宋娜娜,柴志欣,胡 丹,向 超,鐘金城
(1.西南民族大學(xué) 動(dòng)物遺傳育種學(xué)國(guó)家民委-教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,四川 成都 610041;2.西南民族大學(xué) 青藏高原研究院,四川 成都 610041)
西藏牦牛POU1F1基因的多態(tài)性及其與生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性分析
宋娜娜1,2,柴志欣1,2,胡 丹1,2,向 超1,2,鐘金城1.2*
(1.西南民族大學(xué) 動(dòng)物遺傳育種學(xué)國(guó)家民委-教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,四川 成都 610041;2.西南民族大學(xué) 青藏高原研究院,四川 成都 610041)
本研究利用DNA池和測(cè)序技術(shù),結(jié)合PCR-RFLP方法,篩查了POU1F1基因第2外顯子和第5內(nèi)含子的SNP位點(diǎn),分析了西藏申扎(SZ)、類(lèi)烏奇(LWQ)、斯布(SB) 和帕里(PL)4個(gè)牦牛類(lèi)群(品種)共182個(gè)個(gè)體的POU1F1基因的多態(tài)性及其與體重、體高、體長(zhǎng)等生長(zhǎng)性狀指標(biāo)之間的相關(guān)性。結(jié)果表明:①POU1F1基因第2外顯子高度保守,未發(fā)現(xiàn)任何突變,第5內(nèi)含子中發(fā)現(xiàn)2個(gè)突變位點(diǎn),分別為T(mén)727C(BglII酶切)位點(diǎn)和T284C(StuI酶切)位點(diǎn)。② 申扎(SZ)、類(lèi)烏奇(LWQ)、斯布(SB)和帕里(PLl)4個(gè)群體中StuI位點(diǎn)為中度多態(tài)性,其基因T/C頻率分別為:0.61/0.39、0.54/0.46、0.54/0.46和0.62/0.38,BglII位點(diǎn)為低度多態(tài)性;Hardy-Weinberg檢驗(yàn)表明StuI位點(diǎn)和BglII位點(diǎn)均處于平衡狀態(tài)(P>0.05)。③StuI位點(diǎn)在4個(gè)群體中表現(xiàn)CC、CT和TT 3種基因型,BglII位點(diǎn)在4個(gè)群體中只表現(xiàn)CT和TT 2種基因型。④帕里牦牛StuI位點(diǎn)CC和CT基因型在生長(zhǎng)性狀上存在顯著差異(P<0.05),其中CC基因型的體高和體長(zhǎng)均高于CT基因型,而其他幾個(gè)牦牛類(lèi)群未發(fā)現(xiàn)類(lèi)似現(xiàn)象。BglII位點(diǎn)基因型與生長(zhǎng)指標(biāo)的相關(guān)性不顯著。西藏牦牛POU1F1基因內(nèi)含子5內(nèi)T284C基因座表現(xiàn)的多態(tài)性可以作為改良其生長(zhǎng)性狀的一個(gè)遺傳標(biāo)記。
西藏牦牛;POU1F1基因;PCR-RFLP;多態(tài)性;生長(zhǎng)性狀
牦牛是青藏高原的特有牛種,是典型的耐高寒、耐低氧動(dòng)物,主要產(chǎn)于海拔3000 m以上的青藏高原地區(qū)[1]。西藏是我國(guó)牦牛的主產(chǎn)區(qū)之一,西藏牦牛因各地區(qū)氣候和生態(tài)環(huán)境條件的差異,形成了不同的品種或類(lèi)群,是西藏農(nóng)牧業(yè)發(fā)展的重要支撐。與牦牛經(jīng)濟(jì)指標(biāo)相關(guān)性狀的研究對(duì)牦牛產(chǎn)業(yè)的發(fā)展有重要作用[2-3],對(duì)促進(jìn)牦牛產(chǎn)業(yè)快速、高效發(fā)展,提高牦牛的生長(zhǎng)性狀尤為重要[4]。
POU1F1(POU domain, class 1, transcription factor 1,POU1F1)是第1個(gè)被鑒定為垂體釋放因子的組織特異性轉(zhuǎn)錄因子,具有高度保守的POU結(jié)構(gòu)域[5-6],能夠識(shí)別POU1F1的啟動(dòng)子激活基因轉(zhuǎn)錄,主要在垂體前葉腺中參與正向調(diào)控生長(zhǎng)激素(Growth Hormone, GH)、催乳素(Prolactin, PRL)和促甲狀腺B激素(Thyroid-Stimulating Hormone B, TSHB)基因的表達(dá)[7-8]。當(dāng)編碼基因發(fā)生變異時(shí),導(dǎo)致垂體發(fā)育不全,致使三種基因表達(dá)受阻,多種垂體激素缺乏,嚴(yán)重影響生物的發(fā)育,導(dǎo)致個(gè)體矮小現(xiàn)象[9]。POU1F1還是垂體催乳素細(xì)胞、甲狀腺細(xì)胞、促生長(zhǎng)激素細(xì)胞分化的重要轉(zhuǎn)錄因子,而且發(fā)現(xiàn)POU1F1在這些細(xì)胞中可能有其他作用,Herman等[10]通過(guò)對(duì)全基因組研究確定其為潛在的新靶點(diǎn)基因,并通過(guò)該因子調(diào)控下游網(wǎng)絡(luò)。牛的POU1F1基因位于1號(hào)染色體上,全長(zhǎng)為15 945 bp,包含6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子[11]。限制性內(nèi)切酶片段長(zhǎng)度多態(tài)性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)是在20世紀(jì)末提出的DNA標(biāo)記方法,RFLP是指基因型之間限制性片段長(zhǎng)度的差異,通過(guò)酶切后的圖譜能夠準(zhǔn)確說(shuō)明缺失或突變的位點(diǎn)[12-13]。近年來(lái)很多學(xué)者相繼對(duì)牦牛的多態(tài)性進(jìn)行了研究[14-17]。鑒于POU1F1基因?qū)μ岣哧笈IL(zhǎng)性狀的重要作用,且與其相關(guān)的報(bào)道較少,因此,本研究將通過(guò)對(duì)西藏牦牛POU1F1基因進(jìn)行SNP檢測(cè),并分析多態(tài)性與西藏牦牛生長(zhǎng)性狀的相關(guān)性,以期篩選出有效的遺傳標(biāo)記,為優(yōu)化西藏牦牛選育體系及新品系的選育提供初步的科學(xué)根據(jù)。
1.1 材料
選取西藏申扎(70頭)、類(lèi)烏奇(48頭)、帕里(28頭)和斯布(36頭)4個(gè)牦牛品種(類(lèi)群)共182個(gè)成年健康個(gè)體,采集耳組織樣品,75 %酒精保存,帶回實(shí)驗(yàn)室,-80 ℃保存?zhèn)溆谩M瑫r(shí)測(cè)定體重、體高、體長(zhǎng)、胸圍、管?chē)壬L(zhǎng)指標(biāo)。
1.2 方法
構(gòu)建DNA池,以DNA池為模板對(duì)設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,對(duì)擴(kuò)增片段測(cè)序結(jié)果圖進(jìn)行分析及綜合DNAMAN比對(duì)結(jié)果,得到突變位點(diǎn)。
1.3 試劑與總DNA的提取
DNA提取試劑盒購(gòu)自天根生化科技有限公司;TaqDNA預(yù)混酶和限制性內(nèi)切酶BglII及StuI購(gòu)自大連寶生物公司。用DNA提取試劑盒,提取總DNA,配制1 %的瓊脂糖凝膠,EB染色,紫外照射觀察,驗(yàn)證總DNA,-20 ℃保存。
1.4 引物設(shè)計(jì)與合成
根據(jù)GenBank 上發(fā)表的牛POU1F1基因序列(Accession No:AC000158),利用Primer 5.0軟件設(shè)計(jì)3對(duì)引物(表1)。對(duì)第2外顯子設(shè)計(jì)1對(duì)引物,對(duì)第5內(nèi)含子設(shè)計(jì)2對(duì)引物,引物由英濰捷基(上海)生物技術(shù)有限公司合成。
1.5 PCR擴(kuò)增
PCR反應(yīng)體系(15 μl):ddH2O 5.7 μl,上下游引物各0.6 μl,模板0.6 μl,2×longTaqDNA預(yù)混酶7.5 μl。PCR產(chǎn)物經(jīng)1 %瓊脂糖凝膠檢測(cè)。
PCR反應(yīng)條件:95 ℃預(yù)變性4 min,94 ℃變性30 s,退火30 s(退火溫度為50.5和59.1 ℃),72 ℃延伸1 min 40 s,共30個(gè)循環(huán);72 ℃后延伸6 min。
將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用BglII和StuI進(jìn)行酶切,20 μl酶切反應(yīng)體系:ddH2O 8.8 μl,PCR產(chǎn)物8 μl,內(nèi)切酶1.2 μl,緩沖液2 μl,金屬浴37 ℃ 11 h,酶切產(chǎn)物經(jīng)2 %的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),通過(guò)凝膠成像系統(tǒng)拍照來(lái)確定酶切圖譜的基因型。
2.1 基因SNPs位點(diǎn)的篩查和檢測(cè)
將以DNA池為模板PCR產(chǎn)物進(jìn)行直接測(cè)序,獲得了3個(gè)片段,從圖1可知,其中第2外顯子片段高度保守未發(fā)現(xiàn)突變,第5內(nèi)含子POU1F1-5-1片段發(fā)現(xiàn)T284C位點(diǎn),POU1F1-5-2片段發(fā)現(xiàn)T727C位點(diǎn)。經(jīng)酶切在線分析工具分析得到T284C和T727C兩位點(diǎn)分別使用StuI和BglII內(nèi)切酶。
表1 牦牛POU1F1基因的引物序列
圖1 POU1F1-5-1 和POU1F1-5-2片段測(cè)序Fig.1 The sequencing of POU1F1-5-1 and POU1F1-5-2 fragment
2.2 PCR-RFLP分析
第5內(nèi)含子的兩對(duì)引物PCR擴(kuò)增后的長(zhǎng)度分別為534和1 519 bp,POU1F1-5-1擴(kuò)增片段經(jīng)StuI酶切后表現(xiàn)出多態(tài)性(圖1),表現(xiàn)534、250和284 bp條帶,泳道1為CT基因型;泳道2、5、7為CC基因型;泳道3、4、6、8為T(mén)T基因型。POU1F1-5-2擴(kuò)增片段經(jīng)BglII酶切后表現(xiàn)出多態(tài)性(圖2),表現(xiàn)727和792 bp條帶,泳道1~6和8~12為T(mén)T基因型;泳道7為CT基因型,未見(jiàn)CC基因型。
2.3 基因型頻率、等位基因頻率及χ2檢驗(yàn)
POU1F1基因中T284C和T727C這2個(gè)SNP位點(diǎn)等位基因及基因型在4個(gè)類(lèi)群中的分布頻率(表2)。T284C位點(diǎn)中,雜合基因型TC在申扎、類(lèi)烏齊、斯布3個(gè)類(lèi)群中的分布頻率為0.51、0.54和0.64,均表現(xiàn)為優(yōu)勢(shì)基因型;而等位基因T在申扎和帕里2個(gè)類(lèi)群中的分布頻率分別為0.61和 0.62,為優(yōu)勢(shì)等位基因。而在T727C位點(diǎn)中,未發(fā)現(xiàn)CC基因型個(gè)體,TT基因型個(gè)體的的分布頻率分別為0.91、0.96、0.94、0.92,是明顯的優(yōu)勢(shì)基因型,同時(shí)得出T為優(yōu)勢(shì)等位基因。
1:CT型;2,5、7是CC型;3、4、6、8是TT型;M:Marker1:Genotype CT; 2, 5, 7:Genotype CC; 3, 4, 6, 8:Genotype TT; M:Marker圖2 申扎牦牛POU1F1-5-1片段PCR產(chǎn)物StuI酶切電泳圖Fig.2 Electrophoresis patterns of digesting PCR products of POU1F1-5-1 fragment with StuI
1、2、3、4、5、6、8、9、10、11、12:TT型;7:CT型;M:Marker1, 2, 3, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12:Genotype TT; 7:Genotype CT; M:Marker圖3 申扎牦牛POU1F1-5-2片段PCR產(chǎn)物BglII酶切電泳圖Fig.3 Electrophoresis patterns of digesting PCR products of POU1F1-5-2 fragment with BglII
對(duì)POU1F1基因的T284C位點(diǎn)和T727C位點(diǎn)進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡的χ2檢驗(yàn)(表3)。結(jié)果表明,4個(gè)群體在T284C、T727C2個(gè)位點(diǎn)均處于遺傳平衡狀態(tài)(P>0.05),χ2值均未達(dá)到顯著水平,推測(cè)可能是經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期自然選擇、人工選擇,達(dá)到了遺傳平衡狀態(tài)。
表2 4個(gè)牦牛類(lèi)群POU1F1基因2個(gè)SNP位點(diǎn)等位基因及基因型頻率
續(xù)表2 Continued table 2
牦牛類(lèi)群Yakgroups基因和基因型Geneandgenotype突變位點(diǎn)(Loci)T284CT727C數(shù)量Quantity頻率Frequency數(shù)量Quantity頻率FrequencyCC90.1900T-0.54-0.98C-0.46-0.02斯布(SB)TT50.22340.94TC230.6420.06CC80.1400T-0.54-0.97C-0.46-0.03帕里(PL)TT120.43250.92TC110.3920.07CC50.1800T-0.62-0.96C-0.38-0.04
表3 4個(gè)牦牛類(lèi)群POU1F1基因2個(gè)SNP位點(diǎn)的Hardy-Weinberg平衡的χ2 檢驗(yàn)
2.4 遺傳多態(tài)性指標(biāo)
由表4可知,T284C位點(diǎn)在4個(gè)類(lèi)群中均處于中度多態(tài)(0.25 表4 4個(gè)牦牛類(lèi)群POU1F1基因2個(gè)SNP位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性指標(biāo) 表5 帕里牦牛POU1F1基因StuI位點(diǎn)對(duì)體尺性狀的影響(平均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)誤) 注:不同小寫(xiě)字母表示差異顯著(P<0.05)。 Note:The different scripts(a,b) mean difference significantly(P<0.05). 2.5 帕里牦牛POU1F1基因StuI位點(diǎn)多態(tài)性和生長(zhǎng)性狀相關(guān)性 通過(guò)SPSS分析4個(gè)群體兩個(gè)酶切位點(diǎn)與體尺性狀的相關(guān)性(表5),結(jié)果得出帕里牦牛CC和CT基因型個(gè)體存在顯著差異(P<0.05)。3種基因型與體高和體長(zhǎng)之間有相關(guān)性,CT型個(gè)體體長(zhǎng)為133.64 cm,CC型個(gè)體為124.50 cm,前者比后者高出9.14 cm,差異顯著,說(shuō)明西藏牦牛POU1F1基因第5內(nèi)含子的StuI位點(diǎn)可能是影響體尺性狀的重要功能基因座。 3.1 西藏牦牛POU1F1基因的多態(tài)性 POU1F1基因能正向調(diào)控生長(zhǎng)激素、催乳素和垂體釋放激素,對(duì)動(dòng)物早期胚胎及整個(gè)生長(zhǎng)期生長(zhǎng)發(fā)育起到重要的調(diào)控作用。因此,很早以前POU1F1基因就已作為生長(zhǎng)性狀主要的候選基因。宋成義等[18]通過(guò)對(duì)豬POU1F1基因啟動(dòng)子多態(tài)性分析闡明其與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)性,其AA 基因型個(gè)體的體長(zhǎng)、體重、體高、胸圍和顯著高于其他2個(gè)基因型個(gè)體。邱國(guó)宇等[19]利用PCR-RFLP方法在郟縣紅牛POU1F1基因第6外顯子發(fā)現(xiàn)HinfI、AluI、PstI 3個(gè)酶切位點(diǎn),且BB基因型對(duì)郟縣紅牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀有顯著影響。牛志剛等[20]對(duì)新疆褐牛POU1F1基因進(jìn)行多態(tài)性分析發(fā)現(xiàn)部分基因型與體重有顯著相關(guān)。Sadeg等[21]研究發(fā)現(xiàn),伊朗地方綿羊POU1F1基因多態(tài)性與體重顯著相關(guān)。 本文通過(guò)對(duì)西藏4個(gè)牦牛類(lèi)群POU1F1基因外顯子2及內(nèi)含子5上酶切突變位點(diǎn)與體尺性狀的研究,探尋與生長(zhǎng)性狀相關(guān)的候選基因,從分子角度來(lái)提高牦牛的經(jīng)濟(jì)性狀。4個(gè)類(lèi)群中T為優(yōu)勢(shì)等位基因,CT基因型為優(yōu)勢(shì)基因型。χ2和Hardy-Weinberg 平衡性檢測(cè)可知西藏牦牛4種群均處于平衡狀態(tài)(P>0.05),受選擇、基因突變等影響較小,可能是4個(gè)群體在人工選育過(guò)程中對(duì)BglII和StuI座位選擇壓力不強(qiáng),兩座位在人工選育、遷徙和遺傳漂變下處于動(dòng)態(tài)平衡中。由多態(tài)信息含量(PIC)、純合度(Ho)、雜合度(He)檢測(cè)結(jié)果可知T284C位點(diǎn)在4個(gè)種群均屬于中度多態(tài)位點(diǎn),可以作為該群體遺傳資源評(píng)價(jià)的建議性指標(biāo),T727C的低度多態(tài)可能是遺傳分化程度較低,缺乏與其他種群的基因交流,可能在該位點(diǎn)的遺傳變異程度較小,突變少,使得基因的純合型得以積累。T284C位點(diǎn)雜合度相對(duì)較大,遺傳變異程度越高,利用前景較大。T727C位點(diǎn)的純合度均達(dá)到90 %以上,說(shuō)明該位點(diǎn)遺傳變異程度低,基因交流少。 在T727C位點(diǎn)位發(fā)現(xiàn)CC型個(gè)體,原因可能:①CT、TT型優(yōu)勢(shì)個(gè)體在自然選擇過(guò)程中中已趨于穩(wěn)定,是群體固有的遺傳特性;②由CT、TT型到CC型轉(zhuǎn)變的個(gè)體較少,可能存在不利突變,使得突變后的個(gè)體母牛難產(chǎn)率增大;③也可能因?qū)嶒?yàn)樣本數(shù)較少,基因型在群體中分布不均。本研究結(jié)果與魏伍川等[22]在對(duì)雷州黃牛GAD1和GHR基因的多態(tài)性分析時(shí),只發(fā)現(xiàn)BB、AB型個(gè)體未發(fā)現(xiàn)AA型個(gè)體的研究結(jié)果一致,推測(cè)可能是AA 型個(gè)體在生長(zhǎng)過(guò)程因采食量偏少、生長(zhǎng)慢而被較早淘汰。馬彥男等[23]在對(duì)中國(guó)荷斯坦牛FASN基因多態(tài)性對(duì)泌乳的影響的研究中也未發(fā)現(xiàn)BB型個(gè)體。 3.2 POU1F1 基因多態(tài)性與生長(zhǎng)性狀的關(guān)系 通過(guò)不同基因型和生長(zhǎng)指標(biāo)的關(guān)聯(lián)分析,4個(gè)群體中,T284C 位點(diǎn)在帕里牦牛中CC/CT之間有顯著差異(P<0.05),其他幾個(gè)牦牛類(lèi)群卻未見(jiàn)相同結(jié)果。而T727C位點(diǎn)與牦牛體尺無(wú)相關(guān)性。 本研究對(duì)POU1F1第5內(nèi)含子的多態(tài)性和生長(zhǎng)指標(biāo)進(jìn)行相關(guān)性分析,結(jié)果第5內(nèi)含子的BglII多態(tài)位點(diǎn)對(duì)生長(zhǎng)指標(biāo)無(wú)顯著影響。與Curi等[24]研究不同品種牛POU1F1基因與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)性,得出未對(duì)生長(zhǎng)和胴體性狀產(chǎn)生任何影響的結(jié)果一致,與劉波等[25]通過(guò)對(duì)秦川牛及其雜種牛POU1F1基因多態(tài)性研究得出第5內(nèi)含子的HinfI 多態(tài)位點(diǎn)對(duì)其胸圍、體高,十字部高有顯著影響的的結(jié)果存在差異。薛愷等[26]對(duì)POU1F1基因?qū)δ详?yáng)牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的影響,得出POU1F1-HinfI位點(diǎn)BB型為優(yōu)勢(shì)基因型與生長(zhǎng)指標(biāo)有相關(guān)性(P<0.05),闡述了不同的基因型是南陽(yáng)牛生長(zhǎng)多樣性主要的原因。通過(guò)以上結(jié)果對(duì)比表明雖然同屬牛種但是受遺傳因素、環(huán)境因素等影響仍存在較大差異。近些年來(lái)越來(lái)越多的研究表明,POU1F1基因不僅可以作為牛生長(zhǎng)性狀和其他物種生長(zhǎng)性狀的候選基因,還可以作為肉質(zhì)、產(chǎn)奶等經(jīng)濟(jì)性狀的候選基因。Stasio等[27]研究表明POU1F1基因與牛的肉質(zhì)相關(guān)。Zakizadeh等[28]得出POU1F1基因與牛的產(chǎn)奶相關(guān)。Mura等[29]得出POU1F1基因與奶薩爾達(dá)綿羊產(chǎn)奶相關(guān)。lin[30]研究還發(fā)現(xiàn)POU1F1復(fù)合型基因的多態(tài)性對(duì)生產(chǎn)性狀有重要影響。 本研究POU1F1-StuI多態(tài)位點(diǎn)對(duì)帕里牦牛體高、體長(zhǎng)指標(biāo)存在顯著性影響的結(jié)果可為今后研究提供一定的參考依據(jù),因樣本數(shù)量的制約,因此進(jìn)一步的研究將加大樣本容量,以得出更詳細(xì)的試驗(yàn)結(jié)論,為POU1F1基因作為與生長(zhǎng)性狀候選基因提供依據(jù)。 西藏牦牛POU1F1基因存在一定的遺傳多態(tài)性,在POU1F1基因第5內(nèi)含子處篩選出兩個(gè)SNP位點(diǎn),分別為T(mén)284C和T727C位點(diǎn),且POU1F1基因內(nèi)含子5上T284C基因座對(duì)帕里牦牛的體高和體長(zhǎng)有較為顯著的影響,可以用來(lái)作為優(yōu)化選育體系的一種遺傳標(biāo)記。 [1]鐘金城, 趙素君, 陳智華, 等. 牦牛品種的遺傳多樣性及其分類(lèi)研究[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué), 2006, 39(2):389-397. [2]馬志杰, 鐘金城, 韓建林, 等. 牦牛分子遺傳多樣性研究進(jìn)展[J]. 遺傳, 2013, 35(2):151-160. [3]廖信軍, 常 洪, 張桂香, 等. 中國(guó) 5 個(gè)地方牦牛品種遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J]. 生物多樣性, 2008, 16(2):156-165. [4]姬秋梅. 中國(guó)牦牛品種資源的研究進(jìn)展[J]. 自然資源學(xué)報(bào), 2001,16(6):564-570. [5]CHUNG H O, KATO T, TOMIZAWA K, et al. Molecular cloning of pit-1 cDNA from porcine anterior pituitary and its involvement in pituitary stimulation by growth hormone-releasing factor[J]. Experimental and clinical endocrinology & diabetes:official journal, German Society of Endocrinology [and]German Diabetes Association, 1997, 106(3):203-210. [6]INGRAHAM H A, ALBERT V R, CHEN R, et al. A family of POU-domain and Pit-1 tissue-specific transcription factors in pituitary and neuroendocrine development [J]. Annual Review of Physiology, 1990, 52(1):773-791. [7]FLORINI J R, EWTON D Z, COOLICAN S A. Growth Hormone and the Insulin-Like Growth Factor System in Myogenesis[J]. Endocrine reviews, 1996, 17(5):481-517. [8]HOWARD P W, JUE S F, MAURER R A. Expression of the synaptotagmin I gene is enhanced by binding of the pituitary-specific transcription factor,POU1F1[J]. Molecular Endocrinology, 2009, 23(10):1563-1571. [9]HENDRIKS-STEGEMAN B I, AUGUSTIJN K D, BAKKER B, et al. Combined Pituitary Hormone Deficiency Caused by Compound Heterozygosity for Two Novel Mutations in the POU Domain of thePIT1/POU1F1 Gene 1[J]. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, 2001, 86(4):1545-1550. [10]HERMAN J P, JULLIEN N, GUILLEN S, et al. Research resource:A genome-wide study identifies potential new target genes forPOU1F1[J]. Molecular Endocrinology, 2012, 26(8):1455-1463. [11]WOOLLARD J, TUGGLE C K, PONCE DE LEON F A. Rapid communication:localization ofPOU1F1 to bovine, ovine, and caprine 1q21-22[J]. J Anim Sci, 2000, 78(1):242-243. [12]LANDER E S. The new genomics:global views of biology [J]. Science, 1996, 274(5287):536-539. [13]CHOI I Y, HYTEN D L, MATUKUMALLI L K, et al. A soybean transcript map:gene distribution, haplotype and single-nucleotide polymorphism analysis [J]. Genetics, 2007, 176(1):685-696. [14]姬秋梅, 唐懿挺, 張成福, 等. 西藏牦牛mtDNA cytb 基因的序列多態(tài)性及其系統(tǒng)進(jìn)化分析[J]. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2012, 43(11):1723-1732. [15]柴志欣, 王 永, 羅曉林, 等. 麥洼牦牛 H-FABP, HSL 基因多態(tài)性及與生長(zhǎng)性狀的相關(guān)分析[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué), 2013, 46(14):3022-3031. [16]LUO X L, SONG H F, GUAN J Q. Investigation on mechanism of sterility of male hybrids between yak and cattle[J]. Journal of Applied Animal Research, 2014, 42(4):395-399. [17]劉 梅, 鞠志花, 李秋玲, 等.MBL1 基因第一內(nèi)含子與第二外顯子多態(tài)性與中國(guó)荷斯坦牛乳腺炎和乳品質(zhì)的關(guān)聯(lián)分析[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué), 2010, 43(11):2363-2371. [18]宋成義, 趙 芹, 高 波, 等. 豬 POU1F1 基因啟動(dòng)子區(qū)多態(tài)分析及其與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué), 2011, 44(24):5067-5072. [19]邱國(guó)宇, 陳 宏, 潘傳英, 等. 郟縣紅牛POU1F1基因第 6 外顯子HinfⅠ,AluⅠ 和PstⅠ 位點(diǎn)遺傳變異及其與生長(zhǎng)發(fā)育的關(guān)系[J]. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版, 2009(5):43-48. [20]牛志剛, 史洪才, 劉明軍, 等. 新疆褐牛POU1F1基因多態(tài)性分析及早期生長(zhǎng)曲線比較[J]. 西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào), 2011, 20(11):1-5. [21]SADEGHI M, JAIL-SARGHALE A, MORADI-SHAHRBABAK M. Associations ofPOU1F1 gene polymorphisms and protein structure changes with growth traits and blood metabolites in two Iranian sheep breeds[J]. Journal of Genetics, 2014, 93(3):831-835. [22]魏伍川, 鄧家琪, 王文怡. 雷州黃牛GAD1 和GHR基因的多態(tài)性分析[J]. 廣東農(nóng)業(yè)科學(xué), 2010, 37(3):10-12. [23]馬彥男, 賀鵬迦, 馬永生, 等. 中國(guó)荷斯坦牛FASN基因部分序列 PCR-SSCP 多態(tài)性與泌乳性狀的相關(guān)性[J]. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版, 2013, 41(12):1-6. [24]CURI R A, PALMIERI D A, SUGUISAWA L, et al. Growth and carcass traits associated with GH1/Alu I andPOU1F1/HinfI gene polymorphisms in Zebu and crossbred beef cattle[J]. Genetics and Molecular Biology, 2006, 29(1):56-61. [25]劉 波, 陳 宏, 藍(lán)賢勇, 等. 秦川牛及其雜種牛POU1F1基因多態(tài)與生長(zhǎng)性能相關(guān)性[J]. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué), 2005, 38(12):2520-2525. [26]KAI X U E, HONG C, SHAN W, et al. Effect of genetic variations of thePOU1F1 gene on growth traits of Nanyang cattle[J]. Acta Genetica Sinica, 2006, 33(10):901-907. [27]DI STASIO L, SARTORE S, ALBERA A. Lack of association of GH1 andPOU1F1 gene variants with meat production traits in Piemontese cattle[J]. Animal Genetics, 2002, 33(1):61-64. [28]ZAKIZADEH S, REISSMANN M, RAHIMI G, et al. Polymorphism of the bovinePOU1F1 gene:allele frequencies and effects on milk production in three Iranian native breeds and Holstein cattle of Iran[J]. Pakistan Journal of Biological Sciences:PJBS, 2007, 10(15):2575-2578. [29]MURA M C, DAGA C, PALUDO M, et al. Analysis of polymorphism withinPOU1F1 gene in relation to milk production traits in dairy Sarda sheep breed[J]. Molecular Biology Reports, 2012, 39(6):6975-6979. [30]YAN L J, FANG X T, LIU Y, et al. Effects of single and combined genotypes of MC4R andPOU1F1 genes on two production traits in Langshan chicken[J]. Molecular Biology Reports, 2013, 40(7):4645-4650. (責(zé)任編輯 李 潔) Association of Polymorphism ofPOU1F1 Gene with Growth Traits in Tibetan Yak SONG Na-na1,2, CHAI Zhi-xin1,2, HU Dan1,2, XIANG Chao1,2, ZHONG Jin-cheng1,2* (1.Key Laboratory of Animal Genetics and Breeding of State Ethnic Affairs Commission and Ministry of Education,Southwest University for Nationalities,Sichuan Chengdu 610041,China;2. Institute of Tibetan Plateau Research,Southwest University for Nationalities,Sichuan Chengdu 610041,China) This research on the use of DNA pool and sequencing technology, the PCR-RFLP method, was conducted to study the correlation of polymorphisms ofPOU1F1 gene and growth traits of Shenzha Yak, Leiwuqi Yak, Sibu Yak, Pali Yak by screening the SNP locus of gene exons 2 and intron 5 with three pairs of primer, a total of 182 yaks. The results showed that(i) no polymorphism was found atPOU1F1 gene exon 2,which was highly conserved, two polymorphisms were found in intron 5, they were respectively T727C locus(BglII) and T284C locus(StuI).(ii) In four populations of SZ, LWQ, PL, SB,StuI locus belonged to the middle polymorphic index, moreover, the frequencies of T/C alleles were respectively 0.61/0.39, 0.54/0.46, 0.54/0.46 and 0.62/0.38, CT was a predominant genotype and T was a predominant allele.StuI locus belonged to the low polypeptide.StuI andBglII locus were under Hardy-Weinberg equilibrium(P>0.05).(iii)StuI locus of four groups were found three genotype with CC, CT and TT. Only two genotypes(CT and TT) were found atBglII locus.(iv)The correlation of polymorphisms betweenPOU1F1 gene and growth traits among the four populations was analyzed. In Pali Yak,the results showed that Genotype CC and TT were highly associated with body length and body height(P<0.05), genotype CC was higher than that genotype CT, the same result did not appear in the left three population. The correlation betweenBglII locus and growth index was not significant. T284C locus polymorphism atPOU1F1 intron 5 of Tibetan yak can be as a genetic marker for improved growth traits. Tibetan Yak;POU1F1gene; PCR-RFLP; Gene polymorphism; Growth traits 1001-4829(2016)12-2904-07 10.16213/j.cnki.scjas.2016.12.040 2015-12-24 西南民族大學(xué)研究生創(chuàng)新型科研項(xiàng)目(CX2015S Z103);國(guó)家支撐計(jì)劃課題(2012BAD03B02) 宋娜娜(1990-),女,黑龍江綏化人,碩士生,主要從事基因組與分子生物學(xué)研究,E-mail:songnana28@126.com;*為通訊作者:鐘金城(1963-),教授,E-mail:zhongjincheng518@126.com。 S823 A3 討 論
4 結(jié) 論