2020年3月18日，Cell雜志在線發(fā)表了來自美國得克薩斯大學(xué)奧斯汀分校Edward M.Marcotte課題組題為“A Pan-plant Protein Complex Map Reveals Deep Conservation and Novel Assemblies”的研究論文。

該研究通過Co-fractionation MS （CF-MS）方法，從13種植物中系統(tǒng)地鑒定了體內(nèi)的蛋白質(zhì)復(fù)合體，大大擴展了植物中穩(wěn)定蛋白質(zhì)復(fù)合體的數(shù)據(jù)庫。

目前植物物種測序的基因組數(shù)目越來越多，但是多數(shù)植物蛋白的生化特征及生物功能仍然知之甚少。如擬南芥基因組編碼約35，000個編碼蛋白質(zhì)基因，但這些蛋白質(zhì)中的大多數(shù)功能仍不清楚。通過確定蛋白質(zhì)之間的相互作用是發(fā)現(xiàn)基因和蛋白質(zhì)功能的關(guān)鍵步驟，因此，揭示植物內(nèi)蛋白的相互作用信息將極大地促進植物基礎(chǔ)研究的努力，并為提高作物產(chǎn)量、抗病/抗逆性和生產(chǎn)生物燃料提供了可能。

但是許多用于在動物和酵母中大規(guī)模發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)復(fù)合體的技術(shù)（例如高通量親和純化質(zhì)譜法[AP-MS]）價格過高，甚至難以大規(guī)模使用。同時由于植物有復(fù)雜的基因組，多倍性。因此，植物中的AP-MS實驗僅限于目標蛋白家族研究，無法大規(guī)模應(yīng)用。

該研究運用了一種新的方法Co-fractionation MS （CF-MS）方法，該方法可檢測相互作用的蛋白質(zhì)，適用于任何物種，無需抗體或單個蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)基因表位標簽。CF-MS涉及色譜分離天然蛋白質(zhì)提取物，然后使用MS鑒定每個生化部分中的蛋白質(zhì)。分離中蛋白質(zhì)的共洗脫（CF）可作為相互作用的證據(jù)，當在多個不同的分離中進行測量時，這是蛋白質(zhì)相互作用的嚴格信號。

同時該研究選用了跨越11億年進化的綠色植物的13個物種，利用CF-MS生成了一個龐大，多樣且有代表性的蛋白質(zhì)相互作用組學(xué)數(shù)據(jù)集。數(shù)據(jù)分析表明，該數(shù)據(jù)庫代表了來自不同物種和提取物中的141，910多種獨特蛋白質(zhì)和23，896種OG（orthogroup），這是迄今為止對植物進行的最大的蛋白質(zhì)組學(xué)調(diào)查，涵蓋了廣泛的功能區(qū)域。該數(shù)據(jù)集提供了綠色植物保守表達的蛋白質(zhì)組的面貌。

此后，該研究通過獨立分析和化學(xué)交聯(lián)確認CF-MS相互作用。如實驗證實了CCT復(fù)合物在整個植物中都是保守的，并表明植物中的3D亞基組織類似于動物，表明CF-MS忠實地捕獲了蛋白質(zhì)組裝體。

之后，研究生成了植物進化保守的泛蛋白體圖譜，這些之前鑒定的蛋白復(fù)合物還鑒定由新的關(guān)聯(lián)以及植物中從未鑒定的蛋白質(zhì)組成。

此外，該研究從蛋白質(zhì)相互作用中還發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)功能和表型。總之，該研究通過使用CF-MS蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定了跨植物高度保守的主要蛋白質(zhì)復(fù)合體，構(gòu)建了植物細胞基本生化“接線圖”的參考圖。盡管該研究提供了一些將蛋白與表型聯(lián)系起來并測試特定功能的例子，但是我們可以通過多種其他方式來挖掘這一豐富的數(shù)據(jù)集，從而為我們的研究提供新的思路。

最為重要的是，該研究將數(shù)據(jù)庫建好網(wǎng)址，以便大家查看：http：//plants.proteincomplexes.org

論文鏈接：

https：//www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674（20）30226-9#%20