高通量測(cè)序技術(shù)在確認(rèn)病原微生物中存在的問(wèn)題與挑戰(zhàn)*

趙建玉，周倩倩，魯辛辛，胡繼紅

(1.首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院檢驗(yàn)科，北京100730；2.北京醫(yī)院 國(guó)家老年醫(yī)學(xué)中心 國(guó)家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心，北京100730)

1998年首次提出宏基因組的概念[1]，2000年，宏基因組學(xué)的應(yīng)用從環(huán)境拓展到臨床。宏基因組二代測(cè)序(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)技術(shù)通量高，一次能對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列測(cè)序，可無(wú)偏倚檢測(cè)標(biāo)本中所有的微生物種類(lèi)，生物信息學(xué)分析后可從結(jié)果中獲得與感染相關(guān)的病原微生物信息[2]。測(cè)序成本的指數(shù)級(jí)下降推動(dòng)了mNGS技術(shù)的臨床開(kāi)展[3]。2019年底，mNGS對(duì)新型冠狀病毒的快速確認(rèn)在認(rèn)知突發(fā)的疫情中發(fā)揮了重要作用。盡管傳統(tǒng)病原學(xué)診斷技術(shù)不斷發(fā)展，但仍有近50%的感染病原不明。mNGS測(cè)序技術(shù)為不明原因的疑難重癥、新發(fā)、突發(fā)病原體的鑒定提供了新的選擇，成為臨床實(shí)驗(yàn)室的重要技術(shù)補(bǔ)充。雖然mNGS在感染性疾病的診斷中凸顯出巨大優(yōu)勢(shì)與潛力，但該技術(shù)從研究走向臨床仍面臨諸多挑戰(zhàn)。

1 mNGS的臨床應(yīng)用

1.1感染性疾病的診斷與鑒別診斷 傳統(tǒng)微生物鑒定方法(培養(yǎng)、免疫學(xué)方法、PCR)一次只能檢測(cè)一種或有限的病原微生物，mNGS針對(duì)臨床標(biāo)本中所有核酸物質(zhì)，包括DNA和/或RNA，無(wú)偏倚檢測(cè)病毒、細(xì)菌、真菌和寄生蟲(chóng)等[4]，主要用于中樞神經(jīng)系統(tǒng)、呼吸系統(tǒng)和循環(huán)系統(tǒng)感染性疾病的診斷與鑒別診斷[5]。研究表明，mNGS可有效幫助臨床醫(yī)生排除活動(dòng)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染[6]，快速鑒定出新型經(jīng)蜱傳播的Powassan病毒[7]，還可明確病原微生物與疾病之間的新型因果關(guān)系[8]，診斷結(jié)核性肝膿腫[9]及免疫缺陷患者的混合感染[10]等。此外，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行二次分析還可獲得系統(tǒng)發(fā)育譜系[11-12]、耐藥性預(yù)測(cè)及確定耐藥基因等遺傳信息[13]。

1.2微生物種群與疾病的關(guān)系 利用mNGS對(duì)微生物種群及其可能參與的急慢性病進(jìn)行研究，促進(jìn)了益生菌的開(kāi)發(fā)利用，可用于治療艱難梭菌的感染[14]，并證明對(duì)孕期母體及胎兒有益[15]。同時(shí)，越來(lái)越多的研究顯示微生物種群的組成與多種疾病相關(guān)，如克羅恩病[16]、結(jié)直腸癌[17]、2型糖尿病[18-19]、壞死性小腸結(jié)腸炎[20]、肥胖癥[21]和孤獨(dú)癥[22]等。宏基因組學(xué)技術(shù)將成為研究微生物群落與人體健康關(guān)系的重要手段。

1.3轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的優(yōu)勢(shì) RNA的表達(dá)通常與微生物轉(zhuǎn)錄活性有關(guān)，檢測(cè)RNA可能有助于區(qū)分感染與定植[23]或病原微生物的存活與死亡[24]。分析人類(lèi)宿主的轉(zhuǎn)錄組學(xué)可增強(qiáng)對(duì)宿主-微生物相互作用的認(rèn)識(shí)，尤其在病原微生物短暫存在時(shí)，根據(jù)人類(lèi)特異性宿主免疫反應(yīng)間接診斷，可能會(huì)提高 “窗口期”檢測(cè)的敏感性，如萊姆病[25]或某些蟲(chóng)媒病毒感染等。還可根據(jù)宿主RNA對(duì)活動(dòng)性結(jié)核病作出預(yù)測(cè)[26]。疾病的診斷與鑒別診斷是特異性宿主轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的另一個(gè)發(fā)展方向，一項(xiàng)研究表明，同時(shí)評(píng)估呼吸道病原微生物、呼吸道微生物種群和宿主轉(zhuǎn)錄組可使下呼吸道感染的陰性預(yù)測(cè)值達(dá)到100%[23]。

2 確認(rèn)病原微生物的問(wèn)題與挑戰(zhàn)

受測(cè)序靈敏度、取樣及病程變化、實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)能力及生物信息學(xué)分析水平的影響，mNGS陽(yáng)性或陰性結(jié)果不能作為臨床診療決策的唯一依據(jù)，結(jié)果的準(zhǔn)確性與標(biāo)本處理、文庫(kù)制備、上機(jī)測(cè)序及生信分析的任一個(gè)環(huán)節(jié)的質(zhì)量控制密切相關(guān)。mNGS結(jié)果判讀應(yīng)結(jié)合臨床與微生物專(zhuān)業(yè)知識(shí)。

2.1標(biāo)本質(zhì)量

2.1.1采樣時(shí)機(jī) 通常認(rèn)為癥狀超過(guò)1個(gè)月的亞急性和慢性感染者可在較長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)獲取含有微生物核酸的標(biāo)本，如感染鉤端螺旋體4個(gè)月[27]、患囊蟲(chóng)病1年[28]，mNGS檢測(cè)仍可陽(yáng)性。但急性感染病毒(如西尼羅河病毒)僅在發(fā)病的最初幾小時(shí)或幾天出現(xiàn)在腦脊液(cerebrospinal fluid, CSF)中[29]，錯(cuò)過(guò)急性期可能造成假陰性。此外，采樣前使用抗菌藥物也可造成假陰性。因此，應(yīng)盡可能在急性期采集標(biāo)本送檢mNGS，若未能在急性期取得標(biāo)本，應(yīng)謹(jǐn)慎解釋假陰性結(jié)果。

2.1.2標(biāo)本采集 標(biāo)本采集應(yīng)無(wú)菌操作,防止污染造成假陽(yáng)性結(jié)果，如腰椎穿刺獲得的CSF標(biāo)本、持針器肘靜脈采集的血液標(biāo)本可能會(huì)受到正常皮膚微生物的污染[30]，溶血性CSF使RNA病毒檢測(cè)的敏感性降低[31]等。理想情況下，應(yīng)優(yōu)先選擇經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的、不含DNA/RNA的采集容器。嚴(yán)格遵守標(biāo)本采集原則對(duì)降低污染風(fēng)險(xiǎn)至關(guān)重要。

2.1.3轉(zhuǎn)運(yùn)和存儲(chǔ) 標(biāo)本的轉(zhuǎn)運(yùn)和存儲(chǔ)同樣會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果。血清或CSF標(biāo)本在室溫或4 ℃保存數(shù)天，RNA降解可使mNGS產(chǎn)生假陰性結(jié)果。金屬離子螯合劑EDTA可抑制核酸酶和蛋白酶活性，使核酸穩(wěn)定性增強(qiáng)，因此應(yīng)盡量取新鮮標(biāo)本立即送檢，如需延遲處理，EDTA抗凝血液或血漿比血清更可取[32]。

老年重癥肺炎（CAP）是引起老年患者呼吸衰竭的主要原因之一[1]，目前，臨床上主要采取機(jī)械通氣（MV）等方法支持呼吸。MV是搶救呼吸衰竭患者的重要手段，能夠維持患者的SPO2水平。但治療期間容易引起肺實(shí)質(zhì)感染性炎癥，即呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎（VAP）[2]。VAP是一種嚴(yán)重的院內(nèi)感染，主要發(fā)生于機(jī)械通氣治療2 d 后及停機(jī)撥管后2 d內(nèi)，不僅會(huì)加重患者病情，同時(shí)還會(huì)嚴(yán)重威脅患者生命安全。有報(bào)道稱(chēng)，積極、有效的護(hù)理干預(yù)能夠提升CAP并發(fā)VAP患者的治療效果，改善其預(yù)后。因此，本文對(duì)老年CAP并發(fā)VAP患者加強(qiáng)護(hù)理干預(yù)，并觀察其對(duì)患者治療效果的影響，現(xiàn)報(bào)道如下。

2.2核酸含量及質(zhì)量

2.2.1核酸含量 mNGS是一種直接核酸檢測(cè)方法，通過(guò)回收基因組DNA或RNA鑒定病原微生物。如果標(biāo)本中不包含病原微生物核酸或核酸含量較低，則可產(chǎn)生假陰性結(jié)果，如局限性腦膿腫、一過(guò)性感染或低滴度(<100個(gè)拷貝)感染等。急性傳染病精確診斷(The Precision Diagnosis of Acute Infectious Diseases，PDAID)的一項(xiàng)研究表明，與傳統(tǒng)檢測(cè)方法相比，58例明確診斷為神經(jīng)系統(tǒng)感染的患者中有26例(45%)mNGS檢測(cè)結(jié)果為假陰性，其中11例通過(guò)血清學(xué)診斷(如西尼羅河病毒)，7例為局限性腦膿腫，6例序列數(shù)低于報(bào)告閾值，2例未檢測(cè)到病原微生物核酸[11]。

2.2.2核酸提取方法 mNGS技術(shù)的準(zhǔn)確性依賴(lài)于不同類(lèi)別微生物核酸的提取效率。不同微生物細(xì)胞壁組成不同，核酸提取效率不同，如真菌、分枝桿菌細(xì)胞壁較厚，若不使用特殊的破壁處理方法，較低的核酸提取效率會(huì)產(chǎn)生假陰性結(jié)果。

2.2.3人源核酸去除與富集 低豐度病原微生物須進(jìn)行核酸富集或宿主核酸去除，去除效率過(guò)低或過(guò)高均可能降低檢測(cè)靈敏度，產(chǎn)生假陰性結(jié)果。目前，已開(kāi)發(fā)出多種制備RNA文庫(kù)的人源核酸的去除方法，如利用DNase Ⅰ去除人源DNA[33]，抗人源線(xiàn)粒體和核糖體RNA抗體可去除標(biāo)本中50%～80%的人源核酸[34]，但當(dāng)病原微生物核酸含量極低時(shí)作用甚微，額外添加試劑還可能增加外源背景污染[35]，尚無(wú)針對(duì)DNA文庫(kù)的有效去除與富集辦法。市售的DNA富集試劑盒富集效率有限，如NEBNext微生物DNA富集試劑盒(美國(guó)紐英倫生物技術(shù)公司)和MolYsis Basic試劑盒(德國(guó)Molzym公司)[33]。另外，有研究表明利用非離子表面活性劑預(yù)處理標(biāo)本，可使人源細(xì)胞裂解而保留和富集具有細(xì)胞壁的微生物(如細(xì)菌和真菌)，然后用DNase Ⅰ降解背景DNA，可使微生物核酸達(dá)到1 000倍以上富集[33]。但無(wú)細(xì)胞壁的病原微生物(如支原體或寄生蟲(chóng))可能也會(huì)在預(yù)處理階段被去除，造成假陰性結(jié)果。因此，去除人源核酸的方法選擇需結(jié)合臨床檢測(cè)目的。

2.3測(cè)序方案

2.3.1測(cè)序策略 mNGS測(cè)序策略包括DNA和/或RNA測(cè)序，不同測(cè)序策略會(huì)影響某些病原微生物檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。在擬診基礎(chǔ)上，深入了解各種測(cè)序策略適應(yīng)癥對(duì)臨床醫(yī)生選擇合適的檢測(cè)項(xiàng)目具有重要意義。DNA測(cè)序可檢測(cè)除RNA病毒以外的病原微生物，RNA測(cè)序除可檢測(cè)RNA病毒、反映病原微生物轉(zhuǎn)錄活性外，還可對(duì)轉(zhuǎn)錄組學(xué)及宿主特異性免疫反應(yīng)作進(jìn)一步分析。因此，若臨床已排除病毒感染，可直接進(jìn)行DNA測(cè)序。當(dāng)懷疑病毒感染，尤其是呼吸道、血液、CSF標(biāo)本，或臨床表現(xiàn)復(fù)雜、無(wú)特定懷疑方向時(shí)，應(yīng)同時(shí)進(jìn)行DNA和RNA測(cè)序。如果僅進(jìn)行DNA測(cè)序可能會(huì)造成假陰性。

2.4生物信息學(xué)分析

2.4.1序列質(zhì)量 一次高通量測(cè)序可產(chǎn)生數(shù)千萬(wàn)條短序列，得到下機(jī)數(shù)據(jù)后，首先應(yīng)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估以保證序列可用性。評(píng)估指標(biāo)包括Q20占比、接頭污染比例、有效序列長(zhǎng)度及數(shù)據(jù)的有效比對(duì)率等。如果下機(jī)序列未進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估，測(cè)序接頭、低質(zhì)量序列(如Q20質(zhì)量堿基比例少于30%的序列)、低復(fù)雜度序列及重復(fù)序列未能有效去除，將無(wú)法保障作為微生物鑒定的輸入序列的質(zhì)量，無(wú)法保證結(jié)果準(zhǔn)確性。

2.4.2人源序列 mNGS檢測(cè)靈敏度與下機(jī)數(shù)據(jù)中人源序列含量有關(guān)。標(biāo)本類(lèi)型不同，人源序列占下機(jī)總序列的比例不同，如腦膜炎患者CSF中97%～99%的序列可能是人源序列[23]。如果宿主產(chǎn)生較強(qiáng)的免疫反應(yīng)，標(biāo)本中白細(xì)胞升高，病原微生物的相對(duì)序列數(shù)將進(jìn)一步降低。生物信息分析時(shí)若能有效去除人源序列，將提高微生物檢測(cè)的分析靈敏度。這就要求用于人源序列比對(duì)的數(shù)據(jù)庫(kù)盡可能完整，應(yīng)至少包括人基因組、轉(zhuǎn)錄組、線(xiàn)粒體、核糖體等序列。如果人源數(shù)據(jù)庫(kù)不完整，人源序列去除不充分，將對(duì)后續(xù)微生物序列的比對(duì)與分析產(chǎn)生較大干擾。

2.4.3微生物數(shù)據(jù)庫(kù) 多數(shù)測(cè)序公司選擇NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行微生物序列比對(duì)，該數(shù)據(jù)庫(kù)包含來(lái)自全球所有已知生物的基因組序列，數(shù)據(jù)庫(kù)龐大，部分基因組草圖或序列包含錯(cuò)誤信息，可能會(huì)使標(biāo)本的低質(zhì)量讀數(shù)(即計(jì)算噪聲)與錯(cuò)誤注釋的序列或數(shù)據(jù)庫(kù)條目中的污染序列相匹配而導(dǎo)致假陽(yáng)性結(jié)果。與NCBI比對(duì)的序列，如有必要需進(jìn)行二次驗(yàn)證。高精度的數(shù)據(jù)庫(kù)(如FDA Reference Viral Database，RVDB[38])包含已知病原微生物的高質(zhì)量基因組信息，可減少微生物匹配錯(cuò)誤的可能性，但未包含在該數(shù)據(jù)庫(kù)中的病原微生物可能會(huì)因匹配不到而產(chǎn)生假陰性。應(yīng)鼓勵(lì)有實(shí)力的實(shí)驗(yàn)室根據(jù)我國(guó)感染性疾病特點(diǎn)自建數(shù)據(jù)庫(kù)。

2.4.4污染菌 對(duì)過(guò)濾后的數(shù)據(jù)進(jìn)行微生物鑒定，首先應(yīng)確定致病菌(一種或多種)與污染物(如皮膚正常菌群或?qū)嶒?yàn)室與試劑中的污染物)的比例。有研究表明，在常用的DNA提取試劑及其他試劑中，外源DNA普遍存在，嚴(yán)重影響結(jié)果判讀，特別是微生物含量低的標(biāo)本[39]。為最大限度減少低水平微生物污染導(dǎo)致的假陽(yáng)性結(jié)果，可建立檢測(cè)閾值標(biāo)準(zhǔn)，如CSF中某些代表性微生物的檢出下限為0.16 CFU/mL，若病原微生物豐度低于檢測(cè)限將產(chǎn)生假陰性結(jié)果[31]。生物信息分析應(yīng)結(jié)合臨床，否則可能會(huì)漏掉或錯(cuò)報(bào)重要病原微生物。

2.5標(biāo)準(zhǔn)化

2.5.1缺乏參考標(biāo)準(zhǔn)及質(zhì)控品 大多數(shù)可用的標(biāo)準(zhǔn)品都是針對(duì)特定應(yīng)用高度定制的，如Zymo BIOMICS微生物種群標(biāo)準(zhǔn)品(ZymoBIOMICS Microbial Community Standard)，主要用于微生物種群及細(xì)菌和真菌宏基因組學(xué)分析[38]。美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究所(the National Institute of Standards and Technology，NIST)的標(biāo)準(zhǔn)品只包含細(xì)菌。當(dāng)前，實(shí)驗(yàn)室多自建質(zhì)控品，利用“無(wú)模板”(即無(wú)菌水)或標(biāo)本采集過(guò)程中的皮膚正常微生物菌群、試劑及實(shí)驗(yàn)室中的污染菌等構(gòu)建背景污染菌模型。但由于缺乏通用的參考標(biāo)準(zhǔn)和質(zhì)控品，無(wú)法確保mNGS分析的質(zhì)量及穩(wěn)定性，無(wú)法比較不同實(shí)驗(yàn)室間的檢測(cè)性能。

2.5.2缺乏標(biāo)準(zhǔn)化的工作流程 目前，尚無(wú)針對(duì)mNGS的標(biāo)準(zhǔn)化程序，尚無(wú) FDA批準(zhǔn)的用于感染性疾病診斷的mNGS方法。各實(shí)驗(yàn)室工作流程高度個(gè)性化[40]，從樣品制備、試劑選擇、測(cè)序過(guò)程到最終的生物信息分析管道等關(guān)鍵的工作流程不盡相同，缺乏標(biāo)準(zhǔn)化和方法驗(yàn)證，無(wú)法評(píng)估不同實(shí)驗(yàn)室結(jié)果，無(wú)法保證測(cè)序的準(zhǔn)確性。

2.6確認(rèn)實(shí)驗(yàn) 由于不同類(lèi)型微生物基因組長(zhǎng)度和測(cè)序平臺(tái)存在差異，無(wú)法針對(duì)所有微生物建立統(tǒng)一的陰陽(yáng)性判讀標(biāo)準(zhǔn)[41]，臨床應(yīng)對(duì)mNGS的結(jié)果持謹(jǐn)慎態(tài)度。mNGS陽(yáng)性不一定是病原體陽(yáng)性，需要第二種方法或標(biāo)志物驗(yàn)證；如是病原體陽(yáng)性，也不一定都是致病菌，必須結(jié)合臨床進(jìn)行解釋?zhuān)匾獣r(shí)可與微生物學(xué)和分子生物學(xué)等專(zhuān)家共同研討。在臨床標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)非典型或新型病原微生物時(shí)應(yīng)進(jìn)行確認(rèn)實(shí)驗(yàn)，如正交試驗(yàn)、血清學(xué)及特異性核酸擴(kuò)增等，如有必要還應(yīng)進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)或動(dòng)物模型試驗(yàn)加以驗(yàn)證。

2.7其他挑戰(zhàn) 盡管宏基因組學(xué)快速發(fā)展，但在臨床實(shí)驗(yàn)室開(kāi)展該技術(shù)仍然問(wèn)題諸多。高成本、非醫(yī)保仍是開(kāi)展mNGS的主要障礙。實(shí)驗(yàn)室面臨的主要問(wèn)題是缺少臨床應(yīng)用及標(biāo)準(zhǔn)化操作的專(zhuān)家共識(shí)或指南、缺乏通用參考標(biāo)準(zhǔn)及驗(yàn)證方法、缺乏規(guī)范化的檢測(cè)體系及全過(guò)程質(zhì)量控制；絕大多數(shù)提供報(bào)告的檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室無(wú)資質(zhì)，未認(rèn)可；針對(duì)檢測(cè)到的微生物，無(wú)法明確是致病菌、定植菌還是污染菌；新的研究成果如何實(shí)時(shí)轉(zhuǎn)變?yōu)榕R床所用等。

3 展望

3.1推動(dòng)mNGS在臨床實(shí)驗(yàn)室的認(rèn)證 國(guó)外一家臨床微生物實(shí)驗(yàn)室已成功開(kāi)發(fā)并驗(yàn)證了一種用于神經(jīng)系統(tǒng)感染性疾病的mNGS檢測(cè)方法，可從CSF中全面檢測(cè)與腦膜炎和腦炎相關(guān)的病原微生物，并獲得了臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)法案修正案(Clinical Laboratory Improvement Amendments，CLIA)認(rèn)證[42]。此實(shí)驗(yàn)室正在對(duì)檢測(cè)其他標(biāo)本及感染類(lèi)型的mNGS進(jìn)行臨床性能驗(yàn)證，這將推動(dòng)mNGS的臨床實(shí)施并為其他實(shí)驗(yàn)室提供參考。在未來(lái)，隨著參考品和質(zhì)控品的研發(fā)、共識(shí)及指南的出現(xiàn)以及更多標(biāo)準(zhǔn)化mNGS平臺(tái)的建立，不同實(shí)驗(yàn)室間的評(píng)估及驗(yàn)證將得以實(shí)現(xiàn)，測(cè)序結(jié)果將更加精準(zhǔn)。

3.2方法學(xué)優(yōu)化 試劑盒及環(huán)境中的污染物不易去除，準(zhǔn)確識(shí)別污染物對(duì)于mNGS結(jié)果解釋至關(guān)重要，已有研究通過(guò)檢測(cè)質(zhì)控品鑒別出試劑和實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中的常見(jiàn)污染菌并提出了相關(guān)指南[35]。以此建立基準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫(kù)，如腦膜炎和眼內(nèi)炎的常見(jiàn)污染微生物數(shù)據(jù)庫(kù)[43-44]，有利于消除正常微生物種群和環(huán)境污染物的干擾并提高結(jié)果的準(zhǔn)確性[45]。另外，有一些研究開(kāi)發(fā)統(tǒng)計(jì)模型確定mNGS產(chǎn)生數(shù)據(jù)的優(yōu)先次序，對(duì)鑒定的微生物進(jìn)行排序，簡(jiǎn)化結(jié)果判讀(例如Z分?jǐn)?shù)算法)[45-46]。

3.3軟硬件創(chuàng)新 新一代測(cè)序儀(如Illumina NovaSeq儀器)的輸出量大大提高。機(jī)器人批量處理標(biāo)本將顯著提高實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化程度。微流控設(shè)備(如VolTRAX116)將使mNGS在床旁檢驗(yàn)(point-of-care testing,POCT)領(lǐng)域得以開(kāi)發(fā)利用[47]。無(wú)需PCR即可測(cè)定無(wú)限長(zhǎng)度的核酸序列的第三代單分子測(cè)序技術(shù)，可直接檢測(cè)到甲基化，同步表觀遺傳學(xué)分析等[48]。此外，編程人員正在不斷開(kāi)發(fā)、驗(yàn)證和維護(hù)供臨床使用的生物信息學(xué)管道，軟件開(kāi)發(fā)人員不斷更新生物信息學(xué)分析的各種算法。文庫(kù)制備方法、序列生成和生物信息學(xué)方面的技術(shù)進(jìn)步正以更低的成本實(shí)現(xiàn)更快、更全面的宏基因組分析，相信在臨床實(shí)驗(yàn)室專(zhuān)家、醫(yī)生、制造商、平臺(tái)和軟件開(kāi)發(fā)人員、生物信息學(xué)家及統(tǒng)計(jì)學(xué)家等多學(xué)科的深入合作下，mNGS應(yīng)用之路會(huì)越走越遠(yuǎn)[49]。

4 小結(jié)

mNGS除用于感染性疾病的診斷外，還可用于種群分析、轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析等，但在其他領(lǐng)域的應(yīng)用依舊緩慢，多數(shù)尚未納入常規(guī)臨床實(shí)踐。盡管mNGS仍不可能取代傳統(tǒng)方法，但在某些情況下mNGS作為一種補(bǔ)充技術(shù)必不可少。隨著測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，預(yù)測(cè)幾年內(nèi)mNGS的檢測(cè)速度和準(zhǔn)確性將得到顯著提高?？傊?，mNGS技術(shù)不斷發(fā)展成熟，有望成為一種快速、可靠的病原微生物鑒定手段，并在不久的將來(lái)廣泛應(yīng)用于臨床。