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      fMRI血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)模型的參數(shù)敏感性分析及優(yōu)化*

      2017-10-29 09:03:02楊增宇蔣文濤陳宇
      生物醫(yī)學(xué)工程研究 2017年4期
      關(guān)鍵詞:響應(yīng)函數(shù)敏感度遺傳算法

      楊增宇,蔣文濤,陳宇

      (四川大學(xué)工程力學(xué)系,成都610065)

      1 引 言

      近年來(lái),功能磁共振成像(fMRI)已經(jīng)成為研究大腦動(dòng)作方式的首要選擇方法[1-3]。其原理主要是,BOLD-FMRI圖像以體素為單位把神經(jīng)元活動(dòng)引起的生理活動(dòng)記錄下來(lái),針對(duì)每個(gè)體素,我們觀(guān)測(cè)得到的FMRI數(shù)據(jù)相當(dāng)于一個(gè)時(shí)間序列,如果將神經(jīng)元的活動(dòng)引起的生理活動(dòng)的變化統(tǒng)稱(chēng)為神經(jīng)活動(dòng)的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng),那么可以采用如下的方式來(lái)描述:觀(guān)測(cè)到的體素時(shí)間序列=血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)+漂移+噪聲[4]。因此,要探究fMRI數(shù)據(jù)與神經(jīng)活動(dòng)的關(guān)系,研究血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)是關(guān)鍵。如果用X(t)表示血流動(dòng)力學(xué)響應(yīng),u(t)表示神經(jīng)活動(dòng),h(t)表示相應(yīng)的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù),那么在線(xiàn)性時(shí)不變系統(tǒng)模型[5-6]中 X(t),u(t),h(t)之間的關(guān)系可以表示為:X(t)=u(t)×h(t),即血流動(dòng)力學(xué)響應(yīng)等于神經(jīng)活動(dòng)與血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)的卷積。因此一旦對(duì)血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)有了相當(dāng)?shù)恼J(rèn)識(shí)就可以預(yù)測(cè)由某種神經(jīng)活動(dòng)模式所導(dǎo)致的血流動(dòng)力學(xué)響應(yīng)進(jìn)而得到體素時(shí)間序列,實(shí)現(xiàn)fMRI成像功能。

      2 標(biāo)準(zhǔn)血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)模型

      由于血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)直接影響觀(guān)測(cè)的體素時(shí)間序列,所以對(duì)于血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)的研究具有重要意義。目前三參數(shù)gamma函數(shù)形式是fMRI數(shù)據(jù)處理的研究中應(yīng)用最為廣泛的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)之一。1994年Friston等[7]提出可以用gamma函數(shù)的形式來(lái)表征血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù),在此基礎(chǔ)上Cohen[8]于1996年提出了三參數(shù)形式的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型:

      眾多研究[9]已經(jīng)表明上述標(biāo)準(zhǔn)的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型在描述和預(yù)測(cè)血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)時(shí)具有一定的合理性和有效性,然而由于在實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)擬合時(shí)未考慮參數(shù)間的耦合作用,導(dǎo)致得到的函數(shù)模型在求解精度和擬合效果上都并非最優(yōu),迄今國(guó)內(nèi)外針對(duì)血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)的研究幾乎沒(méi)有對(duì)該三參數(shù)模型進(jìn)行相應(yīng)的優(yōu)化處理工作。本研究將以此模型為基本框架,通過(guò)擬合實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)值對(duì)其進(jìn)行優(yōu)化。

      3 參數(shù)敏感性分析

      由3參數(shù)控制的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)模型,由于各參數(shù)對(duì)最終信號(hào)響應(yīng)值的影響程度是不同的:影響大的參數(shù)即使有微小攝動(dòng),都會(huì)引起流動(dòng)應(yīng)力的較大波動(dòng),甚至吞沒(méi)了其他相對(duì)不敏感參數(shù)的作用。因此,有必要對(duì)由實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)確定的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)模型的參數(shù)進(jìn)行敏感度分析。

      3.1 參數(shù)敏感度分析方法

      拉丁超立方抽樣(LHS)是一種均勻空間抽樣方法,最早于1979年由simpson等提出,具有抽樣次數(shù)較少、可有效避免重復(fù)抽樣等特點(diǎn),適用于對(duì)復(fù)雜的多維參數(shù)空間抽樣[10]。抽樣過(guò)程如下:

      (1)設(shè)變量X的取值范圍為[a,b],所需抽取的樣本個(gè)數(shù)為n。

      (2)將X的取值范圍[a,b]等概率的分為 n個(gè)區(qū)間,并在每個(gè)區(qū)間中隨機(jī)的抽取一個(gè)數(shù)作為Xi的一個(gè)樣本值,將所取的值進(jìn)行隨機(jī)排列,由此可得到關(guān)于Xi的樣本容量為n的樣本序列:{x1,x2,x3……xn}。

      (3)對(duì)于m維參數(shù)空間(即含有m個(gè)變量)的抽樣,則是對(duì) m個(gè)變量(X1,X2,X3……Xm)均進(jìn)行步驟1和步驟2,得到m個(gè)樣本序列。

      (4)對(duì)m個(gè)樣本序列各取一個(gè)值即可獲得一個(gè)m維的樣本參數(shù)集,共可得到n個(gè)m維的樣本參數(shù)集,見(jiàn)表1,此即完成了拉丁超立方抽樣的全過(guò)程。

      表1 多參數(shù)LHS抽樣樣本參數(shù)集Table 1 Sample parameter set of Multi parameter LHS sampling

      Spearman秩相關(guān)系數(shù)是一個(gè)非參數(shù)性質(zhì)(與分布無(wú)關(guān))的秩統(tǒng)計(jì)參數(shù)[11],由 Spearman在1904年提出,用于度量?jī)蓚€(gè)隨機(jī)變量之間的相關(guān)方向與密切程度,在統(tǒng)計(jì)學(xué)中,Spearman秩相關(guān)系數(shù)一般由希臘字母ρs表示。設(shè)變量X的樣本集為{x1,x2,x3……xn},將其按照從大到小的順序進(jìn)行排列,得到一個(gè)有序序列{x1′,x2′,x3′……xn′}。定義原始 xi在新的有序序列{x1′,x2′,x3′……xn′}中所占的位置Ki為 xi在樣本集{x1,x2,x3……xn}中的秩。設(shè)與 X對(duì)應(yīng)的變量Y的樣本參數(shù)集為{y1,y2,y3……yn}。設(shè) xk在{x1,x2,x3……xn}中的秩為 αk,yk在{y1,y2,y3……yn}中的秩為 βk,則相應(yīng)的 spearman秩相關(guān)系數(shù)的計(jì)算公式為:

      Spearman秩相關(guān)系數(shù)即反映了該參數(shù)的敏感度[8]。

      3.2 參數(shù)敏感度分析結(jié)果

      對(duì)模型參數(shù)(k、n、m)進(jìn)行超立方抽樣,形成 p個(gè)3維的樣本參數(shù)集,見(jiàn)表2,每個(gè)參數(shù)集對(duì)應(yīng)一個(gè)具體血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型。

      表2 血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)模型的LHS抽樣樣本參數(shù)集Table 2 LHS sampling parameter set of hemodynamic response model

      將所得到的各個(gè)樣本參數(shù)集的參數(shù)帶入模型中,依據(jù)文獻(xiàn)[8]中實(shí)驗(yàn)的時(shí)間節(jié)點(diǎn)值計(jì)算出相應(yīng)的信號(hào)強(qiáng)度h*,而文獻(xiàn)[8]中實(shí)驗(yàn)測(cè)得的信號(hào)強(qiáng)度為h,根據(jù)最小二乘擬合的原理,計(jì)算目標(biāo)函數(shù)值W,依據(jù)spearman秩的定義和式(1),利用所得的 W值分別和相應(yīng)的 k、n、m值計(jì)算spearman秩相關(guān)系數(shù),從而得到參數(shù)敏感度,見(jiàn)表3。

      表3 模型參數(shù)敏感度統(tǒng)計(jì)表Table 3 Statistics of model parameter sensitivity

      由表3中數(shù)據(jù)可知:(1)當(dāng)各參數(shù)的取值范圍一定時(shí),響應(yīng)函數(shù)的參數(shù)敏感性估計(jì)受抽樣次數(shù)的影響,并且抽樣次數(shù)越大,各參數(shù)的敏感度越趨于穩(wěn)定。所以為了取得較真實(shí)、較準(zhǔn)確的模型參數(shù)敏感度,應(yīng)將抽樣次數(shù)取得足夠大,以保證所得到的敏感性分析結(jié)果有效性及合理性。當(dāng)抽樣次數(shù)由500次增加至1 000次時(shí)參數(shù)敏感度波動(dòng)很小,故可認(rèn)為500次抽樣結(jié)果已經(jīng)足夠穩(wěn)定,能夠代表樣本特征,此時(shí)的數(shù)據(jù)具有分析和應(yīng)用價(jià)值。(2)當(dāng)保持參數(shù)k、m取值范圍以及抽樣次數(shù)一定(均為500次),只改變參數(shù)n的取值范圍時(shí),各參數(shù)敏感度均存在較大的波動(dòng),故各參數(shù)敏感度不僅與其自身的取值范圍有關(guān),還與其他參數(shù)的取值范圍相關(guān),即模型參數(shù)間的耦合作用對(duì)分析結(jié)果的影響很大。(3)三個(gè)參數(shù)k、m、n中,m和 n的參數(shù)敏感度相當(dāng),而 k的參數(shù)敏感度較小,與m、n相比有很大差異。即m、n對(duì)目標(biāo)函數(shù)的影響較大,為了使各個(gè)參數(shù)都有相當(dāng)?shù)膮?shù)敏感度,應(yīng)該使各個(gè)參數(shù)對(duì)目標(biāo)函數(shù)的spearman秩相關(guān)系數(shù)都接近0.333,然而這樣又會(huì)將k值的取值區(qū)間設(shè)置得過(guò)小,不利于后續(xù)的優(yōu)化搜索工作,故我們?nèi)”碇衚、m、n參數(shù)敏感度最接近的情況,即取初始取值區(qū)間為:k:[0,10]m:[0,40]n:[-20,20]

      4 優(yōu)化與分析

      4.1 模型優(yōu)化算法—遺傳算法

      遺傳算法是一種模仿生物的遺傳進(jìn)化原理,通過(guò)選擇、交叉與變異等操作機(jī)制,使種群中個(gè)體的適應(yīng)性不斷提高,從而找到問(wèn)題的滿(mǎn)意解或最優(yōu)解的仿生全局優(yōu)化算法[12]。

      遺傳算法基本流程框見(jiàn)圖1。在參數(shù)的初始取值區(qū)間范圍內(nèi)隨機(jī)取值,作為一個(gè)個(gè)體,將所有初始個(gè)體組成的群體稱(chēng)為初始種群,對(duì)初始種群中每個(gè)個(gè)體進(jìn)行二進(jìn)制編碼,所得到的二進(jìn)制字符串通常稱(chēng)為該個(gè)體的“染色體”;設(shè)置合理的適應(yīng)度函數(shù),計(jì)算初始種群的適應(yīng)度值,并進(jìn)行是否終止進(jìn)化的判斷;對(duì)于種群需要多次進(jìn)化才能滿(mǎn)足求解要求的問(wèn)題,對(duì)上一代種群進(jìn)行選擇(輪盤(pán)賭方法選擇新一代進(jìn)化種群)、交叉(兩兩個(gè)體之間按照交叉概率交換他們的部分染色體片段)、變異(每個(gè)個(gè)體按照變異概率改變某一個(gè)或某些基因座上的基因值為其它的等位基因)等運(yùn)算得到新一代種群,并判斷是否滿(mǎn)足終止進(jìn)化條件。

      4.2 模型優(yōu)化分析

      根據(jù)參數(shù)敏感性分析結(jié)果,對(duì)模型中的3個(gè)參數(shù)給定初始取值區(qū)間:k:[0,10],m:[0,40],n:[-20,20],利用matlab平臺(tái)編寫(xiě)遺傳算法程序,以文獻(xiàn)[8]中實(shí)驗(yàn)值為基礎(chǔ),分別取遺傳代數(shù)為50、100、500、1 000對(duì)模型參數(shù)進(jìn)行最優(yōu)值求解,最終,求得使目標(biāo)函數(shù)W(x)最小時(shí)所對(duì)應(yīng)的參數(shù)即響應(yīng)模型:

      圖1 遺傳算法基本流程框圖Fig 1 Basic flow diagram of genetic algorithm

      50代:[k,m,n]=[21.654,1.878,-0.891]h(t)=21.654t1.878e-0.891t

      100代:[k,m,n]=[17.017,7.393,-2.358]h(t)=17.017t7.393e-2.358t

      500代:[k,m,n]=[2.095,6.699,-1.538]h(t)=2.095t6.699e-1.538t

      1000代:[k,m,n]=[0.518,7.780,-1.601]h(t)=0.518t7.780e-1.601t

      2000代:[k,m,n]=[0.457,8.460,-1.804]h(t)=0.457t8.460e-1.804t

      將所得模型與文獻(xiàn)[8]中實(shí)驗(yàn)值進(jìn)行擬合效果比較:

      圖2 不同遺傳代數(shù)擬合效果比較Fig 2 Comparison of fitting effect inthe different genetic algebra

      由圖2可知隨著遺傳代數(shù)的增加,通過(guò)優(yōu)化搜索所得的模型的擬合效果越來(lái)越好;算法顯示出較快的收斂性,當(dāng)遺傳代數(shù)為100代時(shí)所得模型已經(jīng)初步具有實(shí)驗(yàn)值曲線(xiàn)的輪廓;當(dāng)遺傳代數(shù)多于1 000代時(shí),代與代之間差距較小,已經(jīng)接近最優(yōu)的模型曲線(xiàn)。

      4.3 模型優(yōu)化結(jié)果

      取遺傳代數(shù)為2500代(可以認(rèn)為此時(shí)目標(biāo)函數(shù)已收斂到最小值),進(jìn)行遺傳算法最優(yōu)搜索,得到優(yōu)化的模型為:

      而根據(jù)文獻(xiàn)[8]中實(shí)驗(yàn)值,由Cohen利用最小二乘法確定的三參數(shù)形式的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型為:

      圖3 Cohen模型與本研究模型的比較Fig 3 Comparison of the Cohen model with the model presented in this study

      由圖3可知Cohen模型與本研究所建立的模型都能夠描述相應(yīng)的血流動(dòng)力學(xué)響應(yīng),但是本研究所建立的模型能夠更加貼合實(shí)驗(yàn)曲線(xiàn),具有更高的求解精度與更好的擬合效果。

      5 經(jīng)典算例分析

      為了說(shuō)明優(yōu)化的響應(yīng)模型能夠較好的描述與預(yù)測(cè)由神經(jīng)活動(dòng)(u)所引起的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)(X),本研究以一個(gè)OFF-ON任務(wù)為例,任務(wù)數(shù)據(jù)取自文獻(xiàn)[13]Savoy及其學(xué)生做的視覺(jué)閃光實(shí)驗(yàn),實(shí)驗(yàn)采用方波刺激,有交替的45 s的刺激和休息時(shí)間,實(shí)驗(yàn)記錄下fMRI信號(hào)隨時(shí)間的變化過(guò)程。利用Cohen模型以及所得到的優(yōu)化后的響應(yīng)模型式(4)來(lái)進(jìn)行比較與驗(yàn)證,可以得到圖4的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng),圖中灰色區(qū)域表示刺激期,白色區(qū)域表示休息期,連續(xù)曲線(xiàn)為神經(jīng)活動(dòng)(此處為δ(t)階躍函數(shù))和響應(yīng)函數(shù)的卷積的形成的響應(yīng)預(yù)測(cè)曲線(xiàn)??梢钥吹?,(1)響應(yīng)信號(hào)相對(duì)任務(wù)的開(kāi)始時(shí)間有一定的延遲,在任務(wù)結(jié)束后也需要一定的時(shí)間回到基線(xiàn)水平,這與通常觀(guān)測(cè)到的fMRI信號(hào)特點(diǎn)是吻合的。(2)與傳統(tǒng)的Cohen模型相比較,本研究所得優(yōu)化模型能夠更好描述和預(yù)測(cè)由神經(jīng)活動(dòng)所引起的血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng),所得結(jié)果更加接近真實(shí)值。

      圖4 OFF-ON任務(wù)響應(yīng)圖Fig 4 OFF-ON task response diagram

      6 結(jié)論

      血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型參數(shù)的敏感度受其他參數(shù)的取值范圍的影響,故不能單獨(dú)研究某一材料參數(shù)的敏感度,表明本研究的LHS和spearman秩相關(guān)結(jié)合的整體分析方法對(duì)于該問(wèn)題是適合的。本研究采用參數(shù)敏感度估計(jì)搜索區(qū)域和遺傳算法結(jié)合的方法能夠很好的實(shí)現(xiàn)血液動(dòng)力學(xué)響應(yīng)函數(shù)模型的參數(shù)識(shí)別。所用于最優(yōu)化處理的遺傳算法具有較好的收斂性與普適性。建立的優(yōu)化模型能夠很好的描述和預(yù)測(cè)由神經(jīng)活動(dòng)引起的血流動(dòng)力學(xué)響應(yīng),所得到的預(yù)測(cè)曲線(xiàn)與通常觀(guān)測(cè)到的fMRI數(shù)據(jù)特點(diǎn)吻合。此外,本研究建立的優(yōu)化模型在求解精度和擬合效果上較傳統(tǒng)的Cohen模型有一定的提高。

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