2002年，醫(yī)院在全國率先創(chuàng)立新生兒轉運新模式。2008年，納入原上海市衛(wèi)生局建設危重新生兒救治中心的統(tǒng)一部署，以先進的服務理念和完善的服務流程，率先建立國內領先、符合國際先進理念的“院前評估-院際轉運-急診-新生兒重癥監(jiān)護室”新生兒救治網(wǎng)絡。依靠“政府部門監(jiān)管、專業(yè)機構質控、醫(yī)療機構負責和社會組織參與”的有效聯(lián)動機制，該網(wǎng)絡已成為有力保障新生兒健康的“生命之網(wǎng)”。16年來，醫(yī)院共轉運危重新生兒近萬余例，承擔上海市9個區(qū)的常規(guī)轉運工作，并輻射華東地區(qū)乃至全國。

醫(yī)院于2016年率先成立國內首個診斷不明疾病診治中心，依托分子遺傳診斷中心、精準醫(yī)學中心、轉化醫(yī)學技術等，使得4500多例兒童疑難罕見病得以確診，還發(fā)現(xiàn)膽汁淤積癥等的新的致病基因，達到國際先進水平。醫(yī)院自2014年起在全國率先探索兒科醫(yī)聯(lián)體模式，先后成立由復旦大學10家附屬醫(yī)院組建的兒科橫向醫(yī)聯(lián)體和覆蓋閔行區(qū)內所有13家社區(qū)衛(wèi)生服務中心、3家綜合醫(yī)院兒科的縱向兒科區(qū)域醫(yī)聯(lián)體。通過“三個平移”（管理平移、技術平移、品牌平移）和“四個統(tǒng)一”（統(tǒng)一的醫(yī)療安全和質量要求、統(tǒng)一的醫(yī)療服務模式、統(tǒng)一的學科發(fā)展規(guī)劃、統(tǒng)一的信息化共享系統(tǒng)），推進區(qū)域兒科協(xié)同發(fā)展，引導兒童就近有序就醫(yī)。