高芳瑞,王顥潛,李瑞環(huán),劉 娜,王 永,武玉花,李 亮,趙 新,梁晉剛*
(1.天津市農(nóng)業(yè)科學(xué)院種質(zhì)資源與生物技術(shù)研究所,天津 300381;2.農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科技發(fā)展中心,北京 100176;3.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所,武漢 430062;4.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)質(zhì)量標(biāo)準與檢測技術(shù)研究所,北京 100098)
隨著生物技術(shù)產(chǎn)業(yè)的迅速發(fā)展,其安全性備受社會關(guān)注,對轉(zhuǎn)基因生物安全監(jiān)管工作,也越來越引起重視。轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準的制定是解決轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測結(jié)果不可比的根本,轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準包括標(biāo)準檢測方法和標(biāo)準物質(zhì)。標(biāo)準物質(zhì)是具有高度均勻性、良好穩(wěn)定性和量值準確性的一種測量標(biāo)準。因此,轉(zhuǎn)基因生物標(biāo)準的使用可以保證轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測結(jié)果的有效性和可比性[1]。轉(zhuǎn)基因標(biāo)準物質(zhì)包括基體標(biāo)準物質(zhì)、基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)、質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)?;w標(biāo)準物質(zhì)由純合的轉(zhuǎn)基因植物材料和非轉(zhuǎn)基因植物材料按特定的質(zhì)量比例混合配置而成,是一類最早被廣泛應(yīng)用的標(biāo)準物質(zhì)。基體標(biāo)準物質(zhì)的優(yōu)勢具有與測試樣品相似的物理和化學(xué)性質(zhì),減少了由基質(zhì)效應(yīng)引起的誤差,使檢測結(jié)果更可靠、穩(wěn)定[2]。轉(zhuǎn)基因生物 DNA標(biāo)準物質(zhì)是以葉片提取的DNA制備形成的標(biāo)準物質(zhì)?;蚪MDNA標(biāo)準物質(zhì)最大的優(yōu)點是結(jié)構(gòu)穩(wěn)定耐儲存,熒光定量PCR法使用時操作簡便,缺點是需要大規(guī)模的提取和基因組DNA的質(zhì)量評價,研制過程繁瑣,只能用于核酸檢測,不能用于蛋白質(zhì)檢測[3]。質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)是由重組質(zhì)粒DNA制備的,該重組質(zhì)粒DNA包含某些轉(zhuǎn)基因植物的外源基因片段和內(nèi)源標(biāo)準基因片段,用于檢測轉(zhuǎn)基因成分。比利時科學(xué)家Isabel Taverniers 最早提出質(zhì)粒 DNA 標(biāo)準物質(zhì)的想法[4]。質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)的主要優(yōu)點是可以通過微生物培養(yǎng)進行大量繁殖并且本身不易被降解,操作過程所需的設(shè)備成本比較低廉、簡單易控制[5]。單個質(zhì)粒 DNA 標(biāo)準物質(zhì)上所具有的多靶位點可以同時檢測多個轉(zhuǎn)基因?qū)ο?,只要確定轉(zhuǎn)基因成分的目標(biāo)序列(無需轉(zhuǎn)基因植物原料)就能夠快速便捷地構(gòu)建檢測轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的質(zhì)粒標(biāo)準物質(zhì)。然而隨著研究的推進,質(zhì)粒 DNA 標(biāo)準物質(zhì)檢測的缺點也不斷增多,如容易污染和檢測誤差較大(因為待測樣與質(zhì)粒標(biāo)準物大小差異懸殊,相比基體標(biāo)準物的檢測結(jié)果兩者并不吻合)等[6]。
轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準物質(zhì)的研制關(guān)鍵環(huán)節(jié)尤為重要,技術(shù)要求較高。國外尤其是歐美國家自從20世紀開始,就不斷地更新和完善轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準和標(biāo)準物質(zhì)。國際上研制轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準物質(zhì)的單位較少,主要的研制單位有歐盟委員會聯(lián)合研究中心標(biāo)準物質(zhì)與測量研究院(IRMM)和美國的 AOCS(美國油脂化學(xué)家學(xué)會)[7]。自 2008年以來,國家轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項立項《轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標(biāo)準物質(zhì)研制》課題,已研制了93種標(biāo)準物質(zhì),獲得國家級標(biāo)準物質(zhì)證書21項。目前,已經(jīng)積累了一定的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標(biāo)準物質(zhì)研制經(jīng)驗。
轉(zhuǎn)基因標(biāo)準物質(zhì)證書的申報是一直以來的疑難點,急需進一步加快申報的進度。綜上可知,轉(zhuǎn)基因生物標(biāo)準物質(zhì)的缺乏,已成為制約我國轉(zhuǎn)基因生物檢測技術(shù)應(yīng)用與發(fā)展的主要技術(shù)瓶頸。本文將對國內(nèi)外轉(zhuǎn)基因植物標(biāo)準物質(zhì)的研究現(xiàn)狀及不同種類的標(biāo)準物質(zhì)申報關(guān)鍵點進行闡述,以期為我國轉(zhuǎn)基因標(biāo)準物質(zhì)進一步的研制應(yīng)用提供技術(shù)支撐。
歐盟標(biāo)準物質(zhì)主要指以歐盟IRMM為核心,在歐盟資金支持下研發(fā)的標(biāo)準物質(zhì),具有以BCR、ERM或 IRMM 開頭的標(biāo)準物質(zhì)編號。歐盟研發(fā)的標(biāo)準物質(zhì)有基體和質(zhì)粒這兩種形態(tài)的標(biāo)準物質(zhì)。目前在售的ERM標(biāo)準物質(zhì)有146種,涵蓋了大豆、玉米、棉花、馬鈴薯、甜菜等42個轉(zhuǎn)化體(表1)。
表1 以轉(zhuǎn)化體計不同國家/地區(qū)生產(chǎn)轉(zhuǎn)基因生物標(biāo)準物質(zhì)情況Table 1 Production of gmos standard materials in different countries/regions by transformants
美國的AOCS主要研制純品形式的標(biāo)準物質(zhì),有純陰性和純陽性兩種類型。他們認為這種策略最精確、最實用,完全可以滿足監(jiān)管需要。研發(fā)商生產(chǎn)的轉(zhuǎn)基因生物標(biāo)準物質(zhì)在認證后可以向外出售,目前在售的標(biāo)準物質(zhì)有53種,涵蓋了37個轉(zhuǎn)化體,純品粉末50歐元/g,純品DNA100歐元/μg。
日本的轉(zhuǎn)基因生物標(biāo)準物質(zhì)的管理評價體系和我國不同,其研制的標(biāo)準物質(zhì)不需要通過專門的管理機構(gòu)進行評定和審批,研制的標(biāo)準物質(zhì)機構(gòu)必須具備標(biāo)準物質(zhì)制備和生產(chǎn)的資質(zhì)。目前,共制備了3個基體標(biāo)準物質(zhì)和2個質(zhì)粒標(biāo)準物質(zhì)。
早在2006年,大連出入境檢驗檢疫局制備了轉(zhuǎn)基因大豆GTS40-3-2種子粉末兩種二級有證標(biāo)準物質(zhì),現(xiàn)已停產(chǎn)。隨著我國轉(zhuǎn)基因作物研發(fā)和監(jiān)管工作的開展,特別是 2008年轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項啟動后,對轉(zhuǎn)基因標(biāo)準物質(zhì)的需求更加迫切。因此,國家啟動了轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標(biāo)準物質(zhì)研制工作。目前,已建立了成熟的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品標(biāo)準物質(zhì)研制技術(shù)體系,獲得了國家級標(biāo)準物質(zhì)證書21項(表2),涵蓋候選物鑒定、制備、聯(lián)合定值、不確定度評估、試用性評價等關(guān)鍵環(huán)節(jié),發(fā)布了一系列技術(shù)標(biāo)準[8-16]。我國研制了4種類型的標(biāo)準物質(zhì)(表3),為轉(zhuǎn)基因生物安全性評價和監(jiān)測提供了有利的技術(shù)支撐。
表2 我國轉(zhuǎn)基因標(biāo)準物質(zhì)有證一覽表Table 2 List of certified gmo standard substances in China
表3 不同類型標(biāo)準物質(zhì)的研制過程差異Table 3 Comparison of the development process of different types of reference materials
標(biāo)準物質(zhì)申報的技術(shù)文件和樣品的要求主要包括九個方面(表4),其中對標(biāo)準物質(zhì)研制機構(gòu)具有嚴格的要求。主要體現(xiàn)在組織管理、文件控制等管理要求及人、機、料、法、環(huán)等技術(shù)要求。
表4 標(biāo)準物質(zhì)申報的技術(shù)文件和樣品的要求Table 4 Technical documents and sample requirements for reference substance declaration
2.2.1 原材料繁殖鑒定
2.2.1.1 基體標(biāo)準物質(zhì)原材料繁殖鑒定 為了保證基體標(biāo)準物質(zhì)的質(zhì)量,要求候選物應(yīng)選用可繁殖的材料,如種子的重量應(yīng)不少于2.5 kg;選擇同一物種同一組織器官;典型性、轉(zhuǎn)化體純度和轉(zhuǎn)化體純合度應(yīng)滿足待定特性量的量值范圍要求。轉(zhuǎn)基因植物原材料的轉(zhuǎn)化體特異性結(jié)果為陽性,其他轉(zhuǎn)化體特異性檢測結(jié)果為陰性,對應(yīng)的非轉(zhuǎn)基因原材料的轉(zhuǎn)化體檢測結(jié)果和其他轉(zhuǎn)化體檢測結(jié)果為陰性,表明原材料的典型性符合要求。選擇具有資質(zhì)的檢測機構(gòu)進行繁殖鑒定,按照NY/T673的規(guī)定抽取轉(zhuǎn)基因植物基體標(biāo)準物質(zhì)候選物鑒定的樣品,典型性鑒定取樣個體數(shù)不少于3000,混合均勻,充分研磨;轉(zhuǎn)化體純度和純合度鑒定取樣個體數(shù)不少于300,進行單粒研磨或取單株葉片研磨。按照特定的轉(zhuǎn)化體特異性檢測方法,對轉(zhuǎn)基因植物候選物進行轉(zhuǎn)化體特異性檢測,記錄含特定轉(zhuǎn)化體個體數(shù),計算轉(zhuǎn)化體純度,達到95%以上表明原材料符合要求。利用適用于轉(zhuǎn)基因植物轉(zhuǎn)化體純合度檢測的方法,公式計算如:
其中a代表含特定轉(zhuǎn)化體個體數(shù),b代表純合體個體數(shù)?;w原材料的轉(zhuǎn)基因成分含量估算值不低于待定特性量值,表明該原材料的轉(zhuǎn)化體純度和轉(zhuǎn)化體純合度符合要求。
2.2.1.2 基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)原材料繁殖鑒定 對于基因組標(biāo)準物質(zhì)的侯選物鑒定,選用基因組DNA含量高,易于大量提取DNA的組織作為原材料,如葉片;對采集葉片的轉(zhuǎn)基因單株,逐一進行典型性鑒定和基因型鑒定,采集純合單株的葉片作為原材料;侯選物要完整性好,純度高,濃度大于100 ng/μL,無PCR反應(yīng)抑制物。
2.2.1.3 質(zhì)粒標(biāo)準物質(zhì)原材料繁殖鑒定 與基體、基因組DNA、種子形態(tài)標(biāo)準物質(zhì)相比,質(zhì)粒DNA具有不受原材料限制的特點,可以通過微生物進行大量培養(yǎng),DNA易于擴增,生產(chǎn)制備容易,穩(wěn)定性好。將檢測靶標(biāo)通過人工合成或PCR擴增等技術(shù)構(gòu)建到質(zhì)粒分子上。通過測序、酶切、擴增等方法篩選陽性質(zhì)粒分子,并對陽性質(zhì)粒分子進行特異性、靈敏度和可替代性測試,均符合要求的重組質(zhì)粒,可作為質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)的侯選物。
2.2.2 標(biāo)準物質(zhì)樣品制備
2.2.2.1 基體標(biāo)準物質(zhì)樣品制備 標(biāo)準物質(zhì)原材料經(jīng)過鑒定合格之后,開始標(biāo)準物質(zhì)的制備過程,基體標(biāo)準物質(zhì)參照《農(nóng)業(yè)部1782號公告-8-2012轉(zhuǎn)基因植物及其產(chǎn)品成分檢測基體標(biāo)準物質(zhì)制備技術(shù)規(guī)范》中的相關(guān)要求進行研制,技術(shù)路線見圖1所示。關(guān)鍵點包括以下幾項:
圖1 基體標(biāo)準物質(zhì)候選物研制技術(shù)路線Fig.1 Technical route of preparation of matrix reference material candidate
(1)含水量測定
原材料經(jīng)冷凍研磨,90%以上粉末小于180 μm,在冷凍真空干燥后,對粉末進行含水量的測定,取樣量不少于3個點,要求水分含量不高于10%。
(2)配比混勻和均勻性初檢
轉(zhuǎn)基因基體標(biāo)準物質(zhì)設(shè)置不同的質(zhì)量濃度,在進行質(zhì)量配比時,需要將含水量和原材料純度等因素考慮在內(nèi)。要求環(huán)境溫度不超過30 ℃、相對濕度不超過40%,利用固體粉末混合儀充分混合均勻。由于基體標(biāo)準物質(zhì)候選物不易混勻,所以在分裝之前需要進行均勻性初檢?;w標(biāo)準物質(zhì)在混勻過程中每隔 6 h取樣一次,共取樣4次,每次選不同的部位取樣,共取樣9份,每份取樣100 mg。提取樣品基因組DNA,采用熒光定量PCR方法測試9份樣品中轉(zhuǎn)化體特異性序列拷貝數(shù)與內(nèi)標(biāo)基因拷貝數(shù)的比值,利用F檢驗法考察每個時間點上9份樣品的差異。樣品是否混勻,以基體標(biāo)準物質(zhì)含量是否均勻來進行考察。均勻性初檢合格后方可分裝成最小包裝單元。
2.2.2.2 基因組標(biāo)準物質(zhì)樣品制備 經(jīng)過典型性和基因型鑒定之后,對鑒定的純合單株掛牌標(biāo)記,當(dāng)植株進入營養(yǎng)生長的旺盛期,采集葉片,用于基因組DNA的大量提取?;蚪M標(biāo)準物質(zhì)參照《農(nóng)業(yè)部111號公告-1-2018轉(zhuǎn)基因植物及其產(chǎn)品成分檢測基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)制備技術(shù)規(guī)范》中的相關(guān)要求進行研制。關(guān)鍵點包括以下幾項:
(1)基因組DNA的提取
采用經(jīng)驗證的CTAB法或基因組大量提取試劑盒,提取的DNA充分溶解在0.1X TE 稀釋緩沖液中。
(2)基因組質(zhì)量評估
采用凝膠電泳法進行DNA分子質(zhì)量的檢測,要求基因組DNA主帶清晰、無明顯彌散、無RNA雜帶;用紫外分光光度法評價提取的基因組DNA純度,要求OD260/OD280在1.8~2.0,OD260/OD230大于等于2.0;用熒光染料法測定提取的DNA濃度,基因組DNA濃度值要大于100 ng/μL。將提取的基因組DNA梯度稀釋,繪制檢測靶標(biāo)的標(biāo)準曲線,計算PCR擴增效率,擴增效率在90%~110%,證明DNA溶液中沒有PCR反應(yīng)抑制物。
2.2.2.3 質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)樣品制備 質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)參照《農(nóng)業(yè)部公告號第323號-8-2020轉(zhuǎn)基因植物及其產(chǎn)品成分檢測質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)制備技術(shù)規(guī)范》中的相關(guān)要求進行研制。關(guān)鍵點包括以下幾項:
(1)重組質(zhì)粒構(gòu)建和驗證
首先獲得轉(zhuǎn)基因植物外源基因序列和物種內(nèi)標(biāo)準基因序列,根據(jù)序列設(shè)計帶有酶切位點的引物,利用PCR擴增,將目的片段酶切、連接、重組整合進入基礎(chǔ)質(zhì)粒載體。
(2)重組質(zhì)粒DNA擴繁與DNA純化
圖2 基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)制備技術(shù)路線圖Fig.2 Genomic DNA standard material preparation technology roadmap
圖3 質(zhì)粒DNA標(biāo)準物質(zhì)制備技術(shù)路線圖Fig.3 Technical roadmap for preparation of plasmid DNA standard materials
將重組質(zhì)粒菌種接種于對應(yīng)的1~5 L選擇培養(yǎng)液,培養(yǎng)至對數(shù)生長期,收獲菌體;利用堿裂解法或試劑盒法提取和純化重組DNA;將質(zhì)粒DNA用相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶純化獲得線性質(zhì)粒DNA;將純化獲得的重組質(zhì)粒DNA進行Sanger測序序列分析,獲得完整的質(zhì)粒序列;確認和預(yù)期構(gòu)建的重組質(zhì)粒DNA序列的正確性。
(3)質(zhì)粒DNA質(zhì)量評價與濃度測定
質(zhì)粒DNA質(zhì)量評價與基因組DNA相同,采用紫外光吸收法。利用熒光定量PCR法評價質(zhì)粒DNA質(zhì)量,將純化的質(zhì)粒DNA溶液用水或TE緩沖液稀釋5個濃度梯度。以梯度稀釋的質(zhì)粒DNA溶液為模板,進行內(nèi)標(biāo)準基因定量 PCR擴增,繪制標(biāo)準曲線,考察檢測靶標(biāo)的擴增效率。利用熒光染料標(biāo)記定量法PicoGreen測定重組質(zhì)粒DNA的濃度。純化的質(zhì)粒濃度不低于100 ng/μL,均符合要求后,用于標(biāo)準物質(zhì)的分裝。
2.2.3 標(biāo)準物質(zhì)的均勻性評估 抽取的單元分布對同一批的樣品具有足夠的代表性,抽取單元數(shù)取決于總體樣品的單元數(shù)和對樣品均勻程度的了解,抽取單元數(shù)與總體單元數(shù)[17]的對應(yīng)關(guān)系見表5。
表5 抽取單元數(shù)與總體單元數(shù)的對應(yīng)關(guān)系Table 5 Extract the corresponding relationship between the number of units and the total number of units
采用具有足夠靈敏度的測量方法進行均勻性檢驗,均勻性檢驗應(yīng)在重復(fù)性條件下(同一操作者,同一臺儀器,同一測量方法,在短期內(nèi))完成。每一最小包裝單元內(nèi)稱取不少于3份試樣進行測定,測量次序應(yīng)隨機化,避免測量系統(tǒng)在不同時間的變差干擾對試樣均勻性的評價。
測定抽取的每個樣品中轉(zhuǎn)化體特異性序列拷貝數(shù)、內(nèi)標(biāo)基因拷貝數(shù)的比值,對均勻性檢驗中的試驗結(jié)果進行方差分析(F檢驗),計算單元內(nèi)方差和單元間方差,根據(jù)二者的比值計算F值。根據(jù)自由度(v1,v2)及給定的顯著性水平α(取0.05),查F分布表,得臨界Fα值。比較F值和Fa的大小,若F≤Fα,單元間方差與單元內(nèi)方差無顯著性差異,樣品均勻;若F≥Fα,單元間方差與單元內(nèi)方差有顯著性差異,樣品不均勻。對不均勻的樣品查找原因并解決問題后進行再處理,分裝成最小單元,按上述要求和方法再次進行均勻性檢驗。
通常將均勻性評估中使用的樣品量規(guī)定為該標(biāo)準物質(zhì)使用時的最小取樣量,基體標(biāo)準物質(zhì)的最小取樣量為100 mg,基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)和質(zhì)粒標(biāo)準物質(zhì)的最小取樣量不低于2 μL。
2.2.4 穩(wěn)定性評估 穩(wěn)定性是標(biāo)準物質(zhì)的基本屬性,用于描述標(biāo)準物質(zhì)的特性值隨時間變化的性質(zhì),即描述標(biāo)準物質(zhì)特性的時間分布特征。在標(biāo)準物質(zhì)的研制過程中必須進行穩(wěn)定性評估,穩(wěn)定性檢驗應(yīng)在均勻性檢驗證明樣品充分均勻后進行。申報國家二級標(biāo)準物質(zhì),穩(wěn)定性應(yīng)在6個月以上;申報國家一級標(biāo)準物質(zhì),穩(wěn)定性應(yīng)在 12個月以上。標(biāo)準物質(zhì)應(yīng)在規(guī)定的保存或使用條件下,定期進行特性量值的穩(wěn)定性檢驗,采用符合精密度要求的定量PCR方法進行測定。
2.2.5 定值 轉(zhuǎn)基因植物及其產(chǎn)品檢測基體標(biāo)準物質(zhì)有兩個特性量值,分別為轉(zhuǎn)基因粉末和粉末總量的質(zhì)量分數(shù),以及單倍體基因組中外源插入基因拷貝數(shù)與內(nèi)標(biāo)基因的比值?;蚪MDNA標(biāo)準物質(zhì)和質(zhì)粒標(biāo)準物質(zhì)也有兩個特性量值,分別是DNA分子或質(zhì)粒分子的拷貝數(shù)濃度、外源基因拷貝數(shù)和內(nèi)標(biāo)基因拷貝數(shù)的比值。拷貝數(shù)比值和拷貝數(shù)濃度由多家實驗室采用微滴數(shù)字PCR技術(shù),分別獲得單倍體基因組中外源插入基因與內(nèi)標(biāo)基因的拷貝數(shù)濃度,計算拷貝數(shù)比值?;w標(biāo)準物質(zhì)的質(zhì)量分數(shù)通過天平稱量獲得,可作為標(biāo)準物質(zhì)的參考值。
2.2.5.1 計量學(xué)溯源性描述 轉(zhuǎn)基因基體標(biāo)準物質(zhì)所采用的重量法是將干燥后的轉(zhuǎn)基因種子粉末和非轉(zhuǎn)基因種子粉末按照一定質(zhì)量配比得到質(zhì)量分數(shù)作為該基體標(biāo)準物質(zhì)的標(biāo)準值,該標(biāo)準值通過使用校準后的天平通過溯源鏈溯源到國際SI單位千克??截悢?shù)濃度測量值通過計量或校準后的移液器及數(shù)字PCR等儀器測量,通過溯源鏈溯源到自然數(shù)“1”。
2.2.5.2 定值方法的選擇 基體標(biāo)準物質(zhì)的質(zhì)量分數(shù)通過天平稱量法確定,天平稱量法是一種基準方法,可由一家實驗室進行多次稱量定值。數(shù)字PCR是一種不依賴于標(biāo)準物質(zhì)和標(biāo)準曲線的DNA拷貝數(shù)的絕對定量技術(shù),在標(biāo)準物質(zhì)制備方面,數(shù)字PCR已成功應(yīng)用于白血病診斷基因組DNA標(biāo)準物質(zhì)(SRM2373)的定值,并得到了可靠的鑒定結(jié)果。轉(zhuǎn)基因基體標(biāo)準物質(zhì)的定值采用數(shù)字 PCR方法進行定值。JJG 1006中要求采用多家實驗室合作定值時,當(dāng)采用同一種方法時,獨立定值組數(shù)一般不少于8家,當(dāng)采用多種方法定值測量時,一般不少于6家。對于轉(zhuǎn)基因基體標(biāo)準物質(zhì),采用數(shù)字PCR方法進行定值,參加定值的實驗室應(yīng)不少于8家。
2.2.5.3 參加數(shù)字PCR聯(lián)合定值單位的要求 a)參加定值實驗室配備了數(shù)字PCR設(shè)備,有熟練操作數(shù)字PCR設(shè)備的技術(shù)人員,能夠?qū)?shù)字PCR的檢測過程進行有效的質(zhì)量控制;b)對參加定值實驗室組織數(shù)字PCR定值能力評估,證明實驗室具備利用數(shù)字PCR進行測量的能力;c)對定值方法進行確認,采用熒光定量PCR考察轉(zhuǎn)化體特異性和內(nèi)標(biāo)準基因檢測方法的擴增效率,保證二者的擴增效率接近;d)考察數(shù)字PCR系統(tǒng)的適用性,在數(shù)字PCR平臺上用確認的定量方法檢測純品DNA樣品的拷貝數(shù)比值,測量結(jié)果接近理論值;e)確定數(shù)字PCR的有效動力學(xué)范圍,微流體芯片數(shù)字PCR的有效線性范圍是200~700個陽性孔,對應(yīng)約240~1800個拷貝的初始模版數(shù),確定將初始模版稀釋到300~1200 copies/μL,加1.8 μL到反應(yīng)體系中;微滴式數(shù)字PCR的有效線性范圍是1~65000個拷貝,20 μL反應(yīng)液在微滴生成器中只能生產(chǎn)12000~16000個有效微滴,只有微滴數(shù)大于10000時才具有統(tǒng)計學(xué)意義,Quality score值需低于0.85。
2.2.5.4 測量數(shù)據(jù)評估及標(biāo)準值的確定 轉(zhuǎn)基因基體標(biāo)準物質(zhì)測量數(shù)據(jù)的處理參考JJF1342-2012標(biāo)準物質(zhì)定值的通用原則及統(tǒng)計學(xué)原理的要求。
(1)實驗室內(nèi)數(shù)據(jù)可疑值檢驗
獲得數(shù)據(jù)后,先進行實驗室內(nèi)數(shù)據(jù)可疑值檢驗。推薦采用狄克遜法和格拉布斯法兩種方法判斷可疑值并剔除。
(2)實驗室間數(shù)據(jù)可疑值檢驗
計算各實驗室的測量平均值,采用狄克遜法和格拉布斯法兩種方法對實驗室測量平均值進行檢驗,判斷各實驗室平均值是否有可疑值。
(3)正態(tài)性分布檢驗
對測定數(shù)據(jù)進行正態(tài)性分布檢驗,采用夏皮洛-威爾克(Shapiro-Wilk)法或達戈斯提諾法(D’Agostoon)進行正態(tài)分布檢驗。
(4)實驗室間數(shù)據(jù)等精度檢驗
采用科克倫法檢驗各家實驗室實驗數(shù)據(jù)平均值是否等精度,若數(shù)據(jù)等精度,則可計算所有數(shù)據(jù)的平均值,作為標(biāo)準物質(zhì)的標(biāo)準值。
(5)標(biāo)準值的確定
試驗數(shù)據(jù)結(jié)果通過了以上檢驗后,計算總平均值和總標(biāo)準差,總平均值作為基體標(biāo)準物質(zhì)的標(biāo)準值,總標(biāo)準差作為聯(lián)合定值的不確定度。
2.2.6 不確定度的評定
2.2.6.1 均勻性引入的不確定度評定 由標(biāo)準物質(zhì)均勻性產(chǎn)生的標(biāo)準偏差用下式進行計算:
2.2.6.2 穩(wěn)定性引入的不確定度評定 采用趨勢分析法進行穩(wěn)定性檢驗時,將標(biāo)準物質(zhì)穩(wěn)定性引入的不確定度us按照下式進行計算:us=s(β1)·X
2.2.6.3 定值引入的不確定度評定 定值不確定度包括A類不確定度和B類不確定度。不確定度的A類評定通過測量數(shù)據(jù)的標(biāo)準偏差、測量次數(shù)及所要求的置信水平按照統(tǒng)計學(xué)計算方法進行,標(biāo)準不確定度B類評定是通過借助可利用的相關(guān)信息,進行科學(xué)的分析判斷而得到的標(biāo)準偏差。
2.2.6.4 合成標(biāo)準不確定度 基體標(biāo)準物質(zhì)定值結(jié)果的總不確定度由3部分組成,分別為:標(biāo)準物質(zhì)定值過程中帶來的A類和B類不確定度的合成不確定度uc;標(biāo)準物質(zhì)不均勻性引起的標(biāo)準不確定度ubb;有效期內(nèi)不穩(wěn)定性引起的標(biāo)準不確定度us。合成標(biāo)準不確定度為:
研制報告的結(jié)構(gòu)包含以下部分:封面、摘要、目錄、概述(或引言)、標(biāo)準物質(zhì)樣品制備、均勻性檢驗、穩(wěn)定性檢驗、定值、不確定度評定、結(jié)果表達、附件。
研制報告的內(nèi)容具有科學(xué)、完整、易讀及數(shù)據(jù)準確的特點,報告中采用的計量單位符合國家發(fā)布的《中華人民共和國法定計量單位》的要求,并按《中華人民共和國計量單位使用方法》執(zhí)行。報告中使用的術(shù)語、符號、代號應(yīng)遵照國家有關(guān)標(biāo)準和技術(shù)規(guī)范執(zhí)行,報告中使用新的專業(yè)術(shù)語、縮略詞應(yīng)加以注釋,報告的圖、表和照片應(yīng)確保能夠完整清晰復(fù)制或計算機掃描。
標(biāo)準物質(zhì)證書是介紹標(biāo)準物質(zhì)的技術(shù)文件,內(nèi)容和形式應(yīng)符合標(biāo)準物質(zhì)管理及技術(shù)要求,并確保與所研制的標(biāo)準物質(zhì)一同發(fā)放給用戶。證書中必須包含以下幾個部分:量值和不確定度、原材料來源和制備工藝、均勻性和穩(wěn)定性檢驗、特性量值的測量方法、溯源性描述、預(yù)期用途、使用方法及安全警示等。
證書的表述遵守以下要求:a)文字表達結(jié)構(gòu)嚴謹、用詞準確、簡潔清晰,不產(chǎn)生歧義;b)所用術(shù)語、符號、代號等要統(tǒng)一,始終表達同一概念;c)按照國家規(guī)定使用計量單位名稱與符號、量的名稱與符號、不確定度的名稱與符號;d)公式、圖表、數(shù)據(jù)準確無誤。
標(biāo)簽應(yīng)可靠附著在每個標(biāo)準物質(zhì)最小包裝單元上,并包含正確識別該標(biāo)準物質(zhì)所需的必要基本信息(如標(biāo)準物質(zhì)編號、名稱、批次編號、研制機構(gòu)等)。必要時應(yīng)包含相關(guān)法律、法規(guī)所要求的健康和安全信息。
自2008年以來,我國啟動了轉(zhuǎn)基因生物新品種培育重大專項“轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測標(biāo)準物質(zhì)研制”,建立了成熟的研制技術(shù)體系,成功研制了一批標(biāo)準物質(zhì)[18]。轉(zhuǎn)基因新技術(shù)的突破加速了新產(chǎn)品的換代升級,新型轉(zhuǎn)基因技術(shù)產(chǎn)品的監(jiān)管和質(zhì)量監(jiān)測是轉(zhuǎn)基因技術(shù)產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展的新需求和新挑戰(zhàn)。新的基因編輯技術(shù)的突破,促進了轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品研發(fā)由抗蟲、抗除草劑等一代產(chǎn)品向營養(yǎng)品質(zhì)改善、產(chǎn)量提高、耐貯藏以及工業(yè)和醫(yī)藥等新產(chǎn)品的換代升級。多基因復(fù)合性狀轉(zhuǎn)基因技術(shù)新產(chǎn)品逐漸出現(xiàn),已成為研發(fā)和應(yīng)用重點,對新型轉(zhuǎn)基因技術(shù)產(chǎn)品的監(jiān)管和質(zhì)量監(jiān)測需要新的轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)和標(biāo)準物質(zhì)。解美霞等[19]以基因編輯水稻為研究對象,構(gòu)建了野生型和編輯型質(zhì)粒對照,在野生型樣品中沒有A堿基,而在編輯型樣品中檢測到該堿基。美國轉(zhuǎn)基因三文魚的商業(yè)化推動了轉(zhuǎn)基因動物產(chǎn)品的產(chǎn)業(yè)化,轉(zhuǎn)基因動物產(chǎn)品的產(chǎn)業(yè)化進程逐漸加快。另外利用轉(zhuǎn)基因山羊、兔、雞生產(chǎn)的蛋白藥物已經(jīng)陸續(xù)獲準上市,專項中研發(fā)的轉(zhuǎn)基因豬、牛、羊等也逐步成熟,走向產(chǎn)業(yè)化。新型生物技術(shù)產(chǎn)品的研發(fā)及轉(zhuǎn)基因動物的產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用,亟待進一步拓寬標(biāo)準物質(zhì)的研制領(lǐng)域?;诙繕?biāo)識需求的轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測新技術(shù)標(biāo)準制定,多糖、多酚、多油脂等復(fù)雜基質(zhì)中多靶標(biāo)基因同時檢測新技術(shù),也亟待加強新標(biāo)準物質(zhì)的研制。
為了加強我國轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準物質(zhì)研發(fā)技術(shù)的先進性,避免重復(fù)研制,建議建立國內(nèi)外合作交流機制。以信息交換、聯(lián)合攻關(guān)為重點,在實現(xiàn)資源共享的同時,優(yōu)勢互補,不僅可以提高標(biāo)準物質(zhì)的質(zhì)量,也對未來全球標(biāo)準物質(zhì)的發(fā)展、標(biāo)準物質(zhì)的申報推進意義重大。積極參與或組織國際量值比對,推動我國研制的有證標(biāo)準物質(zhì)走向國際,促進定值和定量結(jié)果的國際互認,暢通國內(nèi)外貿(mào)易。
轉(zhuǎn)基因檢測標(biāo)準物質(zhì)可以應(yīng)用于轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品檢測方法研究、轉(zhuǎn)基因檢測實驗室間研究、轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品定量檢測數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制等。轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的定量標(biāo)識為轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的監(jiān)管和質(zhì)量監(jiān)督提供了量化工具,轉(zhuǎn)基因檢測技術(shù)和標(biāo)準建立面臨新需求和新的挑戰(zhàn)。定量標(biāo)識是轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品監(jiān)管的有效手段,也是國際貿(mào)易的有效壁壘。隨著數(shù)字PCR等新的基因檢測技術(shù)、三代序列測定技術(shù)等新技術(shù)的出現(xiàn)和成熟,定量標(biāo)識逐漸成為了轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品監(jiān)管的有力工具。轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品的定量檢測實際上經(jīng)歷了抽樣、樣品前處理、DNA提取純化、PCR檢測、數(shù)據(jù)分析等步驟,最終得到了轉(zhuǎn)基因含量值,而這些步驟都會給最終轉(zhuǎn)基因含量帶來影響。因此急需建立標(biāo)準物質(zhì)信息共享推廣平臺,促進標(biāo)準物質(zhì)的推廣應(yīng)用,提高各檢測機構(gòu)的定量準確性、可靠性和可比性,實現(xiàn)定量檢測結(jié)果的國際互認。