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      深度學(xué)習(xí)在胰腺醫(yī)學(xué)影像中的應(yīng)用綜述

      2022-03-25 04:45:40王曠怡胡秀枋
      軟件導(dǎo)刊 2022年3期
      關(guān)鍵詞:集上醫(yī)學(xué)影像病理學(xué)

      王曠怡,胡秀枋

      (上海理工大學(xué)醫(yī)療器械與食品學(xué)院,上海 200093)

      0 引言

      胰腺癌發(fā)病隱匿、預(yù)后極差,經(jīng)臨床數(shù)據(jù)統(tǒng)計,胰腺癌患者5 年生存率只有8%,當(dāng)胰腺癌發(fā)生轉(zhuǎn)移時,該比例會下降到3%[1-2]。盡管胰腺癌診斷可通過醫(yī)學(xué)影像技術(shù)如CT 等進(jìn)行初步診斷,但準(zhǔn)確率差強(qiáng)人意[3]。

      隨著人工智能技術(shù)的發(fā)展,作為其重要技術(shù)之一的深度學(xué)習(xí)也得到了廣泛研究。深度學(xué)習(xí)技術(shù)的日漸成熟為輔助醫(yī)生實(shí)現(xiàn)高精度診斷提供了新機(jī)會[4-5]。目前深度學(xué)習(xí)在醫(yī)學(xué)影像上的應(yīng)用十分廣泛,并取得了顯著成果[6],但針對其在胰腺醫(yī)學(xué)影像上的應(yīng)用還缺乏綜述性研究。因此,本文對其進(jìn)行綜述,以期為后續(xù)相關(guān)研究提供參考。本文回顧了深度學(xué)習(xí)發(fā)展歷程,總結(jié)了深度學(xué)習(xí)在胰腺醫(yī)學(xué)影像上的應(yīng)用,包括胰腺組織病理圖像、CT 圖像及超聲圖像等,并介紹了現(xiàn)階段深度學(xué)習(xí)在胰腺醫(yī)學(xué)影像診斷中面臨的問題及對未來的展望。

      1 深度學(xué)習(xí)發(fā)展史

      1.1 深度學(xué)習(xí)起源

      從1943 年心理學(xué)家McCilloch與數(shù)學(xué)邏輯學(xué)家Pitts[7]提出MCP 模型開始,人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的大門就此打開。1958年,計算機(jī)科學(xué)家Rosenblatt 發(fā)現(xiàn)了一種類似于人類學(xué)習(xí)過程的算法(感知機(jī)學(xué)習(xí)),并且提出了感知機(jī)模型,這對于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的發(fā)展具有里程碑式的意義[8]。但在1969 年,Marvin 等[9]編寫了《感知器》,證明感知器本質(zhì)上就是一種線性模型(Linear Model),無法解決線性不可分問題,至此人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)入第一個寒冬期,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)研究也陷入了將近20 年的停滯。

      1.2 深度學(xué)習(xí)發(fā)展

      1986 年,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)之父Hinton 提出一種適用于多層感知器(Multi-Layer Perceptron,MLP)的反向傳播(BackPropagation,BP)算法,采用Sigmoid 進(jìn)行非線性映射,完美地解決了非線性分類問題[10],使得沉寂已久的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)再一次獲得了大眾關(guān)注。但受當(dāng)時計算機(jī)硬件條件的限制,無法解決由于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)規(guī)模變大,BP 算法會出現(xiàn)梯度消失現(xiàn)象,導(dǎo)致模型無法進(jìn)行有效學(xué)習(xí)的問題,阻礙了深度學(xué)習(xí)的進(jìn)一步發(fā)展。

      1.3 深度學(xué)習(xí)爆發(fā)

      2006 年,Hinton 等[11]在世界頂尖刊物《科學(xué)》上提出解決梯度消失問題的方案:通過無監(jiān)督預(yù)訓(xùn)練對權(quán)值進(jìn)行初始化,再使用有監(jiān)督訓(xùn)練進(jìn)行微調(diào)。該文章一發(fā)表,立即在學(xué)術(shù)圈引起巨大反響,掀起了深度學(xué)習(xí)研究的高潮。2012 年,Hinton 課題組憑借深度學(xué)習(xí)模型AlexNet 在著名的ImageNet 圖像識別比賽中奪得冠軍,其首次采用ReLU 激活函數(shù),可很好地抑制梯度消失問題。深度學(xué)習(xí)算法在世界大賽中的脫穎而出,再一次吸引了研究者們的關(guān)注,基于深度學(xué)習(xí)的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(Convolutional Neural Networks,CNN)也得到了更深入的研究[12-14]。

      2 深度學(xué)習(xí)在胰腺醫(yī)學(xué)圖像診斷中的應(yīng)用

      2.1 深度學(xué)習(xí)在胰腺病理學(xué)圖像上的應(yīng)用

      組織病理學(xué)是臨床上腫瘤診斷的金標(biāo)準(zhǔn),組織病理學(xué)圖像是病理學(xué)醫(yī)生臨床診斷的重要輔助工具,病理學(xué)醫(yī)生通過顯微鏡觀察組織切片作出診斷。組織病理學(xué)診斷工作任務(wù)繁重,每組的病理醫(yī)生每天分析的病理切片數(shù)量約為400 張[15],而成為一名優(yōu)秀的醫(yī)生需要有10 萬張以上的切片分析經(jīng)驗(yàn)。截至2018 年,我國有執(zhí)照的病理醫(yī)生僅為一萬余人,缺口達(dá)到90%[16]。病理學(xué)醫(yī)生極為短缺,無法滿足我國日益增長的胰腺癌診斷需求。

      如今深度學(xué)習(xí)在組織病理學(xué)上已被廣泛使用。如Wang 等[17]使用基于GoogleNet的模型在Camelyon 乳腺癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移分類挑戰(zhàn)賽上取得了0.925的受試者工作特征曲線下面積(Area Under Curve,AUC)的最佳成績,說明深度學(xué)習(xí)在組織病理學(xué)圖像分類上具有很好的表現(xiàn);Momeni-Boroujeni 等[18]使用多層感知器神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(MNN)分析胰腺細(xì)針穿刺活檢細(xì)胞圖像,對胰腺非典型病例的良惡性分類可達(dá)到77%的準(zhǔn)確率,說明深度學(xué)習(xí)在病理學(xué)中具有改善患者預(yù)后的潛力;Krzysztof 等[19]將神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型應(yīng)用于胰腺管內(nèi)增生性病變分類,分析來自慢性胰腺炎及需要胰腺切除的腫瘤手術(shù)患者細(xì)胞,細(xì)胞核分類的正確率達(dá)到73%,可作為探討胰腺導(dǎo)管癌早期診斷方法的起點(diǎn)。

      以上研究采用了比較簡單的模型,對今后的研究具有啟發(fā)性作用,未來研究或許可應(yīng)用更復(fù)雜的模型。目前深度學(xué)習(xí)在胰腺組織病理圖像上的應(yīng)用尚較少,原因之一是可用的胰腺病理圖像數(shù)據(jù)集很少,因此還需作進(jìn)一步研究。

      2.2 深度學(xué)習(xí)在胰腺CT 圖像上的應(yīng)用

      電子計算機(jī)斷層掃描(Computed Tomography,CT)是利用精確、準(zhǔn)直的X 線束、γ 射線、超聲波等,與靈敏度極高的探測器一同圍繞人體某一病變部位進(jìn)行連續(xù)斷面掃描,具有掃描速度快、圖像清晰等特點(diǎn),如今已得到了廣泛應(yīng)用。深度學(xué)習(xí)在CT 圖像領(lǐng)域也有一定應(yīng)用。基于CT 圖像的高精度胰腺是醫(yī)學(xué)圖像分析的基本內(nèi)容[20],但因?yàn)橐认僭谡麄€腹部CT 中只占很小比例,所以胰腺分割具有很大的挑戰(zhàn)性[21]。

      在胰腺CT 圖像分割方面,Roth 等[22]提出基于多層深度卷積網(wǎng)絡(luò)(convnet)的概率自底向上腹部CT 胰腺分割方法,戴斯相似性系數(shù)(Dice Similarity Coefficients,DSC)達(dá)到83.6±6.3%;楊爭爭[23]提出雙向卷積門控循環(huán)網(wǎng)絡(luò)(Bi-Directional Convolutional Gated Recurrent Unit,BDC-GRU),可有效提高胰腺分割精度,DSC 達(dá)到87.63%;Zhao 等[24]提出一個基于CNN的全自動兩階段胰腺分割框架,在NIT 數(shù)據(jù)集上DSC 平均值達(dá)到85.99%;Liu 等[25]利用U-Net 模型,使用邊界框處理CT 數(shù)據(jù),同時添加邊界區(qū)域進(jìn)行胰腺器官圖像分割,在NIS 數(shù)據(jù)集上DSC 達(dá)到86.70%;Ma 等[26]提出一種結(jié)合深度卷積網(wǎng)絡(luò)的貝葉斯模型,在NIS 數(shù)據(jù)集上DSC達(dá)到85.32%,如表1 所示。

      Table 1 Application of deep learning in pancreatic CT image Segmentation表1 深度學(xué)習(xí)在胰腺CT 圖像分割上的應(yīng)用

      上述研究利用深度學(xué)習(xí)模型進(jìn)行胰腺器官分割,取得了不錯的效果。胰腺分割分為兩個階段:①訓(xùn)練一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對胰腺器官進(jìn)行粗分割,獲得一個胰腺器官的邊框;②訓(xùn)練一個卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)對胰腺器官邊界框進(jìn)行細(xì)分割,最終實(shí)現(xiàn)對胰腺器官的分割。然而,目前基于深度學(xué)習(xí)的胰腺CT 影像分割在臨床上還沒有得到廣泛應(yīng)用,在未來的研究中,進(jìn)一步實(shí)現(xiàn)對胰管和腫瘤的分割對后續(xù)影像分析與腫瘤消融將具有重要作用。

      在對胰腺CT 圖像良惡性分類預(yù)測方面,Liu 等[27]設(shè)計一種基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的增強(qiáng)CT 圖像識別模型,AUC 可達(dá)到0.96,診斷一張CT 圖像僅需0.2s,說明使用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行圖像分析是一種高效、精準(zhǔn)的胰腺癌診斷方法;Chu 等[28]使用三維深度監(jiān)督網(wǎng)絡(luò)對156 例胰腺癌患者及300 例正常病例進(jìn)行分類,敏感性為94.1%,特異性為98.5%;Liu 等[29]利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)在本地測試集(臺灣中心370 名胰腺癌患者及320 名對照者的對比增強(qiáng)CT 圖像)上的準(zhǔn)確率達(dá)到98.6%~98.9%,在外部驗(yàn)證集(美國公開的胰腺數(shù)據(jù)集)上的準(zhǔn)確率為83.2%。

      采用深度學(xué)習(xí)技術(shù)對CT 圖像良惡性進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果令人滿意,但在外部測試集上的預(yù)測精度相比內(nèi)部測試集還存在一定差距,原因之一是不同地區(qū)的胰腺CT 圖像質(zhì)量存在差異,甚至不同醫(yī)院及不同CT 機(jī)上獲得的圖像數(shù)據(jù)集都會對模型產(chǎn)生一定影響。目前的解決方法是獲取不同分布的數(shù)據(jù)集,模型通過學(xué)習(xí)可解決一部分因圖像質(zhì)量差異造成在外部測試集上模型預(yù)測精度低的問題。將來會研究增強(qiáng)模型的泛化性,使其在不同分布的數(shù)據(jù)集上具有相似的效果。

      2.3 深度學(xué)習(xí)在胰腺超聲圖像上的應(yīng)用

      超聲內(nèi)鏡(EUS)是一種將內(nèi)鏡與超聲相結(jié)合的消化道檢查技術(shù),其將微型高頻超聲探頭安置在內(nèi)鏡頂端,在體內(nèi)觀察消化道的同時進(jìn)行超聲實(shí)時掃描,獲得其層次結(jié)構(gòu)及組織學(xué)特征的超聲圖像。臨床上,發(fā)生腫瘤改變的胰腺局灶性病變患者中近四分之一需要進(jìn)行EUS 檢查,但由于胰腺腫瘤和胰腺炎癥通常具有相似的EUS 圖像,即使是經(jīng)驗(yàn)豐富的內(nèi)窺鏡醫(yī)師也可能會出現(xiàn)誤診或漏診的情況。EUS 圖像是由像素組成的數(shù)字圖像,這些像素的排列反映了EUS 圖像的組織結(jié)構(gòu)[30]。作為計算機(jī)輔助診斷技術(shù)之一的數(shù)字圖像分析可根據(jù)EUS 圖像信息對胰腺腫瘤作出診斷[4]。

      Ozkan 等[31]利用多層感知機(jī)(Multilayered Perceptron,MLP)模型對332 張胰腺EUS 圖像進(jìn)行分析,診斷的靈敏度、特異性與準(zhǔn)確率分別達(dá)到83.3%、93.3% 及87.5%;Sǎftoiu 等[32]利用基于實(shí)時EUS 彈性成像的MLP 模型,為達(dá)到區(qū)分胰腺癌良惡性的目的,將色調(diào)直方圖數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為彈性成像幀數(shù),診斷的靈敏度、特異性與準(zhǔn)確率分別達(dá)到87.6%、82.9%及84.3%[32]。Kuwahara 等[33]的研究表明,與常規(guī)EUS 特征及人工診斷方式相比,深度學(xué)習(xí)算法可能是診斷胰腺導(dǎo)管內(nèi)乳頭狀粘液腫瘤(IPMNs)更準(zhǔn)確、客觀的方法,其靈敏度、特異性與準(zhǔn)確率分別達(dá)到95.7%、92.6%及94.0%,其中準(zhǔn)確率遠(yuǎn)高于人工診斷的56.0%,如表2 所示。

      Table 2 Application of deep learning in ultrasound image of pancreas表2 深度學(xué)習(xí)在胰腺超聲圖像上的應(yīng)用

      以上研究都只獲取了單中心的患者數(shù)據(jù),還不足以證實(shí)該模型在其他數(shù)據(jù)集上也能達(dá)到同樣效果。Kuwahara等[33]的研究使用了數(shù)據(jù)增強(qiáng)與遷移學(xué)習(xí)等人工智能技術(shù),獲得了超過500 000 張圖片,已足夠構(gòu)建一個高效的模型,研究結(jié)果也證明了深度學(xué)習(xí)模型可用于術(shù)前評估IPMNs的惡性程度。但因?yàn)橄嚓P(guān)數(shù)據(jù)只包含了外科病例,而在臨床上,大多數(shù)IPMNs 患者只是接受監(jiān)視而非進(jìn)行手術(shù)切除,導(dǎo)致最后的結(jié)果可能會發(fā)生偏差。

      3 結(jié)語

      本文回顧了深度學(xué)習(xí)發(fā)展史,綜述了深度學(xué)習(xí)在胰腺病理學(xué)圖像、CT 圖像及超聲圖像上的應(yīng)用現(xiàn)狀。目前深度學(xué)習(xí)在胰腺影像方面的應(yīng)用仍存在許多困難,首先是樣本量不足,醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)集較難獲取,能夠用于訓(xùn)練的數(shù)據(jù)集很少,而過少的數(shù)據(jù)集常常會造成模型過擬合,使得深度學(xué)習(xí)模型在其他數(shù)據(jù)集上表現(xiàn)很差;其次是醫(yī)學(xué)影像標(biāo)注問題,需要經(jīng)驗(yàn)豐富的醫(yī)生花大量時間進(jìn)行標(biāo)注。此外,隨著醫(yī)學(xué)圖像的分辨率越來越高,當(dāng)前的硬件設(shè)備無法支持對如此高分辨率圖像的處理,需要對圖像進(jìn)行分塊送入深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行訓(xùn)練,從而影響模型無法提取出更多完整的空間信息。

      為應(yīng)對這些問題,研究者們探索出了一些新方法,如遷移學(xué)習(xí)、數(shù)據(jù)集擴(kuò)增與對抗生成網(wǎng)絡(luò)(Generative Adversarial Network,GAN)在處理數(shù)據(jù)集缺乏問題時具有較好效果。目前在醫(yī)學(xué)影像標(biāo)注方面也進(jìn)行了數(shù)據(jù)自動標(biāo)記相關(guān)研究,可解決人工標(biāo)注費(fèi)時、費(fèi)力等問題。使用少量標(biāo)記數(shù)據(jù)和大量無標(biāo)記數(shù)據(jù)的半監(jiān)督學(xué)習(xí)在圖像分類任務(wù)中已取得了很好的效果,在胰腺癌診斷上的應(yīng)用也指日可待。未來無監(jiān)督學(xué)習(xí)的研究與發(fā)展也會解決人工標(biāo)注數(shù)據(jù)集缺乏的問題,為胰腺癌的智能診斷提供很大幫助。

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