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      胃癌細(xì)胞中Rab25相互作用蛋白的鑒定及功能學(xué)研究

      2017-07-19 11:46:05王一丞李園園
      武警醫(yī)學(xué) 2017年7期
      關(guān)鍵詞:復(fù)合物孵育質(zhì)譜

      王一丞,李園園

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      胃癌細(xì)胞中Rab25相互作用蛋白的鑒定及功能學(xué)研究

      王一丞1,李園園2

      目的 通過串聯(lián)親和純化聯(lián)合質(zhì)譜技術(shù)(TAP-MS)篩選胃癌細(xì)胞中Rab25相互作用蛋白。方法 利用慢病毒轉(zhuǎn)染技術(shù)構(gòu)建穩(wěn)定表達(dá)StrepII-6His-EGFP-Rab25融合蛋白的SGC7901細(xì)胞系;通過StrepII-6His標(biāo)簽進(jìn)行串聯(lián)親和純化獲得與Rab25相互作用的蛋白復(fù)合物,并通過質(zhì)譜檢測蛋白復(fù)合物的組成;隨后構(gòu)建了Rab25蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),并通過免疫共沉淀技術(shù)驗(yàn)證其在胃癌細(xì)胞中相互作用的真實(shí)性。結(jié)果 通過TAP-MS技術(shù)共鑒定出26個(gè)Rab25的相互作用蛋白,主要參與癌癥通路、微管運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞凋亡、NOTCH通路等過程;運(yùn)用免疫共沉淀方法驗(yàn)證了Itgb1與Rab25相互作用的真實(shí)性,并通過Transwell試驗(yàn)證實(shí)Rab25和Itgb1協(xié)同促進(jìn)SGC7901細(xì)胞的侵襲。結(jié)論 通過鑒定胃癌細(xì)胞中Rab25的相互作用蛋白網(wǎng)絡(luò),為胃癌的治療提供一個(gè)新的線索。

      胃癌;Rab25;蛋白質(zhì)相互作用;串聯(lián)親和純化;質(zhì)譜

      腫瘤發(fā)生轉(zhuǎn)移是胃癌患者死亡的一個(gè)重要因素,這個(gè)過程通常伴有特定細(xì)胞因子和細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的變化,因此對胃癌發(fā)生、轉(zhuǎn)移過程中相關(guān)細(xì)胞因子和細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的研究將推動(dòng)胃癌診斷與治療技術(shù)的不斷發(fā)展[1]。Rab25屬于Rab蛋白家族的一種小GTP結(jié)合蛋白,僅在肺、腎、胃腸黏膜等上皮組織中特異性表達(dá),功能上是一種運(yùn)輸?shù)鞍?,在?xì)胞內(nèi)參與信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞骨架形成、細(xì)胞內(nèi)物質(zhì)運(yùn)輸?shù)戎匾^程[2]。最近研究表明,Rab25可影響胃癌細(xì)胞增殖、凋亡、遷移和侵襲,調(diào)節(jié)腫瘤血管生成、能量代謝、整合素循環(huán)及參與上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化等多個(gè)過程[2],而這一過程主要是由Rab25及其相互作用蛋白復(fù)合物共同完成的。因此,明確胃癌細(xì)胞中Rab25的相互作用蛋白,對胃癌的早期診斷、預(yù)后監(jiān)測及靶向基因治療有著重要意義。

      1 材料與方法

      1.1 載體構(gòu)建 以Rab25 cDNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,引物序列為:正向引物5′-CTGTACATGGGGAATGGAACTGAGGAA-3′,反向引物5′-AGAATTCTCAGAGGCTGATGCAACAGG-3′。PCR反應(yīng)條件為:95 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,55 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,35個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10 min。1%瓊脂糖凝膠電泳鑒定并回收目的片段,用BsrGI和EcoRI分別雙酶切目的片段和FUGW-StrepII-6His-EGFP載體。酶切產(chǎn)物膠回收后16 ℃連接過夜,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化DH5α感受態(tài)細(xì)胞,挑選陽性克隆進(jìn)行測序驗(yàn)證后獲得FUGW-StrepII-6His-EGFP-Rab25質(zhì)粒。

      1.2 穩(wěn)定過表達(dá)細(xì)胞系構(gòu)建 為獲得穩(wěn)定表達(dá)StrepII-6His-EGFP-Rab25融合蛋白(實(shí)驗(yàn)組)和StrepII-6His-EGFP融合蛋白(對照組)的胃癌細(xì)胞,將生長旺盛的SGC7901細(xì)胞接種于24孔板(4×104/孔),待細(xì)胞密度生長到60%左右時(shí),更換新鮮Dulbecco’s Modified Eagle Medium (DMEM)完全培養(yǎng)液并加入含有StrepII-6His-EGFP-Rab25或StrepII-6His-EGFP序列的慢病毒顆粒,感染36 h后將細(xì)胞移入6孔板中繼續(xù)生長,72 h后用流式細(xì)胞儀分析表達(dá)EGFP細(xì)胞的百分比。

      1.3 串聯(lián)親和純化 收集3×107個(gè)細(xì)胞,用預(yù)冷的PBS緩沖液清洗細(xì)胞2次,向細(xì)胞中加入1 ml預(yù)冷的細(xì)胞裂解液,液氮反復(fù)凍融3次,10 kg離心15 min,收集上清液并用0.45 μm濾器過濾備用。將上清液與100 μl anti-StrepII beads在4 ℃孵育結(jié)合4 h,用細(xì)胞裂解液洗去未結(jié)合的雜蛋白。用1 ml洗脫液在4 ℃洗脫anti-StrepII beads 2 h,1000 g離心5 min,收集洗脫液。將洗脫液與100 μl anti-6His beads在4 ℃孵育結(jié)合2 h,用細(xì)胞裂解液洗去未結(jié)合的雜蛋白,將結(jié)合在anti-6His beads上的蛋白復(fù)合物-80 ℃凍存?zhèn)溆谩?/p>

      1.4 酶切和質(zhì)譜分析 使用200 μl含有100 mM碳酸氫銨溶液清洗結(jié)合有蛋白復(fù)合物的anti-6His beads,1000 g離心去上清。加入100 μl 10 mol/L二硫蘇糖醇溶液作用30 min,隨后加入100 μl 200 mM碘乙酰胺避光作用45 min,最后加入1 μg胰酶37 ℃酶切24 h。將酶切產(chǎn)物10 kg離心10 min,取含有肽段的上清進(jìn)行質(zhì)譜鑒定。質(zhì)譜分析采用UltiMate 3000納升液相色譜+Bruker maxis 4G UHR-TOF質(zhì)譜儀進(jìn)行檢測。10 μl的樣品進(jìn)入戴安C18柱(75 μm×15 cm,3 μm,100 ?)進(jìn)行濃縮和快速除鹽,分析柱用以下梯度進(jìn)行梯度洗脫:5~65 min乙腈濃度從5%上升至35%,65~75 min乙腈濃度從35%上升至80%,并在80%保持5 min,75~90 min乙腈濃度返回到5%,納升泵流速控制在350 nl/min。肽段梯度洗脫后經(jīng)納升電噴霧系統(tǒng)(ESI)進(jìn)入質(zhì)譜分析儀進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定,其中毛細(xì)管電壓為1800 V,掃描模式為Auto MS/MS,掃描范圍為50~1500 m/z,掃描速率為4 Hz,質(zhì)量誤差為±0.05 Da。

      1.5 免疫共沉淀實(shí)驗(yàn) 將1×107的SGC7901細(xì)胞用預(yù)冷PBS洗滌2次,加入1 ml的IP細(xì)胞裂解液(Beyotime公司)冰上裂解30 min,然后12 kg,4 ℃離心15 min,收集上清液并測定蛋白濃度。取500 μg蛋白樣品,加入1 μg和免疫沉淀時(shí)使用的IgG種屬相同的普通IgG及20 μl充分重懸的Protein A + G Agarose以降低背景,4 ℃緩慢搖動(dòng)1 h,1000 g離心5 min后收集上清。在上清中加入1 μg用于免疫沉淀的一抗,4 ℃緩慢搖動(dòng)孵育過夜,次日加入20 μl充分重懸的Protein A + G Agarose,4 ℃緩慢搖動(dòng)孵育4 h。1000 g離心5 min后去除上清,IP細(xì)胞裂解液洗滌5次,加入20 μl電泳上樣緩沖液,煮沸處理5 min,離心后取部分樣品進(jìn)行分析。

      1.6 Western Blot 在結(jié)合有Rab25蛋白復(fù)合物的anti-6His beads中加入50 μl 蛋白上樣緩沖液,煮沸5 min,1000 g離心5 min后收集上清。20 μl上清液進(jìn)行10%聚丙烯酰胺凝膠電泳(SDS-PAGE)分離,100 V電泳2 h。采用Bio-Rad的標(biāo)準(zhǔn)濕式轉(zhuǎn)膜裝置在冰浴,100 V,2 h條件下將蛋白轉(zhuǎn)移至PVDF膜。5%的脫脂奶粉封閉2 h后加入一抗,4 ℃過夜孵育;TBST漂洗3次,加入二抗孵育1 h,TBST洗滌3次,ECL化學(xué)發(fā)光,Bio-Rad成像系統(tǒng)顯影。

      1.7 siRNA轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn) 采用Roche公司的X-tremeGENE siRNA Transfection Reagent進(jìn)行siRNA轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn),Rab25及Itgb1干擾序列購買至Invitrogen公司。將生長旺盛的SGC7901細(xì)胞接種到6孔板中(2×105/孔),待細(xì)胞密度生長到50%左右時(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)。按照轉(zhuǎn)染試劑說明書將siRNA及轉(zhuǎn)染試劑混合物加到6孔板中,轉(zhuǎn)染體系為200 μl,siRNA終濃度為100 nmol/L。72 h后收集細(xì)胞并采用Western Blot實(shí)驗(yàn)檢測干擾效果。

      1.8 Transwell體外侵襲實(shí)驗(yàn) 采用Corning公司Transwell小室侵襲模型,并用Matrigel進(jìn)行包被。6孔板下室加1 ml含有10%胎牛血清的培養(yǎng)液,上室中加入200 μl細(xì)胞懸液(1.0×105/ml), 培養(yǎng)36 h后取出,PBS洗膜后刮除上室底部基質(zhì)膠,4%多聚甲醛固定,0.1%結(jié)晶紫染色10 min,顯微鏡下計(jì)數(shù)侵襲細(xì)胞數(shù)量。每張膜取5個(gè)視野,每組重復(fù)3次。

      2 結(jié) 果

      2.1 穩(wěn)定表達(dá)StrepII-6His-EGFP-Rab25融合蛋白的SGC7901細(xì)胞系構(gòu)建 以Rab25 cDNA為模板,PCR擴(kuò)增Rab25 CDS區(qū)片段(642 bp),將產(chǎn)物進(jìn)行1%瓊脂糖電泳并回收(圖1)。用BsrGI和EcoRI分別將PCR片段及目的載體FUGW-StrepII-6His-EGFP雙酶切,然后進(jìn)行連接獲得FUGW-StrepII-6His-EGFP-Rab25質(zhì)粒,測序結(jié)果提示構(gòu)建成功。 通過磷酸鈣沉淀法,成功將慢病毒表達(dá)及包裝質(zhì)粒FUGW-StrepII-6His-EGFP-Rab25、psPAX2和pMD2.G共轉(zhuǎn)染至293T細(xì)胞,獲得重組慢病毒顆粒,隨后將慢病毒顆粒感染SGC7901細(xì)胞,獲得穩(wěn)定表達(dá)StrepII-6His-EGFP-Rab25融合蛋白的細(xì)胞。以EGFP為標(biāo)記進(jìn)行流式細(xì)胞分選,分選后檢測細(xì)胞表達(dá)融合蛋白陽性率為99.3%(圖2)。

      圖1 Rab25 PCR擴(kuò)增后電泳分析

      圖2 流式分析表達(dá)StrepII-6His-EGFP-Rab25 融合蛋白SGC7901細(xì)胞陽性率

      2.2 Rab25相互作用蛋白鑒定及功能分析 基于TAP-MS連用技術(shù)檢測Rab25相互作用蛋白,3次重復(fù)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)利用Mascot軟件收索Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫共鑒定出215個(gè)蛋白。進(jìn)一步通過陰性對照排除雜質(zhì)蛋白影響后,選取在3次重復(fù)檢測中出現(xiàn)2次的蛋白,并按照Mascot分?jǐn)?shù)、匹配的片段數(shù)和覆蓋率等進(jìn)行綜合評定,最終獲得可信度相對較高的26個(gè)相互作用蛋白(表1)。通過收索BIND、HPRD、BioGRID蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫,確定26個(gè)蛋白之間的相互作用關(guān)系,構(gòu)建了以Rab25為中心的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(圖3)。并采用DAVID在線分析系統(tǒng)進(jìn)行基因注釋分析,根據(jù)生物學(xué)途徑注釋聚類分析表明這26個(gè)相互作用蛋白主要富集在癌癥通路、微管運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞凋亡及NOTCH通路上(圖3)。

      2.3 Rab25與Itgb1相互作用的鑒定 通過檢測親和純化后Rab25相互作用復(fù)合物中的Itgb1,證明Rab25和Itgb1相互作用明顯(圖 4A)。隨后采用免疫共沉淀方法驗(yàn)證Rab25和Itgb1在SGC7901細(xì)胞中的內(nèi)源性結(jié)合,結(jié)果證明Rab25和Itgb1存在內(nèi)源性相互作用(圖 4B-C)。

      2.4 Rab25和Itgb1協(xié)同促進(jìn)SGC7901細(xì)胞侵襲 通過特異性siRNA干擾,我們成功抑制SGC7901細(xì)胞內(nèi)Rab25和Itgb1的表達(dá)(圖5)。采用Transwell試驗(yàn)評估干擾Rab25和Itgb1后對SGC7901細(xì)胞侵襲作用的影響,結(jié)果顯示,無論是干擾Rab25或Itgb1都明顯抑制細(xì)胞的侵襲能力,同時(shí)干擾兩種蛋白后抑制細(xì)胞侵襲能力作用更加明顯(圖6)。

      圖3 Rab25相互作用網(wǎng)絡(luò)圖及通路表1 胃癌細(xì)胞中Rab25的相互作用蛋白

      相互作用蛋白基因號(hào)蛋白全名Acvr190activinAreceptortype1Ankrd61100310846ankyrinrepeatdomain61Ap2s11175adaptorrelatedproteincomplex2sigma1subunitAsns440asparaginesynthetase(glutamine-hydrolyzing)Atp4a495ATPaseH+/K+transportingalphasubunitBrd38019bromodomaincontaining3Brd423476bromodomaincontaining4Fam3b54097familywithsequencesimilarity3memberBFbxl2084961F-boxandleucine-richrepeatprotein20Fig49896FIG4phosphoinositide5-phosphataseHsp90aa13320heatshockprotein90kDaalphafamilyclassAmember1Hsp90ab13326heatshockprotein90kDaalphafamilyclassBmember1Irf2bp126145interferonregulatoryfactor2bindingprotein1Itgb13688integrinsubunitbeta1Mif4282macrophagemigrationinhibitoryfactor(glycosylation-inhibitingfactor)Myo1551168myosinXVANono4841non-POUdomaincontaining,octamer-bindingOptn10133optineurinPkig11142proteinkinase(cAMP-dependent,catalytic)inhibitorgammaPrpsap25636phosphoribosylpyrophosphatesynthetaseassociatedprotein2Ruvbl18607RuvBlikeAAAATPase1Sfpq6421splicingfactorproline/glutamine-richTgfbr17046transforminggrowthfactorbetareceptorITubb2a7280tubulinbeta2AclassⅡaTubb310381tubulinbeta3classⅢTubb4b10383tubulinbeta4BclassⅣb

      圖4 Rab25與Itgb1相互作用的鑒定

      A.StrepII-6His標(biāo)簽純化后Itgb1的檢測;B.免疫共沉淀檢測Rab25和Itgb1相互作用(利用Rab25抗體);C.免疫共沉淀檢測Rab25和Itgb1相互作用(利用Itgb1抗體)

      圖5 siRNA干擾后Rab25和Itgb1的表達(dá)情況

      圖6 Rab25和Itgb1對SGC7901細(xì)胞侵襲能力的影響 ①P<0.05,②P< 0.001

      3 討 論

      蛋白質(zhì)是有機(jī)體的重要組成成分,是細(xì)胞功能的主要執(zhí)行者,且主要是通過蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的方式發(fā)揮其功能特性。通過蛋白質(zhì)組學(xué)研究和胃癌相關(guān)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),將能更好地闡明胃癌發(fā)生、發(fā)展及轉(zhuǎn)移機(jī)制,有利于解決胃癌的早期診斷和靶向治療問題。

      本研究利用高效的Strep-6His串聯(lián)標(biāo)簽標(biāo)記Rab25蛋白,通過親和純化聯(lián)合質(zhì)譜檢測的方法,篩選獲得26個(gè)相對可靠的相互作用蛋白質(zhì)。運(yùn)用生物信息學(xué)手段對篩選的相互作用蛋白進(jìn)行基因注釋分析,結(jié)果表明這些蛋白主要定位在腫瘤相關(guān)通路、微管運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞凋亡及NOTCH通路上,而這些信號(hào)通路在細(xì)胞生長、增殖、分化及腫瘤發(fā)生過程中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,強(qiáng)烈提示Rab25與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。腫瘤相關(guān)通路中的Hsp90aa1和Hsp90ab1是蛋白進(jìn)行正確折疊的重要分子伴侶,其功能異常導(dǎo)致多種腫瘤發(fā)生,其高表達(dá)將導(dǎo)致胃癌細(xì)胞浸潤并直接影響患者預(yù)后[3];Tgfbr1和Mif的表達(dá)程度和胃癌細(xì)胞浸潤、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移及TNM分期呈正相關(guān),此外也可能與幽門螺桿菌感染導(dǎo)致的胃癌密切相關(guān)[1,4]。

      細(xì)胞凋亡信號(hào)通路異常與胃癌的發(fā)生也存在密切相關(guān),高表達(dá)Brd2、Brd3的胃癌患者總體生存率明顯下降,這可能和其調(diào)控細(xì)胞染色質(zhì)乙酰化密切相關(guān)[5];Irf2bp1可通過增強(qiáng)泛素化進(jìn)程調(diào)控胃癌相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄活性,進(jìn)而調(diào)控細(xì)胞的凋亡[6];Acvr1屬于TGF-b超家族成員,在調(diào)節(jié)胃癌細(xì)胞生長上發(fā)揮重要作用[7]。研究表明,NOTCH信號(hào)通路與胃癌細(xì)胞分化、凋亡、增殖密切相關(guān),Sfpq和Nono作為該通路中的兩個(gè)重要蛋白,能夠相互作用形成異二聚體增強(qiáng)斷裂DNA重新修復(fù),其缺失將導(dǎo)致S期細(xì)胞的異常積累而導(dǎo)致癌癥的發(fā)生[8]。此外,Optn、Myo15、Tubb2a、Tubb3和Tubb4b主要參與了微管相關(guān)運(yùn)動(dòng),這也與Rab25介導(dǎo)囊泡轉(zhuǎn)運(yùn)的基本功能相關(guān)。

      研究表明,Itgb1作為整合素家族的重要成員,通過促進(jìn)基質(zhì)金屬蛋白酶的分泌和活化,降解細(xì)胞外基質(zhì),在多種腫瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移過程中起到重要作用[9]。腫瘤細(xì)胞中過表達(dá)Rab25將加快細(xì)胞膜上整合素回收,導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞的侵襲和轉(zhuǎn)移[10]。這些研究提示Rab25和Itgb1可能在胃癌細(xì)胞的生物學(xué)功能上存在聯(lián)系,而質(zhì)譜結(jié)果也表明Rab25和Itgb1有可能有相互作用。為了進(jìn)一步確認(rèn)數(shù)據(jù)的可靠性,我們通過免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)證明了Itgb1和Rab25相互作用的真實(shí)性,并通過Transwell試驗(yàn)證實(shí)了Rab25和Itgb1協(xié)同促進(jìn)胃癌細(xì)胞侵襲。

      本研究為深入了解Rab25及其相互作用蛋白在胃癌中的作用機(jī)制提供新的思路和方法,以期為胃癌的治療提供理論依據(jù)。

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      (2017-03-02收稿 2017-04-10修回)

      (責(zé)任編輯 武建虎)

      Identification and functional analysis of Rab25-interacting proteins in gastric cancer cells

      WANG Yicheng1and LI Yuanyuan2.

      1. Department of Servicemen,Chongqing Municipal Corps Hospital,Chinese People’s Armed Police Force, Chongqing 400061,China;2.Air Force Aviation Medicine Identification and Training Center, Dalian 116013, China

      Objective To identify Rab25-interacting proteins in gastric cancer cells using tandem affinity purification-mass spectrometry (TAP-MS).Methods An SGC7901 cell strain that could stably express Rab25 was constructed using a StrepII-6His-EGFP-Rab25 expressing plasmid by lentivirus transfection technology. After StrepII-6His tandem affinity purification, mass spectrometry was carried out to analyze the interaction protein complex of Rab25. To further verify their interactions, a protein-protein network was constructed and the authenticity of interactions was verified by co-immunoprecipitation in gastric cancer cells.Results A total of 26 Rab25 interacting proteins were identified by TAP-MS technique, which were enriched in the cancer process, apoptosis, NOTCH-mediated pathway and microtubule-based movement. Co-immunoprecipitation analysis confirmed that Itgb1 interacted with Rab25, and that they collaborated to promote the invasion of SGC7901 cells according to Transwell invasion assays.Conclusions This study helps to draw a detailed map of Rab25 interactions and provides clues for treatment of gastric cancer.

      gastric cancer; Rab25; protein-protein interaction; tandem affinity purification; mass spectrometry

      王一丞,碩士,醫(yī)師。

      1.400061,武警重慶總隊(duì)醫(yī)院軍人病區(qū);2.116013,空軍大連航空醫(yī)學(xué)鑒定訓(xùn)練中心

      R34;R735.2

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