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      水稻堊白主效QTL的定位與分析

      2022-01-19 02:09:58柏晶晶胡文彬王立峰趙正洪何予卿
      湖南農業(yè)科學 2021年12期
      關鍵詞:粒率遺傳變異命名

      柏晶晶,胡文彬,汪 麗,周 政,王立峰,趙正洪,何予卿

      (1. 華中農業(yè)大學,湖北 武漢 430070;2. 湖南省水稻研究所,湖南 長沙 410125; 3. 萬年縣農業(yè)農村產業(yè)發(fā)展服務中心,江西 上饒 335599; 4. 湖南省農業(yè)生物技術研究所,湖南 長沙 410125)

      堊白是指在肉眼觀察下存在于稻米中白色不透明部分,按照分布位置可分為腹白、心白和背白。堊白形成會造成大米透明度降低,商品外觀變差,影響其市場價值;另外,堊白還能降低稻米硬度,造成稻米加工的商品率下降;雖然堊白粒率的增多能提高米飯蓬松度,但適口性下降十分明顯,米飯食味變差[1],因此,堊白的遺傳研究對水稻新品種培育有著重要的指導意義。

      堊白是一個調控機理十分復雜的性狀,雖然容易因環(huán)境而發(fā)生改變,但主要還是基因型所決定。目前已經報道水稻堊白相關QTL或基因大約有80多個,第一個被克隆堊白基因是Chalk5[2];還有一些由突變體克隆的堊白基因,如GOT1B、Os-SMK1、FucT、OsLTPL36、SSG4等[3-8]。Chalk5增加堊白粒率,尤其是增加水稻腹白的形成幾率;它通過編碼胚乳液泡焦磷酸合成酶V-PPase,使V-PPase轉運液泡上的H+離子,從而影響液泡內外pH值,使其動態(tài)平衡被打破,導致水稻堊白產生,使水稻外觀和食味品質受到影響。

      Wang等[3]研究發(fā)現,gpa4基因突變體中囊泡轉運蛋白存在缺陷,使得囊泡定位的VPE1前體增加,細胞內積累更多的57 kD谷蛋白前體,造成GluA和GluB含量增加,并在胚乳中形成松散的淀粉顆粒,從而導致gpa4突變體植株中儲藏蛋白合成缺陷。Li等[5]研究發(fā)現,OsSMK1-1基因純合突變體水稻種子呈現癟縮,胚乳呈現全堊白,其主要原因是因為OsSMK1在線粒體基因表達調控中發(fā)揮重要作用,該基因能使水稻線粒體nad7在轉錄過程中發(fā)生堿基突變,即第836位的胞嘧啶(C)突變?yōu)槟蜞奏ぃ║),進而造成線粒體異常,最終導致水稻籽粒胚以及胚乳發(fā)育受到限制,形成癟縮、全堊白。SSG4編碼一個功能未知新蛋白,該蛋白能直接調控水稻胚乳中淀粉顆粒的大小。Matsushima等[8]比較ssg4基因突變體與對照組日本晴發(fā)現,突變體中的堊白率明顯提升,且胚乳中的淀粉顆粒顯著增大。

      此外,還有許多影響水稻堊白的基因未被發(fā)現,其調控機制尚不明確,需要研究人員進一步去挖掘和研究。研究選用9311和農香32兩個秈稻品種,雜交后得到F1代,再自交得到192株F2代,旨在運用分子標記進行定位,找到水稻堊白相關的QTL,為以后基因的精細定位和克隆提供依據,也將為水稻品質改良提供理論參考。

      1 材料與方法

      1.1 水稻材料

      以常規(guī)秈稻9311為母本,優(yōu)質秈稻農香32為父本,雜交后得到的F1代,然后自交獲得F2代作圖群體,共192個單株及其衍生F2∶3株系。

      1.2 材料種植

      2019年在武漢華中農業(yè)大學水稻試驗田種植試驗材料,將F2代種子種2個小區(qū),每個小區(qū)共8行,每行種12株,共192株。2020年于華中農業(yè)大學試驗田種植182個株系,每個株系種植12株,每10行分為一個小區(qū)。水肥管理和病蟲害防治均參考當地常規(guī)田間管理。

      1.3 水稻堊白考察

      將水稻用礱谷機去掉穎殼,去除綠色糙米,隨機抽取200粒左右,在堊白測定儀下進行堊白的考察。按照堊白的位置不同,將其分為腹白、背白、心白和無堊白,考察并統(tǒng)計腹白、背白、心白和無堊白糙米數,計算各類堊白占取比例,計算公式:各類堊白粒率=(各類堊白米粒數/總的米粒數)×100%,并記錄數據。

      1.4 分子標記檢測

      取單株葉片,利用CTAB法[9]抽提DNA,使用多態(tài)性引物進行PCR擴增,再用聚丙烯酰胺凝膠電泳鑒定結果;記錄基因型,并以A、B、H表示。

      1.5 遺傳連鎖圖譜繪制

      結合基因型和表型,利用R語言中的OneMap構建遺傳連鎖圖譜;通過WinQTLCart 2.5軟件的復合區(qū)間作圖法得到QTL定位信息。

      2 結果與分析

      2.1 群體表型考察

      對群體的表型進行考察分析,發(fā)現2019年武漢種植的9311/農香32 F2單株腹白粒率均值為1.89%,范圍在0.00%~7.41%;背白粒率均值為0.61%,范圍在0.00%~11.76%;心白粒率均值為4.99%,范圍在0.00%~18.93%;堊白粒率均值為7.57%,范圍在0.00%~27.45%;對2020年武漢種植的9311/農香32 F3株系表型考察,發(fā)現 F3群體的腹白粒率均值為3.53%,范圍在0.00%~23.68%;背白粒率均值為0.12%,范圍在0.00%~2.63%;心白粒率均值為4.85%,范圍在0.00%~16.94%;堊白粒率均值為8.44%,范圍在0.00%~33.55%;由圖1可以得到,堊白相關表型均呈現偏分布趨勢。

      圖1 9311/農香32群體表型分布(A:心白率;B:腹白率;C:背白率;D:堊白率)

      2.2 遺傳圖譜的繪制

      在雙親間篩選到107對多態(tài)性良好引物對用于鑒定9311/農香32 F2群體的192個株系的基因型,利用軟件繪制其遺傳圖距為1192 cM的遺傳圖譜。結果如圖2所示。根據遺傳連鎖圖譜以及2019和2020年2 a 的9311/農香32 F2群體表型數據分析,初步定位到16個QTL,其中與腹白粒率相關QTL 5個,與心白粒率的相關QTL 5個,與背白粒率相關QTL 1個,與堊白粒率相關QTL 5個。

      圖2 9311/農香32 F2群體遺傳連鎖圖譜及QTL在染色體上的分布

      2.3 水稻堊白粒率的QTL定位與分析

      由表1可知,水稻堊白粒率的QTL主要存在于第2、3、4、7、8號染色體上。在第2條染色體上同年檢測到2個QTL,將其命名為qCR2.1和qCR2.2,2個QTL的LOD值分別為4.56和3.62,解釋遺傳變異率分別為9.72%和8.75%,加性效應分別為2.61和2.38。在第3條染色體上檢測到1個與堊白粒率相關的QTL,將其命名為qCR3,其LOD值為2.51,解釋遺傳變異率為7.74%,加性效應為1.87。將第4條染色體上定位到的QTL命名為qCR4,其LOD值為3.09,解釋遺傳變異率為9.08%,加性效應為-1.26。將第7條染色體上定位到的QTL命名為qCR7,其LOD值為5.38,解釋遺傳變異率為5.47%,加性效應為-2.77。在第8條染色體上2 a均檢測到同一個QTL,將其命名為qCR8,2 a的LOD值分別為2.57和4.47,解釋遺傳變異率分別為6.57%和2.23%,加性效應分別為-1.87和-2.22。

      表1 9311/農香32 F2和F2∶3群體初步定位到的QTL

      2.4 水稻腹白的QTL定位與分析

      水稻腹白粒率的QTL主要存在于第1、2、11號染色體上。在第1條染色體上檢測到一個與腹白粒率相關QTL,將其命名為qWBR1,其LOD值為3.87,解釋遺傳變異率為3.69%,加性效應為-1.22。在第2條染色體上同年檢測到2個QTL,將其命名為qWBR2.1和qWBR2.2,2個QTL的LOD值分別為3.08和7.07,解釋遺傳變異率分別為7.21%和22.47%,加性效應分別為1.37和2.13。在第11條染色體上2 a均檢測到同一個QTL,將其命名為qWBR8,2 a的LOD值分別為3.64和2.60,解釋遺傳變異率分別為0.31%和4.60%,加性效應分別為-1.71和1.28。

      2.5 水稻心白粒率的QTL定位與分析

      水稻心白粒率的QTL主要存在于第2、3、7、8號染色體上。在第2條染色體上檢測到一個與腹白粒率相關的QTL,將其命名為qWCR2,其LOD值為2.85,解釋遺傳變異率為5.37%,加性效應為1.16。將第3條染色體上定位到的QTL命名為qWCR3,其LOD值為3.02,解釋遺傳變異率為6.55%,加性效應為1.52。將第7條染色體上定位到的QTL命名為qWCR7,其LOD值為5.11,解釋遺傳變異率為7.65%,加性效應為-1.71。存在于第8條染色體的QTL 2 a內均被檢測到,將其命名為qWCR8,其 LOD值分別為3.31和5.70,解釋粒長表型遺傳變異率分別為8.46%和2.89%,加性效應分別為-1.65和-1.64。

      2.6 水稻背白粒率的QTL定位與分析

      水稻背白粒率的QTL主要存在于第1號染色體上。在第1條染色體上檢測到一個背白粒率的QTL,將其命名為qBR2,其LOD值為2.70,解釋遺傳變異率為9.31%,加性效應為0.45。

      綜合以上結果分析發(fā)現,在第1號染色體上的RM128-RM297的位置同時檢測到影響腹白粒率以及背白粒率相關性狀的QTL;在第2號染色體上的B2.4-B2.8的位置同時檢測到影響心白粒率、腹白粒率以及堊白粒率相關性狀的QTL,在RM106-B2.9的位置同時檢測到影響腹白粒率和堊白粒率QTL;在第3號染色體上的B3.26-B3.29的位置同時檢測到影響心白粒率堊白粒率相關性狀的QTL;在B7.8-B7.13位置上同時檢測到影響心白粒率和堊白粒率QTL;在第8號染色體上的B8.3-RM25的位置同時檢測到影響心白粒率以及堊白粒率的QTL。

      3 討論與小結

      堊白是水稻籽粒外觀品質的一個重要性狀,堊白的存在嚴重影響水稻的外觀,另外水稻籽粒中堊白還會導致大米的食用口感變差,加工商品率降低,從而降低稻米的經濟價值。李成荃等[10]和劉宜柏等[11]研究中發(fā)現,堊白與粒形存在負相關,即:稻米的粒長越小,粒寬越大,稻米中存在的堊白越多。在研究中發(fā)現,存在于第3號染色體的B3.26和B3.29標記間的qWCR3同時調控水稻籽粒的粒長以及堊白率,這些結果與前人的研究結果基本相符。

      堊白的產生是因為水稻胚乳中排列不規(guī)則淀粉顆粒以及蛋白質中存在的縫隙,導致水稻籽粒存在光折射而產生白色不規(guī)則部分,這可能是水稻在灌漿期時,填補籽粒時因為灌漿物質不夠導致籽粒間填補不均勻,也有可能是因為水稻處于灌漿期填充物質時分配不均勻導致的。在該研究中,堊白的主要類型是心白和腹白,且增效位點均來自親本9311;兩年重復驗證到調控堊白率的qCR8以及調控心白率的qWCR8定位在同一區(qū)間,猜測可能是一個QTL同時調控堊白率和心白率。由于目前獲得的堊白基因極少,該研究中被定位與堊白相關的QTL能為后續(xù)的研究提供重要數據支持。

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