寨卡病毒突變有多快？

Ian S﹒ LOGAN

摘要：目的：2016年2月1日，世界衛(wèi)生組織（World Health Organization，WHO）宣布，此輪寨卡（Zika）病毒的爆發(fā)成為全球突發(fā)公共衛(wèi)生事件（public health emergency of international concern，PHEIC），并強(qiáng)調(diào)這一流行病目前被認(rèn)為是對全世界的一個(gè)重大威脅。寨卡病毒于 2013年從泰國傳播到法屬波利尼西亞，在南美洲和中美洲國家感染超過100萬人。大多數(shù)情況下，寨卡病毒感染者病情通常較溫和，但也會引起嚴(yán)重的神經(jīng)系統(tǒng)疾病，疑似還會導(dǎo)致胎兒出生缺陷和成人感染Guillain-Barré disease綜合征。Zika病毒屬于黃病毒科（Flaviviridae）黃病毒屬（Flavivirus），與登革熱病毒（Dengue virus）、黃熱病病毒（Yellow fever virus）、西尼羅病毒（West Nile virus）和乙型腦炎病毒（Japanese encephalitis virus）等是近親。本研究將本文作者在線粒體 DNA研究中開發(fā)的技術(shù)和工具運(yùn)用到寨卡病毒的研究上。方法：公開發(fā)表的寨卡病毒的 RNA序列可以在美國NIH（National Institute of Health）的GenBank數(shù)據(jù)庫中查詢到。截止到 2016年3月，在此輪疫情開始前的非洲和亞洲共收集到16條完整病毒序列，至今共有17條序列。結(jié)合本文，準(zhǔn)備了2個(gè)簡單的實(shí)用程序（www.ianlogan.co.uk/zikapages/zika.htm），可以選擇氨基酸分析（amino acid analyser）或者核苷酸堿基分析（nucleotide base analyser）。結(jié)果：在此輪流行病中觀察到非同義（non-synonymous）氨基酸變化。根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫中查詢到的 17條完整的寨卡病毒的突變數(shù)據(jù)構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。由于序列對KU365777/KU365780和KU365799/KU707286來自 2個(gè)病毒株，該系統(tǒng)樹顯示寨卡病毒樣品可以分成15個(gè)不同的病毒株。在10272個(gè)堿基的寨卡病毒基因組中，突變率每年從12～25個(gè)堿基變化，所以突變率也可以被認(rèn)為是RNA多聚蛋白每年從0.12%～0.25%之間變化。結(jié)論：分析公開發(fā)表的寨卡病毒樣本的測序數(shù)據(jù)以及如何計(jì)算病毒突變率，使用這些數(shù)據(jù)，可以構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，并顯示在此輪的流行病中已經(jīng)有許多可鑒定的病毒株。這些數(shù)據(jù)還顯示，寨卡病毒具有高突變率。如此快速的突變率將使這一流行病的地理分布很容易被監(jiān)測，也可能有助于協(xié)助鑒定預(yù)防措施是否有效。提出了若干問題并加以討論。此輪的流行病來自寨卡病毒，但是非洲的黃熱病病例正在上升，登革熱每年影響數(shù)百萬人。因此，除了寨卡病毒之外，黃病毒引起的更多的流行病造成持續(xù)的威脅。

來源出版物：動物學(xué)研究, 2016, 37(2): 110-115

入選年份：2016