劉春香++李鈞敏++李紅麗++羅芳麗
摘要:采用8對簡單重復(fù)序列(simple sequence repeat,SSR)引物對克隆植物蛇莓33個野生種群353個個體的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析。結(jié)果表明,參試的33個種群中的平均等位基因數(shù)(A)為2.841,平均多態(tài)性位點(PPL)為88.6%,平均期望雜合度(He)為0.494,平均Neis遺傳多樣性指數(shù)(h)為0.468。所有參試樣本中共有223個基因型。該物種的克隆多樣性和等位基因水平的變異均較高,各種群的平均基因型數(shù)(G)為6.758,平均克隆大小(N/G)為2.063,克隆多樣性指數(shù)Simpson指數(shù)(D)為0.769,基因型均勻度(E)為0.769?;诜肿拥姆讲罘治鼋Y(jié)果表明,蛇莓野生種群間和種群內(nèi)的分化系數(shù)分別為0.55和0.45,這說明蛇莓種群間和種群內(nèi)遺傳分化均顯著。STRUCTURE分析和基于Neis遺傳一致度的UPGMA聚類結(jié)果表明,參試的33個野生種群可分為四大類群。Mantel相關(guān)性分析結(jié)果表明,種群間遺傳距離與其地理距離不存在顯著相關(guān)關(guān)系(r=0.052,P=0.150)。該研究結(jié)果說明蛇莓野生種群的遺傳多樣性高,所有種群均為多克隆種群,且基因型的局域性很強,其中82.6%的基因型為局部基因型,不存在廣布基因型。物種水平的遺傳差異主要表現(xiàn)在種群間,但在種群內(nèi)也較高,這表明該物種在種群間和種群內(nèi)在一定程度上能通過有性繁殖進(jìn)行基因交流。蛇莓種群建群者的奠基者效應(yīng)和所在位置生態(tài)因子對其遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)的形成和進(jìn)化具有重要的意義。
關(guān)鍵詞:蛇莓;克隆生長;遺傳多樣性;簡單重復(fù)序列;基因型多樣性;遺傳分化
中圖分類號: Q945.79文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A文章編號:1002-1302(2016)02-0215-06
收稿日期:2015-01-16
基金項目:國家自然科學(xué)基金(編號:31200314、31470475);高等學(xué)校博士學(xué)科點專項科研基金新教師類資助(編號:20120014120001)。
作者簡介:劉春香(1990—),女,湖南邵陽人,碩士研究生,主要從事克隆植物生態(tài)學(xué)研究。E-mail:chunxiangliu_1990@163.com。
通信作者:羅芳麗,女,四川都江堰人,博士,副教授,主要從事濕地生態(tài)學(xué)研究。E-mail:ecoluofangli@bjfu.edu.cn。遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性和生活史特征等影響物種與其所在環(huán)境間的相互作用,也決定物種的進(jìn)化潛勢[1]。繁育系統(tǒng)是決定植物種群遺傳結(jié)構(gòu)的重要因素之一,而克隆植物一般兼具有性和無性2種繁殖方式,且這2種繁殖策略在一定程度上有權(quán)衡作用[2-3]。因此,研究克隆植物的遺傳結(jié)構(gòu)對深入了解植物種群遺傳多樣性的形成及進(jìn)化機制具有重要意義[4-5]。
克隆生長是克隆植物所特有的生活史過程[6]。很多克隆植物通過形成根狀莖、匍匐莖、鱗莖、珠芽、塊莖等,能夠迅速產(chǎn)生大量的無性后代個體即分株[7]。除少數(shù)分株可能存在概率極低的遺傳突變以外,絕大多數(shù)分株的遺傳組成與親體分株(母株)完全相同[8]。由于母株可通過克隆整合向后代分株提供光合產(chǎn)物、水分和養(yǎng)分的支持[9-12],使得這些后代分株能夠順利地度過建立期,并迅速占據(jù)局部空間,進(jìn)而可能形成由1個或幾個基因型占優(yōu)勢的分株種群[13-15]。這些生態(tài)過程對克隆植物種群遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性均可產(chǎn)生十分顯著的影響[16]。
在自然界中,大多數(shù)克隆植物除了通過克隆生長進(jìn)行無性繁殖之外,還能夠通過產(chǎn)生種子等進(jìn)行有性繁殖[8]。在1個或幾個基因型占優(yōu)勢的分株種群中,由于相同基因型分株的大量存在,使得相同基因型個體自交的概率極高,從而影響其遺傳多樣性水平[8-16]。由于克隆植物的這些特性,人們最初普遍認(rèn)為克隆植物種群的遺傳多樣性水平很低,遺傳結(jié)構(gòu)簡單[17]。有研究表明,一些克隆植物的遺傳多樣性的確很低[17-18]。例如,在全球范圍內(nèi),鳳眼蓮(Eichhornia crassipes)在非原產(chǎn)地的個體中約80%屬于同一個基因型[14,19-21]。中國南方地區(qū)的空心蓮子草(Alternanthera philoxeroides)很可能只存在1個基因型[22]。然而,很多克隆物種具有與非克隆植物相當(dāng)?shù)倪z傳多樣性如甜櫻桃(Prunus avium)、紅球姜(Zingiber zerumbet)、大苦草(Vallisneria americana)和羊柴(Hedysarum laeve)等[23-27]。這是因為與非克隆植物相比,克隆植物生命周期長,所以即使非常少量的實生苗(即種子萌發(fā)所產(chǎn)生的幼苗)更新也能使克隆種群維持較高的遺傳多樣性[28]。蛇莓(Duchesnea indica Focke)為薔薇科(Rosaceae)蛇莓屬的多年生草本植物,主要分布在我國遼寧以南各省(市、區(qū)),常生長在山坡、河岸、草地及潮濕的地方[29]。該物種通過產(chǎn)生較長的地上匍匐莖表現(xiàn)出旺盛的克隆生長習(xí)性。該物種也可通過有性生殖產(chǎn)生種子,并進(jìn)一步萌發(fā)形成實生苗。蛇莓是一種典型的游擊型克隆植物,能夠快速形成單一基因型的大種群。該物種還具有較強的花展示,即能通過產(chǎn)生花蜜來吸引傳粉者,以增強有性繁殖[30]。近年來,對蛇莓的研究主要集中在化學(xué)活性成分、藥理,克隆構(gòu)型對環(huán)境的可塑性反應(yīng)和小尺度克隆結(jié)構(gòu)等方面[31-33]。本研究采用簡單重復(fù)序列(simple sequence repeat,SSR)分子標(biāo)記技術(shù)對全國范圍內(nèi)的33個蛇莓野生種群的353株個體的遺傳多樣性水平和遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析,旨在了解兼性克隆植物蛇莓的種群遺傳多樣性與遺傳分化,探討其遺傳結(jié)構(gòu)的特點,具體回答以下科學(xué)問題:克隆植物蛇莓種群的遺傳多樣性水平;蛇莓種群的遺傳多樣性主要發(fā)生在種群內(nèi)還是種群間;蛇莓種群間遺傳距離與其地理距離的相關(guān)關(guān)系。
1材料與方法
1.1植物采集
33個蛇莓野生種群分別采自廣西、浙江、江西、湖南、貴州、河南、北京和陜西等10個省(市、區(qū)),具體信息見表1和圖1。每個種群根據(jù)面積大小各采集5~17個樣本,共353個,采集的植株在北京林業(yè)大學(xué)科技股份有限公司的溫室中進(jìn)行培養(yǎng)備用。
1.2DNA提取和PCR擴增
根據(jù)CTAB植物基因組DNA快速提取試劑盒(艾德萊生物,DN1401,北京)的說明方法提取幼嫩蛇莓葉片中的總DNA,采用NAS-99分光光度計(ACTGene,美國)確定總DNA的質(zhì)量和濃度,并稀釋至10 ng/μL備用。
蛇莓SSR引物的開發(fā)由北京閱微基因技術(shù)有限公司完成,從中篩選出8對清晰多態(tài)引物用于所有個體的PCR擴增,引物序列見表2。PCR反應(yīng)體系為:8 μL 2.5 × Multiplex Buffer(MRP17,北京閱微基因技術(shù)有限公司,北京),0.4 μL 15 μmol/L TP-M13熒光接頭(北京閱微基因技術(shù)有限公司),2 μL引物(5 μmol/L),0.2 μL 5 U/μL Fast Taq DNA聚合酶,2 μL DNA模板,7.6 μL無菌雙蒸水。PCR擴增程序為:95 ℃ 預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,56 ℃退火45 s,72 ℃延伸45 s,30個循環(huán);94 ℃變性30 s,53 ℃退火45 s,72 ℃ 延伸 45 s,10個循環(huán);72 ℃延伸12 min。PCR擴增在9 600 PCR擴增儀(美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司)上完成,PCR擴增產(chǎn)物在3 730 xl DNA分析儀(美國應(yīng)用生物系統(tǒng)公司)上進(jìn)行基因分型分析。
1.3數(shù)據(jù)分析
人工判讀PCR擴增產(chǎn)物的基因分型結(jié)果,記錄目的條帶的片段大小以構(gòu)成SSR分子標(biāo)記數(shù)據(jù)矩陣。使用Popgen 32軟件[34]計算以下遺傳多樣性指數(shù):每個位點的平均等位基因數(shù)(A)、預(yù)期雜合度(He)、Neis基因多樣性指數(shù)(h)及Neis遺傳一致度和遺傳距離。計算實際基因型(即基株或克隆,所有位點基因型相同的植株為1個基株)總數(shù)(G)、平均克隆大?。∟/G,基因型數(shù)/取樣個體數(shù))、局部基因型(只存在于1個群體中的基因型)比例(GL)、廣布基因型(存在于75%以上群體中的基因型)比例(GW)。種群遺傳多樣性指數(shù)采用Simpson指數(shù)(D),其計算公式為:D=1-∑{[ni(ni-1)]/[N(N-1)]}。種群遺傳均勻性指數(shù)采用Fager指數(shù)(E)來表示,計算公式為E=(D-Dmin)/(Dmax-Dmin),其中Dmin =(G-1)(2 N-G)/N(N-1),Dmax=(G-1)N/G(N-1)。式中N為取樣個體總數(shù),G為基因型(基株)總數(shù),ni為第i基因型的個體數(shù)[27]。
使用GenAlEx 6.5軟件[35]計算種群間遺傳分化系數(shù)Fst,并進(jìn)行分子方差分析(AMOVA,analysis of molecular variance analysis),計算種群內(nèi)和種群間遺傳方差分量。遺傳方差分量和成對種群遺傳分化系數(shù)的統(tǒng)計顯著性均采用9 999次置換評價。
為了檢測參試的蛇莓種群遺傳結(jié)構(gòu),采用STRUCTURE[36]分析參試樣本的遺傳結(jié)構(gòu)。將MCMC (markov chain monte carlo) 不作數(shù)迭代(length of burn-in period)設(shè)為1萬次,不作數(shù)迭代后的MCMC也設(shè)為1萬次,組群數(shù)(K)設(shè)定為2~33(參試種群數(shù)目),評價K值運行20次。依據(jù)每次測試過程中計算的后驗概率lnP(D)值計算ΔK值,繪制ΔK曲線圖。散點曲線最大值對應(yīng)的K值視為最合理的組群數(shù)[37]。
使用NTSYS 2.1軟件[38]對種群間Neis遺傳多樣性指數(shù)表2蛇莓SSR引物序列
引物序列(5′→3′)重復(fù)堿基片段大小
統(tǒng)計量距離進(jìn)行非加權(quán)平均配組(unweighted pair group method with arithmetic-means,UPGMA)聚類分析,繪制樹狀聚類圖。利用GenAlEx 6.5軟件中的Distance計算33個蛇莓野生種群間地理距離,Mantel統(tǒng)計學(xué)分別檢驗分析種群間的地理距離和遺傳距離相關(guān)性,并進(jìn)行顯著性檢測(9 999次置換)。
2結(jié)果與分析
2.1種群遺傳變異和克隆多樣性
選用8對能擴增出穩(wěn)定、清晰條帶的SSR引物,對33個蛇莓種群353株個體進(jìn)行PCR擴增,共擴增出94個等位基因,每個位點的等位基因數(shù)為7~23。蛇莓各種群的平均每個位點的等位基因數(shù)(A)為1.5~5,平均2.841;期待雜合度(He)為0.213~0.682,平均0.494;Neis基因多樣性指數(shù)(h)為0.465~0.640,平均0.468(表3)。蛇莓種群平均遺傳多樣性較高(A=2.841,He=0.494,h=0.468),其中,北京小龍門種群(XLM)的遺傳多樣性最高(A=4.55,He=0.682,h=0.640),而江西九江種群(JJ)的遺傳多樣性最低(A=1.5,He=0.213,h=0.199,表3)。蛇莓物種水平的遺傳多樣性也較高(A=13.000,He=0.657,h=0.656)。
所有種群均為多克?。ɑ蛐停┓N群,克?。ɑ蛐停┛倲?shù)為223,各種群的基因型數(shù)為2~15,平均6.758;克隆大小為1.0~7.5,平均2.063;局部基因型比例為82.6%;廣布基因型比例為0;平均基因型多樣性指數(shù)Simpson指數(shù)為0.769(表3)。
2.2種群遺傳結(jié)構(gòu)
SRUCTURE分析結(jié)果表明,當(dāng)K=4時,ΔK散點曲線呈穩(wěn)定趨勢,可推測出所有參試的353株個體最合理的組群數(shù)為4(圖2)。圖2中縱坐標(biāo)Q值表示不同植株歸屬于不同組群的比例,黑色(組群Ⅰ)、深灰色(組群Ⅱ)、淺灰色(組群Ⅲ)和白色(組群Ⅳ)分別代表組群的趨向,每個個體在4種顏色中最長色條的顏色決定該個體所屬的組群。組群Ⅰ包括FS、GZ2、HZ3、JJ和SCH1,組群Ⅱ包括LYW1、LYW2、LYW3、LYW4、SCH2、SCH3、TZ1、 TZ2、XA1、XA2和XLM,組群Ⅲ包括GZ1、HZ1、HZ2、JAX、JGS、JGSU、JS、NJ1、NJ2、NJ3、GL1、GL2和GL3,組群Ⅳ包括CQ1、CQ2、CQ3和GZ3。
基于種群間遺傳分化系數(shù)Neis遺傳一致度指數(shù)的UPGMA聚類結(jié)果(圖3)表明,在遺傳分化系數(shù)以0.62為閾值的情況下,33個種群可分為四大類,其中CQ1、CQ2和CQ3為第1個類群;GZ3為第2個類群;HZ3和JJ為第3個類群;其他27個種群為第4個類群。
AMOVA結(jié)果(表4)表明,蛇莓種群間遺傳變異約占總變異的55%,種群內(nèi)遺傳變異占總變異的45%,種群間遺傳分化顯著(Fst=0.55,P=0.01)。成對種群間遺傳分化系數(shù)在0.020~0.464之間,各種群間遺傳分化達(dá)到顯著水平(P< 0.05)。其中,GL2和JJ種群之間遺傳分化系數(shù)最大(Fst=0.464),HZ1與NJ1種群之間遺傳分化系數(shù)最小(Fst=0.020)。在地理距離水平上,北京房山(FS)與桂林3(GL3)種群之間距離最遠(yuǎn),為1 660.158 km;南京種群1與南
京種群3距離最近,為0.57 km。Mantel相關(guān)性矩陣檢驗結(jié)果表明,種群間遺傳距離Fst與地理距離呈正相關(guān)但不顯著(r=0.052,P=0.150)。
3結(jié)論與討論
3.1蛇莓的遺傳變異和克隆多樣性
很多研究結(jié)果表明,克隆植物具有一定的遺傳變異水平,但不同克隆植物的遺傳變異程度、基因型多樣性有很大的差異[27,39]。本研究結(jié)果表明,蛇莓物種水平的遺傳多樣性(A=13.000,He=0.657,h=0.656,表3)比27種克隆植物的平均值(D=0.62)高,比100多種多年生木本植物的平均值(Na=1.76,He=0.148)高[40-41]。這可能是由于蛇莓為一種廣布的草本植物,因此具有較高的物種水平遺傳多樣性。蛇莓種群水平的遺傳多樣性也較高(A=2.841,He=0.494,h=0.468),其中以北京小龍門種群(XLM)的遺傳多樣性最高(A=4.55,He=0.682,h=0.640),而江西九江種群(JJ)的遺傳多樣性最低(A=1.5,He=0.213,h=0.199)。這可能與不同生境中蛇莓種群的有性繁殖與無性繁殖的相對貢獻(xiàn)度有關(guān)。
蛇莓種群的克隆多樣性較高(G=6.758,N/G=2.063,D=0.769,E=0.769)。雖然一些克隆植物的克隆多樣性很低,如水葫蘆和空心蓮子草等。其他一些研究也發(fā)現(xiàn),有些克隆植物的克隆多樣性非常高,如越橘(Vaccunium vitisidaea,D=0.84)和仙人掌科入侵植物Stenocereus eruca(N/G=125)等[42-43]。理論研究結(jié)果表明,因為克隆植物的生命期長,所以即使非常少量的幼苗更新也能使克隆種群維持較高的克隆多樣性[28]。Bengtsso認(rèn)為,克隆植物1個世代只要有3個不同的基因型就可以保持克隆植物的遺傳變異水平[44]。計算機模擬結(jié)果顯示,匍枝毛茛(Rannuulus repens)只要每一代有1個有性幼苗建立(約占總基株的0.5%),就足以維持15個基因型的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)[28]。此外,不同蛇莓種群的基因型數(shù)量差異較大,如CQ1、GZ2和GL2等3個種群只有2個基因型組成,但其等位基因水平上的多樣性卻很高,3個種群的期望雜合度(He)分別是0.404、0.399、0.392,而期望雜合度(He)相對低的JJ種群(He=0.213)卻有多個基因型(G=5,N/G=1600),這說明蛇莓能很好地維持種群的遺傳多樣性。對蛇莓有性繁殖特性的研究結(jié)果表明,蛇莓雖然能產(chǎn)生大量的種子,但種子的萌發(fā)率并不高,僅10%[31,45]。而從該研究的結(jié)果來看,較低的種子萌發(fā)率并沒有影響蛇莓的遺傳多樣性。與其他克隆植物相比,有性繁殖對這些植物遺傳多樣性的維持起非常重要的作用[42,46-47]。所以,盡管蛇莓的種子萌發(fā)率低,但只要有很少的幼苗更新就能維持其種群的遺傳多樣性。
然而,在基因型較少的種群中,可能存在克隆繁殖占主導(dǎo)地位的現(xiàn)象。因為克隆生長產(chǎn)生的分株個體由母體的供養(yǎng)能夠比較順利地度過建立期,有利于基株對局部空間的快速占據(jù),而克隆整合、克隆可塑性和克隆器官的存儲能力等克隆生長習(xí)性還可以緩解資源的小尺度空間和時間異質(zhì)性對基株適合度的影響[1]??寺》敝痴純?yōu)勢意味著蛇莓對有性繁殖的資源分配較少[2],從而可以分配更多的能量進(jìn)行克隆生長,從環(huán)境中獲取更多資源,進(jìn)而在群落中占領(lǐng)優(yōu)勢地位。此外,較少的有性繁殖意味著近交衰退的減少,而蛇莓本身具有較高的等位基因多樣性,所以在某種程度上克隆繁殖有利于維持蛇莓種群的遺傳多樣性。蛇莓野外種群的有性繁殖和無性繁殖的相對格局還須要進(jìn)一步研究。
3.2蛇莓種群的遺傳結(jié)構(gòu)
一般認(rèn)為,當(dāng)Fst<0.05時,種群間遺傳分化較?。划?dāng) 0.05
UPGMA聚類結(jié)果表明,地理距離較近的種群則歸屬于同一類群,同一省(市、區(qū))的種群基本屬于同一類群,但也有例外,一些地理距離較近的種群沒有歸為同一類群,如北京房山(FS)和北京小龍門(XLM),四川簡陽市1(SCH1)與四川簡陽市2(SCH3)和四川簡陽市3(SCH2),以及杭州植物園2(HZ3)與杭州其他2個種群(HZ1和HZ2),另外貴州3個種群分別屬于不同的類群。STRUCTURE分析結(jié)果也基本類似,大部分同省(市、區(qū))種群都率先聚集在一起,然后再依地理距離由近到遠(yuǎn)依次聚在一起,但是仍存在一些同?。ㄊ小^(qū))沒有優(yōu)先聚在一起的種群,其中GZ3、HZ3和JJ即為特殊的類群。比較STRUCTURE和UPGMA結(jié)果可知,33個蛇莓野生種群的聚類大體一致,均可以分為4個組群。說明蛇莓的遺傳距離與地理距離相關(guān),但也有其特殊的復(fù)雜性。
Mantel分析發(fā)現(xiàn),蛇莓的遺傳距離與地理距離的相關(guān)性不顯著。這些均與蛇莓沒有廣布基因型,且局部基因型占比(GL=82.6%)很高有關(guān)。葛頌等在兼性克隆植物羊柴(Hedysarum laeve)中也發(fā)現(xiàn)了類似結(jié)果,其局部基因型比例為60%,廣布基因型比例為3.2%。這與Ellstrand等的總結(jié)一致,即克隆植物的大部分基因型都僅存在于1個或很少的種群內(nèi)[40]。這是因為克隆植物的遺傳基礎(chǔ)來源于建群者,并且在種群的發(fā)展過程中不斷變化??寺≈参镌诓煌沫h(huán)境中受到不同的選擇壓力,環(huán)境異質(zhì)性可以促進(jìn)不同基因型的固定[53],從而占據(jù)不同的生境。盡管蛇莓在種群間存在一定的基因交流,但是該物種一般進(jìn)行無性繁殖,所以基因型的局域性很強,而蛇莓在中國是一個廣布種,所以其物種水平上的遺傳多樣性很高。
本研究結(jié)果表明,蛇莓在物種水平上的遺傳多樣性很高,基因型存在很強的局域性,且其遺傳距離與地理距離不存在顯著相關(guān)性。這些發(fā)現(xiàn)對研究蛇莓乃至克隆植物的進(jìn)化潛能及生態(tài)特征具有重要意義。對于克隆植物野生種群的繁殖格局,遺傳多樣性對物種繁殖格局的影響,以及克隆植物中有性繁殖與無性繁殖之間權(quán)衡的科學(xué)問題仍須要開展相關(guān)的研究。
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