黃 銘 王林燕 竇曉兵 杜仲燕#
1 浙江中醫(yī)藥大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 浙江 杭州 310053
2 浙江中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)藥科學(xué)院 浙江 杭州 310053
酒精性肝?。ˋLD)是一種由于長(zhǎng)期過度飲酒導(dǎo)致的脂肪性肝臟疾病。近年來研究顯示,我國(guó)酒精性肝硬化占肝硬化發(fā)病總數(shù)的比例呈逐年上升態(tài)勢(shì)[1-2]。然而ALD的臨床治療缺乏理想用藥,中醫(yī)中藥正受到肝病學(xué)界的廣泛關(guān)注。1992年,中國(guó)中醫(yī)藥學(xué)會(huì)肝病委員會(huì)制定了脂肪肝的辨證分型標(biāo)準(zhǔn),且經(jīng)過臨床統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)以肝郁脾虛型患者較多[3]。因此,益氣健脾在ALD的治療中非常重要,四君子湯是益氣健脾的代表方,據(jù)臨床報(bào)道,運(yùn)用四君子湯加減治療ALD療效顯著,未發(fā)現(xiàn)明顯的副作用[4-5]。但作用機(jī)制尚未得知,仍亟需解決。本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,對(duì)四君子湯多成分-多靶點(diǎn)-多通路防治ALD的復(fù)雜網(wǎng)狀關(guān)系進(jìn)行研究,旨在為揭示四君子湯作用機(jī)制的科學(xué)內(nèi)涵提供參考。
1.1 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)工具:中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(TCMSP)獲取四君子湯活性成分及靶點(diǎn);TTD數(shù)據(jù)庫(kù)、Drugbank數(shù)據(jù)庫(kù)、DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)獲取酒精性肝病靶點(diǎn);基因相互作用檢索工具STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行PPI分析;Venny2.1工具映射共同靶點(diǎn)并繪制韋恩圖;Cyto‐scape3.7.0軟件構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),并通過其ClueGO插件進(jìn)行GO和KEGG分析。以上工具的使用時(shí)間截止至2019年7月。四君子湯防治ALD的研究路線圖見圖1。
圖1 四君子湯防治ALD的研究路線圖
1.2 四君子湯主要活性成分以及靶點(diǎn)預(yù)測(cè):本研究通過 TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù),以 REN SHEN,GAN CAO,F(xiàn)U LING,BAI ZHU為關(guān)鍵詞,檢索四君子湯的全部化學(xué)成分。并基于TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)中ADME參數(shù)對(duì)化學(xué)成分進(jìn)行篩選,主要采用口服生物利用度(Oral Bioavailability,OB)≥30%及類藥性指數(shù)(Drug-like Index,DL)≥0.18這兩項(xiàng)指標(biāo)作為篩選標(biāo)準(zhǔn)。隨后逐一收集有效活性成分的潛在靶點(diǎn),再通過Unipot數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靶點(diǎn)名稱進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。
1.3 ALD相關(guān)靶點(diǎn)獲?。和ㄟ^TTD、Drugbank和Dis‐GeNET數(shù)據(jù)庫(kù)以“Alcoholic Liver Disease”為關(guān)鍵詞檢索獲取ALD疾病相關(guān)的靶點(diǎn),并去重。
1.4 四君子湯防治ALD的靶點(diǎn)映射:通過Venny 2.1獲取四君子湯防治ALD的靶點(diǎn)交集,并將交集的靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape軟件中構(gòu)建“四君子湯-防治ALD靶點(diǎn)-對(duì)應(yīng)活性成分”可視化網(wǎng)絡(luò)圖。
1.5 成分-靶點(diǎn)和蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析:為探索靶點(diǎn)蛋白之間的相互作用,將四君子湯防治ALD的靶點(diǎn)上傳至STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中,獲取PPI網(wǎng)絡(luò),再通過R語(yǔ)言分析STRING中獲取的文件,并繪制Barplot圖。
1.6 GO和KEGG分析:把四君子湯防治ALD的靶點(diǎn)上傳至Cytoscape的ClueGO插件,進(jìn)行GO功能注釋和KEGG信號(hào)通路的富集分析(P<0.01)。
2.1 四君子湯活性成分篩選:通過檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)Ingredients選項(xiàng),并根據(jù)OB≥30%,DL≥0.18篩選各獲得人參22個(gè)、白術(shù)7個(gè)、茯苓15個(gè)和甘草92個(gè)活性成分,去重后,獲得四君子湯135個(gè)活性成分。
2.2 四君子湯靶點(diǎn)預(yù)測(cè):根據(jù)獲取的135個(gè)活性成分,再通過TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù),逐一獲取相對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn),結(jié)果顯示人參對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)有256個(gè)(其中5個(gè)活性成分無(wú)靶點(diǎn)信息),白術(shù)有23個(gè)(其中3個(gè)活性成分無(wú)靶點(diǎn)信息),茯苓有30個(gè),甘草有1769個(gè),去重后共為258個(gè)潛在靶點(diǎn)。在Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中標(biāo)準(zhǔn)化后,獲得214個(gè)預(yù)測(cè)靶點(diǎn)。通過檢索TTD、DrugBank、DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù),各檢索獲得ALD相關(guān)靶點(diǎn)0個(gè)、16個(gè)、84個(gè),去重后共100個(gè)靶點(diǎn),與藥物靶點(diǎn)映射,共得到21個(gè)四君子湯防治ALD的靶點(diǎn)(圖2和圖3)。
圖2 四君子湯防治ALD對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)
圖3 四君子湯防治ALD具體靶點(diǎn)
2.3 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建:為了更好地理解四君子湯防治ALD的作用機(jī)制,基于PPI關(guān)系,利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建了四君子湯防治ALD相關(guān)靶點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò)(圖4)。PPI網(wǎng)絡(luò)包含21個(gè)蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn),81條相互作用關(guān)系(連線),其中1個(gè)蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn)無(wú)相互作用關(guān)系。再通過R語(yǔ)言計(jì)算靶點(diǎn)的degree,并繪制Barplot圖,顯示IL1B、IL6、CCL2、CXCL8、IL10、STAT3、NFE2L2、PPARG、SPP1、NR3C1為排名前10的核心靶點(diǎn)(圖5)。
圖4 四君子湯防治ALD靶點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò)
圖5 四君子湯防治ALD排名前10的核心靶點(diǎn)
2.4 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析:使用Cytoscape軟件構(gòu)建ALD-四君子湯活性成分-作用靶點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)模型,如圖6所示。從圖中可以看出,68個(gè)活性成分的21個(gè)潛在治療靶點(diǎn)對(duì)比到ALD上,不同的活性成分可作用于相同的靶點(diǎn),也可作用于不同的靶點(diǎn),根據(jù)Degree值篩選,排名前2的活性成分分別為quercetin(槲皮素,18)、kaemp‐ferol(山萘酚,15)、licochalcone a(利可考酮,4)、naringenin(柚皮苷,4)、formononetin(福莫寧,4)、isorhamnetin(異鼠李素,4);排名前3的靶點(diǎn)為PPARG(69)、MAPK14(48)、GSTP1(5)。
圖6 四君子湯防治療ALD的靶點(diǎn)-成分網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖
2.5 候選靶基因功能分析:根據(jù)四君子湯防治ALD相關(guān)的靶基因,通過Cytoscape軟件的ClueGO插件進(jìn)行GO生物學(xué)功能和KEGG信號(hào)通路的富集分析,發(fā)現(xiàn)參與調(diào)節(jié)RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄pri-miRNA、急性炎癥反應(yīng)的調(diào)節(jié)、過氧化氫的生物合成過程等9個(gè)功能組被顯著富集,其作用涉及脂質(zhì)儲(chǔ)存的負(fù)調(diào)控、脂質(zhì)儲(chǔ)存、急性炎癥反應(yīng)的調(diào)節(jié)等生物學(xué)功能的調(diào)控(圖7)。KEGG信號(hào)通路富集發(fā)現(xiàn),主要和糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE信號(hào)通路、細(xì)胞色素P450對(duì)異生物的代謝、IL-17信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、PPAR信號(hào)通路等信號(hào)通路相關(guān)(圖8)。
圖7 四君子湯治療ALD的GO生物功能富集結(jié)果
圖8 四君子湯防治ALD的KEGG信號(hào)通路富集結(jié)果
ALD雖然致病因素單一,但致病機(jī)制復(fù)雜,目前認(rèn)為細(xì)胞損傷、氧化應(yīng)激、代謝異常、炎癥、免疫損傷等均可導(dǎo)致ALD,臨床尚缺乏安全有效的藥物[6]。中醫(yī)古籍中“傷酒”“酒疸”等描述與ALD十分相似,臨床統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)以肝郁脾虛型患者較多。四君子湯始載于《太平惠民和劑局方》,由人參、甘草、茯苓、白術(shù)四味藥組成,是益氣健脾的簡(jiǎn)易名方[7]。臨床研究發(fā)現(xiàn)四君子湯加減治療ALD療效顯著;動(dòng)物實(shí)驗(yàn)研究表明,四君子湯對(duì)急性酒精肝損傷模型具有較好的治療效果[8]。
為了系統(tǒng)探討四君子湯防治ALD的具體機(jī)制,本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,采用TCMSP平臺(tái)篩選出四君子湯防治ALD的活性成分135個(gè),有槲皮素、山奈酚、迪奧普、豆甾醇、β-谷固醇、菊黃素、鬼臼胺等成分直接、間接地作用于CCL2、CXCL8、IL10、STAT3、PPARG等靶點(diǎn),涉及脂質(zhì)儲(chǔ)存的負(fù)調(diào)控、脂質(zhì)儲(chǔ)存等GO生物學(xué)功能,涉及PPAR、IL-17、TNF等信號(hào)通路。
本研究使用Cytoscape軟件構(gòu)建活性成分-作用靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)篩選得到排名前2的核心活性成分為槲皮素和山奈酚。多項(xiàng)研究證實(shí),槲皮素可改善ALD小鼠的氧化損傷、細(xì)胞凋亡以及肝脂肪變性,機(jī)制可能與調(diào)節(jié)脂質(zhì)吞噬[9]等相關(guān)。山奈酚可顯著降低ALD小鼠氧化應(yīng)激以及脂質(zhì)過氧化水平,并增加抗氧化防御活性,可能與降低肝臟CYP2E1的表達(dá)水平和活性有關(guān)[10]。
本研究根據(jù)STRING和Cytoscape篩選核心靶點(diǎn),排名前1的為PPARG。PPARG是過氧化物酶體增生激活受體γ,在脂質(zhì)代謝和預(yù)防氧化應(yīng)激中具有重要作用[11],肝臟內(nèi)的PPARγ可促進(jìn)肝臟脂肪變性及炎癥,從而導(dǎo)致酒精誘導(dǎo)的肝損傷[12]。GO生物學(xué)功能富集分析也發(fā)現(xiàn)與脂質(zhì)代謝、脂質(zhì)調(diào)控、炎癥反應(yīng)密切相關(guān)。KEGG信號(hào)通路富集分析亦發(fā)現(xiàn)與PPAR信號(hào)通路密切相關(guān)。氧化應(yīng)激和脂質(zhì)過氧化是ALD的重要發(fā)病機(jī)制,由此推測(cè)四君子湯主要通過作用上述受體及對(duì)應(yīng)信號(hào)通路來防治ALD。
綜上所述,本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,驗(yàn)證了四君子湯多成分-多靶點(diǎn)-多途徑治療ALD的作用特點(diǎn),預(yù)測(cè)了四君子湯防治ALD可能與脂質(zhì)代謝、脂質(zhì)調(diào)控、炎癥反應(yīng)等相關(guān),涉及的通路有PPAR信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路等,核心靶點(diǎn)可能是PPARG,為后續(xù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供了思路和依據(jù),也為闡明四君子湯防治ALD的機(jī)制提供新思路和新方法,更為四君子湯這一中醫(yī)經(jīng)典方的現(xiàn)代臨床應(yīng)用提供依據(jù)。