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      人參CYP716A53v2基因的克隆與序列分析

      2016-07-25 01:32:39張濤韓梅劉翠晶
      江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2016年6期
      關(guān)鍵詞:序列分析基因克隆

      張濤++韓梅++劉翠晶

      摘要:研究人參皂苷生物合成途徑中的影響因子。以五年生人參根組織為試驗(yàn)材料,提取總RNA,反轉(zhuǎn)錄合成cDNA的第1條鏈,利用PCR法對(duì)人參中的原人參三醇合成酶(CYP716A53v2)基因的cDNA進(jìn)行克隆及序列分析。獲得CYP716A53v2基因全長(zhǎng)片段為1 506 bp,開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)1 410 bp,編碼470個(gè)氨基酸多肽。生物信息學(xué)分析顯示,CYP716A53v2基因編碼蛋白質(zhì)不含跨膜區(qū)域。 說(shuō)明CYP716A53v2基因與其他植物氨基酸序列具有較高同源性,其中與人參、西洋參、三七同源性分別為99%、98%、98%。

      關(guān)鍵詞:人參皂苷;基因克??;序列分析

      中圖分類號(hào): S567.5+10.1文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A文章編號(hào):1002-1302(2016)06-0053-04

      收稿日期:2015-05-05

      基金項(xiàng)目:國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):31270371);國(guó)家科技支撐計(jì)劃(編號(hào):2011BAI03B01-02)。

      作者簡(jiǎn)介:張濤(1991—),男,碩士研究生,主要從事藥用植物分子生態(tài)學(xué)。E-mail:251073371@qq.com。

      通信作者:韓梅,教授,主要從事藥用植物資源與藥材質(zhì)量評(píng)價(jià)。E-mail:hanmei77@sohu.com。人參(Panax ginseng C.A.Meyer)為五加科人參屬名貴藥材,自古以來(lái)是中國(guó)重要藥用植物,有“百草之王”的美譽(yù)?,F(xiàn)代藥理學(xué)研究表明,人參皂苷為人參主要藥效成分,按苷元基本骨架可分為齊墩果烷型和達(dá)瑪烷型,屬于三萜類化合物。目前,已從人參中分離得到約 90 種人參皂苷單體[1-3]??拱┗钚猿煞秩藚⒃碥誖g3已經(jīng)于2000年批準(zhǔn)為一類新藥[4];隨著老齡化人口增加和疾病的改變,如心血管疾病和腫瘤人口的增加,人參皂苷Rg和Re被命名為血管生長(zhǎng)因子。人參皂苷含量和組成是人參質(zhì)量的重要指標(biāo),人參皂苷的含量較低,人工合成次生代謝產(chǎn)物人參皂苷尚未實(shí)現(xiàn),對(duì)于一些含量甚微的單體皂苷的新藥開(kāi)發(fā)還較為困難。人參皂苷的生物合成途徑與功能基因的表達(dá)量之間的關(guān)系仍處于探究階段。深入了解人參皂苷生物合成途徑及其調(diào)控機(jī)理,在分子水平上實(shí)現(xiàn)人參皂苷的人工合成,這將是利用生物技術(shù)手段大量生產(chǎn)人參皂苷的必然前提。

      原人參三醇合成酶(CYP716A53v2)是達(dá)瑪烷型人參皂苷合成的重要調(diào)控酶,原人參三醇合成酶催化原人參二醇到原人參三醇的過(guò)程,相關(guān)試驗(yàn)研究認(rèn)為,細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因mRNA表達(dá)量與三萜皂苷的生成量呈正相關(guān)[5]。本試驗(yàn)對(duì)人參皂苷生物合成途徑中的細(xì)胞色素P450 CYP716A53基因進(jìn)行了克隆與序列分析,目的在于從基因水平研究人參皂苷生物合成途徑的調(diào)控機(jī)制,實(shí)現(xiàn)三萜皂苷基因的高效表達(dá),增加人參藥材的藥效成分含量,提高人參藥材質(zhì)量和經(jīng)濟(jì)價(jià)值,為實(shí)現(xiàn)未來(lái)藥材質(zhì)量安全、可控、穩(wěn)定、有效的發(fā)展目標(biāo)提供理論依據(jù)。1材料與方法

      1.1材料

      五年生鮮人參取自吉林省撫松縣撫南林場(chǎng),位于 42°03′06″N、127°33′21″E,海拔903 m,用刀將根部切成小塊放入凍存管迅速用液氮冷凍于-80 ℃保存待用,試驗(yàn)所用部位為人參根組織。

      1.2主要試劑和儀器

      植物總RNA提取試劑盒,2×Power Taq PCR Mastermix,凝膠回收試劑盒,質(zhì)粒提取試劑盒,DNA 連接試劑盒等均購(gòu)自北京百泰克生物科技有限公司;PrimeScript Reverse Transcriptase 反轉(zhuǎn)錄試劑盒,LB 培養(yǎng)基,JM109 感受態(tài)菌株均購(gòu)自大連寶生物工程有限公司。Eppendorf Mastercycler nexus PCR儀,德國(guó);DYY-8C瓊脂糖凝膠電泳儀,北京六一;GIS-2010凝膠成像系統(tǒng),上海Tanon;HC-2518R高速冷凍離心機(jī),MDF-382E超低溫冰箱,日本SANYO等。

      1.3方法

      1.3.1人參根部組織總RNA的提取及反轉(zhuǎn)錄成cDNA的第1條鏈按照植物總RNA提取試劑盒的提取步驟對(duì)人參根組織總RNA進(jìn)行提取,RNA質(zhì)量的檢測(cè)用1%瓊脂糖凝膠電泳。以提取的總RNA為模板,以 Oligo-dT 為引物,將RNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,-20 ℃保存。

      1.3.2PCR擴(kuò)增根據(jù)GenBank上已報(bào)道的人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因cDNA(登錄號(hào)為JX036031)序列設(shè)計(jì)引物,上游引物為53F:5′-GGGCAAAATCACAGAATTCTTG,下游引物為53R:5′-TTAAAGCGTACAAGGTGATAGACG。以五年生人參根cDNA為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR反應(yīng)體系:去離子水7.4 μL,2倍 Power Taq PCR Mastermix 10 μL,上、下游引物各0.8 μL,反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物1 μL。反應(yīng)程序:94 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性30 s,55 ℃退火30 s,72 ℃延伸 2 min,35個(gè)循環(huán);最后72 ℃延伸10 min。取5 μL擴(kuò)增產(chǎn)物在1% 瓊脂糖凝膠電泳上檢測(cè)。

      1.3.3細(xì)胞色素P450 CYP716A53基因的克隆與序列分析PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳后,放入紫外分析儀內(nèi)切下目的片段,用凝膠回收試劑盒純化回收,再將純化回收目的片段與pMD20-T載體連接成重組質(zhì)粒pMD20-T/CYP716A53v2,再轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞中進(jìn)行克隆,涂布在X-gal、IPTG和 Amp 的LB平板上,在氣候箱中37 ℃培養(yǎng)14~16 h,隨機(jī)挑取10個(gè)白色菌落,搖菌培養(yǎng)12~14 h,通過(guò)質(zhì)粒提取試劑盒提取質(zhì)粒和菌落PCR進(jìn)行快速鑒定,將陽(yáng)性克隆菌液送生工生物工程(上海)股份有限公司測(cè)序鑒定。將測(cè)序獲得的序列用DNAMAN 6.0整理翻譯成氨基酸,通過(guò)ExPasy ProtParam (http://www.expasy.org/tools/protparam/.html) 分析推測(cè)蛋白質(zhì)的理化性質(zhì);采用TMHMM 2.0 進(jìn)行跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè);利用Blast搜索NCBI上的核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)和氨基酸數(shù)據(jù)庫(kù)中近緣物種的CYP序列信息,通過(guò)MEGA 5.0構(gòu)建Neighbor-Joining 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),Bootstrap重復(fù)次數(shù)為1 000。

      2結(jié)果與分析

      2.1人參總RNA質(zhì)量檢測(cè)

      本試驗(yàn)采用試劑盒法將提取的人參總RNA經(jīng)1% 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果見(jiàn)圖1,所提取的總RNA呈現(xiàn)出28S rRNA和18S rRNA等2條條帶,條帶清晰完整,沒(méi)有明顯降解,說(shuō)明總RNA 提取成功。

      2.2人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因PCR結(jié)果

      以人參根組織cDNA為模板,用細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因的特異性引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1% 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),獲得片段大小為1 506 bp(圖2)。

      2.3細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因的克隆與序列分析

      使用載體通用引物對(duì)陽(yáng)性克隆菌液進(jìn)行菌落PCR檢測(cè),獲得大小約1 506 bp 片段(圖3)。提取的質(zhì)粒電泳結(jié)果顯示(圖4),質(zhì)粒分子量較大,說(shuō)明 pMD20-T載體有外源基因片段插入,為陽(yáng)性克隆。

      對(duì)陽(yáng)性克隆菌液進(jìn)行測(cè)序,并利用 DNAMAN軟件進(jìn)行序列拼接,得到1 506 bp 堿基序列,翻譯起始位點(diǎn)位于16 bp,PolyA 位于1 423 bp,開(kāi)放閱讀框長(zhǎng)1 410 bp,共編碼470個(gè)氨基酸,與GenBank上發(fā)布的人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因的氨基酸(登錄號(hào)為AFO63031 )序列完全相符,表明所得重組子是正確的(圖5)。

      利用ExPasy ProtParam(http:∥www.expasy.org/tools/protparam/.html)在線工具分析人參P450 CYP716A53v2基因編碼蛋白的理化性質(zhì)。推測(cè)其蛋白相對(duì)分子質(zhì)量為53.297,分子式為C2 458H3 793N619O665S20,總原子數(shù)為7 555。理論等電點(diǎn)為9.12,帶正電殘基(精氨酸+賴氨酸)為56,帶負(fù)電殘基(天冬氨酸+谷氨酸)為46。該蛋白的不穩(wěn)定系數(shù)為38.57,表明人參P450 CYP716A53v2基因編碼的蛋白不穩(wěn)定。脂肪系數(shù)為85.82,親水性系數(shù)為-0.081,表明其為親水蛋白。利用 TMHMM2.0 進(jìn)行蛋白跨膜分析,人參P450 CYP716A53v2基因編碼的蛋白質(zhì)沒(méi)有跨膜區(qū)域 (圖6)。

      人參CYP基因與其他植物CYP基因具有較高的親源性,分別達(dá)到人參(AFO36031)99%、西洋參(AGC31652)98%、三七(AHK23636)98%、西洋參(AED99872)97%、刺五加(AHA50080)84%。人參CYP基因與其他植物相關(guān)基因系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)見(jiàn)圖7。人參CYP基因與五加科植物三七(AHK23636)、人參(AF036031)、西洋參(AGC31652) 、刺五加(AHA50080)以及西洋參(AED99872)親緣性較高,與植物種屬之間的進(jìn)化相符。

      3結(jié)論與討論

      人參皂苷的成分及總皂苷的含量是評(píng)價(jià)人參藥材質(zhì)量的重要指標(biāo),三萜皂苷作為人參藥材的次生代謝產(chǎn)物,其中,Rb1、Rb2、Rc、Rd、Re、Rg1等是主要成分,具有抗氧化、抗腫瘤、降血糖、保肝護(hù)肝等功效[6-8],尤其是Rg1對(duì)心血管系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、神經(jīng)系統(tǒng)起到一定的調(diào)節(jié)作用,還具有抑制細(xì)胞凋亡、擴(kuò)張血管、抗衰老,運(yùn)動(dòng)疲勞的恢復(fù)等作用[9]。目前,有關(guān)人參皂苷積累和形成規(guī)律的研究尚不充分,制約了人參藥材質(zhì)量調(diào)控機(jī)制的研究,已成為進(jìn)一步提升人參藥材質(zhì)量的制約因素[10]。

      人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2催化原人參二醇到原人參三醇,四環(huán)三萜皂苷從達(dá)瑪烷二醇羥基化之后是由CYP(P450)和糖基轉(zhuǎn)移酶的糖基化進(jìn)行合成的,原人參二醇合成酶(CYP716A47)催化達(dá)瑪烷二醇C-12位置羥基化,得到原人參二醇,原人參三醇合成酶(CYP716A53v2)催化原人參二醇得到原人參三醇[4],再經(jīng)由糖基化得到單體皂苷Rg1。本

      試驗(yàn)所克隆的人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因與三七、西洋參、刺五加等植物細(xì)胞色素CYP(P450)基因序列同源性都很高,它們均屬于植物三萜類化合物積累和形成的重要調(diào)控限速酶——細(xì)胞色素氧化酶家族,同時(shí)該試驗(yàn)也驗(yàn)證了種屬親緣關(guān)系越近,代謝產(chǎn)物越趨同的觀點(diǎn)。筆者認(rèn)為,可以從人參屬其他植物的次級(jí)代謝產(chǎn)物中尋找人參皂苷的替代產(chǎn)物。Han等對(duì)CYP716A的2個(gè)亞族基因(CYP716A52v2和CYP716A53v2)進(jìn)行了判定,經(jīng)過(guò)過(guò)茉莉酸甲酯的處理,重組WAT21酵母的異位表達(dá)轉(zhuǎn)接到培養(yǎng)基中培養(yǎng),體外酶活性測(cè)定以及液體色譜和大氣壓化學(xué)電離質(zhì)譜的確定[4-5],結(jié)果表明,CYP716A53v2基因的產(chǎn)物是原人參二醇6羥化酶,它是達(dá)瑪烷型三萜苷元在人參皂苷生物合成中的重要步驟,而CYP716A52v2基因的產(chǎn)物是β-香樹(shù)素C28位羥基化酶,其催化β-香樹(shù)素生成齊墩果酸,再經(jīng)由糖基化生成單體皂苷Ro。因此,人參細(xì)胞色素P450 CYP716A53v2基因在一定程度上可以決定人參皂苷生物合成的方向,可以在分子水平上用于調(diào)節(jié)人參皂苷的生物合成,對(duì)于進(jìn)一步提高人參藥材質(zhì)量具有重要指導(dǎo)意義。

      通常情況下次生代謝產(chǎn)物是藥用植物的主要藥效成分,是藥材質(zhì)量的重要標(biāo)志[11],即含量及藥效成分是藥用植物的表現(xiàn)型,表現(xiàn)型是由基因型和環(huán)境條件共同作用的[12]。所以,清晰地認(rèn)識(shí)以次生代謝產(chǎn)物為主體的藥效成分的形成積累規(guī)律及其生態(tài)學(xué)和分子生物學(xué)機(jī)制,是實(shí)現(xiàn)藥材質(zhì)量控制的重要前提,也是目前藥材質(zhì)量控制技術(shù)研究的瓶頸[13-14]。從生態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)角度,開(kāi)展人參皂苷形成與積累規(guī)律的研究,闡明其影響主導(dǎo)生態(tài)因子和調(diào)控機(jī)制,對(duì)進(jìn)一步實(shí)現(xiàn)人參藥材質(zhì)量調(diào)控具有重要指導(dǎo)意義,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)人參藥材質(zhì)量“安全、穩(wěn)定、可控、有效”的目標(biāo)。

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