)劑小分子的各個(gè)不同力場(chǎng)對(duì)其生物活性的影響.

      圖5(a)是最優(yōu)CoMSIA 模型的位阻場(chǎng)等值線圖,其中綠色云團(tuán)表示這一區(qū)域中大的取代基有利于誘導(dǎo)劑分子的生物活性,黃色區(qū)域代表大的取代基不利于分子的活性.對(duì)應(yīng)圖2結(jié)構(gòu)式由圖5(a)可見,在R1和R4取代基附近有一個(gè)較大的黃色云團(tuán),而在R4取代基以及B 環(huán)和C 環(huán)后方有一個(gè)大的綠色云團(tuán),表明R1取代基位置上連接一個(gè)較小的取代基有利于提高小分子的誘導(dǎo)活性,而R4取代基處連接一個(gè)中等大小的取代基有利于提高小分子的生物活性.結(jié)果與誘導(dǎo)劑分子的實(shí)驗(yàn)結(jié)果是一致的,例如,M067 號(hào)分子(pEC50=8.70)在R1取代基處有一個(gè)相對(duì)較小的甲基取代基,活性高于在R1處取代基為乙基的M068號(hào)分子(pEC50=8.05);在R4處為甲基取代基的M020號(hào)分子(pEC50=8.70),活性明顯高于M035號(hào)分子(R4位取代基為乙基,pEC50=7.41);R4取代基非常小時(shí)也不利于分子的活性,如M073號(hào)分子(pEC50=5.19)的R4位取代基為H,活性明顯小于R4位取代基為甲基的M067號(hào)分子.同理,R2取代基處出現(xiàn)了一個(gè)小的綠色云團(tuán),表明此位置上一個(gè)較大的取代基有利于分子的活性.

      圖5 最優(yōu)CoMSIA 模型的等值線圖Fig.5 Optimal CoMSIA model contour plots

      最優(yōu)CoMSIA 模型的靜電場(chǎng)等值線圖如圖5(b)所示,在藍(lán)色區(qū)域引入正電性的基團(tuán)或在紅色區(qū)域引入負(fù)電性的基團(tuán)有利于提高誘導(dǎo)劑小分子的生物活性.對(duì)應(yīng)圖2結(jié)構(gòu)式由圖5(b)可見,在R2取代基處有一個(gè)較大的紅色云團(tuán),表明在R2處引入負(fù)電性的基團(tuán)有利于誘導(dǎo)劑的活性.譬如M020和M023(pEC50=8.30)號(hào)分子由于在R2位置引入了具有負(fù)電性取代基(分別是OMe和OEt取代基),而具有較高的活性.同樣的現(xiàn)象也發(fā)生在B 環(huán)的1號(hào)位上,此處的紅色小云團(tuán)表明在此位置引入負(fù)電性的取代基有利于分子的誘導(dǎo)活性.在A 環(huán)的3號(hào)位上有一個(gè)較大的藍(lán)色區(qū)域,表明誘導(dǎo)劑分子在該區(qū)域是正電性的基團(tuán)能提高其生物活性.結(jié)果與實(shí)驗(yàn)值也是一致的,如M030(pEC50=5.35)和M033(pEC50=6.17)號(hào)分子在此3號(hào)位上含有OMe取代基,分子活性較低.同理,C環(huán)的7號(hào)位上有一個(gè)藍(lán)色云團(tuán),表明在此區(qū)域引入正電性的基團(tuán)有利于分子的生物活性.

      圖5(c)是最優(yōu)CoMSIA 模型的疏水場(chǎng)等值線圖.圖中的黃色和白色云團(tuán)分別代表該區(qū)域中疏水性和親水性的取代基能提高分子的生物活性.對(duì)應(yīng)圖2結(jié)構(gòu)式由圖5(c)可見,R2取代基有一個(gè)較大的白色云團(tuán),表明該位置上親水性的基團(tuán)有益于分子生物活性,可以通過分子實(shí)驗(yàn)活性來證明,如M020、M023、M024(pEC50=7.82)和M027(pEC50=7.17)號(hào)分子具有共同的分子骨架,僅在R2位上的取代基不同,分別是OMe、OEt、Me和Cl,而其活性則是逐漸降低的.同理R1取代基上兩個(gè)白色的云團(tuán)也顯示了該區(qū)域中引入親水性基團(tuán)是有利于誘導(dǎo)劑分子活性的.而圍繞R4取代基和B環(huán)有一塊大的黃色云團(tuán)和兩塊小的白色云團(tuán),表明在這一區(qū)域內(nèi)取代基的疏水性對(duì)誘導(dǎo)劑分子的活性影響比較大.

      最優(yōu)CoMSIA 模型氫鍵供體場(chǎng)的等值線圖如圖5(d)所示.圖中青色云團(tuán)代表該區(qū)域中氫鍵供體基團(tuán)將有利于提高誘導(dǎo)劑分子的活性,紫色云團(tuán)表示氫鍵供體基團(tuán)在該區(qū)域不利于分子的生物活性.對(duì)應(yīng)圖2結(jié)構(gòu)式由圖5(d)可見,圍繞著R4取代基有兩個(gè)青色區(qū)域,表明在這一區(qū)域具有氫鍵供體作用的取代基能提高分子的生物活性,可以用實(shí)驗(yàn)數(shù)值來證明,如 M062(pEC50=8.40)、M067和M071號(hào)分子在該區(qū)域都含有氫鍵供體基團(tuán)(Me),生物活性明顯高于其他誘導(dǎo)劑的活性.同理C 環(huán)周圍的青色區(qū)域表明該區(qū)域氫鍵供體取代基有利于分子的生物活性.另外,在B環(huán)的1號(hào)位上出現(xiàn)了紫色區(qū)域,表明該區(qū)域中氫鍵供體基團(tuán)不利于小分子的誘導(dǎo)活性.M021 號(hào)分子(pEC50=8.22)在B 環(huán)1號(hào)位上具有氫鍵受體取代基(—N—),活性大于在該位上取代基為—C—的M152號(hào)分子(pEC50=7.68).

      圖5(e)為最優(yōu)CoMSIA 模型的氫鍵受體場(chǎng)等值線圖,其中紫色云團(tuán)代表氫鍵受體場(chǎng)在這一區(qū)域有利于分子活性,紅色云團(tuán)代表氫鍵受體場(chǎng)在這一區(qū)域不利于分子活性.對(duì)應(yīng)圖2結(jié)構(gòu)式由圖5(e)可見,R4和R1取代基周圍發(fā)現(xiàn)了紅色和紫色云團(tuán),結(jié)果與氫鍵供體場(chǎng)的結(jié)果一致.此外,在R2取代基處出現(xiàn)一個(gè)紅色的云團(tuán),表明在此區(qū)域氫鍵受體基團(tuán)不利于誘導(dǎo)劑分子的活性.M020和M023號(hào)分子在該區(qū)域處存在氫鍵供體基團(tuán)(OMe和OEt),分子的活性明顯高于其他誘導(dǎo)劑分子的生物活性.

      通過對(duì)最優(yōu)CoMSIA 模型的5個(gè)力場(chǎng)等值線圖進(jìn)行分析,確定了此類化合物作為細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的分子結(jié)構(gòu)特點(diǎn).以M071號(hào)分子為模板,分析得出了各取代基處的力場(chǎng)作用特征,如圖6所示.

      圖6 各取代基處的力場(chǎng)作用特征Fig.6 Interaction features of compound at each substituent

      2.3 誘導(dǎo)劑分子結(jié)構(gòu)比較分析

      目前,具有caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑主要包括多環(huán)類、黃酮類和烴類等,代表性的化合物如圖7所示.其中,Cai的研究小組通過T47D 乳腺癌細(xì)胞caspase-3活化檢測(cè)法篩選出了一大批多環(huán)類的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑[22],如N-苯基煙酰胺[4]、藤黃酸[5]、2-氨基-3-氰基-7-二甲氨基-4-芳基-1H-苯并吡喃[23]、2-氯-N-(4-甲氧基苯基)-N-甲基喹唑啉-4-胺(M020)[13]等;來自大蒜的二烯丙基二硫(DADS)能通過激活caspase-3 誘導(dǎo)人類白血病HL-60細(xì)胞的凋亡[7];姜酮酚([6]-paradol)及其結(jié)構(gòu)類似物也是通過激活caspase-3途徑引起口腔鱗狀細(xì)胞癌KB的凋亡[8].

      由圖7可見,具有caspase-3激活作用的凋亡誘導(dǎo)劑呈現(xiàn)出結(jié)構(gòu)多樣性,通過作用在caspase級(jí)聯(lián)反應(yīng)上游某個(gè)已知的或是未知的作用靶點(diǎn)來激活caspase-3,最終誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡.由于這類分子結(jié)構(gòu)多樣,作用靶點(diǎn)不明,很難對(duì)其進(jìn)行綜合的比較和分析.因此,本文用間接的藥物設(shè)計(jì)方法對(duì)153個(gè)具有公共骨架的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑進(jìn)行結(jié)構(gòu)和活性的比較分析,有助于指導(dǎo)開發(fā)更高效的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑.

      圖7 Caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑Fig.7 Apoptosis inducers through activation of caspase-3

      3 結(jié) 論

      采用3D-QSAR中的CoMFA 和CoMSIA 兩種方法,對(duì)153個(gè)具有caspase-3激活作用的細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑進(jìn)行三維定量構(gòu)效關(guān)系研究.結(jié)果顯示,CoMSIA 模型(Q2=0.51,R2ncv=0.89 和R2pred=0.82)具有良好的可靠性和預(yù)測(cè)能力.通過對(duì)該模型中5個(gè)力場(chǎng)等值線圖的分析,確定了此類化合物作為細(xì)胞凋亡誘導(dǎo)劑的結(jié)構(gòu)特點(diǎn).具體結(jié)論如下:

      (1)誘導(dǎo)劑分子中的R1、R2和R4取代基,以及B環(huán)的1號(hào)位、A 環(huán)的3號(hào)位和C 環(huán)的7號(hào)位是提高生物活性的關(guān)鍵位點(diǎn).

      (2)R2位取代基提高誘導(dǎo)劑分子活性的因素有位阻大、負(fù)電性大、有親水性和具有氫鍵供體作用.

      (3)在R4取代基處引入位阻中等大小和(或)有氫鍵供體作用的基團(tuán),以及R1位置引入位阻小和(或)親水的取代基時(shí),誘導(dǎo)劑小分子的生物活性會(huì)增加.

      (4)A 環(huán)的3號(hào)位和(或)C 環(huán)的7號(hào)位引入正電性基團(tuán),以及B 環(huán)的1號(hào)位引入負(fù)電性取代基,都將有利于增加誘導(dǎo)劑分子的活性.

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