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      PCR結合核酸斑點雜交檢測豬偽狂犬病毒

      2019-06-11 08:08:56烏那爾汗吉斯汗任衍倍孟凡峰田似報符玉涓張繼紅美熱木古麗林漢亮崔治中
      中國動物傳染病學報 2019年1期
      關鍵詞:病料探針核酸

      烏那爾汗·吉斯汗,任衍倍,孟凡峰,田似報,符玉涓,張繼紅,李 舵,美熱木古麗,任 娟 ,林漢亮 ,崔治中 ,3,4,常 爽 ,3,4,趙 鵬 ,3,4

      (1.新疆動物衛(wèi)生監(jiān)督所,烏魯木齊 830000;2.山東農(nóng)業(yè)大學動物科技學院,泰安 271018;3.山東省動物生物工程與疾病防治重點實驗室,泰安 271018;4.山東省畜禽疫病防制工程技術研究中心,泰安 271018)

      豬偽狂犬病(Porcine pseudorabies,PR)是由豬偽狂犬病病毒(Porcine pseudorabies virus,PRV)感染引起的一種高度接觸性、急性傳染病[1]。PRV最早于1813年在美國被發(fā)現(xiàn)[2]。豬是PRV的原發(fā)貯存宿主,能夠長期貯存和排出病毒,在PR的傳播中起著重要的作用[3]。豬偽狂犬病臨床癥狀為發(fā)熱、奇癢和腦脊髓炎,能夠引起妊娠母豬繁殖障礙,流產(chǎn),產(chǎn)死胎等;新生仔豬會出現(xiàn)神經(jīng)癥狀、腹瀉、嘔吐、生長不良等,死亡率很高[4]。

      PRV基因組為線性雙股DNA,大小約150 kb,G+C含量高達73%[5-6]。gE基因是重要的毒力基因,對于病毒在宿主神經(jīng)系統(tǒng)中的侵襲和擴散起著決定性作用[7]。gE基因的缺失會降低 PRV在神經(jīng)系統(tǒng)中的感染和擴散,并且會提高動物的耐受性,使用時比較安全[8]。同時gE基因缺失對于病毒的復制和中和抗體的產(chǎn)生影響不大。因此,gE基因缺失苗在世界各國應用非常廣泛[9]。

      近年來,豬偽狂犬病在各個地區(qū)普遍流行,給我國的養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟損失[10-12]。20世紀70年代以后,應用基因工程缺失疫苗和人工篩選的自然弱毒疫苗,使PR得到了有效地控制[13]。當前 PR防控主要依靠疫苗免疫,現(xiàn)有疫苗雖然能夠減輕臨床癥狀并減少排毒,但并不能預防潛伏感染。2011年PRV變異毒株的出現(xiàn)使豬PR在全國范圍內再次流行[14]。因此,控制感染豬群并清除潛伏感染豬群等手段被廣泛應用于 PR 防控。PR在臨床癥狀上容易與一些其他疾病混淆,僅通過臨床癥狀和病理剖檢很難做出準確診斷,因此實驗室診斷是PRV的重要診斷方法。PRV實驗室診斷主要通過病毒的分離鑒定、PCR及血清學試驗等方法。血清學診斷方法包括酶聯(lián)免疫吸附方法(ELISA)和間接免疫熒光檢測(indirect immunofluorescence assay,IFA)等[15-18]。血清學診斷對試驗儀器要求較高,PCR檢測往往存在假陽性或假陰性,一般需要通過測序進一步驗證,而病毒分離檢測時間過長。因此,建立一種快速、簡便、靈敏度高、特異性強的可以鑒別診斷PRV野毒和gE基因缺失疫苗毒的檢測方法,對PRV的防制和凈化具有重要意義。本研究針對PRV的gE基因設計探針,建立了基于gE基因的PCR結合核酸斑點雜交檢測方法,為該病的診斷和流行病學調查提供了技術支持。

      1 材料與方法

      1.1 病毒與病料 豬偽狂犬病毒SDTA2016株由本實驗室分離鑒定和保存;在山東省不同豬場隨機采集53份豬病料,研磨后按照天根DNA提取試劑盒操作說明書提取病料DNA,-80℃保存。

      1.2 PRV探針的設計及制備 根據(jù)NCBI上已經(jīng)發(fā)表的PRV的gE基因核酸序列,分別設計和合成了兩對引物。以SDTA2016毒株的DNA為模板,用引物PRV-F2/PRV-R2(表1)擴增,構建重組質粒,命名為PRV-gE。以質粒PRV-gE為模板,利用引物PRV-F1/PRV-R1(表1),按照PCR DIG Probe Synthesis Kit(Roche,USA)試劑盒說明書標記PRV的gE基因DIG標記核酸探針。標記的gE基因核酸探針經(jīng)凝膠回收純化后進行定量,-80℃保存?zhèn)溆谩M瑫r引物PRV-F2/PRV-R2也用于樣品組織DNA的常規(guī)PCR檢測。引物由上海生工生物工程有限公司合成。

      表1 引物序列Table 1 Primer sequences

      1.3 PCR結合核酸斑點雜交檢測 首先利用引物PRV-F2/PRV-R2對待檢測樣品的DNA進行擴增,對反應體系以及反應條件進行優(yōu)化,確定最佳PCR反應體系(50 μL):2×GC Buffer25 μL、dNTP4 μL、引物PRV-F2/PRV-R2各0.5 μL、模板1 μL、PrimeSTAR酶0.5 μL,ddH20補足50 μL。最佳反應條件:95℃預變性5 min;98℃變性10 s,60℃退火5 s,72℃延伸45 s,共30個循環(huán);72℃再延伸5 min。取2 μL PCR擴增產(chǎn)物點于尼龍膜上,按照DIG Nucleic Acid Detection Kit說明書并參照文獻進行核酸斑點雜交檢測[19]。

      1.4 PCR結合核酸斑點雜交檢測的特異性和靈敏性 對豬瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、豬流行性腹瀉病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、豬繁殖與呼吸綜合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的cDNA以及豬圓環(huán)病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)和PRV gE基因缺失疫苗株的DNA,運用建立的PCR結合核酸斑點雜交方法進行檢測,檢測該方法的特異性。將質粒PRV-gE進行定量后作倍比稀釋,濃度分別為100 ng/μL~1 pg/μL,稀釋的質粒作為模板,分別采用PCR和PCR結合核酸斑點雜交方法進行檢測,比較這兩種方法的靈敏性。最后,分別運用PCR和PCR結合核酸斑點雜交方法檢測53份臨床樣品的DNA。

      2 結果與討論

      2.1 PCR結合核酸斑點雜交特異性 用建立的PCR結合斑點雜交檢測方法,對SDTA2016毒株、PRV gE基因缺失疫苗株、PCV2、CSFV、PEDV、PRRSV的PCR產(chǎn)物進行檢測,并以滅菌的超純水作為陰性對照。結果DIG標記的PRV gE基因探針,只與SDTA2016毒株的PCR產(chǎn)物反應呈陽性,而與PRV疫苗株和其他幾種病毒的PCR產(chǎn)物以及超純水反應均不顯色(圖1),顯示出該方法具有較好的特異性。

      圖1 PCR結合斑點雜交檢測豬偽狂犬病病毒的特異性試驗Fig.1 Specifi city results of PCR-based dot blot hybridization technique for PRV

      2.2 PCR結合核酸斑點雜交檢測的靈敏性 運用建立的PCR結合核酸斑點雜交檢測方法,對各稀釋梯度的PRV-gE質粒進行雜交。PCR結合核酸斑點雜交檢測顯色到第5個梯度,并隨著濃度遞減顏色逐漸變淡,最低檢出量為10 pg/μL(圖2A)。運用PCR方法對各質粒進行檢測,僅能檢測到1 ng/μL(圖2B),明顯低于PCR結合核酸斑點雜交檢測的靈敏度。

      圖2 PCR結合斑點雜交檢測和普通PCR的靈敏性比較Fig.2 Sensitivity comparison of PCR-based dot blothybridization technique and normal PCR

      2.3 PCR結合核酸斑點雜交檢測在臨床樣品檢測中的應用 應用引物PRV-F2/PRV-R2對53份病料先進行PCR擴增,電泳結果顯示共有4份病料呈PRV陽性,陽性率為7.55%(圖3A)。將PCR擴增產(chǎn)物點于尼龍膜上進行核酸斑點雜交檢測,可見有5份樣品顯示陽性,比單純PCR檢出率高(圖3B)。

      本研究建立的PCR結合核酸斑點雜交檢測的方法,可在一張尼龍膜上一次性檢測大量的樣本,操作簡單,探針特異性好并可重復使用,對儀器設備要求比較低,并且相對于傳統(tǒng)PCR和病毒分離鑒定等方法,靈敏性高,特異性強,用時較短。運用建立的PCR結合核酸斑點雜交檢測方法對山東省部分地區(qū)收集到的53份病料進行檢測,共檢出5份陽性,檢出率為9.43%,說明PRV在山東省仍有一定流行。

      圖3 臨床樣品的PCR檢測和PCR結合核酸斑點雜交檢測結果Fig.3 PCR and PCR-based dot blot hybridization detection result for clinical samples

      從最初自然缺失gE基因的Bartha株到gE/TK基因雙缺失及gI/gE/TK基因三缺失等疫苗株的出現(xiàn),相對應的鑒別診斷方法一直在不斷改變。利用分子生物學方法對PRV進行病原學檢測,對于評價臨床感染情況有著重要意義,可為獸醫(yī)臨床制定合理的免疫程序和凈化程序提供重要參考。本研究建立的PCR結合核酸斑點雜交檢測方法不僅顯示了較高的靈敏度,更重要的是通過探針的嚴格把關確保了檢測的特異性,節(jié)省了測序的時間,將在PRV的鑒別診斷和凈化中發(fā)揮重要作用。

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