隨著農(nóng)村土地確權(quán)工作的深入開展，工作中的難點、熱點問題逐漸顯現(xiàn)，這些問題的存在，一方面增加了農(nóng)村土地確權(quán)工作的難度，直接影響農(nóng)村土地確權(quán)工作進(jìn)度；另一方面這些問題如果得不到很好的解決，不僅確權(quán)工作難以順利開展，還會影響到農(nóng)村社會的穩(wěn)定。這些難點問題總結(jié)起來主要是：

土地承包關(guān)系復(fù)雜，矛盾糾紛多。農(nóng)村土地承包關(guān)系錯綜復(fù)雜，實行農(nóng)村土地家庭承包經(jīng)營30多年來，各方面原因積累形成的土地糾紛普遍存在，如村與村之間、組與組之間、農(nóng)戶與農(nóng)戶之間、相鄰單位與村、組、農(nóng)戶之間，等等。隨著農(nóng)村土地確權(quán)工作的開展，這些矛盾糾紛被擺在了面前，農(nóng)民群眾紛紛要求政府先解決這些土地糾紛之后再進(jìn)行確權(quán)，但因部分矛盾糾紛屬歷史遺留問題，存疴已久，很難解決，而糾紛解決不了，群眾則不同意確權(quán)，這部分土地的確權(quán)工作就很難開展。

村民拿到農(nóng)村土地承包經(jīng)營權(quán)證書

原承包面積與實測面積存在差異。上世紀(jì)80年代初開始實行家庭承包經(jīng)營時，由于受當(dāng)時的測量條件限制，分田分地時使用的大都是筆尺、繩子，甚至是竹竿之類的群眾認(rèn)可的測量工具，對一些田頭地尾等耕種條件不好的地塊，則采取估算畝數(shù)的方式，確定承包地的面積。而這次開展的農(nóng)村土地確權(quán)工作，對農(nóng)戶所承包的土地全部重新進(jìn)行實測，利用航拍形成的正射影像，確定空間位置和面積，再由專業(yè)測繪公司現(xiàn)場勘測，最終以實測的面積進(jìn)行確權(quán)。這樣一來，實測的面積與農(nóng)戶原二輪延包證書上所記載的面積就存在一定誤差。由于廣西地屬山區(qū)，土地不平整，存在很多“手指地”，經(jīng)過30多年的耕種，地塊的面積、形狀與剛分到戶時發(fā)生了很大的變化，實測面積和原承包證書上的面積相差很大，而且每個農(nóng)戶、每個地塊的誤差都不一樣，有的多，有的少，群眾意見不一，分歧很大。

開荒地和未上證地塊的鑒別問題。上世紀(jì)80年代初期開始實行家庭承包經(jīng)營時，很多農(nóng)戶為了少交或不交公購糧（后改為農(nóng)業(yè)稅）、村提留、鄉(xiāng)統(tǒng)籌等費用，存在部分土地雖已分給農(nóng)戶承包耕種但卻不記入承包證書的情況。隨著農(nóng)業(yè)稅、村提留、鄉(xiāng)統(tǒng)籌等費用的取消以及農(nóng)村土地價值越來越高，農(nóng)村土地確權(quán)中，農(nóng)戶紛紛要求將這部分未上證的耕地一并進(jìn)行確權(quán)，部分農(nóng)戶甚至將開荒地也作為這部分未上證的耕地一并要求進(jìn)行確權(quán)。由于開荒地不在此次確權(quán)的范圍，但那部分已分給農(nóng)戶而未上證的耕地與開荒地很難區(qū)分，無法按群眾的意愿進(jìn)行確權(quán)。

戶口遷出人員的承包地處置問題。農(nóng)村土地實行家庭承包經(jīng)營30多年來，已進(jìn)入第二輪延包期，承包耕地的家庭或家庭成員發(fā)生了很大的變化，很多農(nóng)戶已將部分家庭成員或全部成員的戶口遷出，不再是原集體經(jīng)濟(jì)組織成員了，歸納起來有以下幾種情況：因?qū)W習(xí)、工作的需要，農(nóng)戶部分或全部家庭成員已農(nóng)轉(zhuǎn)非；農(nóng)戶從經(jīng)濟(jì)較落后的村屯遷到經(jīng)濟(jì)發(fā)展較好的村屯；因考取國家公職人員后將戶口遷出到工作所在的城鎮(zhèn)或市區(qū)；因城鎮(zhèn)化建設(shè)全戶遷出到小城鎮(zhèn)落戶；因外出務(wù)工經(jīng)商購房戶口遷出；因婚嫁將戶口遷出到發(fā)包方以外的其他村屯，甚至外縣、外省的城市；全戶消亡、承包主體滅失，等等。這些戶口的變遷，有的按政策規(guī)定可收回承包地，有的按政策規(guī)定可不收回承包地。隨著城市建設(shè)的發(fā)展，國家征用土地的范圍不斷擴(kuò)大，地處城區(qū)農(nóng)村的土地價值也越來越高，在這次開展的農(nóng)村土地確權(quán)工作中，很多以前戶口已遷出并按政策規(guī)定承包地已被發(fā)包方即集體經(jīng)濟(jì)組織收回的農(nóng)戶，紛紛回原籍要求歸還其原承包地，與村、組集體經(jīng)濟(jì)組織、原家庭成員、現(xiàn)土地承包戶產(chǎn)生很多糾紛，給當(dāng)?shù)氐耐恋卮_權(quán)工作帶來很大壓力。據(jù)統(tǒng)計，廣西柳州市柳北區(qū)自開展農(nóng)村土地確權(quán)工作以來，上述人員來訪占總來訪人次的80%以上，工作人員花了大量精力和時間來解答、調(diào)查、協(xié)調(diào)解決此類問題。

土地流轉(zhuǎn)后小塊變大塊的問題。因農(nóng)村土地流轉(zhuǎn)或農(nóng)業(yè)規(guī)?；?jīng)營、土地整理（小塊變大塊）等原因，原來家庭承包經(jīng)營的土地通過出租、入股、轉(zhuǎn)包等方式流轉(zhuǎn)到企業(yè)、合作社進(jìn)行連片經(jīng)營。由于地塊邊界已消失，有的用途甚至已發(fā)生改變，而且連片流轉(zhuǎn)或土地整理后實測面積和原承包證書上面積相差很大，群眾對這部分土地的分割意見分歧很大。如在一些村屯建設(shè)的花卉生產(chǎn)基地、水果生產(chǎn)基地、菜籃子工程生產(chǎn)基地等，這些生產(chǎn)基地范圍內(nèi)一些農(nóng)戶的承包地流轉(zhuǎn)后有的還是耕地，有的已變成基地道路或基礎(chǔ)設(shè)施用地，難以恢復(fù)原狀，如何進(jìn)行確權(quán)，群眾意見難以統(tǒng)一，確權(quán)工作難以開展。

農(nóng)戶承包地互換后出現(xiàn)的問題。農(nóng)村土地開始實行承包經(jīng)營時，為了公平起見，基本上是每個地類都按人口均分到每個農(nóng)戶，所以農(nóng)戶承包經(jīng)營證書上登記的地塊都比較零散。為了便于耕種，很多農(nóng)戶之間將承包地進(jìn)行了互換，有同一發(fā)包方內(nèi)互換的，也有不同發(fā)包方之間互換的。這種互換都有一個共性，就是農(nóng)戶之間比較熟悉，承包地互換時，沒有書面協(xié)議，一般都口頭約定。30多年過去后，很多農(nóng)戶外出務(wù)工，承包地出現(xiàn)了撂荒或土地流轉(zhuǎn)造成耕地邊界消失的現(xiàn)象，再加上承包戶家庭成員的變化（原戶主年事已高或已去世，年輕人不再種地），農(nóng)戶之間互換的承包地邊界、位置等已無法說清道明。這次土地確權(quán)時，就出現(xiàn)了不少問題，一是進(jìn)行實地勘測時，現(xiàn)承包證上登記的地塊無法和實測的地塊相對應(yīng)，出現(xiàn)證上有的地塊而實地沒有，實地有的而證上又沒有。二是老一輩互換后的承包地現(xiàn)在年輕一輩不同意再互換要求換回，但互換后的地塊有的已被國家征用并獲得了補償，現(xiàn)在無法換回，雙方意見不一。

這些問題都是確權(quán)工作中的難點問題，需要花費人力、時間去解決，這些問題不解決，一些農(nóng)戶就不簽字確認(rèn)，農(nóng)戶不簽字確認(rèn)，相關(guān)的確權(quán)程序就無法繼續(xù)下去，確權(quán)工作進(jìn)度會受到不同程度影響。