陶恩威,高琴琰
上海交通大學醫(yī)學院附屬仁濟醫(yī)院消化內(nèi)科,上海200001
腫瘤是指機體在各種致瘤因素下,局部組織細胞增生所形成的贅生物,在某些情況下會發(fā)展成為惡性腫瘤,嚴重危害人類的健康。但腫瘤的發(fā)生發(fā)展過程極為復雜,目前普遍認為與癌基因、表觀遺傳學、非編碼RNA、微環(huán)境、免疫及細胞代謝等有著密切的關(guān)系。近年來,越來越多的研究表明非編碼RNA在腫瘤發(fā)生發(fā)展、診斷及治療中有著重要作用,特別是微小RNA(microRNA,miRNA)[1]和長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)[2]。隨著研究的深入,轉(zhuǎn)運RNA(tRNA)及其相關(guān)片段作為一類新型的小分子非編碼RNA,也逐漸受到人們的關(guān)注。人們發(fā)現(xiàn)這類小分子RNA與人類疾病密切相關(guān),特別是在腫瘤中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。因此,本文根據(jù)最新的一些研究,著重論述tRNA及其相關(guān)片段與腫瘤之間的關(guān)系。
tRNA長度為74~93個核苷酸,占細胞核內(nèi)總RNA的4%~10%,通常被認為是蛋白質(zhì)翻譯過程中氨基酸的轉(zhuǎn)運體,但是越來越多的研究發(fā)現(xiàn)tRNA及其相關(guān)片段與組織氧化應激損傷[3]、腫瘤的發(fā)生發(fā)展[4-5]、神經(jīng)系統(tǒng)病變[6]、感染[7]等都有著密切的關(guān)系。
在人類基因組中,有513種編碼tRNA的基因,可以編碼49種同工tRNA[8]。在真核細胞中,RNA聚合酶Ⅲ在核內(nèi)通過識別tRNA基因區(qū)上特定序列進行轉(zhuǎn)錄形成前體tRNA,然后經(jīng)過復雜的剪切加工、堿基修飾及構(gòu)型改變形成具有“三葉草”特殊結(jié)構(gòu)的tRNA[9]。核內(nèi)成熟的tRNA進入細胞質(zhì),在同源氨基酰-tRNA合成酶的催化下,結(jié)合相對應的氨基酸,并在延伸因子eEF1(原核生物為EF-Tu)的作用下進入核糖體,識別特定mRNA上的密碼子,然后將攜帶的氨基酸轉(zhuǎn)移到肽鏈上[10],完成其在蛋白質(zhì)合成過程中“適配器”的重要功能。
tRNA相關(guān)片段在很長一段時間內(nèi)被人們認為是tRNA形成過程中的副產(chǎn)品,但隨著基因技術(shù)的高速發(fā)展和深入研究,其潛在生物學功能逐漸顯現(xiàn)出來,并且越來越受到關(guān)注。目前研究認為,tRNA相關(guān)片段來源于前體tRNA或成熟tRNA在特定的情況下被特異性核酸內(nèi)切酶剪切后的產(chǎn)物,主要可分為兩類:半tRNA halves,tiRNA(tRNA)和小tRNA片段(small tRNA fragments,tRF)[11]。這些小分子RNA片段類似于miRNA、環(huán)狀RNA(circRNA)、Piwi-interacting RNA(piRNA),在細胞的生命活動中,具有一定的調(diào)節(jié)作用,甚至有些小分子在過去一直被誤認為是miRNA,例如miRNA-1274、miRNA-1280、miRNA-720等[12]。
tiRNA是在多種應激條件下,由特定的核糖核酸酶(血管生成素,酵母中稱為RNY1)對成熟tRNA的反密碼子環(huán)特異性切割產(chǎn)生,其長度為29~50個核苷酸,且根據(jù)tiRNA序列的特點,可分為2個亞類:3'tiRNA、5'tiRNA[13]。tRF是各種核糖核酸酶(RNase、Dicer等)對tRNA作用的產(chǎn)物,相比于tiRNA,長度稍短,長度為14~30個核苷酸,可分為3個亞類:tRF-1、tRF-3、tRF-5[14]。來源于前體tRNA的3'-UTR區(qū)、3'末端含有多聚U序列的tRF稱為tRF-1;來源于成熟tRNA 3'端到TψC環(huán)附近的tRF稱為tRF-3,由于TψC環(huán)上酶切位點差異,tRF-3可以繼續(xù)分為tRF-3a、tRF-3b;來源于成熟tRNA 5'端到D環(huán)附近的tRF稱為tRF-5,由于D環(huán)上酶切位點差異,tRF-5可以繼續(xù)分為tRF-5a、tRF-5b、tRF-5c[15];有學者認為還存在第四類tRF小分子:內(nèi)部tRNA片段(i-tRF),不同于之前的三類,其主要來自成熟tRNA的中間區(qū)域,包含反密碼子環(huán)[16]。
tRNA最初被人們認為只是作為“適配器”單純地參與基因表達,而不對其進行調(diào)控,但是近些年來,大量的研究表明,tRNA的含量在正常組織與腫瘤組織間存在明顯的差異,這可能表示tRNA的表達水平與腫瘤有密切的關(guān)系。Pavon-Eternod等[4]利用基因芯片技術(shù),發(fā)現(xiàn)乳腺癌組織細胞核和線粒體中tRNA的表達水平相較于正常乳腺組織均明顯升高;Zhou等[17]也利用同樣的技術(shù),發(fā)現(xiàn)多發(fā)性骨髓瘤細胞中tRNA的表達水平高于正常骨髓細胞。這些在腫瘤中異常表達的tRNA引起了科學家們的廣泛關(guān)注,它們是否是腫瘤發(fā)生的原因?其具體的作用機制又是如何?
研究發(fā)現(xiàn),tRNA會影響細胞的生命代謝甚至導致腫瘤的發(fā)生和轉(zhuǎn)移。tRNAimet是真核細胞內(nèi)參與啟動翻譯的復合物,Pavon-Eternod等[18]發(fā)現(xiàn)tRNAimet會影響整個tRNA的表達譜,以及使人乳腺上皮細胞的代謝和增殖能力加強。Ladang等[19]發(fā)現(xiàn)在小鼠的大腸癌模型中,延伸復合體3(elongator complex protein 3,ELP3)發(fā)揮著重要的作用,進一步發(fā)現(xiàn)ELP3可以使tRNA的34號位點的尿苷發(fā)生結(jié)構(gòu)修飾,從而促進蛋白SOX9(Wnt通路相關(guān)蛋白)的合成,導致腫瘤的發(fā)生。
Birch等[20]發(fā)現(xiàn)tRNAimet可以促進黑色素瘤的轉(zhuǎn)移,作用機制可能與整合素α5β1及其構(gòu)成的翻譯起始復合體有關(guān)。Delaunay等[21]發(fā)現(xiàn)ELP3和CTU1/2可以對tRNA的34號位點的尿苷進行結(jié)構(gòu)修飾,促進原癌蛋白DEK的合成,繼而導致原癌基因LEF1的轉(zhuǎn)錄增加,最終促進乳腺癌細胞的轉(zhuǎn)移。除此之外,Goodarzi等[5]發(fā)現(xiàn)人類乳腺癌中某些tRNA表達水平的上升會導致腫瘤細胞的轉(zhuǎn)移能力增強,究其原因,發(fā)現(xiàn)在高轉(zhuǎn)移性細胞組中有兩種tRNA:tRNAArgCCG和tRNAGluUUC,無論是在前體tRNA水平還是在成熟tRNA水平都明顯高于正常細胞組和低轉(zhuǎn)移性細胞組;而且進一步的機制研究發(fā)現(xiàn)tRNAGluUUC可以通過上調(diào)EXOSC2和GRIPAP1靶基因促進腫瘤細胞的轉(zhuǎn)移,直接說明了tRNA不僅參與基因的表達,還可以調(diào)控基因的表達。
tRNA除了可以促進腫瘤的發(fā)生和轉(zhuǎn)移,還可以抑制腫瘤的形成。Zhou等[22]發(fā)現(xiàn)tRNASerAAU可以抑制乳腺癌細胞的活力,并促進細胞死亡,另外在腫瘤移植的小鼠體內(nèi),tRNASerAAU處理組相比于其他對照組,具有明顯的腫瘤抑制作用。tRNASerAAU對腫瘤的抑制作用不同于目前大部分RNA對靶基因的干擾作用,而是通過形成錯構(gòu)蛋白激活細胞凋亡。這一發(fā)現(xiàn)為腫瘤治療提供了新思路。
tRNA相關(guān)片段是來源于前體tRNA或成熟tRNA在特定情況下被酶切的產(chǎn)物,主要包括tiRNA和tRF兩類,目前認為,tRNA的水平與tRNA相關(guān)片段水平之間并沒有必然的聯(lián)系[23-24]。在20世紀70年代,tRNA相關(guān)片段就被發(fā)現(xiàn)存在于腫瘤患者的尿液和血漿中,且水平與腫瘤的進展有一定的相關(guān)性[25-27]。現(xiàn)今隨著對非編碼RNA的研究深入及高通量基因芯片技術(shù)的廣泛應用,人們發(fā)現(xiàn)越來越多tRNA相關(guān)片段與人類疾病有關(guān)[28-29],并且大量的研究證明了tRNA相關(guān)片段與各類腫瘤有著密切的關(guān)系。
血管生成素(angiopoietin,ANG)在tiRNA分子形成過程中有著至關(guān)重要的作用,且?guī)缀踉谒心[瘤中過表達[30-32],因此可以推測tiRNA可能與腫瘤有一定的關(guān)系。研究發(fā)現(xiàn),tiRNA中與腫瘤密切相關(guān)的主要是5'tiRNA,且在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有雙重作用。Nientiedt等[33]發(fā)現(xiàn)在腎透明細胞癌組織中,某種特異5'tiRNA的表達水平明顯下調(diào),且下調(diào)程度與腫瘤分期有關(guān)。Ⅰvanov等[34]發(fā)現(xiàn)5'tiRNA可以促進骨肉瘤細胞內(nèi)應激顆粒(stress granule,SG)的組裝,而應激顆粒具有抑制蛋白合成、誘導細胞修復的功能,因此可以推測5'tiRNA有利于腫瘤細胞抵抗外界不利環(huán)境。除此之外,Honda等[35]發(fā)現(xiàn)某些5'tiRNA是性激素依賴的產(chǎn)物,可以促進細胞增殖,導致乳腺癌及前列腺癌的發(fā)生。Shao等[36]也發(fā)現(xiàn)某些5'tiRNA可以促進細胞增殖以及調(diào)控細胞周期活動,且其含量與非小細胞肺癌的分期有關(guān)。
相比于tiRNA,tRF的分子量更小一些,與腫瘤之間的關(guān)系更為密切,且更具有小分子非編碼RNA的特性,其含量僅次于miRNA,所以得到人們的廣泛關(guān)注。tRF可以像miRNA一樣,影響靶基因的轉(zhuǎn)錄水平,例如:來源于tRNAHis和tRNALeu的兩種tRF-3可以直接結(jié)合Argonaute2(Ago2)蛋白切割人類內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒的RNA,從而抑制其復制[37]。tRF主要包括tRF-1、tRF-3、tRF-5三類,且這些小分子在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中也具有雙重作用。CU1276來源于tRNAGly,屬于tRF-3中的一種。Maute等[38]發(fā)現(xiàn)B淋巴瘤細胞中CU1276的表達水平下降,且其可以結(jié)合Ago蛋白抑制RPA1基因的表達,而RPA1與DNA的復制及修復有關(guān),即腫瘤細胞可能通過下調(diào)CU1276的表達水平,減弱對RPA1基因的抑制作用,從而促進自身的增殖。tRF-1001是一種來自tRNASer前體的tRF-1,在大多數(shù)腫瘤細胞增殖過程中高表達,而敲低tRF-1001之后可以發(fā)現(xiàn)細胞周期停留在G2期,細胞增殖被抑制,說明tRF-1001可以促進腫瘤細胞的增殖[14]。ts-46、ts-47、ts-53、ts-101都屬于tRF-1小分子,來自前體tRNA的特異性酶切產(chǎn)物,與多種腫瘤密切相關(guān)。Pekarsky等[39]發(fā)現(xiàn)ts-53、ts-101的表達水平在慢性淋巴細胞白血病和肺癌患者中都明顯下調(diào),而且它們可以結(jié)合Ago和Piwi蛋白,發(fā)揮類似miRNA與piRNA的功能。另外,外源性過表達ts-53可以抑制肺癌細胞的增殖。同樣,Balatti等[40]發(fā)現(xiàn)在所有具有突變基因KRAS和PIK3CA的細胞中,ts-46、ts-47表達水平明顯上升,說明這些小分子可能在突變基因致瘤過程中具有重要意義,并且ts-46、ts-47也都可以抑制肺癌細胞的增殖。tRFGln是tRF-5中的一種,Sobala和Hutvagner[41]發(fā)現(xiàn)tRFGln可以通過結(jié)合mRNA,阻礙蛋白翻譯過程,抑制細胞增殖。除了以上3種tRF外,Goodarzi等[42]還發(fā)現(xiàn)i-tRFs(tRFGlu、tRFAsp、tRFGly)可以與3'UTR競爭性結(jié)合YBX1蛋白,降低原癌基因轉(zhuǎn)錄的穩(wěn)定性及原癌基因蛋白表達水平,從而抑制腫瘤的生長與轉(zhuǎn)移,這一發(fā)現(xiàn)為抗腫瘤治療提供了新思路。
從上述研究發(fā)現(xiàn),tRNA相關(guān)片段在許多腫瘤中表達異常,且在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有促進和抑制的雙重作用,其作用機制可能主要與細胞增殖、細胞周期和基因調(diào)控有關(guān),這些都表明了tRNA相關(guān)片段與腫瘤有著密切的關(guān)系。
tRNA及其在特定條件下產(chǎn)生的相關(guān)片段具有復雜的生物學功能,在腫瘤等疾病的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。人類細胞中有49種同工tRNA,參與翻譯的過程,但其表達譜的紊亂以及tRNA轉(zhuǎn)錄后特定位點的修飾可能直接影響蛋白質(zhì)的合成,從而導致某些腫瘤的發(fā)生。此外,某些特定tRNA還可以對基因進行調(diào)控。tiRNA與tRF可以直接影響腫瘤細胞增殖,并且作為新型的小分子非編碼RNA,具有miRNA以及piRNA相似的特性,可以調(diào)控基因的表達,在腫瘤中具有雙重調(diào)控的作用。
總而言之,tRNA及其相關(guān)片段與腫瘤的關(guān)系密切,在腫瘤的診斷與治療中具有潛在的應用價值,但是關(guān)于tRNA及其相關(guān)片段的研究仍處于初始階段,其機制不是十分明確,有待進一步研究。
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