《帝企鵝日記》記錄的是在南極大陸上生活的帝企鵝的生存和繁衍的故事。

在一片冰川、荒涼孤寂的南極洲上，生存著一群不畏寒冷的族類：皇帝企鵝。這終年寒冷的地方，每年三月便開始進入寒冬，并將持續(xù)九個月的時間。于是每年的三月，成千上萬的帝企鵝離開它們的海洋家園，以輕巧的動作躍上岸，一開始以圓滾滾的肚皮在地面滑行數(shù)十公尺，最終用蹣跚的雙腳在冰面上行走。為了尋找一個安全的環(huán)境，以便繁衍后代，延續(xù)種族生存，企鵝們不得不放棄海里的悠然生活，冒著昏天黑地的冰風暴，踉踉蹌蹌、如嬰兒學步一般開始一段漫長而艱辛的旅程。

在天性和南十字星座的引導下，它們準確無誤地向著自己的出生地前進。伴隨著一系列難以理解的舞蹈和嘶鳴一樣令人入迷的不和諧音調，企鵝們開始了求愛儀式，很快它們就會形成一對一對的“夫婦”。

白天越來越短，氣候也越來越惡劣，雌性企鵝會停下來一段時間生蛋。之后，筋疲力盡的它還不能休息，必須立即啟程繼續(xù)趕路，返回大海尋找食物并恢復體力，而企鵝爸爸則會留下來保護那些珍貴的企鵝蛋，它們將蛋孵在自己的腳掌上面以保持溫暖……水盡糧絕的境遇下，這種看起來柔弱笨拙的動物表現(xiàn)出了頑強的生命力。經(jīng)過多個月的覓食，企鵝媽媽終于安全回來與家人團聚，接著與爸爸的身份調換，媽媽來照顧孩子，爸爸則外出覓食，它們會輪流工作，直到小企鵝長大后，一群帝企鵝又再次長征，返回家園，待下一年繼續(xù)另一個新的旅程……