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      香溪河庫灣浮游細菌和病毒計數(shù)方法比較研究

      2021-04-24 10:46:26程斯婷趙以軍廖明軍
      關鍵詞:溪河浮游計數(shù)

      程斯婷 趙以軍 廖明軍

      (湖北工業(yè)大學資源與環(huán)境工程學院河湖生態(tài)修復及藻類利用湖北省重點實驗室,湖北武漢 430068)

      1 引言

      浮游細菌是水生態(tài)系統(tǒng)中的次級生產(chǎn)力,在浮游微生物食物網(wǎng)中扮演不可或缺的角色[1]。浮游病毒是水生態(tài)系統(tǒng)中最豐富的一種生物,能裂解宿主、控制宿主數(shù)量以及調(diào)節(jié)宿主的群落結(jié)構組成,介導基因的水平轉(zhuǎn)移,對于種群的遺傳物質(zhì)、生態(tài)系統(tǒng)功能以及生物地球化學循環(huán)都有重要影響[2]。因此,對浮游細菌和病毒的準確快速計數(shù)對于研究水生生態(tài)學非常重要。目前,使用較多的計數(shù)方法有熒光顯微鏡計數(shù)法(EFM)和流式細胞儀計數(shù)法(FCM)等,前者對水樣保存條件要求簡單,可在-20 ℃保存2 周以上[3-4],計數(shù)結(jié)果準確率較高,但是計數(shù)所需時間較長,效率相對較低;后者計數(shù)快速,準確性高,廣泛應用于生物細胞、浮游植物、細菌和病毒[5-8]。盡管FCM結(jié)果明顯,但樣品保藏不當極易造成計數(shù)結(jié)果誤差偏大,甚至造成結(jié)果偏低50%~80%[9]。目前FCM 計數(shù)樣品保藏多采用Brussaard 等人提出的方法[9],即新鮮樣品添加終濃度為0.5%的戊二醛固定15~30 min 后,在液氮下速凍,然后放入-80 ℃冰箱長期保存。Brussaard 等人證實-80 ℃低溫保藏前的液氮速凍能夠保證所有被測樣品計數(shù)結(jié)果的穩(wěn)定性,但其結(jié)果也同時顯示在沒有液氮前處理的情況下,仍然有部分比例的樣品(3/7)經(jīng)-80 ℃長期保藏而計數(shù)結(jié)果沒有明顯下降[9]。這提示適用于FCM 的病毒樣品保藏方法還有進一步細化探討的空間,不同環(huán)境來源的樣品所適用的保藏條件可進一步研究確定,特別是對于保藏條件受限的野外樣品而言,研究合適有效的保存條件對于確保實驗結(jié)果的可靠性至關重要。

      本文以三峽水庫香溪河庫灣水樣為檢測對象,以EFM 為參照,研究了改變樣品保存溫度情況下利用FCM 計數(shù)浮游病毒和浮游細菌的可能性,為豐富淡水浮游微生物計數(shù)方法提供支持。

      2 材料與方法

      2.1 實驗材料與保存方法

      2019 年2 月25 日至2019 年3 月19 日期間采集了香溪河庫灣的表層水樣(XK:110°47′32.4″E,31°07′21.3″N;SY:110°45′41.5″E,30°58′2.1″N;XY:110°46′3.4″E,30°57′36.1″N;00:110°46′25.9″E,30°58′43.1″N;01:110°46′26.5″E,31°00′4.6″N;02:110°45′44.6″E,31°01′29.7″N;03:110°45′41.5″E,31°03′19.3″N;04:110°45′43.1″E,31°03′32.9″N;06:110°47′26.5″E,31°08′2.6″N;07:110°46′50.3″E,31°09′23.6″N;08:110°46′54.9″E,31°10′12.1″N)。

      樣品采集后添加戊二醛至終濃度為0.5%進行固定,并迅速放入-20 ℃暫存2 周,之后轉(zhuǎn)入-80 ℃長期保存,計數(shù)前將樣品于37 ℃下解凍。

      2.2 主要儀器和試劑

      儀器:生物顯微鏡(Leica DM4000B);流式細胞儀(BD FACSCaliburTMFlow Cytometer)。

      試劑:SYBR Gold、SYBR Green I、PBS、對苯二胺、甘油、Tris EDTA 緩沖液、鞘液。

      2.3 方法

      使用流式細胞儀對浮游細菌和病毒的計數(shù)操作方法如下[10]:由于流式細胞儀檢測樣品適宜豐度為105~106個/mL,檢測浮游細菌豐度的樣品可不經(jīng)過稀釋,檢測浮游病毒豐度的樣品需適當稀釋。對于浮游細菌的檢測,黑暗下加入SYBR Green I 至終濃度為1 ∶100 00,在40 ℃的水浴鍋中避光加熱10 min,待冷卻至室溫時上樣于流式細胞儀中檢測。檢測浮游病毒時,用經(jīng)過0.02 μm 過濾器的Tris EDTA 緩沖液(pH 約為8.0)對樣品進行稀釋(稀釋倍數(shù)為10 或50 倍),稀釋后添加SYBR Green I 至終濃度為1 ∶200 00,在水浴鍋中80 ℃下避光加熱10 min,待其冷卻至室溫時上樣檢測。

      使用熒光顯微鏡對浮游細菌和病毒的計數(shù)操作方法如下[11]:取適當稀釋的樣品1 mL,加入熒光染料SYBR Gold(終濃度為0.25%),避光染色15 min后用孔徑為0.02 μm、直徑為13 mm 的氧化鋁濾膜(Whatman Anodisc)過濾,然后向濾膜上滴加1 滴抗褪色劑(1∶1 體積比甘油-PBS 溶液中添加0.1%質(zhì)量含量對苯二胺配置而成),制片后在10×100 倍的油鏡下利用藍色激發(fā)光觀察,根據(jù)熒光強度、顆粒大小區(qū)分細菌與病毒,隨機計數(shù)5 個視野中不同顆粒的數(shù)量,計數(shù)結(jié)果取平均值后根據(jù)稀釋倍數(shù)、視野面積、過濾面積計算浮游細菌與病毒的豐度,計算公式如下:

      式中,A 為浮游細菌或病毒的豐度,個/mL;n 為單個顯微視野中浮游細菌或病毒的平均數(shù)量,個;Sm為濾膜面積,mm2;Sf為顯微視野面積,mm2;d為計數(shù)樣品的稀釋倍數(shù),倍。

      2.4 數(shù)據(jù)處理與分析方法

      采用SPSS V.21 統(tǒng)計分析軟件,針對樣品中浮游細菌與病毒豐度的EFM 和FCM 檢測數(shù)據(jù),利用Wilcoxon signed-rank 檢驗方法來觀察2 種方法的計數(shù)有無差異,P<0.05 時差異具有統(tǒng)計學意義。

      3 結(jié)果

      分別用熒光顯微鏡和流式細胞儀計數(shù)浮游細菌和病毒豐度,結(jié)果見表1。

      表1 EFM 與FCM 計數(shù)浮游細菌和病毒豐度結(jié)果 個/mL

      由表1 可知,EFM 與FCM 計數(shù)的浮游細菌豐度分別為(0.08~2.19)×106個/mL 和(0.16~4.10)×106個/mL,均值分別為(0.98±0.10)×106個/mL 和(0.85±0.13)×106個/mL;EFM 與FCM 計數(shù)的浮游病毒豐度分別為(0.13~3.04)×107個/mL 和(0.04~6.02)×107個/mL,均值分別為(1.09±0.16)×107個/mL 和(2.40±0.37)×107個/mL。

      2 種方法對浮游細菌計數(shù)的Wilcoxon signedrank 檢驗結(jié)果中,Z=-1.842,P=0.065,認為FCM 與EFM 對于香溪河水樣中浮游細菌的計數(shù)差異無統(tǒng)計學意義;而對浮游病毒計數(shù)的Wilcoxon signed-rank檢驗結(jié)果中Z=-4.704,P=0.000,認為FCM 與EFM對于香溪河浮游病毒的計數(shù)差異具有統(tǒng)計學意義,表明用FCM 進行香溪河水樣中浮游病毒的計數(shù)結(jié)果比EFM 顯著偏高,具體見表2。

      表2 EFM 與FCM 分別對浮游細菌和病毒計數(shù)的Wilcoxon 檢驗結(jié)果

      利用Pearson 相關性分析可知,EFM 和FCM 法對病毒的計數(shù)結(jié)果具有極顯著正相關性(r=0.979,P<0.01),見表3。

      表3 EFM 與FCM 計數(shù)浮游病毒的Pearson 相關系數(shù)

      4 討論

      EFM 和FCM 用于計數(shù)香溪河樣品中浮游細菌豐度時結(jié)果相近,差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。2 種計數(shù)方法使用的染料對染色效率的差異影響不大,SYBR Green Ⅰ與SYBR Gold 染色效率大致相同[12]。有研究顯示,SYBR Green Ⅰ在FCM 中相比SYBR Gold 更具有優(yōu)勢,但在顯微鏡下長時間激發(fā)會在亮度和持續(xù)熒光方面有不利影響[4]。另外,多數(shù)細菌粒徑處于正常范圍內(nèi),熒光信號較強,易辨認,使2 種方法的計數(shù)細菌豐度結(jié)果沒有顯著差異。誤差存在的主要原因可能來源于操作者造成的差異[13],因為天然水樣中浮游細菌群落較復雜,熒光顆粒大小與強弱的界限不夠明晰,存在部分粒徑較小熒光微弱的細菌顆粒,導致計數(shù)偏差,人為計數(shù)差異一般在5%~20%內(nèi)[14]。

      對香溪河樣品中浮游病毒計數(shù)時,EFM 和FCM計數(shù)的結(jié)果差異具有統(tǒng)計學意義,F(xiàn)CM 計數(shù)結(jié)果高于EFM(P<0.01)。不同計數(shù)病毒的方法之間具有差異,通常有一種方法會產(chǎn)生較高病毒豐度的結(jié)果[15]。以往研究中檢測自然水體的病毒豐度會出現(xiàn)FCM計數(shù)相對EFM 偏高的結(jié)果,如Marie 等[16]對自然水體如地中海和太平洋水樣的病毒計數(shù)結(jié)果顯示,F(xiàn)CM 計數(shù)相較于EFM 計數(shù)高達1.5 倍;Chen 等[17]對沿海和湖泊水樣的病毒計數(shù)結(jié)果顯示,F(xiàn)CM 比EFM 計數(shù)高達1.3 倍。本研究中FCM 計數(shù)病毒豐度比EFM 高0.2~3.1 倍(平均值為2.0±0.1 倍),與上述研究基本接近,說明本研究中FCM 計數(shù)結(jié)果可信。FCM 計數(shù)病毒豐度顯著高于EFM,可從2 個角度解釋原因:一是在EFM 中利用顯微鏡照片計數(shù)時,由于病毒未處于完全相同的焦點平面下,可能會存在失焦的病毒不可見導致計數(shù)偏低[4];二是FCM 計數(shù)中在添加染料SYBR Green I 后于80 ℃的高溫下加熱,熱處理可能會令病毒衣殼變性使染料滲透,染色的病毒百分比增加[16]。對FCM 和EFM 的病毒計數(shù)結(jié)果分析顯示,兩者具有強正相關性,表明FCM 能夠穩(wěn)定計數(shù)溫和冷凍香溪河庫灣樣品中的浮游病毒。

      本研究中樣品采用溫和冷凍的方式保存,沒有用到液氮速凍,但FCM 計數(shù)結(jié)果并未出現(xiàn)病毒豐度下降50%~80%的現(xiàn)象[9]。這表明在FCM 計數(shù)浮游病毒方法中,液氮速凍并非所有環(huán)境樣品保存的必須條件,這對條件有限的實驗室開展浮游病毒研究意義重大。

      5 結(jié)論

      FCM 與EFM 計數(shù)溫和冷凍香溪河樣品中浮游細菌豐度的結(jié)果沒有顯著差異;FCM 計數(shù)溫和冷凍香溪河樣品中浮游病毒豐度的結(jié)果比EFM 獲得的結(jié)果高2.0±0.1 倍,并未出現(xiàn)病毒豐度下降50%~80%的現(xiàn)象。上述結(jié)果證實,F(xiàn)CM 計數(shù)溫和冷凍香溪河樣品中浮游細菌和浮游病毒豐度結(jié)果可靠,液氮冷凍并非FCM 計數(shù)浮游病毒和浮游細菌豐度的必須條件。研究結(jié)果拓寬了利用FCM 計數(shù)香溪河浮游微生物的環(huán)境條件范圍。

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