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      鵪鶉ESR1基因的多態(tài)性與蛋品質的關聯(lián)分析

      2019-10-28 05:31:38白俊艷樊紅燈龐有志宋曉杰蔣夢娟付學言盧小寧李新月郝偉光李子衡鄭飛揚
      浙江農(nóng)業(yè)學報 2019年10期
      關鍵詞:黃羽鵪鶉蛋黃

      白俊艷,樊紅燈,曹 恒,龐有志,宋曉杰,蔣夢娟,付學言,盧小寧,楊 帥,李新月,郝偉光,李子衡,鄭飛揚

      (河南科技大學 動物科技學院,河南 洛陽 471023)

      雌激素受體(estrogen receptor,ESR)是核受體超家族的一員,擁有ESRα和ESRβ兩種亞型,作為媒介來轉導雌激素的多向性效應。ESRα對生殖系統(tǒng)(子宮、乳腺)的影響是關鍵性的,而ESRβ主要影響中樞神經(jīng)系統(tǒng)、免疫系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)、泌尿系統(tǒng),以及腎臟、肺部、骨骼的相關機制[1]。Green等[2]首先克隆獲得人的ESRαcDNA序列,長2 092 bp,可編碼595個氨基酸。Krust等[3]克隆了雞的ESRα cDNA序列,大小為2 085 bp,能夠對589個氨基酸進行編碼。Kuiper等[4]和Mosselman等[5]分別進行了鼠和人的ESRβ cDNA序列的克隆。Ichikawa等[6]克隆出ESR1基因的cDNA,從此其他一些物種的ESRα和ESRβ的cDNA都漸漸被克隆出來。Rothschild等[7]研究發(fā)現(xiàn),ESR基因是影響母豬產(chǎn)仔性狀中起關鍵作用的一個基因。豬的ESR1基因與母豬產(chǎn)仔數(shù)存在相關性[8]。由此可見,ESR基因對畜禽繁殖性狀具有重要的影響。

      鵪鶉因體型小、產(chǎn)蛋大而多、飼料消耗少、生長速度快、培育時間短、生產(chǎn)成本低、經(jīng)濟效益高等優(yōu)點,具有較強的競爭力和發(fā)展前途。鵪鶉蛋中還含有較高的卵磷脂、腦磷脂、維生素和鐵等[9],鵪鶉肉和蛋對于哮喘、結核、代謝障礙以及神經(jīng)衰弱等疾病還具有一定的治療作用,具有比較高的藥用價值[10]。以上研究表明,ESR基因對畜禽繁殖性狀有一定的影響,考慮到基因一般具有一因多效的作用。為此,本實驗以北京白羽鵪鶉、中國黃羽鵪鶉、朝鮮鵪鶉這3個鵪鶉品種為研究對象,采用PCR-RFLP方法分析鵪鶉ESR1基因的遺傳多態(tài)性,并對鵪鶉蛋品質進行關聯(lián)分析,以探討ESR1基因對鵪鶉蛋品質的影響。

      1 材料與方法

      1.1 材料

      本研究所取用的實驗動物是北京白羽鵪鶉50羽、中國黃羽鵪鶉50羽、朝鮮鵪鶉50羽,采用心臟采血法進行采血,取血后將血液儲存在含有EDTA抗凝劑的真空采血管中,放至-20 ℃的冰箱進行冷凍保存以備使用。

      1.2 方法

      1.2.1 基因組DNA及引物合成

      采集鵪鶉心臟血樣,采血后做好標記放入-20 ℃冰箱保存。對血液采用酚/氯仿法提取了基因組DNA,該試驗中所使用的引物序列參考蒲躍進[11]的方法,ESR1基因外顯子4引物由北京鼎國昌盛生物技術有限公司合成,ESR1基因引物信息見表1。

      1.2.2 目的片段的PCR擴增

      擴增反應體系為:去離子水5.3 μL,2×TaqPCR Green Mix為7.5 μL,上游引物0.6 μL,下游引物0.6 μL,DNA模板1.0 μL。擴增反應條件為:95 ℃預變性5 min;95 ℃變性30 s,58 ℃退火40 s,72 ℃延伸40 s,30個循環(huán);72 ℃延伸10 min。

      表1 引物序列信息

      Table1The information of primer sequence

      名稱Name引物序列Primersequence(5′-3′)大小Size/bp退火溫度Annealingtemperature/℃ESR1-E1F:CAAAGCCCTTGGAGTTAC;R:AGCAGTTCTCCCTACTCC37055.4ESR1-E4F:CGGGCGAATGATGAAACA;R:CCCAGTTGATCATGTGCA30158.0ESR1-E8F:CAACAAAGGAATGGAGCA;R:CCCTTCTTTTGCTGTTAA21253.6

      1.2.3 PCR-RFLP分析

      限制性內(nèi)切酶PvuⅡ為ESR1-E1引物擴增的PCR產(chǎn)物進行酶切,酶切反應體系為15 μL:ddH2O 5 μL,PCR產(chǎn)物8 μL,限制性內(nèi)切酶PvuⅡ(10 U·μL-1)0.5 μL,10×buffer 1.5 μL?;旌暇鶆蚝笾糜?7 ℃水浴消化4 h。限制性內(nèi)切酶AccⅠ為ESR1-E8引物擴增的PCR產(chǎn)物進行酶切,酶切反應體系為10 μL:ddH2O 0.5 μL,PCR產(chǎn)物8 μL,限制性內(nèi)切酶PvuⅡ(10 U·μL-1)0.5 μL,10×buffer 1.0 μL?;旌暇鶆蚝笾糜?7 ℃水浴消化4 h。酶切產(chǎn)物使用2.0%濃度的瓊脂糖凝膠電泳進行檢測,跑膠結束后使用凝膠成像系統(tǒng)進行拍照記錄。

      1.2.4 擴增產(chǎn)物的測序及序列的比對分析

      序列比對主要采用NCBI網(wǎng)站上的BLAST系統(tǒng)對所測基因序列進行對比,通過對比的結果來確認該序列是否為目的序列。測序圖譜用Chromas程序進行觀察分析以查找潛在的突變位點,并做記錄統(tǒng)計。

      1.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析

      多態(tài)信息含量(PIC)、雜合度(He)和有效等位基因數(shù)(Ne)用Dispan軟件計算。ESR1基因與鵪鶉蛋品質的關聯(lián)分析統(tǒng)計模型為

      yijk=μ+Pi+Mj+eijk。

      (1)

      式(1)中:yijk為性狀表型值;μ為總體均值;Pi為品種效應(i=1,2,3);Mj為第j種基因型效應;eijk為殘差效應;結果用平均值±標準差來表示。

      2 結果與分析

      2.1 鵪鶉ESR1基因的PCR產(chǎn)物檢測

      鵪鶉ESR1基因的外顯子1、外顯子4、外顯子8的PCR產(chǎn)物檢測結果如圖1所示,可以看出檢測結果均為單一條帶,ESR1基因的外顯子1、外顯子4、外顯子8與目的片段大小一致,表明PCR擴增產(chǎn)物質量達標效果較好。

      2.2 鵪鶉ESR1基因的多態(tài)性檢測

      鵪鶉ESR1基因外顯子1和外顯子8的多態(tài)性檢測結果如圖2所示,可以看出外顯子1和外顯子8中均檢測到3種基因型,ESR1基因外顯子1檢測到3種基因型分別為TT基因型(370 bp)、CC基因型(330 bp/40 bp)和CT基因型(434 bp/330 bp/40 bp)。ESR1基因外顯子8檢測到的3種基因型為TT基因型(212 bp)、CC基因型(121 bp)和CT基因型(212 bp/121 bp)。

      鵪鶉ESR1基因外顯子4的SNP位點測序峰圖見圖3,可以看出在3個鵪鶉群體中檢測到ESR1基因外顯子4有1個SNP位點為C50T,檢測到3種基因型即CC、CT和TT基因型。

      2.3 鵪鶉群體遺傳多態(tài)性分析

      由表2可以看出,ESR1基因外顯子1在3個鵪鶉群體中均表現(xiàn)為CC基因型頻率最高;ESR1基因外顯子8在3個鵪鶉群體中均表現(xiàn)為TT基因型頻率最高;ESR1基因外顯子4在中國黃羽鵪鶉和朝鮮鵪鶉中均表現(xiàn)為TT基因型頻率最高,而在北京白羽鵪鶉中則以CC基因型頻率最高。ESR1基因外顯子1、外顯子4、外顯子8在中國黃羽鵪鶉中的雜合度(0.409、0.491、0.464)、有效等位基因數(shù)(1.690、1.964、1.860)、多態(tài)信息含量(0.326、0.370、0.356)為最高,可見中國黃羽鵪鶉的遺傳多態(tài)性豐富。

      1,中國黃羽鵪鶉;2,北京白羽鵪鶉;3,朝鮮鵪鶉;M,Marker DL2000。1, Chinese yellow quail; 2, Beijing white quail; 3, Korean quail; M, Marker DL2000.

      圖2 鵪鶉ESR1基因的外顯子1(A)和外顯子8(B)的多態(tài)性檢測

      圖3 ESR1基因外顯子4的不同基因型測序峰圖

      表2ESR1基因的基因型頻率和等位基因頻率

      Table2Gene genotype frequency and allele frequency ofESR1 gene

      ESR基因ESRgene群體Group基因型頻率GenotypefrequencyCCCTTT等位基因頻率AllelefrequencyCT雜合度Hybridization(He)有效等位基因數(shù)Numberofeffectivealleles(Na)多態(tài)信息含量Polymorphicinformationcontent(PIC)外顯子1中國黃羽鵪鶉0.5150.3970.0880.7130.2870.4091.6900.326Exon1Chineseyellowquail北京白羽鵪鶉0.6000.3860.0140.7930.2070.3281.4800.274Beijingwhitequail朝鮮鵪鶉Koreanquail0.7230.2620.0150.8540.1460.2491.3300.218外顯子4中國黃羽鵪鶉0.2730.3180.4090.4320.5680.4911.9640.370 Exon4Chineseyellowquail北京白羽鵪鶉0.6670.2350.0980.7840.2160.3391.5120.281Beijingwhitequail朝鮮鵪鶉Koreanquail0.1060.2770.6170.2450.7550.3701.5870.302外顯子8中國黃羽鵪鶉0.1270.4760.3970.3650.6350.4641.8600.356 Exon8Chineseyellowquail北京白羽鵪鶉0.0440.3380.6180.2130.7870.3351.5000.279Beijingwhitequail朝鮮鵪鶉Koreanquail0.0340.4410.5250.2540.7460.3791.6100.307

      2.4 ESR1基因與鵪鶉的蛋品質關聯(lián)分析

      由表3可以看出,ESR1基因外顯子4的CC基因型和CT基因型的蛋黃高度和蛋黃指數(shù)要顯著高于TT基因型(P<0.05)。TT基因型的蛋黃寬度要顯著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05)。CT基因型和TT基因型的蛋殼厚度要顯著高于CC基因型(P<0.05)。除此之外,ESR1基因外顯子4對其他蛋品質無顯著影響(P>0.05)。ESR1基因外顯子8在蛋黃指數(shù)上,CC基因型顯著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型之間不存在顯著性差異(P>0.05)。CT基因型和TT基因型的蛋黃寬度顯著高于CC基因型(P<0.05)。除此之外,ESR1基因外顯子8對其他蛋品質無顯著影響(P>0.05)。ESR1基因外顯子1對所有蛋品質均無顯著影響(P>0.05)。

      表3ESR1基因與鵪鶉蛋品質的關聯(lián)結果

      Table3Association results ofESR1 gene and quail egg quality

      性狀TraitsESR1基因外顯子1Exon1ofESR1geneCCCTTTESR4基因外顯子4Exon4ofESR4geneCCCTTTESR8基因外顯子8Exon8ofESR8geneCCCTTT蛋質量Eggweight10.520±0.099a10.544±0.133a10.625±0.364a10.511±0.118a10.380±0.129a10.648±0.142a10.257±0.260a10.591±0.124a10.512±0.105a蛋長端Egglongend31.815±0.153a31.994±0.182a32.255±0.781a31.898±0.207a31.562±0.212a32.085±0.192a31.166±0.42a32.006±0.156a31.873±0.180a蛋短端Eggshortend24.926±0.078a24.856±0.123a24.908±0.235a24.876±0.103a24.809±0.112a24.980±0.110a24.799±0.168a24.925±0.103a24.892±0.083a蛋形指數(shù)Eggshapeindex1.277±0.006a1.288±0.006a1.295±0.028a1.283±0.008a1.273±0.008a1.285±0.006a1.256±0.014a1.285±0.006a1.281±0.007a蛋黃高度Eggyolkheight7.478±0.108a7.453±0.153a7.675±0.320a7.749±0.119a7.514±0.175a7.162±0.141b7.786±0.142a7.402±0.133a7.503±0.125a蛋黃寬度Eggyolkwidth25.367±0.201a25.527±0.257a25.105±0.342a25.027±0.247b25.067±0.299b26.018±0.258a24.267±0.701b25.557±0.253a25.417±0.210a蛋黃指數(shù)Eggyolkindex0.298±0.006a0.295±0.008a0.309±0.025a0.305±0.009a0.303±0.009a0.278±0.007b0.323±0.015a0.293±0.007b0.298±0.006b蛋黃質量Eggyolkweight3.459±0.041a3.456±0.053a3.525±0.250a3.417±0.058a3.400±0.055a3.546±0.048a3.357±0.139a3.460±0.050a3.470±0.043a蛋殼厚度Eggshellthickness0.170±0.002a0.172±0.003a0.172±0.003a0.165±0.002b0.173±0.003a0.176±0.003a0.170±0.007a0.169±0.002a0.172±0.002a蛋白高度Proteinheight1.709±0.054a1.537±0.074a1.785±0.359a1.725±0.070a1.671±0.085a1.585±0.072a1.739±0.199a1.711±0.078a1.593±0.054a

      同行數(shù)據(jù)后沒有相同小寫字母表示差異顯著(P<0.05)。

      The values in the same row with different lower-case letters showed significant differences (P<0.05).

      3 討論

      3.1 ESR1基因在鵪鶉群體中的多態(tài)性

      季華員等[12]研究發(fā)現(xiàn),ESR1基因在東鄉(xiāng)綠殼蛋雞群體中的外顯子1有5個突變位點,外顯子4和8各有1個突變位點。王洪才等[13]研究莊河大骨雞ESR基因發(fā)現(xiàn)了CC、CD和DD這3種基因型。張舒等[14]研究發(fā)現(xiàn),在肉鴿中存在兩種ESR基因型AA和AB。本研究中,使用ESR1基因的外顯子1、外顯子4、外顯子8在3個品種的鵪鶉群體中進行多態(tài)性檢測,均檢測到3種基因型,ESR1基因外顯子4上均有1處SNP突變位點(C50T),且外顯子4在中國黃羽鵪鶉、朝鮮鵪鶉兩個群體的T等位基因頻率均高于C等位基因頻率,等位基因T為該兩個群體的優(yōu)勢等位基因。這與蒲躍進[11]對我國神丹Ⅰ號鵪鶉的H系、L系及野生鵪鶉3個群體的ESR1基因C50T位點的研究結果相似。

      3.2 ESR1基因與鵪鶉蛋品質的關聯(lián)分析

      ESR基因與繁殖性能的關聯(lián)分析在其他畜禽的研究中報道較多,如徐小波等[15]研究表明,二花臉豬的ESR基因BB型初產(chǎn)及經(jīng)產(chǎn)總產(chǎn)仔數(shù)(TNB)和產(chǎn)活仔數(shù)(NBA)均高于AB型(P<0.05)和AA型(P<0.01)。唐現(xiàn)文等[16]研究表明,ESR基因在蘇姜豬的3個世代中BB型基因的第2~4胎總產(chǎn)仔數(shù)顯著高于AA和AB的第2~4胎總產(chǎn)仔數(shù)。于吉英等[17]研究發(fā)現(xiàn),ESR基因與文昌雞的300日齡的產(chǎn)蛋數(shù)之間存在顯著相關(P<0.05),而與文昌雞個體的連產(chǎn)天數(shù)存在極顯著相關(P<0.01)。季華員等[12]對東鄉(xiāng)綠殼蛋雞的ESR1基因的多態(tài)性研究發(fā)現(xiàn),ESR1基因外顯子4的突變位點(C267T)產(chǎn)生的3種基因型與東鄉(xiāng)綠殼蛋雞300日齡的平均產(chǎn)蛋量存在明顯相關(P<0.05)。王洪才等[13]對莊河大骨雞的ESR基因的CC基因型的產(chǎn)蛋數(shù)和料蛋比等性狀指標顯著高于該位點其他基因型(P<0.05)。陳燕等[18]在對文昌雞和巴布考克蛋雞研究時,在2個群體雞ESRα基因的5′端檢測到了4個突變位點(A34G、T76C、T79C、C102T),但這4個突變位點對雞的產(chǎn)蛋性狀并沒有顯著影響。涂小璐[19]對皖西白鵝研究發(fā)現(xiàn),ESR1基因內(nèi)含子上的A105G突變位點所含有的幾個基因型與鵝的產(chǎn)蛋量、開產(chǎn)蛋重和開產(chǎn)體重等產(chǎn)蛋性狀不存在相關性。謝三磊等[20]研究發(fā)現(xiàn),ESRβ基因與黑羽鵪鶉的產(chǎn)蛋性能存在一定相關性。

      而ESR基因與家禽蛋品質關聯(lián)分析報道較少,僅見韋雄等[21]研究發(fā)現(xiàn),在長順綠殼蛋雞群體中ESR1基因外顯子5前有一個SNP位點-999 bp(上有A、C兩個等位基因),該突變位點上的3種基因型(AA、AC、CC)與長順綠殼蛋雞產(chǎn)蛋的蛋殼厚度存在相關;蒲躍進[11]研究發(fā)現(xiàn),ESR基因外顯子8與鵪鶉的20周蛋質量之間存在相關(P<0.05)。本研究表明,ESR1基因外顯子4和外顯子8主要對蛋黃高度、蛋黃寬度、蛋黃指數(shù)、蛋殼厚度有顯著影響(P<0.05),這一結果與蒲躍進[11]、韋雄等[21]的研究結果相似。因此,推測ESR1基因可能為蛋用鵪鶉的蛋品質相關的候選基因,可以作為有價值的候選基因應用于蛋用鵪鶉的分子標記輔助選擇。

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