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      番茄響應(yīng)非生物脅迫相關(guān)miRNA研究進(jìn)展

      2021-12-14 05:41:48裴玲玲劉欣
      中國(guó)蔬菜 2021年12期
      關(guān)鍵詞:擬南芥靶向番茄

      裴玲玲 劉欣

      (沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院,設(shè)施園藝省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,遼寧省設(shè)施園藝重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,遼寧沈陽(yáng) 110161)

      MicroRNA(miRNA)是真核生物中長(zhǎng)19~25 nt 的內(nèi)源性非編碼單鏈小RNA 分子(Yin et al.,2008),與靶mRNA 不完全互補(bǔ)配對(duì)。植物中,miRNA 根據(jù)與靶mRNA 的互補(bǔ)程度來(lái)選擇切割靶mRNA 或抑制靶mRNA 的翻譯,經(jīng)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控基因表達(dá)(Hammond et al.,2000;Voinnet,2009)。研究表明,miRNA 參與植物體內(nèi)多種生物學(xué)過(guò)程,其表達(dá)量在植物生長(zhǎng)發(fā)育的各階段和不同環(huán)境條件下均發(fā)生變化,對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育起重要調(diào)節(jié)作用(韓璐和欒雨時(shí),2014)。

      第一個(gè)植物miRNA 于2002 年在擬南芥中被發(fā)現(xiàn)(Reinhart et al.,2002)。多年來(lái),科學(xué)家們已經(jīng)在植物中發(fā)現(xiàn)了數(shù)以萬(wàn)計(jì)的miRNA,這些miRNA大多存在于已經(jīng)進(jìn)行基因組測(cè)序的植物中。擬南芥中發(fā)現(xiàn)了428 個(gè)成熟miRNA,基因組分析計(jì)算煙草中有259 個(gè)潛在保守的miRNA(Griffiths-Jones et al.,2008;Frazier et al.,2010)。miRNA 在水稻、煙草等模式植物抗逆機(jī)制中的作用已有相關(guān)報(bào)道,如響應(yīng)水稻冷害脅迫的miRNA 約有24 種,其中miR1425在水稻面臨冷脅迫時(shí)會(huì)下調(diào)表達(dá)來(lái)提高耐冷性,而miR393的表達(dá)量持續(xù)上升以應(yīng)對(duì)低溫脅迫(Jain et al.,2007;Sunkar et al.,2007;高鵬,2008;Jeong &Green,2012;朱子亮,2017)。煙草中的miR398在干旱脅迫時(shí)表達(dá)量顯著下調(diào),提高了煙草體內(nèi)活性氧清除系統(tǒng)的活性,增強(qiáng)煙草抗旱性(Chen et al.,2017;朱智威 等,2019)。

      番茄是世界范圍內(nèi)廣泛種植的果菜類蔬菜,有很高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。因其基因組小,遺傳背景清楚,具有完整的果實(shí)發(fā)育和成熟過(guò)程等特點(diǎn),成為基礎(chǔ)生物學(xué)研究中的重要模式植物(劉麗紅,2015)。番茄在設(shè)施栽培條件下廣泛種植,但設(shè)施生產(chǎn)中存在的化肥施用不當(dāng)及作物對(duì)肥料的選擇性吸收等現(xiàn)象會(huì)導(dǎo)致土壤養(yǎng)分失衡,礦質(zhì)元素平衡被打破,各營(yíng)養(yǎng)元素之間的拮抗、競(jìng)爭(zhēng)、固定等作用極大限制了植物的正常生長(zhǎng)發(fā)育(雷平,2010;朱瀟婷,2021)。溫度、光照、水分、氧氣、礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)等是植物正常生長(zhǎng)發(fā)育必需的環(huán)境條件,而番茄生產(chǎn)中經(jīng)常面臨低溫、干旱、營(yíng)養(yǎng)缺乏等問(wèn)題,限制了植株正常生長(zhǎng)發(fā)育,影響了果實(shí)品質(zhì)和產(chǎn)量,顯著降低了收獲指數(shù),甚至無(wú)法完成生命周期(Sunkar,2010)。

      研究發(fā)現(xiàn),miRNA 可以參與番茄新陳代謝、生長(zhǎng)發(fā)育、逆境調(diào)控等過(guò)程。miRBase Release 20中收錄了95 條成熟番茄miRNA 序列,并且不斷有新的番茄miRNA 被分離鑒定,它們不僅參與根、莖、葉及果實(shí)的發(fā)育調(diào)控,還參與新陳代謝、激素調(diào)節(jié)、生物和非生物脅迫響應(yīng)等過(guò)程(Zhao et al.,2017a)。近年來(lái),越來(lái)越多的研究集中于番茄非生物脅迫相關(guān)的miRNA,如miR169s參與多種非生物脅迫響應(yīng)過(guò)程;miR167在低溫脅迫下表達(dá)量升高,且表達(dá)量越高番茄抗冷性越強(qiáng);miR156a在干旱脅迫下表達(dá)量明顯上調(diào),其相應(yīng)的SPL 靶基因應(yīng)激后下調(diào),番茄表現(xiàn)出更強(qiáng)的干旱耐受性(郭鵬 等,2014;Cui et al.,2014;Liu et al.,2017 a;Rao et al.,2020)。在番茄中過(guò)表達(dá)miR397a并進(jìn)行鹽脅迫處理,發(fā)現(xiàn)其體內(nèi)活性氧清除系統(tǒng)活性降低,且種子發(fā)芽力減弱,說(shuō)明miR397a在番茄響應(yīng)鹽脅迫機(jī)制中起負(fù)調(diào)控作用(龐明利,2008)。此外,miRNA 及其靶基因的表達(dá)模式在響應(yīng)不同的番茄非生物脅迫過(guò)程中均有所不同,深入研究miRNA的分子調(diào)控機(jī)制將為番茄抗逆性的提高提供思路,本文綜述了非生物脅迫下miRNA 在番茄中發(fā)揮的功能,為進(jìn)一步分析miRNA 在番茄中的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供參考。

      1 miRNA 簡(jiǎn)介

      1.1 植物miRNA 的來(lái)源

      miRNA 最初是1993 年Lee 等對(duì)秀麗隱桿線蟲的早期發(fā)育進(jìn)行遺傳篩選時(shí)發(fā)現(xiàn)的,后來(lái)進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)它們廣泛存在于真核生物及各種病毒中(Carrington &Ambros,2003;He et al.,2008;李瑞雪 等,2020)。

      植物中的miRNA 主要來(lái)源于獨(dú)立的轉(zhuǎn)錄單位,編碼miRNA 的基因被RNA 聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄為長(zhǎng)的初級(jí)轉(zhuǎn)錄本(pri-miRNA);隨后primiRNA 被切割成帶有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的miRNA 前體(pre-miRNA),發(fā)夾的環(huán)結(jié)構(gòu)區(qū)域被RNase Ⅲ家族Dicer 酶切除,其余部分構(gòu)成miRNA/miRNA*雙鏈復(fù)合體并轉(zhuǎn)移到細(xì)胞質(zhì)中,其中成熟miRNA并入AGO1 蛋白中形成活性RNA 誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RISC);最終,RISC 被引導(dǎo)結(jié)合到相應(yīng)的互補(bǔ)靶mRNA 位點(diǎn)進(jìn)行切割或抑制翻譯行使功能,另一條miRNA*逐漸降解(Kurihara &Watanabe,2004;Chen,2005;Lin et al.,2005;Yin et al.,2008;Axtell et al.,2011;Rogers &Chen,2013;Yu et al.,2017)。

      1.2 miRNA 在植物中的功能

      由于miRNA 的靶向mRNA 多數(shù)都是轉(zhuǎn)錄因子,這些轉(zhuǎn)錄因子幾乎可以參與從種子發(fā)芽到成熟的全過(guò)程,所以認(rèn)為miRNA 在植物生長(zhǎng)發(fā)育中起重要的調(diào)節(jié)作用(Jones-Rhoades et al.,2006;Sunkar et al.,2012)。如在擬南芥中,miR160通過(guò)負(fù)調(diào)控生長(zhǎng)素響應(yīng)因子ARF10 和ARF16 的表達(dá)來(lái)控制根冠細(xì)胞的形成(鄒臣華,2007);在水稻中,miR159的沉默可使株高降低和莖粗減?。╖hao et al.,2017b);miR319通過(guò)靶向轉(zhuǎn)錄因子TCP 來(lái)調(diào)控植物葉片形態(tài)建成,在擬南芥中過(guò)表達(dá)miR319葉片出現(xiàn)凸起褶皺(Palatnik et al.,2003);CO 轉(zhuǎn)錄因子在植物開花光周期途徑中發(fā)揮重要作用,過(guò)表達(dá)miR319植株中CO 轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)量下調(diào),可導(dǎo)致擬南芥開花提前(Liu et al.,2017a);在擬南芥中過(guò)表達(dá)大豆miR172a也表現(xiàn)出植株開花提前(Wang et al.,2016);桃果實(shí)中miR167a通過(guò)介導(dǎo)靶基因PpARF8的裂解影響生長(zhǎng)素信號(hào)途徑進(jìn)而調(diào)控果實(shí)發(fā)育(張彥蘋 等,2021);在擬南芥DCL1突變體中抑制miR156的表達(dá),其相應(yīng)靶基因SPL10和SPL11表達(dá)提前,進(jìn)而導(dǎo)致在種子發(fā)育后期表達(dá)的基因提前作用(Nodine &Bartel,2010)。研究表明,有些miRNA 與植物體內(nèi)激素有關(guān),如ARF 是生長(zhǎng)素信號(hào)通路中的核心調(diào)控因子,擬南芥中約有1/3 的ARF 受miRNA 調(diào)控(張彥蘋 等,2019);乙烯在苜蓿根中可以抑制miR159的表達(dá),miR159靶向脫落酸響應(yīng)因子MYB,參與調(diào)控植物激素信號(hào)傳導(dǎo)(Lei et al.,2012);噴施外源ABA后,番茄中miR160、miR162、miR166、miR397、miR1919等均顯著上調(diào),通過(guò)分析miR160的靶基因啟動(dòng)子元件,發(fā)現(xiàn)其上含有脫落酸順式作用元件,說(shuō)明miR160通過(guò)靶基因響應(yīng)ABA 信號(hào)途徑(王孝 等,2016)。

      1.3 miRNA 參與植物非生物脅迫響應(yīng)

      植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中不可避免會(huì)受到諸多環(huán)境因子的影響,一旦環(huán)境條件的變化幅度超過(guò)植物能承受的限值,其生長(zhǎng)發(fā)育就會(huì)受到影響。miRNA在植物逆境響應(yīng)機(jī)制中發(fā)揮正向或負(fù)向調(diào)控的作用。高溫脅迫下,miR160在水稻和擬南芥中上調(diào)表達(dá),相反在小麥和毛白楊中表達(dá)量下降(Li et al.,2015;Zhao et al.,2016;Lin et al.,2018;Rohit et al.,2021)。miR1425在水稻面臨低溫脅迫時(shí)會(huì)下調(diào)表達(dá)來(lái)提高耐冷性,相反,miR393的表達(dá)量持續(xù)上升以應(yīng)對(duì)低溫脅迫(Jain et al.,2007;Sunkar et al.,2007;高鵬,2008;Jeong &Green,2012;朱子亮,2017)。煙草中的miR398在面臨干旱脅迫時(shí)表達(dá)量顯著下調(diào),提高體內(nèi)活性氧清除系統(tǒng)的活性,增強(qiáng)煙草抗旱性(Chen et al.,2017;朱智威 等,2019)。低氮脅迫下,與野生型植株相比,擬南芥miR169a過(guò)表達(dá)株系的氮積累能力下降且對(duì)低氮更敏感,推測(cè)miR169a會(huì)削弱植物氮吸收系統(tǒng)的功能,起負(fù)調(diào)控作用(Zhao,2011)。擬南芥miR399過(guò)表達(dá)植株中磷的吸收和轉(zhuǎn)運(yùn)能力提高,但再循環(huán)利用被抑制,證明miR399在植物中起部分正調(diào)控作用(Aung et al.,2006)。缺氧脅迫下,楊樹中miR472b和miR530的表達(dá)量隨處理時(shí)間的延長(zhǎng)而上升,發(fā)揮正向調(diào)控作用(Ren et al.,2012)。

      2 番茄中參與非生物脅迫的相關(guān)miRNA

      番茄在生長(zhǎng)過(guò)程中會(huì)經(jīng)受多種非生物脅迫,如溫度脅迫、水分脅迫、礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)脅迫等。隨著測(cè)序技術(shù)、靶基因預(yù)測(cè)技術(shù)、生物信息學(xué)分析技術(shù)和分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)的發(fā)展,越來(lái)越多與番茄響應(yīng)非生物脅迫有關(guān)的miRNA 被發(fā)現(xiàn)。

      2.1 溫度脅迫

      2.1.1 低溫脅迫 番茄是喜溫性作物,生長(zhǎng)最適溫度20~25 ℃,對(duì)低溫敏感,輕中度低溫會(huì)抑制植株生長(zhǎng),進(jìn)而導(dǎo)致根系生長(zhǎng)不良,活力降低,養(yǎng)分吸收量和物質(zhì)運(yùn)輸減少,影響番茄正常生長(zhǎng)發(fā)育(劉玉鳳 等,2017)。植物中的miRNA 可以通過(guò)激素(如ABA、IAA)信號(hào)途徑參與響應(yīng)低溫脅迫。低溫脅迫下,番茄中miR162表達(dá)上調(diào),相應(yīng)靶基因表達(dá)量下調(diào),進(jìn)一步序列分析發(fā)現(xiàn)其啟動(dòng)子中含有低溫響應(yīng)元件,表明miR162依賴ABA 信號(hào)調(diào)節(jié)靶基因響應(yīng)低溫脅迫(王孝,2017)。與之相似的,低溫誘導(dǎo)下番茄中miR167的表達(dá)量升高,且表達(dá)量越高番茄抗冷性越強(qiáng)(郭鵬 等,2014)。對(duì)過(guò)表達(dá)ShamiR319d的番茄分別進(jìn)行低溫脅迫和高溫脅迫處理后發(fā)現(xiàn),相較于野生型,突變體的葉片枯萎程度更低,PS Ⅱ光抑制更弱,過(guò)氧化物積累更少,活性氧清除系統(tǒng)活性更高,說(shuō)明Shami319b擴(kuò)大了番茄對(duì)溫度的適應(yīng)范圍(Shi et al.,2019)。Cao 等(2014)通過(guò)高通量測(cè)序篩選出397 個(gè)對(duì)低溫脅迫響應(yīng)的miRNA,其中miR167、miR169、miR172、miR397和miR393在冷脅迫早期均被激活,尤其是miR172表達(dá)量最高,再利用降解組測(cè)序進(jìn)一步預(yù)測(cè)相應(yīng)靶基因,功能分析發(fā)現(xiàn)多數(shù)靶基因在低溫應(yīng)答中發(fā)揮積極作用,為進(jìn)一步研究miRNA 及其靶基因響應(yīng)番茄低溫脅迫機(jī)理提供了有力支持。

      2.1.2 高溫脅迫 隨著全球溫室效應(yīng)的加劇,高溫對(duì)植物生長(zhǎng)和生產(chǎn)帶來(lái)的影響日益嚴(yán)重,尤其在夏季,高溫已成為番茄栽培的常見(jiàn)脅迫因素,影響植株正常生理生化反應(yīng)、營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的運(yùn)輸和積累,降低產(chǎn)量和品質(zhì)。高溫處理2 d 后,番茄植株中miR398a-5p、miR395a、miR398b-3p、miR397-5、pmiR160a-3、pmiR162a-5p和miR156 e-3p表達(dá)量顯著下調(diào);花中miR393-5p和miR160a表達(dá)水平分別與靶向的生長(zhǎng)素受體SlTIR1和SlARF10/16的表達(dá)呈負(fù)相關(guān),表明miR393-5p/SlTIR1和miR160a/SlARF10/16裂解級(jí)聯(lián)反應(yīng)被熱激活,以調(diào)控雄蕊和雌蕊的發(fā)育來(lái)應(yīng)對(duì)高溫脅迫(Pan et al.,2017)。高溫處理后,番茄植株中SlymiR171d的表達(dá)量顯著上調(diào),相應(yīng)靶基因SCL6表達(dá)量則顯著下調(diào),表明高溫誘導(dǎo)SlymiR171d表達(dá)以提高番茄的高溫耐受性(Zhou et al.,2020)。植物高溫脅迫抗性是通過(guò)多種相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子相互作用調(diào)節(jié)的,其中NF-YA受miR169調(diào)控(Chen et al.,2012a)。分析番茄miR169 家族對(duì)不同高溫脅迫(基礎(chǔ)高溫、馴化應(yīng)激、后天高溫)機(jī)制的響應(yīng),發(fā)現(xiàn)16 個(gè)miR169基因中有10 個(gè)在3 種脅迫條件下都上調(diào),表明其對(duì)番茄耐熱性至關(guān)重要(Rao et al.,2020)。Pan 等(2017)通過(guò)GO 和KEGG 分析發(fā)現(xiàn),差異表達(dá)番茄miRNA 的預(yù)測(cè)靶基因在雌蕊和雄蕊代謝通路中均顯著富集。Zhou 等(2016)對(duì)正常、漸進(jìn)、急性升溫處理下的番茄葉片進(jìn)行高通量測(cè)序和降解組分析,分別鑒定出96 個(gè)和150 個(gè)響應(yīng)漸進(jìn)升溫和急性升溫的miRNA。在漸進(jìn)升溫處理1 h內(nèi),SpimiR159表達(dá)量顯著升高,處理4、8、24 h后均顯著降低;在急性升溫處理1 h 和48 h 后,SpimiR168a-5p和SpimiR171d相較于對(duì)照表達(dá)量均顯著降低,SpimiR159表達(dá)量顯著升高。在擬南芥中過(guò)表達(dá)Hsp70顯著增強(qiáng)植物耐熱性,番茄中SpimiR6300_gma和SpimiR166c-3p分別靶向Hsp70和Hsp60-3A,進(jìn)一步說(shuō)明miRNA 參與番茄高溫脅迫響應(yīng)(Zhou et al.,2016;Pan et al.,2017)。

      2.2 干旱脅迫

      干旱脅迫是植物生長(zhǎng)發(fā)育中常見(jiàn)的脅迫之一,干旱使植物細(xì)胞脫水,細(xì)胞膜相變,酶和蛋白質(zhì)活性下降,影響氣孔開合,導(dǎo)致光合速率降低、代謝失調(diào)等(陶文文,2011)。干旱脅迫下番茄葉片生長(zhǎng)受抑,暗反應(yīng)速率下降,活性氧含量過(guò)高,細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)損壞。miR160、miR165、miR166、miR171、miR398、miR408、miR827、miR9472、miR9476和miR9552等靶向關(guān)鍵干旱和組織發(fā)育相關(guān)基因,參與番茄對(duì)干旱的響應(yīng)。干旱脅迫處理下,SlymiR403-3p和SlymiR845a-3p在敏感型番茄中下調(diào),在耐旱型番茄中上調(diào),SlymiR5512a和SlymiR9559-5p表達(dá)模式則與之相反(Candar-Cakir et al.,2016)。在番茄中過(guò)表達(dá)miR169c,發(fā)現(xiàn)miR169c通過(guò)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控蛋白調(diào)節(jié)氣孔孔徑提高了番茄干旱耐受性;同樣,miR169o在干旱脅迫下也表現(xiàn)為正調(diào)控(Zhang et al.,2011;Liu et al.,2017b)。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)miR482a前體基因上游含有與干旱調(diào)控有關(guān)的順式作用元件,干旱處理后miR482a的表達(dá)量呈先下降后上升的趨勢(shì),相反,其靶基因表達(dá)量呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢(shì),存在明顯負(fù)調(diào)控關(guān)系,說(shuō)明miR482a通過(guò)調(diào)控其靶基因參與番茄抗旱響應(yīng)過(guò)程(楊廣磊,2017)。構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析,約有150 種miRNA 在干旱處理下差異表達(dá)(Liu et al.,2017b)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),干旱誘導(dǎo)后,番茄中miR858及其靶基因的表達(dá)量在處理24 h 后有變化且最高;SlymiR166c-5p和SlymiR-429表達(dá)量顯著下降,對(duì)應(yīng)靶基因的表達(dá)量增加(沈潔,2015;Liu et al.,2018)。MYB 轉(zhuǎn)錄因子對(duì)植物抗逆性有一定的調(diào)節(jié)作用,且這種作用具有一定的廣譜效應(yīng)。李芳(2016)在進(jìn)行SlyMYB7-like的抗旱性功能研究時(shí)發(fā)現(xiàn),miR828作為SlyMYB7-like的上游基因,很可能在水分脅迫中通過(guò)調(diào)節(jié)其靶基因的表達(dá)來(lái)調(diào)節(jié)植物抗旱性。在不同干旱耐受性的番茄中,SlymiR156、SlymiR1919表達(dá)量上調(diào),SlymiR9474表達(dá)量下調(diào);SlymiR396和SlymiR397的靶基因可編碼干旱脅迫相關(guān)蛋白酶,如半胱氨酸蛋白酶;SlymiR-149 和SlymiR-954 僅在干旱脅迫處理后的樣品中被檢測(cè)到,被認(rèn)為是干旱特異性miRNA,并首次鑒定出參與番茄干旱響應(yīng)的SlymiR1919、SlymiR5300和SlymiR9477,表明miRNA 可能是番茄抗旱的重要調(diào)節(jié)器(Liu et al.,2017b)。干旱脅迫下,番茄中SlymiR156 a表達(dá)明顯上調(diào),其SPL 靶基因應(yīng)激響應(yīng)后下調(diào),植株表現(xiàn)出更好的干旱耐受性(Cui et al.,2014;Liu et al.,2017b)。

      2.3 礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)脅迫

      磷元素是植物生長(zhǎng)發(fā)育所需的大量元素之一,但土壤中有效磷含量卻僅有2~10 μmol·L-1。磷在光合作用、糖代謝、酶促反應(yīng)中都有十分重要的作用,很大程度上決定作物的產(chǎn)量和品質(zhì)(孫海國(guó) 等,2001)。磷在番茄坐果期發(fā)揮重要作用,缺磷嚴(yán)重影響番茄坐果率和果實(shí)的風(fēng)味甜度。miR399 是第1 個(gè)被證明在番茄響應(yīng)低磷脅迫中上調(diào)的miRNA,經(jīng)驗(yàn)證ubc24是miR399的靶基因,且在響應(yīng)低磷脅迫時(shí)表達(dá)量下調(diào),符合miRNA 負(fù)調(diào)控靶基因的機(jī)制(Allen et al.,2005;于新超,2016)。番茄在磷饑餓誘導(dǎo)下,miR837-3p主要在根中表達(dá)并呈上升趨勢(shì),且表達(dá)量越高磷吸收能力越強(qiáng),抗逆性越強(qiáng),而在葉中表達(dá)量下調(diào),推測(cè)miR837-3p在根中的高表達(dá)有助于植株從環(huán)境中吸收更多的磷元素以維持自身正常生長(zhǎng)(于新超,2016)。番茄低磷處理下,miR164的表達(dá)水平始終低于對(duì)照組,與之互補(bǔ)的NAC1(促進(jìn)側(cè)根形成和發(fā)育的轉(zhuǎn)錄因子)表達(dá)趨勢(shì)相反,表明miR164表達(dá)量降低是NAC1 表達(dá)水平提高的重要原因,且有助于番茄形成大量側(cè)根,提高對(duì)磷元素的吸收能力(曾后清 等,2010)。

      鉀元素也是植物生長(zhǎng)發(fā)育所需的大量元素之一,具有參與植物蛋白質(zhì)合成、控制細(xì)胞膜極化、參與滲透調(diào)節(jié)、促進(jìn)植物光合作用等功能,顯著增強(qiáng)植株抗逆性。低鉀脅迫會(huì)嚴(yán)重限制番茄生長(zhǎng)發(fā)育和果實(shí)形成,造成減產(chǎn)。番茄能感受環(huán)境低鉀信號(hào)并通過(guò)一系列信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑作出相應(yīng)的生理生化反應(yīng)來(lái)適應(yīng)低鉀脅迫,以維持自身正常的生長(zhǎng)發(fā)育。低鉀處理下,miR168a在耐低鉀型番茄中的表達(dá)量顯著升高,處理5 d 后與對(duì)照組相比,其表達(dá)量提高了4.8 倍,說(shuō)明在耐低鉀型番茄中miR168 a參與調(diào)控鉀離子轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制,利于植株更好地適應(yīng)低鉀環(huán)境,提高抗逆性(劉楊,2018)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),過(guò)表達(dá)miR168的植株表現(xiàn)出對(duì)逆境更強(qiáng)的適應(yīng)性,如根毛伸長(zhǎng)、葉綠素含量增加、鉀離子含量提高等,證明miR168有助于番茄在低鉀脅迫下維持正常生長(zhǎng)發(fā)育(Liu et al.,2020)。趙曉明(2018)篩選了低鉀處理下差異表達(dá)最顯著的miRNA,得到miR156d-5p,并測(cè)得低鉀脅迫下SPL3表達(dá)量下降,推測(cè)番茄miR156d-5p通過(guò)介導(dǎo)mRNASPL3靶向基因的剪切降解參與響應(yīng)低鉀脅迫。程欣(2020)通過(guò)測(cè)序發(fā)現(xiàn),miR319b在鉀離子不同耐性的番茄中表達(dá)水平差異極顯著,過(guò)表達(dá)miR319b轉(zhuǎn)基因植株低鉀處理下根系生長(zhǎng)受到明顯抑制。

      2.4 鹽脅迫

      鹽堿土的廣泛分布令鹽堿脅迫成為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的又一大技術(shù)難題(胡延飛,2015)。過(guò)多的鹽分配合其他不良環(huán)境條件導(dǎo)致番茄生長(zhǎng)出現(xiàn)一系列生理生化障礙,如光合作用受損、離子毒害、滲透脅迫、活性氧產(chǎn)生和清除機(jī)制失衡等。鹽脅迫下,番茄中SlymiR482e-5p的表達(dá)顯著下調(diào),對(duì)潛在的靶基因編碼鹽脅迫相關(guān)的GARS、CBF 轉(zhuǎn)錄因子,表明其參與番茄鹽脅迫應(yīng)激反應(yīng)(Chen et al.,2012b;Zhao et al.,2017a)。鹽脅迫可誘導(dǎo)鹽敏感型番茄M82 中SlymiR390b-3p、SlymiR477-5p、SlymiR5300和SlymiR172b的差異表達(dá)。番茄中許多編碼應(yīng)激相關(guān)蛋白的基因可能是miRNA 的靶基因,受到SlymiR164b-3p、SlymiRn25a、SlymiR5300和SlymiR390b-3p等調(diào)控以提高番茄耐鹽性(Zhao et al.,2017a)。鹽脅迫下,胞質(zhì)Ca2+增加,SlymiR164b-3p、SlymiR167b-3p、SlymiR9472-3p和SlymiRn86a可能通過(guò)參與鈣離子穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)響應(yīng)番茄鹽脅迫(龐明利,2008;Nath et al.,2016)。

      miR397a過(guò)表達(dá)番茄植株鹽脅迫處理后,體內(nèi)PPO、SOD 和POD 酶活性降低,且種子萌芽率和根長(zhǎng)降低,說(shuō)明miR397a在番茄響應(yīng)鹽脅迫機(jī)制中起負(fù)調(diào)控作用(龐明利,2008)。NaCl 脅迫下番茄葉和根中miR398a/b與其靶基因CSD表達(dá)量均上調(diào),但在莖中miR398a表達(dá)量下調(diào),推測(cè)可能是由于CDS調(diào)控有多種路徑,鹽脅迫對(duì)miR398的誘導(dǎo)是綜合性作用(胡延飛,2015)。Zhao(2017a)建立了番茄鹽脅迫下miRNA 文庫(kù),鑒定出95 個(gè)保守miRNA 和254 個(gè)新miRNA,其中有14 個(gè)保守miRNA 和109 個(gè)新miRNA 在鹽脅迫下與野生型相比表達(dá)量出現(xiàn)顯著差異。

      2.5 光照脅迫

      番茄是喜光性作物,一定范圍內(nèi)光照越強(qiáng)光合作用越旺盛。紅光和藍(lán)光是植物光合色素吸收的主要光譜,在植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中發(fā)揮重要作用(楊亞娜 等,2019)。不適宜的光照會(huì)導(dǎo)致番茄植株矮小,葉片減少,光合作用減弱,花期延遲,甚至引起番茄體內(nèi)IAA 分解,嚴(yán)重影響植株正常生長(zhǎng)發(fā)育(楊暉 等,2004;倪迪安 等,2014)。Dong等(2020)對(duì)番茄進(jìn)行藍(lán)光處理后篩選出20 個(gè)差異表達(dá)的miRNA,進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),隨機(jī)選取的10 個(gè)靶基因表達(dá)模式與相應(yīng)miRNA 的表達(dá)模式相反,藍(lán)光處理中下調(diào)的靶基因其相應(yīng)miRNA 的表達(dá)量上調(diào),經(jīng)KEGG 富集分析發(fā)現(xiàn),植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路含有許多miRNA 相應(yīng)的靶基因且明顯富集,推測(cè)miRNA 及其靶基因參與激素信號(hào)傳導(dǎo)以調(diào)節(jié)植物對(duì)不同光質(zhì)的適應(yīng)性。此外,有研究發(fā)現(xiàn)水稻中miR156、miR159、miR165、miR166、miR167、miR169、miR172等miRNA 均參與紫外線輻射脅迫,這些miRNA 在番茄中也已被鑒定,且屬于高保守度的家族,推測(cè)其在番茄中也可能同樣參與響應(yīng)紫外線輻射脅迫(王孝,2017)

      2.6 低氧脅迫

      低氧環(huán)境會(huì)抑制植物的有氧呼吸,破壞植物正常的生理代謝,降低光合速率,關(guān)閉氣孔,減弱蒸騰作用和活性氧代謝能力,進(jìn)而抑制植株生長(zhǎng)發(fā)育(肖明敏 等,2020)。低氧處理下番茄根部差異表達(dá)的miRNA 中,多數(shù)miRNA 如SlymiR159、SlymiR162、SlymiR482b等表達(dá)量下調(diào),而SlymiR160b、SlymiR399、SlymiR9472-3p等表達(dá)上調(diào),檢測(cè)相應(yīng)的靶向mRNA 在番茄根部均有較高表達(dá)量,符合miRNA 負(fù)調(diào)控靶基因的機(jī)制;利用STTM 抑制番茄植株中缺氧下差異表達(dá)的miR171和miR390,發(fā)現(xiàn)與正常處理的同齡番茄相比,缺氧條件下轉(zhuǎn)基因植株的側(cè)根更多更長(zhǎng);此外,miR166和miR482在缺氧條件下的番茄根中表達(dá)量較低,表明其在番茄缺氧響應(yīng)中發(fā)揮作用(Hou et al.,2019)。

      3 展望

      miRNA 作為近年來(lái)分子生物學(xué)領(lǐng)域的新興研究熱點(diǎn),在植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中起重要作用。miRNA 是短的單鏈分子,通過(guò)形成RNA 誘導(dǎo)沉默復(fù)合物結(jié)合在靶向mRNA 上,對(duì)其進(jìn)行切割或翻譯抑制進(jìn)而調(diào)節(jié)基因表達(dá)。研究表明,番茄中大量miRNA 可以參與響應(yīng)非生物脅迫。miRNA 在番茄響應(yīng)非生物脅迫中的調(diào)控作用為進(jìn)一步研究番茄抗逆性提供了新的參考,也為其他miRNA 的相關(guān)作用機(jī)制研究提供了新的思路。雖然在miRNA 及其靶基因的預(yù)測(cè)方面已經(jīng)有了比較成熟的技術(shù)支持,且miRNA 及靶基因在植物抗逆性、激素調(diào)控、器官分化等方面的功能有了大量的研究發(fā)現(xiàn),但還存在一定局限性。同一種miRNA 結(jié)合不同的AGO蛋白形成的RISC 對(duì)同一個(gè)靶基因的調(diào)控是否會(huì)有所不同,miRNA 在組合型脅迫下如何發(fā)揮作用,同種miRNA 在不同植物中作用機(jī)制有何差異等,這些都有待進(jìn)一步深入研究。

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