張立興 王麗娜 康廣博 黃鶴

（天津大學(xué)化工學(xué)院 系統(tǒng)生物工程教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，天津 300350）

炎癥性腸?。↖nflammatory bowel disease，IBD）是一種累及末端小腸至直腸的慢性腸道炎癥性疾病，主要包括潰瘍性結(jié)腸炎（Ulcerative colitis，UC）和克羅恩?。–rohn’s disease，CD）?；颊叨喟橛袕?fù)雜的臨床癥狀，如腹痛、直腸出血和體重減輕等［1］。IBD的發(fā)病率和流行率在過(guò)去幾十年里急劇增加，影響已經(jīng)超過(guò)350萬(wàn)人，逐漸成為一種全球流行性疾病［2］。盡管近年來(lái)得到了醫(yī)學(xué)研究團(tuán)體的廣泛關(guān)注，但個(gè)體遺傳變異、飲食、環(huán)境因素、腸道生態(tài)失調(diào)等多因素相互作用共同導(dǎo)致了疾病的發(fā)生，如圖1所示。因此僅從易感基因座位、腸道微生態(tài)對(duì)宿主的影響等單一維度無(wú)法揭示IBD的發(fā)病機(jī)制。

圖1 IBD發(fā)病因素之間的復(fù)雜相互作用

得益于測(cè)序和質(zhì)譜技術(shù)的不斷進(jìn)步和完善，涌現(xiàn)出的宏基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)等技術(shù)手段能夠在不同維度上反映生物體形貌。如圖2所示，自2007年以來(lái)，每年涉及炎癥性腸病和高通量組學(xué)數(shù)據(jù)的研究文章和摘要的數(shù)量（log值）正在逐年上升。單一組學(xué)研究在疾病的診斷和治療中起著不可替代的作用，但是單組學(xué)的研究方式通常存在局限性，僅能從單一維度去描述多系統(tǒng)、多層次的IBD病理變化。此外富集分析結(jié)果范圍較大，其有效性有待考證，例如轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中盡管上游基因突變或喪失功能，但如果激活其他途徑，mRNA表達(dá)可能保持不變甚至增加，這顯然已無(wú)法滿足病因?qū)W研究的需要。相較于傳統(tǒng)的單組學(xué)技術(shù)手段，多組學(xué)聯(lián)合分析具有系統(tǒng)性與整體性的特點(diǎn)且組學(xué)間交叉驗(yàn)證，其結(jié)果在IBD的發(fā)病機(jī)理，診斷和治療方面更具說(shuō)服力。IBD表型異質(zhì)性是由基因-環(huán)境相互作用所驅(qū)動(dòng)，并且被腸道菌群失調(diào)介導(dǎo)。多組學(xué)聯(lián)合分析能夠更好地反映宿主免疫反應(yīng)、宿主環(huán)境因素和腸道微生物群之間復(fù)雜的相互作用特征。

圖2 組學(xué)在IBD相關(guān)研究文章中的歷史趨勢(shì)

由美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院（USA National Institutes of health，NIH）資助的人類微生物組項(xiàng)目聯(lián)盟召集了一批科學(xué)家來(lái)探索微生物群落及其與人類宿主的關(guān)系。人類微生物組計(jì)劃的第一階段（HMP）［3-4］通過(guò)確定包括胃腸道、鼻、皮膚、泌尿生殖道等在內(nèi)的人類微生物組的多樣性和組成以評(píng)估與健康相關(guān)的微生物多樣性的共同模式；這些努力揭示了與人類有關(guān)的巨大微生物多樣性，并為宿主與微生物組間的相互作用關(guān)系提供了新的見(jiàn)解。人類微生物組計(jì)劃的第二階段（iHMP）［5］通過(guò)與微生物有關(guān)的3種人類疾病模型的研究，利用包括16S擴(kuò)增子、宏基因組和宏轉(zhuǎn)錄組、代謝組和蛋白組數(shù)據(jù)、單細(xì)胞測(cè)序、病毒組測(cè)序以及血清學(xué)在內(nèi)的多組學(xué)數(shù)據(jù)，建立了完整的分子互作網(wǎng)絡(luò)，并且系統(tǒng)揭示了腸道菌群的組成、多樣性以及穩(wěn)定性與人體正常的生理功能以及疾病的發(fā)生密切相關(guān)。這3項(xiàng)縱向研究集中在（1）妊娠和早產(chǎn)；（2）腸道疾病發(fā)病，以炎癥性腸病為模型；（3）呼吸道病毒感染和2型糖尿病發(fā)病。作為iHMP研究的3個(gè)領(lǐng)域之一，研究人員深入剖析了炎癥性腸病宿主以及微生物活動(dòng)的內(nèi)在和外部關(guān)聯(lián)，同時(shí)也為應(yīng)用多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析技術(shù)進(jìn)一步探究IBD的發(fā)病機(jī)制、尋找IBD的治療新靶點(diǎn)指明方向。此外，世界范圍內(nèi)不同國(guó)家和地區(qū)也進(jìn)行了多項(xiàng)IBD患者隊(duì)列的多組學(xué)研究，產(chǎn)生了海量IBD特征數(shù)據(jù)，這將有利醫(yī)學(xué)研究團(tuán)隊(duì)深層次探究病因的分子機(jī)制。這些研究項(xiàng)目尋找出的有效靶點(diǎn)將成為未來(lái)IBD干預(yù)治療策略研究的新方向、新思路。目前根據(jù)臨床特征將IBD分為多個(gè)亞型，如果要開(kāi)發(fā)一種更有針對(duì)性的治療方法，需要發(fā)現(xiàn)IBD的分子亞型，這些亞型可以作為新的藥物靶點(diǎn)。為了實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，需要從相同的IBD患者中獲得多層分子數(shù)據(jù)。本文探討了多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析在IBD研究中的重要潛在應(yīng)用，包括發(fā)病機(jī)理分析、疾病異質(zhì)性特征分析、治療反應(yīng)預(yù)測(cè)、新型靶向藥物開(kāi)發(fā)、精準(zhǔn)醫(yī)療等，為IBD的診療提供理論參考和借鑒。

1 宿主基因組學(xué)

基因分型（Genotyping），是通過(guò)使用生物學(xué)分析方法檢查個(gè)體的DNA序列并將其與其他個(gè)體的序列或參考序列進(jìn)行比較來(lái)確定個(gè)體的遺傳組成（基因型）差異過(guò)程的技術(shù)。免疫芯片、全局篩選芯片和人外顯子組芯片的應(yīng)用使得大規(guī)模檢測(cè)IBD易感基因座，探究人類遺傳因素與疾病表型之間的關(guān)系成為可能，也為宿主基因型和腸型之間的相互作用提供了強(qiáng)有力的證據(jù)。由英國(guó)、德國(guó)、瑞典等多個(gè)國(guó)家聯(lián)合成立的國(guó)際炎癥性腸病遺傳學(xué)聯(lián)盟（UK IBD Genetics Consortium，IIBDGC）致力于建立IBD患者和健康人群的高質(zhì)量基因組DNA和表型信息，目前擁有來(lái)自IBD患者和健康對(duì)照者的大約40000個(gè)DNA樣品，現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)了99個(gè)明確的IBD易感基因座。同時(shí)應(yīng)用Immuno Chip定制芯片，為大約15000名CD患者，12000名UC患者和21000名健康對(duì)照患者進(jìn)行分型，聯(lián)合基因型-表型分析技術(shù)挖掘全基因組關(guān)聯(lián)研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）數(shù)據(jù)，以鑒定更多的新型藥物靶點(diǎn)、改進(jìn)現(xiàn)有診療方法為目標(biāo)，為個(gè)性化治療提供數(shù)據(jù)支持。此外，我國(guó)炎癥性腸病學(xué)組證實(shí)了IBD遺傳易感性在東西方人群中存在顯著差異，這為我國(guó)IBD發(fā)病機(jī)制研究提供了新的研究方向［6］。

傳統(tǒng)芯片篩選技術(shù)僅能檢測(cè)出疾病已知關(guān)聯(lián)位點(diǎn)，針對(duì)潛在位點(diǎn)對(duì)疾病的遺傳影響不能很好地闡明，因此需要通過(guò)其他測(cè)序手段了解疾病的遺傳學(xué)機(jī)理。對(duì)特定細(xì)胞類型或組織中IBD全外顯子組測(cè)序和易感性基因座靶點(diǎn)重測(cè)序研究有望了解IBD發(fā)病機(jī)制中基因位點(diǎn)的功能作用，通過(guò)測(cè)序平臺(tái)的高特異性、靈敏度以及覆蓋度，深度發(fā)掘與IBD發(fā)病相關(guān)的基因信息。核苷酸結(jié)合寡聚化結(jié)構(gòu)域蛋白2（NOD2）在CD的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)中最顯著，也是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)與IBD相關(guān)的基因［7-9］。與全基因組重測(cè)序相比，外顯子組測(cè)序和IBD易感基因座靶向重測(cè)序具有低成本、高效快捷的優(yōu)勢(shì)，且能針對(duì)潛在變異位點(diǎn)反復(fù)測(cè)序，測(cè)序深度可達(dá)100x-150x，檢測(cè)到更多低頻和罕見(jiàn)變異，有利于更好地解釋所得變異與疾病的關(guān)系。宿主基因型和腸道型都與疾病表型有關(guān)，這為宿主基因型和腸道型之間的相互作用提供了強(qiáng)有力的證據(jù)。Weersma等［10］通過(guò)宿主基因組外顯子測(cè)序和全基因組測(cè)序，鑒定到12個(gè)微生物數(shù)量性狀基因座（microbial Quantitative Trait Locus，mbQTLs），包 括IBD相 關(guān) 基 因IL17REL、MYRF、SEC16A和WDR78。產(chǎn)短鏈脂肪酸途徑中乙酰輔酶A生物合成減少與基因MYRF變異相關(guān)，同時(shí)基因CYP2D6、GPR151和CD160的一些罕見(jiàn)變異也會(huì)導(dǎo)致代謝相關(guān)功能通路的變化，此外相互作用分析證實(shí)了TNFSF15基因中IBD疾病特異性mbQTLs。

通過(guò)測(cè)序技術(shù)找到的基因組易感位點(diǎn)范圍往往很大，其中許多變異位點(diǎn)僅僅具有統(tǒng)計(jì)意義上的關(guān)聯(lián)性，而不具有因果性，產(chǎn)生了很多和疾病無(wú)關(guān)的候選基因列表。黃海亮等［11］設(shè)計(jì)出新的精細(xì)化定位算法，精確定位出和疾病具有因果關(guān)系的易感位點(diǎn)，可以更多地了解與IBD發(fā)病機(jī)制相關(guān)的基因信息，并可拓展應(yīng)用到其他復(fù)雜遺傳疾病上。盡管近十年以來(lái)，GWAS已經(jīng)確定了許多IBD疾病易感位點(diǎn)，至少涉及300個(gè)基因［12］，但與IBD發(fā)生機(jī)制的關(guān)系還有待進(jìn)一步闡釋。

2 環(huán)境組學(xué)和表觀基因組學(xué)

宿主環(huán)境包括飲食、種族、性別、抗生素用藥史等，在IBD患者發(fā)病病因中起到重要作用，并且能影響患者腸道微生物表型。例如，飲食被認(rèn)為是長(zhǎng)期和短期時(shí)間尺度上微生物結(jié)構(gòu)和功能的重要決定因素［13-14］，涉及腸道菌群的IBD研究應(yīng)在研究設(shè)計(jì)階段盡可能控制飲食。抽煙、闌尾切除術(shù)與UC呈負(fù)相關(guān)，但它們卻能加重CD；高脂飲食、精細(xì)碳水化合物與IBD的發(fā)生密切相關(guān)，相反富含水果、蔬菜和不飽和脂肪酸的飲食可以預(yù)防這類疾病；此外，維生素D供給不足、空氣污染、睡眠障礙、心理因素等也能影響IBD發(fā)生及發(fā)展［15］。這些結(jié)果表明在IBD的研究設(shè)計(jì)和分析中都應(yīng)該包含這些影響因素。

許多證據(jù)表明，DNA甲基化、組蛋白修飾和miRNAs表達(dá)改變能解釋IBD發(fā)病過(guò)程中基因與環(huán)境因素的關(guān)系。“表觀遺傳學(xué)”的概念由Waddington等提出，包括DNA甲基化、組蛋白修飾和非編碼RNA［16］。表觀基因組描述了不同時(shí)期、不同細(xì)胞類型中的表觀遺傳修飾的位置，并找到它們的功能相關(guān)性，可以為炎癥性腸病的發(fā)病機(jī)理提供新的研究思路。Nimmo等［17］針對(duì)IBD患者外周血樣品繪制了CD不同階段的全局甲基化譜，與對(duì)照組相比，CD患者的甲基化水平顯著改變，包括一些免疫激活改 變 的 基 因：MAPKI3、FASLG、PRF1、S100A13、RIPK3和IL-21R等，證實(shí)相關(guān)基因的甲基化狀態(tài)是疾病狀態(tài)的預(yù)測(cè)指標(biāo)。Kelly等［18］研究分析了CD患兒回腸上皮細(xì)胞的組蛋白甲基化特征，鑒定出組蛋白H3K4me3表觀遺傳修飾發(fā)生顯著變化的基因，主要集中在免疫調(diào)節(jié)、細(xì)胞生存和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等代謝通路，與患者的腸道炎癥程度密切相關(guān)。Kim等［19］通過(guò)甲基化特異性PCR和亞硫酸氫鹽測(cè)序技術(shù)對(duì)207例CD患者進(jìn)行了功能驗(yàn)證，確定了脆性組胺酸三聯(lián)體基因（FHIT）在CD患者中以疾病特異性的方式高度甲基化，并且發(fā)現(xiàn)其蛋白表達(dá)水平下調(diào)，確認(rèn)甲基化FHIT是一種很有前景的CD生物標(biāo)志物。涉及IBD發(fā)病機(jī)制的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究不再是“單線程”（如基因組學(xué)或表觀基因組學(xué)）的研究方式，而應(yīng)結(jié)合兩者共同解釋克羅恩病或潰瘍性結(jié)腸炎的基因分子調(diào)控機(jī)制，為IBD的診斷與治療提供新的研究方向。

3 宿主轉(zhuǎn)錄組學(xué)

IBD病因的復(fù)雜性超出了基因組和表觀遺傳學(xué)的范疇，并涉及基因調(diào)控下游的其它組件，包括轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組和代謝組。轉(zhuǎn)錄組是某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)全部RNA轉(zhuǎn)錄本的集合，能夠從整體上揭示細(xì)胞中基因的表達(dá)情況及調(diào)控規(guī)律。轉(zhuǎn)錄失調(diào)與包括IBD在內(nèi)的多種疾病相關(guān)，分析組織中RNA的表達(dá)可以提供疾病活動(dòng)、病程和治療效果等信息。Clark等［20］通過(guò)整合微陣列與miRNA數(shù)據(jù)集發(fā)現(xiàn)IBD患者中上調(diào)最多的基因與糖尿病發(fā)生（REG1A，REG1B）、細(xì)菌信號(hào)（TLRs、NLRs）、先天免疫（DEFA6、IDO1、EXOSC1）、炎癥（CXCLs）和基質(zhì)降解（MMPs）相關(guān)；下調(diào)緊密連接蛋白（CLDN8）、溶質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白（SLCs）和粘附蛋白基因表達(dá)，將重新定位現(xiàn)有IBD治療方法的藥物途徑和治療靶標(biāo)。Momozawa等［21］通過(guò)大型轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集鑒定了23650個(gè)順式-表達(dá)數(shù)量性狀基因座，確定了驅(qū)動(dòng)63個(gè)IBD相關(guān)基因座的疾病相關(guān)性的調(diào)控模塊。此外，轉(zhuǎn)錄組還被應(yīng)用于發(fā)現(xiàn)診斷和治療UC和CD患者的生物標(biāo)志物。Lin等［22］識(shí)別出炎癥性腸病中的新型miRNA標(biāo)志物包括miR-31、miR-206、miR-424和miR-146a，這將有助于炎癥性腸病的診斷。轉(zhuǎn)錄組學(xué)的主要挑戰(zhàn)之一是不同宿主細(xì)胞類型的表達(dá)譜差異性。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，這些局限性會(huì)被逐步優(yōu)化和改進(jìn)，從黏膜活檢標(biāo)本中分離單個(gè)宿主細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序可以緩解這一問(wèn)題。

4 蛋白質(zhì)組學(xué)

蛋白質(zhì)組學(xué)針對(duì)某一生物、組織或細(xì)胞在特定生理或病理?xiàng)l件，系統(tǒng)性研究所有蛋白質(zhì)的特征、數(shù)量和功能，能夠獲得包括功能多樣性腸道菌群在內(nèi)的環(huán)境樣本，揭示正在進(jìn)行的代謝過(guò)程以及受環(huán)境變化如疾病狀況的影響，更有可能反映宿主與微生物生態(tài)系統(tǒng)的實(shí)際情況以及與IBD的內(nèi)在關(guān)聯(lián)。Washington等［23］利用支持向量機(jī)算法和機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)研究蛋白質(zhì)組特征的預(yù)測(cè)效力，在區(qū)分CD和UC分類上獲得了較好的預(yù)測(cè)結(jié)果。Manfredi等［24］評(píng)估了UC與CD的血清蛋白譜，發(fā)現(xiàn)UC與CD患者相比對(duì)照組均有不同程度的蛋白表達(dá)差異，其中有些蛋白如KAIN、PRCC和GELS僅在CD中發(fā)現(xiàn)差異，還有些蛋白如LPPRC，SURF4和CHADL僅在UC中發(fā)現(xiàn)差異。Di等［25］發(fā)現(xiàn)與健康組相比，IBD患者中上調(diào)的蛋白在趨化因子和細(xì)胞因子活性、免疫性疾病生物標(biāo)志物和自身免疫性疾病GWAS信號(hào)中顯著富集；相反，下調(diào)的蛋白在營(yíng)養(yǎng)和代謝方面富集。蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用有助于挖掘新的IBD標(biāo)志物，發(fā)現(xiàn)的IBD相關(guān)生物標(biāo)志物主要有血小板因子4［26］、結(jié)合珠蛋白［27］、波形蛋白［28］、人中性粒細(xì)胞防御素組分［29］等，這種蛋白質(zhì)組學(xué)診斷模式為IBD的鑒別診斷提供具有臨床價(jià)值的參考標(biāo)準(zhǔn)。蛋白質(zhì)組學(xué)可以有效地加速互補(bǔ)生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)，從而能夠持續(xù)監(jiān)測(cè)患者的治療反應(yīng)；還可以進(jìn)一步改善治療方法，并最終促進(jìn)針對(duì)IBD的個(gè)性化藥物治療［30］。

5 代謝組學(xué)

代謝組是指細(xì)胞、組織或器官中所有代謝組分的集合，尤其是指分子質(zhì)量在1000以下的小分子物質(zhì)［31］。與細(xì)胞的主要功能單位蛋白質(zhì)不同，代謝物是指代謝過(guò)程中生化活動(dòng)產(chǎn)生的小分子，基因與蛋白質(zhì)的微小調(diào)控最終反映在代謝物表型的變化［32］。近年來(lái)，研究人員開(kāi)始利用代謝組學(xué)技術(shù)探討IBD病因機(jī)制，旨在改善疾病診斷和治療效果。Schicho等［33］采用核磁共振氫譜（NMR）分析IBD患者的血清和血漿樣本，發(fā)現(xiàn)IBD患者中的甲醇、甲酸鹽、甘露糖、氨基酸含量明顯增加，而尿素和檸檬酸鹽含量明顯降低。Wilson等［34］研究人員從血漿、血清、尿液、糞便、糞便揮發(fā)物、呼氣中的揮發(fā)性有機(jī)化合物等不同生物樣本對(duì)IBD人群進(jìn)行定性定量分析發(fā)現(xiàn)，與非IBD人群相比，IBD患者的氧化三甲胺TMAO水平有所下降。這些數(shù)據(jù)表明，TMAO可能有潛力作為一種生物標(biāo)志物，以支持IBD診斷以及評(píng)估UC的疾病活動(dòng)。Marchesi等［35］采用無(wú)創(chuàng)代謝組學(xué)方法識(shí)別不同類型IBD糞便標(biāo)本的代謝物特征，觀察到CD患者的糞便代謝譜相比UC患者存在顯著差異，表明CD引起的炎癥更廣泛，涉及整個(gè)腸道。這些研究說(shuō)明了代謝組學(xué)在識(shí)別潛在生物標(biāo)志物方面應(yīng)用前景廣闊。此外，代謝組學(xué)作為其他組學(xué)技術(shù)的補(bǔ)充，能夠揭示關(guān)鍵生物學(xué)機(jī)制，具有明顯的應(yīng)用價(jià)值。

6 微生物組學(xué)

盡管IBD病因尚不清楚，但越來(lái)越多證據(jù)表明IBD與腸道生態(tài)失衡有關(guān)［36］。目前IBD患者腸道微生物群落結(jié)構(gòu)研究主要是通過(guò)糞便標(biāo)本檢測(cè)，結(jié)果與腸道活檢標(biāo)本檢測(cè)有明顯差異［37］，并不能很好地解釋IBD與腸道微生態(tài)失衡的強(qiáng)相關(guān)性。但仍然有其他證據(jù)，如服用抗生素后的新生兒在未來(lái)患有IBD的風(fēng)險(xiǎn)更高［38］，以及IBD風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)與模式識(shí)別受體（PRRs）、免疫細(xì)胞因子相關(guān)［39］。PRRs能夠?qū)Σ≡a(chǎn)生應(yīng)答，如與CD患者相關(guān)的NOD2基因能編碼胞內(nèi)PRR，若該基因上的功能位點(diǎn)缺失，會(huì)導(dǎo)致腸道微生態(tài)中的有害菌清除功能障礙［40］。這些證據(jù)都能表明IBD發(fā)病與腸道微生物群落失衡有關(guān)，為進(jìn)一步對(duì)IBD病因機(jī)制研究提供了方向。對(duì)腸道微生物群落的深入分析，以及對(duì)人體腸道和宿主微生物群落之間的相互作用分析，能夠更好地發(fā)現(xiàn)微生物相互作用（如合作、競(jìng)爭(zhēng)、利他、侵略）對(duì)IBD發(fā)病機(jī)制的新見(jiàn)解。

6.1 16S rRNA擴(kuò)增子測(cè)序

16S rRNA擴(kuò)增子測(cè)序是研究微生物群落結(jié)構(gòu)的常用手段。16S rDNA是細(xì)菌編碼核糖體16S亞基的基因，存在于原核微生物基因組中［41］，具備高度保守性（保守區(qū)）和特異性（可變區(qū)），是系統(tǒng)發(fā)育研究和分類學(xué)研究的理想目標(biāo)。在一項(xiàng)中西方IBD患者隊(duì)列中，利用16S rRNA測(cè)序技術(shù)發(fā)現(xiàn)不同人種患者糞便標(biāo)本中的腸道菌群變化模式相似，并且開(kāi)發(fā)出一套用于IBD診斷的預(yù)測(cè)模型，CD與UC的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率分別為87.5%和79.1%。另外發(fā)現(xiàn)對(duì)英夫利昔單抗治療應(yīng)答的患者治療后腸道菌群多樣性恢復(fù)，梭菌目（Clostridiales）相對(duì)豐度顯著增加，這使得英夫利昔單抗更有針對(duì)性地治療IBD，從而達(dá)到降低成本和藥物不良反應(yīng)發(fā)生率的目的［42］。在IBD患者腸道微生態(tài)中尋找豐度特異性變化的生物標(biāo)志物成為臨床個(gè)性化治療IBD的重要基礎(chǔ)，發(fā)現(xiàn)是否有跨種族通用或特定的腸道微生物標(biāo)志物可以顯示和預(yù)測(cè)疾病進(jìn)展和藥物治療反應(yīng)，為不同IBD患者菌群模式提供更多精準(zhǔn)治療方案。

6.2 宏基因組學(xué)

宏基因組學(xué)是生境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的［43］。通過(guò)宏基因組測(cè)序（Metagenomic Sequencing，MGS）得到的不同層面特征信息可用于給IBD疾病狀態(tài)和治療反應(yīng)分類及預(yù)測(cè)。Douglas等［44］在腸檢樣本中鑒定出可作為標(biāo)志物的腸道微生物，并研究了腸道菌群功能，鑒定出的嗜粘蛋白-艾克曼菌屬（Akkermansia muciniphila）在CD患者中豐度較低，MGS鑒定出的功能相關(guān)代謝通路如ko00633、KO7793等可較準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)治療反應(yīng)。在一項(xiàng)西方IBD患者隊(duì)列研究中發(fā)現(xiàn)，IBD患者的糞便微生物多樣性相比健康組物種多樣性顯著減少［45］，這種變化與疾病發(fā)展緊密相關(guān)。更進(jìn)一步研究表明，厚壁菌門豐度特異性減少，變形菌門豐度特異性增加，這種變化與復(fù)雜微生物群落介導(dǎo)宿主炎癥反應(yīng)的環(huán)境應(yīng)力相一致。

腸道菌群的縱向數(shù)據(jù)收集成本較高，但在某些情況下信息解釋度并不夠，因?yàn)槟c道微生物具有一定的可塑性和穩(wěn)定性。微生物群落對(duì)人類健康風(fēng)險(xiǎn)的影響在很大程度上取決于微生物之間合作交流、競(jìng)爭(zhēng)侵略等相互作用［46］。因此，系統(tǒng)闡明微生物相互作用對(duì)宿主疾病的調(diào)控機(jī)制研究很有意義。姜立波等［47］將博弈論、行為生態(tài)學(xué)等學(xué)科理論整合到微生物相互作用關(guān)系的網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)中，并開(kāi)發(fā)出一套基于物種豐度依賴性的互作網(wǎng)絡(luò)算法。微生物相互作用經(jīng)驗(yàn)法則的開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)對(duì)解釋IBD遺傳-環(huán)境相互作用網(wǎng)絡(luò)具有重大意義。

7 多組學(xué)聯(lián)合分析

盡管基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組、微生物組等多個(gè)組學(xué)在探索IBD發(fā)病機(jī)制研究和提供更優(yōu)的治療策略方面提供了極大的幫助。然而多數(shù)研究?jī)H通過(guò)單一的組學(xué)從單一的因素入手，而沒(méi)有考慮到它們?cè)诮】祷蚣膊≈械膹?fù)雜相互作用?；贗BD疾病的復(fù)發(fā)性，從單一角度可能無(wú)法很好的解釋疾病的發(fā)展過(guò)程，所以整合組學(xué)對(duì)于IBD的解讀擁有無(wú)可比擬的優(yōu)勢(shì)。IBD系統(tǒng)生物學(xué)通過(guò)各種組學(xué)數(shù)據(jù)集結(jié)合多層次分析，能全面描述IBD分子特征，是IBD發(fā)生發(fā)展研究的理想方式。利用基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和免疫組學(xué)可以觀察宿主遺傳結(jié)構(gòu)和免疫應(yīng)答；通過(guò)宏基因組測(cè)序和宏轉(zhuǎn)錄組可以測(cè)量腸道微生物；蛋白質(zhì)組學(xué)、宏蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)可以測(cè)量宿主信號(hào)和微生物共代謝；通過(guò)飲食日記、飲食頻率問(wèn)卷和標(biāo)準(zhǔn)化臨床記錄來(lái)測(cè)量環(huán)境因素。但多組學(xué)整合分析的工作還較為欠缺，樣本量、測(cè)序深度及數(shù)據(jù)庫(kù)注釋度是限制IBD多組學(xué)研究的主要因素，這會(huì)導(dǎo)致不同研究中得到的結(jié)果相互矛盾，表明標(biāo)準(zhǔn)化的必要性。如表1-2所示，世界各地的多個(gè)研究小組和協(xié)會(huì)正在生成大型數(shù)據(jù)集，包括廣泛的臨床數(shù)據(jù)與高通量組學(xué)數(shù)據(jù)。

多組學(xué)技術(shù)應(yīng)用于腸道微生物研究，為遺傳、代謝和生化過(guò)程的變化提供了一個(gè)全局視角。如圖3所示，這種方法現(xiàn)在已被應(yīng)用于IBD患者的腸道菌群，能幫助我們更好地理解IBD患者微生物組致病作用的具體機(jī)制，以及宿主-微生物相互作用的功能闡釋。IBDMDB項(xiàng)目作為iHMP的一部分，研究涉及宏基因組、宿主和宏轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組、病毒組、甲基化分析和16S測(cè)序，將微生物組成與基因關(guān)聯(lián)分析，在直腸和回腸分別獲得了106對(duì)和31對(duì)基因-OTU對(duì)，這與區(qū)分不同部位的不同基因表達(dá)模式一致；最后整合多組學(xué)構(gòu)建出大規(guī)模交叉測(cè)量型關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)，其中普拉氏梭桿菌（Fecalibacterium prausnitzii）相關(guān)性最強(qiáng)，能解釋在“失調(diào)”時(shí)相關(guān)基因、轉(zhuǎn)錄及蛋白水平表達(dá)下調(diào)。?；鈮A與許多失調(diào)相關(guān)的物種有關(guān)，包括肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae），副流感嗜血桿菌（Haemophilus parainfluenzae）和鮑氏梭菌（Clostridium bolteae）等，這意味著包括長(zhǎng)期生長(zhǎng)和短期轉(zhuǎn)錄在內(nèi)的多種調(diào)控尺度都參與其中［64］。在一項(xiàng)Alenghat等［65］主導(dǎo)的研究中，他們通過(guò)包括全基因組表達(dá)譜、16S rRNA擴(kuò)增子測(cè)序和染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序（ChIP seq）在內(nèi)的多組學(xué)聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn)，宿主遺傳和環(huán)境因素包括共生細(xì)菌信號(hào)，能影響IBD的發(fā)展和嚴(yán)重程度。他們認(rèn)為HDAC3是協(xié)調(diào)腸上皮細(xì)胞內(nèi)在轉(zhuǎn)錄途徑網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵作用機(jī)制，HDAC3可調(diào)節(jié)IBD患者中多種細(xì)胞過(guò)程和共生菌信號(hào)。對(duì)腸道微生物群的反應(yīng)改變是疾病風(fēng)險(xiǎn)的主要決定因素和疾病的可能機(jī)制，許多與保護(hù)腸道菌群相關(guān)的宿主生物功能易受組成基因中有害基因突變的影響。我們可以整合微生物組學(xué)和GWAS數(shù)據(jù)，研究宿主遺傳變異對(duì)微生物組的影響。在一項(xiàng)包括10000多名IBD患者和5000多名非IBD患者的多中心研究中，證明一種特定的錯(cuò)義變體（rs13107325）與CD和結(jié)腸粘膜微生物組分的變化有關(guān)，所有樣本均在同一位置進(jìn)行基因分型，驗(yàn)證隊(duì)列最終證明了特定的IBD風(fēng)險(xiǎn)變異導(dǎo)致腸道微生物群的致病性變化［66］。

獻(xiàn)文［67］［5］［64］［48］［49］［50］［51］［52］［53］［54］［55］［56］本本本本本本本本標(biāo)標(biāo)標(biāo)標(biāo)標(biāo)標(biāo)標(biāo)標(biāo)便檢便便便便便便///糞/活/糞//糞/糞//糞/糞/糞序序本序序序序本序序序序序序測(cè)測(cè)標(biāo)測(cè)測(cè)測(cè)測(cè)標(biāo)測(cè)測(cè)測(cè)測(cè)測(cè)測(cè)法子檢法子法子檢子子子本法子法槍增活槍增槍增活增增增標(biāo)槍增槍學(xué)鳥(niǎo)鳥(niǎo)組組本本組組腸活組組物因標(biāo)標(biāo)因因和膜因因生基便便基基糞——16S rRNA擴(kuò)和鳥(niǎo)16S rRNA擴(kuò)鳥(niǎo)16S rRNA擴(kuò)道便粘基基微宏糞糞宏宏16S rRNA擴(kuò)16S rRNA擴(kuò)16S rRNA擴(kuò)檢腸宏16S rRNA擴(kuò)鳥(niǎo)宏————便/糞/糞/結(jié)學(xué)組質(zhì)本組組質(zhì)組組質(zhì)白質(zhì)白白標(biāo)蛋本蛋本質(zhì)蛋織白白主標(biāo)主標(biāo)主組蛋本宿便宿便蛋——宏標(biāo)————————————宿腸——組（SCAFs）/糞漿本本本人）標(biāo)勻標(biāo)標(biāo)便便便便列（/糞/糞/糞/糞組隊(duì)組組究謝謝組謝/糞謝代學(xué)代代代謝研學(xué)組向向向向代本謝靶靶靶靶向標(biāo)組代——非非——————————非非靶便————多病本檢本本檢本本腸標(biāo)活標(biāo)標(biāo)活標(biāo)標(biāo)性便腸便檢道本織血癥/糞/糞標(biāo)組/全錄RNA-Seq/結(jié)錄RNA-Seq/活序序RNA-Seq/腸RNA-Seq/胞細(xì)檢腸片1 炎測(cè)測(cè)維芯學(xué)組組纖達(dá)成組RNA-Seq/活RNA-Seq/結(jié)表表錄轉(zhuǎn)主本轉(zhuǎn)主主本主腸因轉(zhuǎn)——宏宿標(biāo)宏宿宿標(biāo)宿人————————基/位析本本/分標(biāo)標(biāo)感本析/化液液分片基血化芯DNA甲/血血和IBD易標(biāo)疫/序檢和周基免析測(cè)組/活序/外和測(cè)序細(xì)片標(biāo)組本子析組測(cè)DNA甲胞維芯本胞學(xué)因標(biāo)顯分子重組纖型子標(biāo)GWAS分本細(xì)組基血外化顯向因成分顯血化白因主周主基外靶基腸因外周基血基——宿外宿甲全點(diǎn)全人基人外————————甲全量數(shù)12 90 1321 215 61821 561 63 183934——UC/CD 0/10 36/3638/67495/6150/367/115 0/1561 17/1982/509/015/9——The GEM Project Inflammation at IBDMDB稱HMP iHMP目名Med into Grad 1000 IBD Project IBDGC——Interfaces——————項(xiàng)

獻(xiàn)文［57］［58］［59］［60］［61］［62］［63］物容內(nèi)腸/盲序測(cè)子增學(xué)組物微————16S rRNA擴(kuò)——生——————本標(biāo)本本本腸標(biāo)標(biāo)標(biāo)結(jié)膜本膜本腸本標(biāo)結(jié)標(biāo)腸標(biāo)粘臟腸臟腸腸和鼠）和粘/肝/結(jié)/肝/結(jié)/結(jié)/肝/結(jié)組組究（組組組組組研學(xué)質(zhì)質(zhì)質(zhì)質(zhì)質(zhì)質(zhì)質(zhì)組白白白白白白白學(xué)質(zhì)蛋蛋蛋蛋蛋蛋蛋組白主主主主主主主宿宿多宿宿蛋宿宿宿的型本標(biāo)模臟本內(nèi)肝標(biāo)體和漿病漿血本腸血和標(biāo)臟臟性凍癥/冷/肝/肝組2 炎組組謝謝謝學(xué)代代代組向向向表謝靶非————靶非————靶代非本本本標(biāo)本標(biāo)標(biāo)腸標(biāo)腸腸結(jié)膜結(jié)本本結(jié)本和粘和標(biāo)標(biāo)和標(biāo)臟腸臟腸腸臟腸/肝/結(jié)/肝/結(jié)/結(jié)/肝/結(jié)片片片片片片片芯芯芯芯芯芯芯學(xué)達(dá)達(dá)達(dá)達(dá)達(dá)達(dá)達(dá)組表表表表表表表錄因因因因因因因轉(zhuǎn)基基基基基基基型型鼠模模小炎炎陷腸炎鼠性腸腸腸炎炎大腸缺結(jié)因移結(jié)-/-）轉(zhuǎn)導(dǎo)導(dǎo)導(dǎo)導(dǎo)結(jié)結(jié)DSS誘模DSS誘型DSS誘IL-10基胞T細(xì)DSS誘Mdr1a（

多組學(xué)聯(lián)合分析還能用于研究IBD患者中腸道菌群與免疫系統(tǒng)的相互作用。適應(yīng)性免疫通過(guò)抗原特異性應(yīng)答來(lái)保護(hù)微生物，免疫應(yīng)答受損會(huì)改變腸道菌群結(jié)構(gòu)，進(jìn)而導(dǎo)致腸道菌群紊亂或失衡；反過(guò)來(lái)腸道菌群能夠促進(jìn)粘膜免疫系統(tǒng)和全身免疫系統(tǒng)的正常發(fā)育與成熟，其生態(tài)失調(diào)則會(huì)破壞免疫系統(tǒng)。Erickson等［67］在6對(duì)健康或受CD影響的雙胞胎的糞便樣本中，通過(guò)宏基因組學(xué)和宏蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，旨在明確與CD相關(guān)的基因和蛋白質(zhì)水平的功能差異。最后發(fā)現(xiàn)在回腸克羅恩病患者的蛋白譜中，負(fù)責(zé)機(jī)體炎癥反應(yīng)的蛋白質(zhì)明顯增多，并且伴隨著細(xì)菌碳水化合物代謝和細(xì)菌-宿主相互作用的改變。多組學(xué)技術(shù)被越來(lái)越廣泛地用于闡析IBD患者中腸道微生物、免疫系統(tǒng)和宿主遺傳結(jié)構(gòu)三者之間的相互作用關(guān)系，組學(xué)數(shù)據(jù)之間能互相補(bǔ)充和證明，確保研究結(jié)果的深入性和可靠性。在一項(xiàng)IBD宏基因組研究中，發(fā)現(xiàn)IBD患者和健康組之間有12%的代謝功能途徑存在顯著差異。另一項(xiàng)宏基因組學(xué)和宏蛋白質(zhì)組學(xué)研究證實(shí)，iCD中丁酸鹽和丙酸鹽代謝基因減少，丁酸鹽和其他短鏈脂肪酸的總體水平降低，這與16S研究發(fā)現(xiàn)的產(chǎn)短鏈脂肪酸厚壁菌減少一致［68］。

圖3 IBD多組學(xué)聯(lián)合分析

此外，還能利用在IBD多組學(xué)產(chǎn)生的大規(guī)模數(shù)據(jù)指導(dǎo)早期靶向藥物開(kāi)發(fā)和腸道微生物組干預(yù)治療策略［69］。Mills等［70］收集40名UC患者患者糞便樣品進(jìn)行16S rRNA、基因組、代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)，同時(shí)對(duì)血清樣品進(jìn)行蛋白質(zhì)組測(cè)序，整合測(cè)序數(shù)據(jù)集分析與UC疾病嚴(yán)重程度相關(guān)的微生物因素，所有組學(xué)分析結(jié)果均顯示出與疾病嚴(yán)重性相關(guān)的大規(guī)模變化，其中代謝組和蛋白質(zhì)組學(xué)最能預(yù)測(cè)UC疾病的嚴(yán)重性，最后確定擬桿菌屬（Bacteroides）蛋白酶是反映UC疾病嚴(yán)重程度的一個(gè)明顯特征，而這主要是由于蛋白酶蛋白表達(dá)的變化所引起，體內(nèi)和體外實(shí)驗(yàn)的證據(jù)均顯示細(xì)菌蛋白酶抑制劑可能是未來(lái)治療UC的一種新型治療方法。Jia等［62］通過(guò)使用葡聚糖硫酸鈉（DSS）誘導(dǎo)的結(jié)腸炎小鼠模型進(jìn)行多組學(xué)評(píng)估，發(fā)現(xiàn)歐芹通過(guò)改善腸道菌群失調(diào)進(jìn)而干預(yù)IBD。更好地了解營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和腸道微生物群之間的協(xié)同相互作用，將有助于制定更有效的IBD干預(yù)手段。

8 總結(jié)與展望

多種高通量測(cè)序技術(shù)可用于識(shí)別和定量分子表型，包括基因和miRNA表達(dá)水平、表觀遺傳特征和腸道菌群組成等，可鑒定出一系列與臨床表型相關(guān)的IBD亞型。更好地將IBD劃分為不同的表型不僅有助于更好地了解疾病，還有可能有助于確定特定的患者亞群，這些患者將從特定的干預(yù)措施中受益。盡管多組學(xué)數(shù)據(jù)的整合與建模仍具有挑戰(zhàn)性，但多組學(xué)IBD分子表型分析，有助于了解IBD病因及開(kāi)發(fā)個(gè)性化疾病管理和療法。當(dāng)常規(guī)抗炎藥物失效時(shí)，在分子途徑水平上識(shí)別IBD亞型將有助于確定更適配的治療方案。為了合理使用這些治療資源，發(fā)現(xiàn)能夠可靠地識(shí)別哪些病人會(huì)從某種藥物中受益或受到傷害的生物標(biāo)志物將是至關(guān)重要的。例如，美國(guó)PRISM隊(duì)列采用16S rRNA擴(kuò)增子和宏基因組測(cè)序技術(shù)發(fā)現(xiàn)微生物譜可以預(yù)測(cè)維多株單抗（Vedolizumab，一種腸道選擇性生物制劑）療效［71］。Rueedi等［72］對(duì)兩組不同隊(duì)列CD患者的尿液進(jìn)行了代謝組和全基因組關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果表明，一種特異性SNP（rs492602）與巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶FUT2之間存在聯(lián)系，F(xiàn)UT2與CD相關(guān)，得出FUT2可能是一個(gè)有用的CD預(yù)后生物標(biāo)志物這一結(jié)論。這項(xiàng)研究表明遺傳風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn)是IBD蛋白表達(dá)變化的驅(qū)動(dòng)因素，值得進(jìn)一步研究以證實(shí)其因果性和有效性。

雖然新型生物標(biāo)志物（表3）在臨床研究中表現(xiàn)出較好的預(yù)測(cè)效能，但是仍存在一定的局限性。生物標(biāo)志物的結(jié)果可靠性有賴于研究對(duì)象的基因背景、治療方案、微生態(tài)組成、隨訪時(shí)間等多個(gè)影響因素［78］，其臨床價(jià)值不具備普適性。因此，我們需要進(jìn)行多中心、大規(guī)模、標(biāo)準(zhǔn)化的臨床研究，提高生物標(biāo)志物對(duì)IBD的診斷與鑒別水平，有利于擴(kuò)大IBD人群的適用范圍。確定IBD個(gè)性化治療方案不僅需要臨床特征信息的輸入，還需要聯(lián)合復(fù)雜的多組學(xué)數(shù)據(jù)。因此，在大數(shù)據(jù)研究中整合這些多維數(shù)據(jù)源對(duì)IBD精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展顯得十分重要?？梢詷?lè)觀地預(yù)見(jiàn)，多組學(xué)聯(lián)合分析技術(shù)將為IBD患者提供特異性的藥物治療方案。

獻(xiàn)文參［73］考［73］［73］［73］［73］［74］［74］［73］［75-76］、醇PUS10，、肌miR-98，TNFSF8，IGNG，鹽酸ERAP2，IL10，CREM，、乳酸氨LRRK2、纈PIM3，IL/R，NDFIP1，TAGAP，IL2R，PRDM1，酸SLC22A4，氨、亮↓）TNFRSF9，氨TNFSF8，IL12B，IL23，酸GPC4，GPX1，亮、異miR-362-3p，miR-532-3p，ICAM3（CCL8，CCR6，胺IL8RB，氨酰鹽miRs-103-2*，物CCL2，CCL7，酸IL8RA，ADO，志標(biāo)BACH2，TNFSF4，VMP1，、谷CUL2，MST1，物miR-98，miR125b-1*，let-7e*，IBD生、谷鹽氨酸、甲CCL11，CDH1，ERRFI1，堿的現(xiàn)CPEB4，HNF4A，WDR8，ITGB2，CARD9，CDH1（發(fā)↑）；DOK2，、膽究MUC19，酸氨研ICOSLG，TNFSF*15，PRDX5，學(xué)GNA12，IL27，SBNO2，F(xiàn)ASLG，THAA，組多）酸）；IFITM1（↓過(guò)LRRK2，DAP，DLD JAK2，TYK2，著（↑）；丙顯3 通為氨堿HSPA6，、賴PARK7，表膽，CXCL1最酰IL23R，miRplusF1159，miR20b，磷CDH11等GBGT1，因↑）達(dá)PEX13、甘表分IBD vs. controlsCARD 9，RER，XBP1，基DENND1B，異FGR2a*/B，IL21，糖萄物FANCC，差：19個(gè)志miR-484（、葡油miRplus-E1035，酸標(biāo)IGFBP4，F(xiàn)AM10A4（↑物：CYLD、IL23，IL1R1，IL1R2，SERNC3，ORMDL3，UTS2，腸膜SLC11A1，LNPEP，CBGT1，： 精的NOD2，ITLN1，ATG16L1，STAT3，IRGM，結(jié)粘狀腸氨生腸在miR340*，結(jié)潛乙結(jié)CD vs. controls UC vs. controls組IBD vs. controlsTHRAP2，CD vs. controls IBD vs. controls CD vs. controls IBD vs. controlsmiRs-3180-3p，UC vs. controls）態(tài)組狀因組基化組組學(xué)因觀基錄謝組基甲表（轉(zhuǎn)代［75-76］［77］［77］）［77］4、［77］［75］［75］（↓、視白鹽蛋白合酸菌菌蛋二應(yīng)結(jié)桿球醇黃擬胃、丁）C-反弱瘤、視脆潑（↓Fusobacterium、醇白肌酸菌桿鹽氨蛋色應(yīng)梭、乳酸、氏-3、CXCL16、拉素普）酸酸（↓氨氨組集-3、C-反Clostridium difficil、活凝素纈）鹽、菌、酸（↓酸胺糖）集乳（↓凝↑）梭Fusobacterium varium、性）氨胺馬氨半糖難菌樣艱桿尿酰酸多氨（↓IL-8、IL-18、、三鹽、乳物生Faecalibacterium）、變腸、TNF-RI、TNF-RII、IL-8、IL-18、CXCL16、半微屬亮甲、谷antichitin、antilaminarin、PAB、IL-18、CXCL16（亮甲檸酸、酸酸甲色菌三、Campylobacter concisus、梭賴酸異、、形）、酸基氨氨胺檬氨、鹽鹽）；丙桿氨酸酸（↑糞酰丁硫（↑氨、酚酸尿、TNF-RII、鹽氨白）；馬胺酸組蛋丁、TNF-RI、Dialister invisus、）；4-甲二丁、衛(wèi)曲Klebsiella pneumoniae、氨鹽酸）；乙菌酸鈣菌谷鹽（↑谷桿特斯氨酰、酸酸、彎菌Roseburia hominis和酸谷利明伯（↑（↑二酸基白阿組簡(jiǎn)雷菌戴、酸氨羥氨氨甲、衛(wèi)鹽氨組、：S100A12、蛋氏濁酸賴基酸鈣炎膜瑞渾肺、甲索）、拜基谷胺甲粘酸、胡斯（↓酯羅酰、酸冬堿氨酯延白Enterotoxigenic Bacteroides fragilis人胺乙甲基）；天膽纈酸、）S100A12、蛋、）衛(wèi)Escherichia coli、克大Bacteroides vulgatus、菌如桿、乙酸（（↑PAB、（↓）；結(jié)酸酸基氨氨氨胍脯素（↑桿：atypical pANCA、GAB、S100A12、鈣菌白）、、（↑擬鹽胺鹽酸ACCA、gASCA、anti-OmpC、AMCA、腸）；脂蛋菌三胍anti-OmpC、弱酸甲酸索（↑酸酸氨連白脆、鹽酸鐵（↑）；丙亮、、蛋↑）性丁（↑乙延乳白鐵菌素產(chǎn)Mycobacterium avium paratuberculosis、、）醇胡堿亮乙、氨醇蛋膽（↑Bifidobacterium adolescentis、菌衛(wèi)酸酸酸擬腸異、酸（↓鈣、S100A12、連、S100A12、蛋桿通產(chǎn)菌枝素：atypical pANCA、IL-8（）普酰、酸氨乳gASCA、素桿胰歧：S100A12、）氨氨氨鐵Phylum proteobacteria、油甘甘、磷油氨甘、、、甘核桿毒）4、雙白結(jié)（↓賴甘甘、、、酸）；脂白（↑春蛋酸鹽氨鹽鹽鹽酸酸酸酸氨蛋青白：副Phylum Firmicutes、島：ALCA、白蛋：天：谷：葡：丙：甲丁（↑衛(wèi)：檸：天結(jié)：鈣萄變Bacteroides fragilis、素：鈣膜合：乳病門粘：ALCA、菌門恩菌二氨檬冬便液清腸便液清清醇便糖氨酸冬清島便腸清清便形羅壁糞尿血結(jié)糞尿血血黃糞血胰糞結(jié)血血糞Ruminococcus gnavus、分克 厚prausnitzii、）蛋衛(wèi)CD vs. controls CD vs. controls UC vs. controls CD vs. UC UC vs. CD IBD vs. controls）調(diào)調(diào)上IBD vs. controls下（（組組質(zhì)物白生蛋微