伯恩是一名特工，他執(zhí)行任務(wù)時(shí)失憶，只能隱約記得自己好像參加過(guò)中央情報(bào)局的某項(xiàng)重要任務(wù)。中情局已經(jīng)將他列為了極度危險(xiǎn)人物，要不惜一切除掉他。

這一天，幾名特工圍住了伯恩。伯恩干脆利落地將他們一一打倒。見(jiàn)狀，中情局高層又派出殺手，準(zhǔn)備利用狙擊槍遠(yuǎn)程射殺伯恩。伯恩此時(shí)正在尋找一個(gè)目標(biāo)人物，他敏銳地發(fā)現(xiàn)了殺手，立刻將目標(biāo)人物安頓好。可是目標(biāo)人物因?yàn)榫o張慌亂沖了出去，被殺手一槍擊斃。伯恩立刻趁亂從目標(biāo)人物身上拿走資料，消失在了人群中。

原來(lái)，被殺的目標(biāo)人物是名記者，一天前，他從一個(gè)內(nèi)幕人士那里買(mǎi)到了伯恩事件的一些資料。不料被中情局發(fā)現(xiàn)，因此派出大隊(duì)人馬要除掉他。與此同時(shí)，正在追查自己真實(shí)身份的伯恩也找到了記者。身手過(guò)人的伯恩不僅從殺手槍下逃脫，還從那名記者身上拿走了資料。

伯恩通過(guò)線索找到了一個(gè)知道內(nèi)幕的人士的住處，可當(dāng)他趕到時(shí)已經(jīng)人去樓空。伯恩在屋里搜查，看到一張照片時(shí)，腦海中再次閃過(guò)一些模糊的畫(huà)面。剛回過(guò)神，中情局派出的殺手已然趕到。伯恩利用開(kāi)門(mén)的瞬間解決掉殺手。正要離開(kāi)時(shí)，一個(gè)名叫尼基的女士出現(xiàn)。尼基告訴伯恩自己在這座大樓里工作，并且知道內(nèi)幕人士的消息。事不宜遲，伯恩立刻帶著尼基去尋找線索。

伯恩再次逃脫，讓中情局高官憤怒無(wú)比，可是另一名高官帕米拉（在《諜影重重2》中出現(xiàn)過(guò)）卻感覺(jué)到了一絲異常。尼基為了幫伯恩找到內(nèi)幕人士，侵入了中情局的內(nèi)部網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)中情局高層已經(jīng)派出殺手準(zhǔn)備干掉所有知道內(nèi)幕的人士。伯恩心生一計(jì)，讓尼基偽裝成線人與一名殺手聯(lián)系，約殺手在某地接收新的聯(lián)系手機(jī)。當(dāng)殺手出現(xiàn)拿走手機(jī)，伯恩悄悄跟了上去。殺手其實(shí)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了伯恩，他假裝將一個(gè)背包扔在地上，趁伯恩要去撿的機(jī)會(huì)，一按遙控器引爆了炸彈。伯恩僥幸逃脫，立刻搶了一輛摩托去追殺手。

此時(shí)的殺手接到命令，要干掉尼基，于是直奔尼基而去。尼基也預(yù)感到了危險(xiǎn)，一邊走一邊掰下手機(jī)零件扔在地上，當(dāng)做標(biāo)記為伯恩指路。伯恩火速趕到，沿著手機(jī)零件指的方向一路狂奔。他三步并作兩步跑上樓頂，居高臨下看到殺手和尼基，立刻不顧危險(xiǎn)在高樓頂瘋狂奔跑。就在殺手舉槍對(duì)準(zhǔn)尼基時(shí)，伯恩終于及時(shí)趕到。他縱身躍起，從高處撞破玻璃跳到殺手面前，與殺手打斗起來(lái)。殺手也是訓(xùn)練有素，和伯恩打得有來(lái)有往。最終伯恩還是技高一籌，搶到一條毛巾勒死了殺手。

隨后，伯恩掏出殺手的手機(jī)，讓尼基發(fā)出自己二人已經(jīng)被殺死的假消息。中情局高層接到后，下令附近的殺手檢查兩人的尸體，以確認(rèn)他們死亡。同時(shí)高層還撥通了局長(zhǎng)的電話匯報(bào)此事，局長(zhǎng)表示一定要處理干凈。附近的殺手沒(méi)有發(fā)現(xiàn)伯恩二人的尸體，中情局高層命令他們繼續(xù)追殺。

夜晚，伯恩讓尼基剪掉頭發(fā)換個(gè)裝扮，然后將她送到安全地方。伯恩又根據(jù)內(nèi)幕人士留下的其他線索，經(jīng)過(guò)分析，終于知道了關(guān)于自己身世的資料都在中情局局長(zhǎng)辦公室。他火速趕往，在中情局大樓外，他找了個(gè)安全地方，撥通了帕米拉的電話。帕米拉和伯恩約定了見(jiàn)面地點(diǎn)。但是他們的通話全都被中情局局長(zhǎng)監(jiān)聽(tīng)到了，他立刻帶人趕往現(xiàn)場(chǎng)。可趕到時(shí)，伯恩并未現(xiàn)身。

就在此時(shí)，局長(zhǎng)的電話響起，正是伯恩打來(lái)的。他問(wèn)局長(zhǎng)在哪里，局長(zhǎng)騙他說(shuō)自己在辦公室?？刹骰卮鸬溃骸叭绻悻F(xiàn)在在辦公室，那我們現(xiàn)在就是面對(duì)面談話。”局長(zhǎng)意識(shí)到自己中了計(jì)，伯恩已經(jīng)侵入了自己的辦公室，迅速下令手下封鎖整座大樓。其實(shí)伯恩給局長(zhǎng)打電話，是要將局長(zhǎng)的聲音錄下來(lái)，然后利用聲音打開(kāi)保險(xiǎn)箱。他取出保險(xiǎn)箱里的資料，走出了大樓。

剛出大樓，伯恩就發(fā)現(xiàn)追兵已經(jīng)趕來(lái)，他火速跑到不遠(yuǎn)處的樓頂停車場(chǎng)，撬開(kāi)一輛車開(kāi)始了一場(chǎng)生死逃亡。

伯恩駕車一個(gè)蝎子擺尾，接著他迎著對(duì)方的火力全力沖刺，硬生生撞出一條路，一不小心駕車從樓頂飛了下去。掉到樓下后，被摔得頭暈眼花的伯恩勉強(qiáng)爬出車，又換了一輛車，沖進(jìn)了附近街區(qū)。中情局派出的殺手則駕車邊追邊開(kāi)槍，引發(fā)大亂，伯恩趁亂駕車撞上殺手的車，一頓翻滾之后，兩人被甩了出來(lái)。伯恩僥幸沒(méi)受什么傷，而殺手則被摔得奄奄一息。

伯恩來(lái)到了中情局的訓(xùn)練中心。根據(jù)他獲得的資料，他當(dāng)年就是在這里接受了各方面的特訓(xùn)才擁有這副好身手。帕米拉正在門(mén)口等著他，他將自己從中情局局長(zhǎng)辦公室保險(xiǎn)箱獲得的資料，包括中情局高層進(jìn)行秘密研究、執(zhí)行違法任務(wù)的所有罪證都交給了帕米拉，自己則義無(wú)反顧地走進(jìn)了訓(xùn)練中心。

伯恩來(lái)到訓(xùn)練中心的核心區(qū)域。局長(zhǎng)趕到，接待了他，告訴伯恩當(dāng)年他是自愿加入特訓(xùn)和后續(xù)任務(wù)的。瞬間，伯恩想起了當(dāng)年發(fā)生的一切，他的記憶全部找回來(lái)了。原來(lái)，自己所遭遇的一切都與一個(gè)叫“絆腳石”的秘密特工養(yǎng)成計(jì)劃有關(guān)，他是這個(gè)計(jì)劃培養(yǎng)出來(lái)的特工，原本他是為國(guó)家效力，但后來(lái)中情局高層強(qiáng)迫他干了很多殺人滅口、違法犯罪的勾當(dāng)，直到有一次執(zhí)行任務(wù)時(shí)，他失去了記憶，并僥幸擺脫了中情局的控制（關(guān)于伯恩失憶的情況，請(qǐng)參見(jiàn)《諜影重重1》）。

正這時(shí)，又有殺手追來(lái)。伯恩跳出窗外，面對(duì)殺手的槍口問(wèn)道：“你知道為什么要?dú)⑽覇?？看看他們讓你干的是什么！”殺手也明白了，自己已?jīng)變成了中情局高層的武器，而不再是為國(guó)效力了。

伯恩跳入河中，順利逃生，開(kāi)始了新的生活。幾天后，帕米拉將中情局高層的所有罪行公之于眾，與之關(guān)聯(lián)的人全部被繩之以法。