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      分子動力學模擬加熱對肌動蛋白結構及酚類物質(zhì)吸附的影響

      2021-06-15 04:09帥雨桐黃業(yè)傳何元琪詹雅雯孫夢
      肉類研究 2021年3期
      關鍵詞:辛烯肌動蛋白肌原纖維

      帥雨桐 黃業(yè)傳 何元琪 詹雅雯 孫夢

      為研究不同加熱溫度對肌動蛋白結構及其對酚類物質(zhì)吸附的影響,采用分子動力學模擬和分子對接技術研究25、80、100 ℃和120 ℃條件下,肌動蛋白結構的變化及其對6 種愈創(chuàng)木酚、1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮和2-辛烯醛吸附能力的影響。結果表明:隨溫度的升高,肌動蛋白構象變化均方根誤差、均方根波動值明顯增加,回旋半徑波動增強且平衡后呈下降趨勢,疏水區(qū)域溶劑可及表面積增大;隨溫度的升高,蛋白內(nèi)部氫鍵數(shù)量減少,且120 ℃時最為顯著。加熱時蛋白α-螺旋和β-折疊含量顯著下降而無規(guī)則卷曲結構含量顯著升高。溫度對1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮和2-辛烯醛的吸附?jīng)]有顯著影響,80 ℃和120 ℃時對酚類物質(zhì)的吸附降低,100 ℃時與對照組相當,因此,相比其他加熱條件,100 ℃加熱更利于肌動蛋白對酚類物質(zhì)的吸附;另外,肌動蛋白對酚類的吸附遠大于同分子質(zhì)量的醇、酮和醛類。

      關鍵詞肌動蛋白;熱處理;分子動力學;酚類物質(zhì);吸附

      Effect of Heating on Structure and Phenolics Binding Capacity of Actin Studied Using Molecular Dynamics Simulation

      SHUAI Yutong, HUANG Yechuan*, HE Yuanqi, ZHAN Yawen, SUN Meng

      (School of Life Science and Engineering, Southwest University of Science and Technology, Mianyang?? 621000, China)

      Abstract:In order to study the effects of different heating temperatures on the structure and phenolic binding capacity of actin, molecular dynamics simulation and molecular docking were used to study the changes of actin structure at 25, 80, 100 and 120 ℃ and their effects on the binding capacity to six guaiacols, 1-octen-3-ol, 1-octen-3-one and 2-octenal. The results showed that the root mean square deviation (RMSD) and root mean square fluctuation (RMSF) of actin conformational changes increased significantly with the increase of temperature, the gyration radius (Rg) increased until reaching an equilibrium and then decreased, and the solvent accessible surface area of hydrophobic region increased. The number of hydrogen bonds in the protein gradually decreased with increasing temperature up to 120 ℃. After heat treatment, theα-helix andβ-sheet contents in the protein decreased significantly, while the random coil content increased significantly. Temperature had no significant effect on the binding of 1-octen-3-ol, 1-octen-3-one and 2-octenal to actin; the binding capacity decreased at 80 and 120 ℃, but at 100 ℃ it was equivalent to that of the control group. Therefore, heating at 100 ℃ was more conducive to the binding of phenolics to protein than other heating conditions. In addition, the binding capacity of phenolics to actin was much greater than that of alcohols, ketones and aldehydes with the same molecular mass.

      Keywords: actin; heating; molecular dynamics; phenolic compounds; binding

      DOI:10.7506/rlyj1001-8123-20210309-057

      中圖分類號:TS251.1?????? ????????????文獻標志碼:A?????????????? 文章編號:

      引文格式:

      帥雨桐, 黃業(yè)傳, 何元琪, 等. 分子動力學模擬加熱對肌動蛋白結構及酚類物質(zhì)吸附的影響[J]. 肉類研究, 2021, 35(3):? . DOI:10.7506/rlyj1001-8123-20210309-057.??? http://www.rlyj.net.cn

      SHUAI Yutong, HUANG Yechuan, HE Yuanqi, et al. Effect of heating on structure and phenolics binding capacity of actin studied using molecular dynamics simulation[J]. Meat Research, 2021, 35(3):? . DOI:10.7506/rlyj1001-8123-20210309-057.??? http://www.rlyj.net.cn

      風味是消費者評價肉制品品質(zhì)的重要因素,川味臘肉由于其獨特的煙熏風味深受消費者喜愛。這是由于川味臘肉加工過程中經(jīng)過煙熏處理,不但使成品臘肉擁有獨特風味,還具有殺菌、抗氧化、去腥、延長貯藏期等作用。煙熏特征風味主要由一些酚類物質(zhì)構成,如烷基酚類、愈創(chuàng)木基型酚類、紫丁香基型酚類[1]。肉中的蛋白質(zhì)在特定的空間構象和結構下會對不同風味化合物產(chǎn)生不同的吸附作用,從而改變食品頂空風味物質(zhì)濃度,進而影響到消費者對特征風味物質(zhì)的感知和食品品質(zhì)。蛋白質(zhì)與小分子物質(zhì)的結合主要依靠非共價鍵,如氫鍵、疏水作用力、靜電相互作用和范德華力,其次也有共價結合作用[2]。汪娟[3]發(fā)現(xiàn)不飽和脂肪醛如反-2-壬烯醛會與大豆蛋白發(fā)生共價結合。許多學者已對肉中肌原纖維蛋白對小分子風味物質(zhì)的吸附做過研究。例如,胡可等[4]提取臘肉各關鍵加工環(huán)節(jié)的肌原纖維蛋白,探究其對4-乙基愈創(chuàng)木酚的吸附能力 ;周昌瑜等[5]探究肌原纖維蛋白質(zhì)量濃度對于17 種典型風味物質(zhì)吸附能力的影響,結果表明,相同質(zhì)量濃度肌原纖維蛋白對不同風味物質(zhì)吸附表現(xiàn)為:醛類>酯類>酮類>醇類;徐永霞等[6]探究4 種特征醛類腥味物質(zhì)與草魚肌原纖維蛋白間的相互作用;Cao Jinxuan等[7]研究氧化對G-肌動蛋白結構及其對風味物質(zhì)吸附的影響;Pérez-Juan等[8-10]研究肌原纖維蛋白質(zhì)量濃度、結構及離子強度對風味物質(zhì)吸附的影響;Luo Ji等[11]研究介質(zhì)阻擋放電冷等離子體處理對干腌臘肉中肌原纖維蛋白結構及其對風味物質(zhì)吸附的影響;Lü Tong等[12]研究胰蛋白酶處理對肌動蛋白結構及其對揮發(fā)性物質(zhì)吸附的影響。臘肉加工中不可避免需要加入食鹽,樓宵瑋等[13]探究不同氯化鈉濃度下肌原纖維蛋白與17 種典型風味物質(zhì)的吸附關系,結果表明隨著氯化鈉濃度的增加,肌原纖維蛋白對醇類、醛類和酮類物質(zhì)的吸附性總體降低。

      臘肉食用前需經(jīng)過加熱,但加熱溫度不一,包括80~90 ℃低溫加熱、100 ℃蒸煮及120 ℃以上的高溫處理,加熱溫度的差異會改變臘肉中蛋白質(zhì)的結構及性質(zhì),影響酚類物質(zhì)的吸附進而影響臘肉品質(zhì)。雖然已有學者用實驗手段研究了加熱過程中肌原纖維蛋白對小分子風味物質(zhì)的吸附[14-15],但鮮有加熱對肉中蛋白結構及其對風味物質(zhì)吸附影響的微觀解析。分子動力學模擬是一種具有足夠小的時間和空間尺度的強大模擬技術,通過此技術能夠獲取蛋白質(zhì)分子以及原子水平上的結構信息[16],其已成為從分子水平分析蛋白的另一種有效手段。目前,借助分子動力學模擬技術研究蛋白質(zhì)結構變化所使用的模擬時間通常不超過50 ns,所獲取的蛋白質(zhì)結構變化信息較為有限[17-20]。蛋白與酚類物質(zhì)結合的分子模擬報道較多[21-24],但蛋白與其他小分子風味物質(zhì)間作用的分子模擬研究較少。Stapornkul等[25]研究肌紅蛋白與綠茶中酚類物質(zhì)的結合,薛斐[26]研究香草醛與牛血清白蛋白、牛血紅蛋白、人免疫球蛋白G以及膠原蛋白4 種蛋白的相互作用。一般分子模擬研究均是在常溫下進行,但臘肉在熟化過程中不可避免會受到高溫作用,使蛋白結構發(fā)生變化。因此,從分子模擬的角度深入研究與驗證蛋白結構變化是否會影響其對小分子酚類物質(zhì)的吸附,以及加熱處理如何影響蛋白與酚類物質(zhì)的結合規(guī)律十分必要。

      本研究以肌原纖維蛋白的重要組成蛋白肌動蛋白為研究對象,采用分子動力學模擬和分子對接技術研究在4 種溫度(25、80、100、120 ℃)下肌動蛋白在0.5 mol/L NaCl溶液中的結構變化及熱處理溫度對酚類物質(zhì)吸附規(guī)律的影響。

      1. 材料與方法

      1.1?? 分子動力學模擬

      采用Gromacs(2019.6)軟件,從PDB數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org/)下載肌動蛋白結構(PDB ID:2zwh),下載后手動除去結晶水、雜離子,并補全缺失的原子。模擬過程中選用GROMOS54a7力場,將蛋白放入立方體水盒子中,采用SPC水模型,使蛋白離盒子邊緣最短距離為1 nm,添加0.5 mol/L NaCl(模擬臘肉中食鹽濃度)并使體系達到電中性,使用最速下降法對體系進行能量最小化,然后分別進行400 ps的NVT和NPT平衡,平衡后溫度為298.15 K,壓力為1 bar。

      在規(guī)定的溫度下進行150 ns的分子動力學模擬。使用LINCS算法約束所有與氫相連的鍵,使用PME法計算靜電相互作用,使用截斷半徑為1 nm計算范德華力,壓浴方式和控壓方式分別為Parrinello-Rahman法和Isotropic法;使用V-rescale控溫方式,以20 ℃/ns的速率升至353.15、373.15、393.15 K(即80、100、120 ℃),達到目標溫度后系統(tǒng)保持在此溫度進行剩余模擬。模擬步長為2 fs,每10 ps儲存1 次數(shù)據(jù)。所得數(shù)據(jù)結果用Origin軟件進行繪圖。

      1.2?? 風味物質(zhì)吸附

      選取臘肉中常見的6種酚類物質(zhì),即愈創(chuàng)木酚、4-甲基愈創(chuàng)木酚、4-乙基愈創(chuàng)木酚、4-乙烯基愈創(chuàng)木酚、4-丙烯基愈創(chuàng)木酚和4-烯丙基愈創(chuàng)木酚,并用1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮和2-辛烯醛作對照。小分子物質(zhì)用ChemDraw Professional 17.1和Chem3D 17.1軟件準備,通過AutoDock工具分別生成肌動蛋白和小分子物質(zhì)的pdbqt文件。采用盲對接,grid box設定為40×40×40 ?,中心坐標為默認值,設置間隔為1 ?。對接過程中采用AutoDock Vina程序搜索前20 個得分最高的對接構象,Energy_Range設置為5,Exhaustiveness設置為20。每個溫度條件下重復對接3 次,即分別提取模擬130、140和150 ns的蛋白結構進行對接。計算每次對接后前20 個構象結合的平均自由能。

      1. 結果與分析

      2.1?? 熱處理對肌動蛋白構象均方根誤差(root mean square deviation,RMSD)的影響

      RMSD是衡量分子模擬過程中蛋白構象與原始構象的平均偏差,是評價模擬中蛋白是否穩(wěn)定的重要指標。由圖1可知,在溫度為25 ℃時肌動蛋白構象RMSD變化程度很小,在0.3 nm左右。當溫度為80 ℃時RMSD升高,并保持在0.4 nm左右。當溫度達到100 ℃時,RMSD變化分為3 個階段:在0~30 ns時RMSD曲線波動較為明顯,在30~80 ns時曲線整體呈略微上升的趨勢,90 ns后趨于平穩(wěn),RMSD維持在0.6 nm左右。當溫度達到120 ℃時,RMSD在0~20 ns內(nèi)曲折上升,在20~30 ns時下降,在30~90 ns之間劇烈波動,在100 ns后趨于平穩(wěn),保持在0.7 nm左右。整體來看,在4 種溫度下肌動蛋白構象RSMD在前40 ns內(nèi)變化較為劇烈,之后波動逐漸減小,趨于平穩(wěn);隨著溫度的升高,RMSD逐漸增大,RMSD曲線波動程度越大,這與劉祥雨等[27]研究乳球蛋白時得到的結論一致。

      2.2 ??熱處理對肌動蛋白回旋半徑(radius of gyration,Rg)的影響

      Rg為描述蛋白結構致密性的重要參數(shù),其越小表明蛋白結構越致密。由圖2可知,整體來看,不同溫度下肌動蛋白Rg均隨模擬時間的延長緩慢下降。當溫度為25 ℃時,Rg曲線較為平穩(wěn),略有降低的趨勢,穩(wěn)定在2.2 nm左右。當溫度為80 ℃時,Rg曲線在0~10 ns時呈直線下降,在10 ns之后趨于平穩(wěn),維持在2.1 nm左右。當溫度上升至100 ℃時,Rg在0~10 ns之間經(jīng)過短暫的上升后,在10~20 ns時快速下降,在0~30 ns之間波動較為劇烈,在30 ns之后整體呈下降的趨勢,最終下降至2.1 nm左右。在120 ℃時,Rg曲線在0~80 ns之間波動較為劇烈,且在0~30 ns之間Rg曲線變化趨勢與100 ℃時較為重合,80 ns之后波動減小逐漸趨于穩(wěn)定,維持在2.15~2.2 nm。由此可見,溫度越高Rg在模擬過程中的波動越大,需要更長的時間才能達到平衡,不同溫度下達到平衡后的肌動蛋白Rg介于2.1~2.2 nm之間,100 ℃時Rg稍小,25、80、120 ℃下Rg較為接近。

      2.3 ??熱處理對肌動蛋白構象均方根波動(root mean square fluctuation,RMSF)值的影響

      RMSF是相比于平均構象,蛋白中每一個氨基酸殘基的位置變化??筛鶕?jù)蛋白質(zhì)殘基的波動情況獲取蛋白質(zhì)在不同溫度下的變性程度。由圖3可知,隨著溫度的上升,肌動蛋白構象RMSF值波動程度明顯增大,說明在高溫作用下蛋白質(zhì)內(nèi)部分子間部分作用力丟失,天然構象失去穩(wěn)定性,這與劉祥雨等[27]的研究結論一致。

      2.4 ??熱處理對肌動蛋白氫鍵的影響

      氫鍵是一種重要的非共價結構力,影響蛋白質(zhì)結構的穩(wěn)定性[27]。不同溫度對肌動蛋白結構以及氫鍵的數(shù)量和存在方式產(chǎn)生影響。由圖4可知:模擬150 ns過程中,熱作用下肌動蛋白分子內(nèi)一直伴隨氫鍵的斷裂和新的氫鍵的形成,導致氫鍵數(shù)量不斷變化;在25、80、100 ℃ 3 個溫度下肌動蛋白氫鍵數(shù)量相差較小,當溫度在100 ℃以下時,氫鍵數(shù)量較為穩(wěn)定,約為280,當溫度升高至120 ℃時,在前110 ns氫鍵數(shù)量下降并至約260,110~150 ns期間略有上升;表明氫鍵在100 ℃及以下時穩(wěn)定性較好,當溫度上升至120 ℃肌動蛋白結構改變,氫鍵數(shù)量減少,致使蛋白結構穩(wěn)定性降低[28]。劉祥雨等[27]的分子模擬研究結果表明,100 ℃及以下溫度的熱處理對β-乳球蛋白的氫鍵影響較小,而120 ℃熱處理會使蛋白氫鍵數(shù)量顯著減少,這與本研究結果一致。

      2.5?? 熱處理對肌動蛋白溶劑可及表面積的影響

      不同溫度下肌動蛋白親水性區(qū)域和疏水性區(qū)域的溶劑可及表面積隨模擬時間的變化如圖5所示。在溫度從25 ℃上升至120 ℃過程中,親水性區(qū)域的溶劑可及表面積變化較小,基本穩(wěn)定在110 nm2(圖5A)。疏水性區(qū)域的溶劑可及表面積在溫度低于100 ℃時變化也較小,當溫度升高至120 ℃時,在0~120 ns之間明顯上升,在120 ns之后逐漸下降,并與其余3 個溫度接近(圖5B)。整體而言,不同溫度熱作用下肌動蛋白疏水性區(qū)域的溶劑可及表面積增大,由原來的70 nm2增加到75 nm2,這是由于在熱作用下蛋白結構發(fā)生變化,位于分子內(nèi)部的疏水基團暴露在表面,使疏水溶劑的可及表面積增加[27]。隨著溫度的升高,總溶劑可及表面積增大,說明熱作用使肌動蛋白結構伸展,疏水基團與水接觸表面積增加(圖5C),并且親水性區(qū)域的溶劑可及表面積始終大于疏水性區(qū)域(圖5D),肌動蛋白在此過程中表現(xiàn)出親水性大于疏水性,因此肌動蛋白在整個模擬過程中為水溶性,表明溫度上升并沒有改變肌動蛋白的溶解性。

      2.6?? 熱處理對肌動蛋白二級結構的影響

      肌動蛋白的二級結構變化可表明其整體結構的穩(wěn)定性,以及模擬過程中所發(fā)生的分子動力學變化。由圖6可知,隨著溫度的升高,肌動蛋白總二級結構含量逐漸降低,120 ℃時降低程度較大,無規(guī)則卷曲結構含量增加,且在100 ℃和120 ℃下變化幅度較大;隨著溫度的上升,α-螺旋含量逐漸降低,β-折疊含量在100 ℃時降低程度最大。無規(guī)則卷曲結構含量越高,α-螺旋和β-折疊結構含量越低,表明蛋白結構破壞越大。因此,80 ℃的熱作用能顯著破壞肌動蛋白結構,且隨著溫度的上升破壞越顯著。

      2.7 ??熱處理下肌動蛋白對酚類物質(zhì)吸附的影響

      由于蛋白上存在多個小分子物質(zhì)結合位點,并且具有一定的隨機性,為減少誤差,本研究選取得分排名前20 個對接構象計算平均結合自由能,并選取碳原子數(shù)均為8的1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮、2-辛烯醛作為對照。由表1可知,3 種對照物質(zhì)在不同溫度下與肌動蛋白的結合自由能均較為接近,有報道[29]顯示肌原纖維蛋白對風味物質(zhì)的吸附作用表現(xiàn)為由醇類>酮類>醛類依次遞增的規(guī)律,這與本研究結果有所不同,可能是由于其結果為實際實驗測得,影響因素較本實驗所用分子模擬方法多,這種差異的具體機制有待于進一步研究。從6 種酚類物質(zhì)來看,隨碳鏈的延長,吸附作用逐漸增強;對比4-乙基愈創(chuàng)木酚與4-乙烯基愈創(chuàng)木酚,隨著不飽和鍵的增加,吸附作用略有增強;對比2 種同分異構體4-丙烯基愈創(chuàng)木酚和4-烯丙基愈創(chuàng)木酚,前者的吸附作用大于后者;這些差異可能與小分子的結構差異有關。研究表明小分子物質(zhì)與蛋白的結合主要通過疏水相互作用和氫鍵[14],碳鏈越長疏水相互作用越強;另外,空間位阻也會影響小分子物質(zhì)與蛋白的結合,如Gremli等[30]研究發(fā)現(xiàn),大豆蛋白對酮類的吸附隨碳鏈的延長呈先增強后減弱變化,表現(xiàn)為對2-癸酮的吸附能力最強,這主要是由于碳鏈過長導致空間位阻增大,本研究中2 種同分異構體吸附能不同可能也與空間位阻不同有關。

      對比不同溫度發(fā)現(xiàn),1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮、2-辛烯醛在不同溫度下與肌動蛋白的結合自由能幾乎無變化,而6 種酚類物質(zhì)與肌動蛋白的結合自由能均在80 ℃時最低,可能是此時肌動蛋白未完全變性,暴露的可吸附區(qū)域減小;當溫度升高至100 ℃時,結合自由能增加,并與25 ℃時接近,此時蛋白變性程度增加,結構變化導致一些疏水結合位點的增加;而120 ℃又有所降低,可能是蛋白完全變性后導致風味物質(zhì)吸附位點減少。

      綜上,溫度影響肌動蛋白對風味物質(zhì)吸附的可能機制是:加熱時蛋白變性,疏水性區(qū)域和親水性區(qū)域會發(fā)生一定程度的重排,導致蛋白與小分子物質(zhì)的結合位點、結合方式和結合自由能均發(fā)生變化。因此,根據(jù)分子動力學模擬分析結果可知,100 ℃的加熱更有利于蛋白結合更多的小分子酚類物質(zhì)。另外,肌動蛋白對酚類物質(zhì)的吸附作用遠大于分子質(zhì)量相近的醛、酮、醇類,而醛、酮、醇類物質(zhì)也是臘肉中重要的風味物質(zhì),因此在臘肉生產(chǎn)時應避免過度煙熏,否則會導致吸附在蛋白中的醛、酮、醇類等小分子物質(zhì)減少,影響臘肉的風味品質(zhì)。

      1. ?

      本實驗采用分子動力模擬方法研究在室溫(25 ℃)及3 種臘肉熱處理常用溫度(80、100、120 ℃)下肌動蛋白的結構變化,結果表明,隨著溫度的升高,肌動蛋白結構不穩(wěn)定性增大,RMSD和RMSF值隨著溫度的升高明顯增加,特別是100 ℃和120 ℃時;Rg隨溫度的升高波動增強并在平衡后呈下降趨勢。疏水性區(qū)域及總溶劑可及表面積均隨溫度的升高而增大,蛋白內(nèi)部氫鍵數(shù)量隨著溫度的升高而減少,120 ℃時降低最為明顯。蛋白二級結構隨溫度的升高發(fā)生顯著變化,主要是α-螺旋和β-折疊含量減少而無規(guī)則卷曲結構含量明顯增加。溫度的升高并不會顯著改變肌動蛋白對1-辛烯-3-醇、1-辛烯-3-酮、2-辛烯醛的吸附,但80 ℃和120 ℃的加熱會明顯降低肌動蛋白對愈創(chuàng)木酚類物質(zhì)的吸附。肌動蛋白對愈創(chuàng)木酚的吸附作用遠大于分子質(zhì)量相近的醇、酮和醛類物質(zhì),因此生產(chǎn)中應避免對臘肉過度煙熏,否則可能減少醛、酮、醇類等揮發(fā)性風味物質(zhì)在臘肉蛋白中的保留,進而影響臘肉的風味品質(zhì)。

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      收稿日期:2021-03-09

      基金項目:2020年四川省大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃創(chuàng)新訓練項目(S202010619042)

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